Commandant Adama is neergeschoten. Kolonel Tigh moet de Galactica leiden en aan de benodigde spullen zien te komen om het leven van de commandant te redden.

Een Cylon-virus heeft de computers van de Galactica geïnfecteerd terwijl Cylon-centurions het schip zijn binnengedrongen en op weg zijn naar de kwetsbare gedeeltes.

Kolonel Tigh beseft dat een leider meer moet kunnen dan alleen bevelen geven. Dit inzicht doet hem weer naar de fles grijpen.

Kolonel Tigh heeft de krijgswet ingevoerd, waardoor er een kloof dreigt te ontstaan tussen de bemanning van de Galactica en de rest van de vloot.

Adama staat opnieuw voor een onplezierige taak: hij moet Lee en president Roslin opsporen, die zijn ontsnapt en zich ergens binnen de vloot verbergen.

Terwijl president Roslin en haar aanhangers op zoek gaan naar de tombe van Athena, zet commandant Adama een reddingsmissie op voor Kobol.

Nu de vloot is herenigd, laaien oude conflicten op. In de tussentijd ligt het leger onder vuur na het bloedbad op de Gideon.

Adama beveelt de vloot een ruimtesprong te maken terwijl de Galactica achterblijft om een computervirus te verwijderen. Ze worden aangevallen door ruim 200 Cylon-schepen.

De stemming aan boord van de Galactica is uitbundig als de Battlestar Pegasus, die vernietigd werd gewaand, plotseling weer verschijnt om de vloot te leiden.

Een militaire machtsstrijd dreigt uit te lopen op een oorlog als de Galactica en Pegasus de krachten bundelen om het Cylon-verrijzenisschip te vernietigen.

De Battlestar Galactica en de Pegasus gaan in de aanval om het wederopstandingsschip van de Cylons te vernietigen.

Terwijl president Roslin op haar sterfbed ligt, vernietigt een gevaarlijke groep Cylon-sympathisanten de tyliumraffinaderij. De groep wil vrede sluiten met de Cylons.

President Roslin probeert een einde te maken aan de zwarte handel en start een onderzoek dat tot diep in het leger, de burgersamenleving en de overheid reikt.

De uitgeputte Viper-piloten, die worden opgeroepen om een mijnschacht van kolonisten te beschermen, moeten de strijd aan met het dodelijke Cylon-schip "Scar".

Een verbitterde burger gijzelt belangrijke militairen en overheidsfunctionarissen en hoopt Adama zover te krijgen dat hij Sharon uitlevert.

Terwijl Pegasus een externe dreiging probeert af te wenden, draait de verhitte presidentscampagne om één thema: het recht om abortus te plegen.

Op Caprica krijgen nummer Zes en de Sharon, die Adama heeft neergeschoten, ongevraagd een heldenrol terwijl op de Galactica een kind van een mens en Cylon wordt geboren.

De ontdekking van een bewoonbare planeet is gunstig voor de verkiezing van Baltar. Elders komt de reddingsmissie van Starbuck op Caprica in de problemen.

Laura moet kiezen: de verkiezingsuitslag manipuleren of toestaan dat Baltar wint.