Tigh, Tyrol en Anders leiden het verzet op New Caprica tegen steeds meer dodelijke aanvallen op de Cylons. Kara vindt zichzelf gevangen in een nieuw leven met Leoben Conoy en Duck maakt een noodlottige beslissing. Ondertussen worstelt Adama op de Galactica met de vraag of ze moeten terug te keren naar New Caprica om een reddingspoging te ondernemen.

Adama is van plan om terug te keren naar New Caprica en komt met een verrassende bemiddelaar tussen de Galactica en het verzet. Tigh overdondert de collega leiders van het verzet door aan te dringen op het gebruik van zelfmoordaanslagen. Uiteindelijk leiden de zelfmoordaanslagen ertoe dat de Cylon bezetters te hardhandig optreden tegen hun menselijke proefpersonen.

Terwijl Adama een gewaagde reddingsmissie plant, arriveert Sharon op New Caprica om de opstand te helpen coördineren.

Vlak na de uittocht vanaf New Caprica worden rekeningen vereffend: degenen die tegen de Cylons vochten, willen wraak nemen op collaborateurs.

Terwijl Tigh en Starbuck de ontevredenheid op de Galactica aanwakkeren, moeten de Cylons door een virus verschrikkelijke keuzen maken om hun toekomst te beschermen.

Terwijl Adama en Laura biologische wapens tegen de Cylons bespreken, wordt Baltar gemarteld door D'Anna omdat ze wil weten wie verantwoordelijk is voor het virus.

Adama bereikt het dieptepunt van zijn militaire carrière wanneer luitenant Daniel Novacek, een dood gewaande piloot, ontsnapt aan de Cylons.

Wanneer de bemanning in de boksring stoom wil afblazen, wordt de wedstrijd overschaduwd door herinneringen aan wat er op New Caprica is gebeurd.

Hongersnood breekt uit op de vloot wanneer de voedselverwerkingsmachines besmet raken. Baltar ontdekt dat D'Anna op zoek is naar spirituele verlichting.

De mogelijke ontdekking van het Oog van Jupiter leidt tot een impasse terwijl de Cylons en de mensen alles op het spel zetten om Aarde te vinden.

Wanneer een supernova de algenplaneet dreigt te vernietigen, moet het team van de Galactica sneller dan de Cylons aanwijzingen over de locatie van Aarde zien te vinden.

De gevangengenomen ex-president Baltar overleeft een zelfmoordpoging en wordt hardhandig ondervraagd aan boord van de Galactica.

Racisme, ziekte en moord zijn aan de orde van de dag. Het medische team van de Galactica probeert een epidemie af te wenden die door vluchtelingen is veroorzaakt.

De Galactica kan even op adem komen nu de dreiging van Cylons tijdelijk is afgenomen. Maar dan worden twee bemanningsleden buitengesloten door een defecte luchtsluis.

Vakbondsleiders zetten Tyrol ertoe aan om Adama te trotseren en coördineren een staking.

Kara, een elitesoldaat van de Galactica, krijgt bijna een zenuwinzinking terwijl ze vecht tegen de gevolgen van haar gevangenschap op New Caprica.

Ondanks sabotage en meningsverschillen worden aan boord van de Galactica onwaarschijnlijke verbonden gesloten terwijl de vloot de rechtszaak tegen Baltar afwacht.

De vloot vestigt de aandacht op een controversiële getuigenis wanneer de rechtszaak tegen Baltar begint.

Terwijl de rechtszaak tegen Baltar steeds verrassende wendingen neemt, worden op de Galactica nieuwe verbonden gesloten door een reeks toevallige gebeurtenissen.