Seis meses após os eventos da última temporada, Booth, Brennan, Christine e o novo bebê vivem uma vida de sonhos, longes das mortes. No entanto, um caso pessoal para o casal força Brennan a novamente se envolver com a análise forense de restos mortais.

Mais uma camada é adicionada ao sumiço misterioso de Booth e o estado de sua condição psicológica quando o time do FBI descobre que a agente Miller não está sendo completamente honesta, escondendo informações vitais que podem levar o time do Jeffersonian até Booth.

No primeiro dia de retorno de Brennan e Booth a suas respectivas posições no Jeffersonian e no FBI, restos mortais são encontrados em um tanque de cultivo de peixes. Logo, o time descobre que alguém retirou diversos órgãos internos da vítima antes de deixá-la na água, o que leva Angela a ir atrás de um vendedor e comprador de órgãos a fim de encontrar informações importantes para o caso.

Os restos mortais de um agente imobiliário chamado Justin Ross são descobertos em uma floresta, aparentemente destruídos por híbridos de coiotes e lobos. Para ajudá-la no caso, Brennan chama a brilhante antropóloga forense Dra. Beth Mayer.

É Halloween no Jeffersonian e o time recebe a visita surpresa da recém-formada agente do FBI, Abbie Mills, e de Ichabod Crane, que viajaram de Sleepy Hollow a fim de recuperar um corpo sem cabeça. No entanto, os restos mortais já estão sob investigação de Brennan e de seu time.

Uma dupla encontra o corpo destroçado de um senador norte-americano, o que leva Brennan, Booth e o time até o Capitólio a fim de conversar com o chefe de gabinete e a representante do partido e descobrir mais sobre este crime político.

O time investiga a morte de um artista cujo corpo é encontrado na floresta. Eles descobrem que a vítima trabalhava no Magic Palace e tinha algumas atividades secretas que renderam inimigos dentro da comunidade de mágicos.

O time investiga a morte de um jornalista político cujo corpo foi encontrado após a recente publicação de um artigo que expôs a corrupção na NSA. Devida à natureza da investigação, a paranoia de Hodgins toma conta ao mesmo tempo em que o time percebe que todos os seus passos estão sendo monitorados.

A fim de resolver um assassinato, Brennan e Booth seguem disfarçados para uma competição de tiros inspirada no Velho Oeste, ao mesmo tempo em que Angela e Hodgins discutem o futuro da família e Cam se aproxima do fotógrafo Sebastain Kohn.

O time investiga a morte de um policial, caso que reverbera tanto no Jeffersonian quanto nos times do FBI. A analista de comportamento, Leslie Green, deve trabalhar com Booth na investigação e dar sua avaliação pessoal sobre quem pode ser o responsável pela morte do policial.

Hodgins está há oito semanas em reabilitação para sua paralisia e forçado a levar a vida em uma cadeira de rodas. Enquanto isso, Brennan e Booth investigam a morte de um defensor público que tinha vários réus de processos anteriores com motivos para matá-la.

A equipe investiga um corpo encontrado em um acidente de carro, cujos restos pertencem a um dos fundadores de uma organização de direitos dos homens que pode ter sido vítima de abuso doméstico. Enquanto Brennan descobre mais sobre os princípios dessa organização da vítima, que defende que os homens brancos de meia-idade são oprimidos e as feministas odeiam homens, Brennan perde a calma durante um interrogatório com o co-fundador da organização. Enquanto isso, Angela e a equipe lutam para lidar com amargura de Hodgins na cadeira de rodas e Booth está convencido de que Brennan traz azar ao Philadelphia Flyers.

Os Jeffersonian investigam o corpo em decomposição de um assistente social no parque, mas as evidências sugerem que o assassino vivia com o corpo durante meses antes de despejá-lo. As coisas ficam ainda mais complicadas quando eles estabelecem similaridades com outros restos mortais encontrados, que ligam as vítimas a um serial killer com interações sinistras sobre os corpos de suas vítimas. Booth e Aubrey consultam com a analista comportamental Karen Delfs para ajudar nas pistas para identificar o assassino, enquanto Cam tenta determinar o que (e quem) ela quer em sua vida romântica.

Os Jeffersonian investigam o assassinato de um criminoso condenado que havia sido liberado para uma casa de recuperação, e um suspeito no caso tem ligação com Booth. Enquanto isso, Brennan testemunha em uma audiência do FBI sobre as circunstâncias de seu ataque a um suspeito desarmado em um caso anterior, e o resultado da audiência pode levar à sua suspensão e impedi-la de trabalhar com o FBI. O primeiro beijo de Aubrey e Jessica é adiado novamente, e Hodgins continua afastando Angela.

A equipe investiga a morte do líder do grupo masculino de canto da University Lynwood, "The Whippersnaps", cujo corpo foi encontrado no laboratório de ratos da universidade. A vítima havia recentemente expulso Ian Jansen, um dos melhores cantores do grupo, o que faz Booth e Aubrey questionarem Ian e outros membros atuais do grupo masculino e algumas estrelas do grupo feminino, para entender a dinâmica dos grupos e ver o que poderia ter causado a morte de um dos cantores. Enquanto isso, informações surpreendentes sobre a experiência de Aubrey na universidade são reveladas; Hodgins se inscreve em um estudo experimental de regeneração de nervo; Booth tenta planejar uma viagem de verão com Parker; e um novo estagiário se junta ao laboratório Jeffersonian.

Um estudante universitário bêbado descobre o cadáver de um agente do serviço secreto pouco antes de uma visita presidencial à área. Booth procura o agente do Serviço Secreto e antigo colega Brandt Walker para obter informações, mas se surpreende ao descobrir que o Serviço Secreto tem receio sobre o envolvimento de Booth no caso. A equipe descobre evidências chocantes que aumentam a gravidade do caso, fazendo Booth assumir uma postura ainda mais séria. Enquanto isso, Brennan está doente com gripe e o ex-estagiário Dr. Colin Fisher retorna ao Jeffersonian para liderar o caso, mas Brennan se recusa a ficar de fora.

Para produzir um segmento de televisão no laboratório médico da Jeffersonian, uma equipe de documentário acompanha Brennan, Booth e a equipe Jeffersonian / FBI em um caso "típico", enquanto eles investigam um cadáver encontrado em um aterro que foi enterrado há mais de uma década. A câmera captura cenas que normalmente não são vistas da equipe no trabalho, enquanto os comentários de cada um dos membros da equipe fornecem um olhar privilegiado sobre a investigação, enquanto Booth e Aubrey revelam suas habilidades na prática, e Brennan e sua equipe provam como seus conhecimentos são de importância essencial para resolver os casos de assassinato.

A morte de um jogador de hóquei profissional é investigada após seu corpo sem cabeça ser encontrado em um rio. O amor de Booth ao esporte é bem-vindo ao caso, mas também o reúne- a um antigo rival. Enquanto isso, Hodgins e Oliver competem para construir um drone para recuperar a cabeça da vítima; e Brennan e Booth tentam deixar a casa organizada e sem desordem.

Os restos mortais de um bilionário explorador são descobertos na Antártida 10 anos depois que ele desapareceu, e o Dr. Clark Edison do Jeffersonian acaba na lista de suspeitos de assassinato já que ele era um membro da expedição. Enquanto isso, Cam entra em confronto com sua irmã quando ela chega à cidade para ajudar com os seus planos de casamento.

A equipe investiga um corpo encontrado em uma usina de reciclagem de vidro com um diamante alojado em sua mandíbula. Inspector Rousseau chega com uma acusação contra o Marquês De Chaussin, que se revela ser o marido da vítima e vive em Virginia. Enquanto isso, Booth descobre que sofre de uma doença ocular temporária, e Hodgins acha que está sendo seguido por um fantasma.

A busca pelo Mestre de Marionetes, um serial killer que transforma suas vítimas em marionetes, continua, mas Brennan não consegue deixar de se sentir culpada por não ter capturado o agressor durante seu tempo afastada do trabalho.