Nas últimas seis semanas Booth vem se recuperando de uma cirurgia no cérebro, Sweets finalmente o certificou como mentalmente apto para regressar ao serviço. Enquanto isso, ao ler suas cartas de tarô, o psíquico de Angela revela que existem vários corpos enterrados sob uma fonte. Booth e Brennan ficam céticos em checar isso, mas são surpreendidos quando eles encontram os restos mortais de onze corpos exatamente onde o médium disse que deveria estar.

Pedem a Brennan e Booth para investigar a morte de um homem que foi assassinado pelo conteúdo secreto de sua pasta de documentos. Eles suspeitam que cooperativas secretas estejam agindo, e sua teoria é provada correta quando eles acham o resto liquefeito de um agente da CIA no porta-malas de um carro. Enquanto isso, o novo livro best-seller de Brennan provoca tensão entre ela e Booth, e Wendell perde a sua bolsa de estudo.

Os ossos de Levi Yoder, um membro de uma comunidade Amish, é encontrado perto de uma ferrovia. Quando Booth e Brennan descobrem que Yoder era um pianista brilhante, eles acreditam que seu talento pode ter levado a sua morte. Enquanto isso, Cam passa por um momento difícil de lidar com a tornar-se um novo pai, e pede a Booth para ajudar a manter Michelle na linha.

Quando são encontrados restos humanos no local de uma festa de bloco, Brennan e Booth são chamados para investigar. Sweets é chamado para ajudar quando a política e os escândalos da vizinhança ligam todos os moradores com algum tipo de motivo. Enquanto isso, o filho de Booth, Parker, tenta encontrar uma namorada para ele.

Brennan e Booth investigam restos humanos que foram queimados em uma cerca elétrica. Brennan depois percebe que o cadáver é na verdade um egípcio mumificado que foi emprestado ao Jeffersonian para uma próxima exposição. Quando o curador de Jeffersonian, que estava preparando a múmia para a exposição, é encontrado morto, Booth e Brennan suspeitam do crime.

Restos de um criador de galinhas são encontrados na margem de um rio próximo, e Booth e Brennan são chamados para investigar. O agricultor, que foi um ativista de direito dos animais, estava prestes a herdar uma fábrica de galinhas e tinha muitos inimigos com motivo para matá-lo - deixando a equipe com um monte de suspeitos do assassinato para descobrir a verdade.

Booth e Brennan investigam o assassinato de um anão que costumava ser uma estrela de luta livre. Enquanto isso, Booth descobre que ele não é tão bom artilheiro como ele era antes de sua cirurgia, e tem dificuldade para se re-certificado pelo FBI. Dr. Gordon Wyatt também volta.

Uma agente imobiliária descobre restos humanos ao mostrar uma propriedade, e a equipe é chamada para investigar. Enquanto isso, o avô de Booth se muda com ele, e gruda nele enquanto ele está trabalhando no caso.

Booth e Brennan são chamados para investigar a morte de um jogador competitivo. O sucesso do jogador deu-lhe muitos admiradores - mas também um monte de inimigos, o que traz vários suspeitos no caso. Enquanto isso, Fisher cria laços com Hodgins e Sweets.

Booth e Brennan investigam o caso de um homem em uma fantasia de Papai Noel que tentou roubar um banco, mas foi explodido no processo. Enquanto isso, o pai de Brennan, Max, pede a Margaret, uma parente distante de Brennan, para passar o Natal com ele e Brennan.

A equipe de Jeffersonian é colocada em confinamento por um grupo de agentes do governo, que insiste que eles devem determinar a causa da morte de um cadáver não identificado. Booth, enquanto isso, penetra no laboratório, com a ajuda de seu chefe, para descobrir exatamente o que está acontecendo com a investigação secreta.

Booth e Brennan são chamados quando um esqueleto é encontrado nas trincheiras de um campo de batalha da Guerra Civil. Brennan determina que os restos mortais são de um dentista atual, mas um resíduo preso nos ossos está impedindo que a causa da morte seja determinada. Enquanto isso, o irmão de Booth, Jared, retorna com novidades interessantes.

Booth e Brennan examinam restos desfigurados que estranhamente se relacionam com o texto bíblico. Eles descobrem que a vítima era um paciente em um sanatório, e têm dificuldade em descobrir o suspeito da lista de suspeitos que eles descobrem.

Um metrô que Sweets está, descarrilha por causa de uma inundação e, posteriormente, o transbordamento releva restos humanos. Enquanto a equipe estuda os restos no laboratório, Sweets sofre de estresse pós-traumático. Enquanto isso, o lançamento do segundo livro de Brennan prova ser muito bem sucedido.

O episódio mostra o primeiro caso de Booth e Brennan por meio de flashbacks enquanto Booth e Brennan contam a história a Sweets, depois de lerem o livro escrito por ele. O primeiro caso de ambos mostra toda a incorporação da equipe no Jefersonnian. Inclusive como Angela conseguiu seu emprego. Nos flashbacks descobrimos que Brennan e Booth já se beijaram uma vez e depois disso nunca tentaram mais nada. Mas Sweets aconselha um dos dois a abrir esta oportunidade de novo, acabar com o impasse e ficarem juntos.

Booth e Brennan investigam um crânio não identificado e a parte superior do corpo na Escola Secundária de Burtonsville. Angela os ajuda a identificar o corpo como um dos colegas de Brennan, e uma possível conexão é feita a um assassinato que foi cometido há 15 anos. A fim de interrogar possíveis suspeitos, Booth e Brennan fingem que são casados em uma reunião da escola, onde ela se reconecta com seu único amigo de escola, um zelador com humor negro.

A equipe está no caso quando os restos mortais de um homem são encontrados no estômago de um tubarão-martelo. Enquanto isso, alguém novo aparece no Jeffersonian e fica envolvido romanticamente com Booth.

Um assassinato ocorre em um acampamento de rock-and-roll, e a equipe vai para investigar.

Dois corpos são encontrados na floresta - um pertencente a uma bruxa moderna, e um que tem mais de trezentos anos, que volta ao tempo dos julgamentos da bruxa de Salem. Enquanto Booth e Brennan vão para investigar o caso, Angela e Hodgins, no entanto, acabam na cadeia.

O julgamento do Coveiro - o serial killer que a equipe finalmente pegou na temporada passada - chegou, e a equipe deve trabalhar duro para encontrar provas suficientes para garantir uma condenação.

No final da quinta temporada, os restos de uma pessoa são encontrados, e a equipe vai investigar. Enquanto isso, Booth e Brennan recebem uma oportunidade única na vida, e o pai de Angela retorna.