Commandant Adama is neergeschoten. Kolonel Tigh moet de Galactica leiden en aan de benodigde spullen zien te komen om het leven van de commandant te redden.

Een Cylon-virus heeft de computers van de Galactica geïnfecteerd terwijl Cylon-centurions het schip zijn binnengedrongen en op weg zijn naar de kwetsbare gedeeltes.

Kolonel Tigh beseft dat een leider meer moet kunnen dan alleen bevelen geven. Dit inzicht doet hem weer naar de fles grijpen.

Kolonel Tigh heeft de krijgswet ingevoerd, waardoor er een kloof dreigt te ontstaan tussen de bemanning van de Galactica en de rest van de vloot.

Adama staat opnieuw voor een onplezierige taak: hij moet Lee en president Roslin opsporen, die zijn ontsnapt en zich ergens binnen de vloot verbergen.

Meer dan een derde van de vloot splitst zich van de Galactica af en maakt een ruimtesprong naar Kobol, samen met president Roslin en Tom Zarek.

Terwijl president Roslin en haar aanhangers op zoek gaan naar de tombe van Athena, zet commandant Adama een reddingsmissie op voor Kobol.

Nu de vloot is herenigd, laaien oude conflicten op. In de tussentijd ligt het leger onder vuur na het bloedbad op de Gideon.

Adama beveelt de vloot een ruimtesprong te maken terwijl de Galactica achterblijft om een computervirus te verwijderen. Ze worden aangevallen door ruim 200 Cylon-schepen.

De stemming aan boord van de Galactica is uitbundig als de Battlestar Pegasus, die vernietigd werd gewaand, plotseling weer verschijnt om de vloot te leiden.

De Battlestar Galactica en de Pegasus gaan in de aanval om het wederopstandingsschip van de Cylons te vernietigen.

Terwijl president Roslin op haar sterfbed ligt, vernietigt een gevaarlijke groep Cylon-sympathisanten de tyliumraffinaderij. De groep wil vrede sluiten met de Cylons.

President Roslin probeert een einde te maken aan de zwarte handel en start een onderzoek dat tot diep in het leger, de burgersamenleving en de overheid reikt.

De uitgeputte Viper-piloten, die worden opgeroepen om een mijnschacht van kolonisten te beschermen, moeten de strijd aan met het dodelijke Cylon-schip "Scar".

Een verbitterde burger gijzelt belangrijke militairen en overheidsfunctionarissen en hoopt Adama zover te krijgen dat hij Sharon uitlevert.

Terwijl Pegasus een externe dreiging probeert af te wenden, draait de verhitte presidentscampagne om één thema: het recht om abortus te plegen.

Op Caprica krijgen nummer Zes en de Sharon, die Adama heeft neergeschoten, ongevraagd een heldenrol terwijl op de Galactica een kind van een mens en Cylon wordt geboren.

De ontdekking van een bewoonbare planeet is gunstig voor de verkiezing van Baltar. Elders komt de reddingsmissie van Starbuck op Caprica in de problemen.

Laura moet kiezen: de verkiezingsuitslag manipuleren of toestaan dat Baltar wint.

Tigh, Tyrol en Anders leiden het verzet op New Caprica tegen steeds meer dodelijke aanvallen op de Cylons. Kara vindt zichzelf gevangen in een nieuw leven met Leoben Conoy en Duck maakt een noodlottige beslissing. Ondertussen worstelt Adama op de Galactica met de vraag of ze moeten terug te keren naar New Caprica om een reddingspoging te ondernemen.

Adama is van plan om terug te keren naar New Caprica en komt met een verrassende bemiddelaar tussen de Galactica en het verzet. Tigh overdondert de collega leiders van het verzet door aan te dringen op het gebruik van zelfmoordaanslagen. Uiteindelijk leiden de zelfmoordaanslagen ertoe dat de Cylon bezetters te hardhandig optreden tegen hun menselijke proefpersonen.

Terwijl Adama een gewaagde reddingsmissie plant, arriveert Sharon op New Caprica om de opstand te helpen coördineren.

De bemanning van de Galactica en de opstandelingen op New Caprica coördineren hun aanvallen in een moedige poging om de mensen te bevrijden van hun Cylon-onderdrukkers.

Vlak na de uittocht vanaf New Caprica worden rekeningen vereffend: degenen die tegen de Cylons vochten, willen wraak nemen op collaborateurs.

Terwijl Tigh en Starbuck de ontevredenheid op de Galactica aanwakkeren, moeten de Cylons door een virus verschrikkelijke keuzen maken om hun toekomst te beschermen.

Terwijl Adama en Laura biologische wapens tegen de Cylons bespreken, wordt Baltar gemarteld door D'Anna omdat ze wil weten wie verantwoordelijk is voor het virus.

Adama bereikt het dieptepunt van zijn militaire carrière wanneer luitenant Daniel Novacek, een dood gewaande piloot, ontsnapt aan de Cylons.

Wanneer de bemanning in de boksring stoom wil afblazen, wordt de wedstrijd overschaduwd door herinneringen aan wat er op New Caprica is gebeurd.

Hongersnood breekt uit op de vloot wanneer de voedselverwerkingsmachines besmet raken. Baltar ontdekt dat D'Anna op zoek is naar spirituele verlichting.

De mogelijke ontdekking van het Oog van Jupiter leidt tot een impasse terwijl de Cylons en de mensen alles op het spel zetten om Aarde te vinden.

Wanneer een supernova de algenplaneet dreigt te vernietigen, moet het team van de Galactica sneller dan de Cylons aanwijzingen over de locatie van Aarde zien te vinden.

De gevangengenomen ex-president Baltar overleeft een zelfmoordpoging en wordt hardhandig ondervraagd aan boord van de Galactica.

Racisme, ziekte en moord zijn aan de orde van de dag. Het medische team van de Galactica probeert een epidemie af te wenden die door vluchtelingen is veroorzaakt.

De Galactica kan even op adem komen nu de dreiging van Cylons tijdelijk is afgenomen. Maar dan worden twee bemanningsleden buitengesloten door een defecte luchtsluis.

Vakbondsleiders zetten Tyrol ertoe aan om Adama te trotseren en coördineren een staking.

Kara, een elitesoldaat van de Galactica, krijgt bijna een zenuwinzinking terwijl ze vecht tegen de gevolgen van haar gevangenschap op New Caprica.

Ondanks sabotage en meningsverschillen worden aan boord van de Galactica onwaarschijnlijke verbonden gesloten terwijl de vloot de rechtszaak tegen Baltar afwacht.

De vloot vestigt de aandacht op een controversiële getuigenis wanneer de rechtszaak tegen Baltar begint.

Terwijl de rechtszaak tegen Baltar steeds verrassende wendingen neemt, worden op de Galactica nieuwe verbonden gesloten door een reeks toevallige gebeurtenissen.