Após Brennan ser acusada de assassinato, seu pai a ajuda a se esconder do FBI. Enquanto isso, Booth e o time do Jeffersonian tentam provar que o vilão e gênio da computação manipulou as evidências para implicar a antropóloga. Mais tarde, uma dica anônima leva o time até os restos mortais do conselheiro de um colégio da região, caso que pode conter a chave para provar a inocência de Brennan.

Um advogado de divórcio poderoso com um monte de inimigos é assassinado; a separação de três meses de Booth e Brennan começa a cobrar seu preço.

Depois de uma explosão em uma garagem de hotel, a equipe do Jeffersonian tenta identificar as vítimas investigando vestígios encontrados na cena do crime.

Enquanto investiga a morte de um empregado de exposição de animais, a equipe é atraída para o mundo do tráfico de animais; Brennan acha que ela seria uma boa candidata presidencial; Sweets e Daisy fazem uma mudança.

A equipe investiga a morte de uma mulher cujo corpo foi encontrado no lixo; Booth convida Sweets para ficar com ele e Brennan até que ele encontre um novo lugar.

Enquanto examinam corpos considerados não identificáveis, estagiários descobrem a identidade de um homem que morreu nos ataques terroristas de 11 de setembro.

Um casulo contendo os restos mortais de um limpador de cena do crime aparece em uma praia; Angela e Hodgins descobrem um segredo sobre Cam.

Quando um artista de rua cai em seu próprio adesivo, ele também cai em restos humanos que ficam colados ao seu corpo; Booth investiga um clube de comédia por suspeitos.

Quando uma vidente tenta ajudar o espírito de um menino cuja morte a equipe está investigando, os membros da equipe começam a questionar seus próprios sentimentos sobre a vida e a morte.

Quando a equipe investiga a morte de uma dançarina que estava prestes a fazer um teste para um programa de competição de dança, Booth e Brennan vão disfarçados como concorrentes.

A equipe investiga a morte de um arqueólogo que tinha acabado de fazer uma descoberta importante.

Quando Angela e Hodgins acordam e encontram um cadáver em seu quarto, eles acreditam que Pelant está por trás disso; contra a vontade de Booth, Angela e Hodgins iniciam sua própria investigação.

A equipe investiga quando dois corpos são encontrados na mesma sepultura; Brennan e Booth discutem arranjos pós-morte.

Quando uma patinadora derby é morta e desmembrada, Angie vai disfarçada para ajudar a resolver o caso; Cam tenta saber mais sobre as consultas hospitalares secretas de Booth.

Enquanto está no hospital após ser baleada no laboratório, Brennan luta com visões de sua mãe que desafiam sua lógica habitual.

Quando a equipe investiga a morte de um aparentemente inocente menino de 15 anos de idade, eles descobrem que ele estava envolvido em atividades ilegais.

O Dr. Oliver Wells começa a trabalhar no Jeffersonian como um novo estagiário, porém sua personalidade entusiasmada, excentricidade, inteligência e observações inegáveis começam a incomodar Brennan. Exatamente por isso, ela começa a abrir mais a mente para questões científicas. No entanto, Booth começa a se preocupar, já que ela aceita a possibilidade de uma viagem no tempo como fator importante em uma investigação de assassinato.

A equipe investiga a morte de Symchay Conteh, um jovem cujos restos mortais foram encontrados em um barril num local de despejo de lixo industrial. Eles descobrem que a vítima era um imigrante de Serra Leoa que trabalhava em diversos trabalhos de meio período para conseguir dinheiro. Enquanto a equipe se aprofunda nas investigações, Cam e Arastoo sentem que está cada vez mais difícil manter seu relacionamento em segredo. Brennan e Booth tentam decidir um lugar de destino para a viagem de férias.

Um cadáver carbonizado em uma casamata leva a uma investigação de um fuzileiro naval que foi dispensado e um grupo de sobrevivência. Enquanto isso, Sweets pode ter encontrado um novo apartamento.

Quando um corpo é encontrado enterrado em cogumelos no porão de um prédio abandonado, as pistas levam até a "Juíza Trudy", uma juíza famosa da televisão.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Jack Spindler, um funcionário bem-sucedido em uma empresa de corretagem de dia, mas de noite, um stripper. Quando a equipe descobre que a vida clandestina de Spindler afetou sua vida pessoal, eles começam a questionar as pessoas mais próximas a ele, incluindo sua amiga stripper, Storm. Enquanto isso, a mãe de Booth aparece após uma ausência de 24 anos em sua vida e faz um pedido especial à ele.

A equipe do Jeffersonian corre para prevenir um surto viral, enquanto investiga o assassinato da jornalista Mia Garrett depois de seu corpo infectado ter sido achado num lugar tóxico. Quando o vírus mutante que matou Mia infecta o estagiário Arastoo Vaziri, a única chance de salvá-lo será resolvendo o assassinato. A tensão e as emoções chegam ao ápice enquanto a equipe corre contra o tempo para encontrar o assassino - e a cura.

Quando o gênio da tecnologia Christopher Pelant volta a brincar com a equipe do Jeffersonian em sua mais recente investigação, eles descobrem uma série de assassinatos relacionados a agentes do FBI próximos de Booth. Enquanto a investigação se desenrola, Sweets percebe que as evidências parecem muito familiares para ele; e Brennan reavalia seu relacionamento com Booth, quando alguns sinais começam a apontá-lo como o potencial alvo de Pelant.