W pogoni za statkiem Maquis w rejonie kosmicznym znanym jako "Badlands", kapitan Kathryn Janeway i jej załoga na pokładzie Voyagera i statku Maquis są przeniesieni 70 000 lat świetlnych od domu do niezbadanego regionu galaktyki znanego jako Kwadrant Delta.

Gdy członkowie załogi Maquis zaczynają integrować się z załogą Gwiezdnej Floty, Voyager zostaje uwięziony w osobliwości kwantowej.

Po trafieniu przez falę uderzeniową niszczącej eksplozji całej planety, Voyager bada. Podczas gdy na powierzchni Janeway i Paris są przypadkowo "przesunięci" pewnego dnia w przeszłość.

Podczas misji wyjazdowej w poszukiwaniu kryształów dilitu, Neelix zostaje zaatakowany, a jego płuca są chirurgicznie usuwane przez chorobliwą rasę kosmitów zwaną Vidiianami. Jego jedyną nadzieją na przetrwanie jest to, że załoga Voyagera może je odzyskać.

Odkrycie tunelu czasoprzestrzennego prowadzącego do kwadrantu alfa uszczęśliwia załogę, jednak ich jedynym kontaktem w zasięgu jest sceptyczny i paranoiczny Romulanin.

Tom Paris jest oskarżony o morderstwo, którego twierdzi, że nie popełnił. Jego wyrok: ma na nowo przeżywać kilka ostatnich chwil życia ofiary co 14 godzin poprzez przeszczepienie pamięci.

Podczas badania pasu asteroidów zawierającego nowy element, Harry Kim zostaje wciągnięty do "wakuoli podprzestrzennej" i zamieniony w martwe ciało. Wkrótce po ożywieniu ciała, załoga dowiaduje się, że pas asteroid jest cmentarzyskiem obcej kultury, która transportuje swoich zmarłych w przekonaniu, że ewoluują w wyższy stan świadomości. Pojawienie się Harry'ego na ojczystym świecie zaczyna rodzić pytania o istnienie ich życia po śmierci.

Harry Kim odkrywa zaawansowaną technologię, gdy rasa kosmitów znana jako Sikaran oferuje urlop załodze Voyagera. To wysłałoby Voyagera 40 000 lat świetlnych bliżej domu, jednak "Kanon Prawa" Sikariana zabrania im dzielenia się swoją technologią z kimkolwiek.

Kiedy ukradziona technologia Federacji zostanie znaleziona na poważnie uszkodzonym statku Kazon Nistrim, Seska staje się głównym podejrzanym. Dowody są dodatkowo wzmacniane, gdy pojawiają się pytania dotyczące jej prawdziwego dziedzictwa.

Harry Kim znika z hologramu podczas swojej holo-powieści "Beowulf". Według znaków, zmarł z rąk mistycznej bestii znanej jako "Grendel". Kiedy znikną również Chakotay i Tuvok, Doktor zostaje przeniesiony na holodeck, aby zbadać sprawę.

Po tym, jak Chakotay i Tuvok zostali ranni w wypadku promu, niepocieszająca życie forma zaczyna siać spustoszenie w Voyagerze, infiltrując umysły załogi i zmieniając systemy statku jeden po drugim.

Vidiianie zdobywają Parisa, Torres i Durst podczas misji wyjazdowej. Torres zostaje zabrana do laboratorium i "rozszczepiona" na dwie osoby: jedną ludzką i jedną klingońską.

Człowiek, który zaprojektował broń, która zniszczyła całe życie na księżycu jego ojczystego świata Neeliksa, w tym również życia jego rodziny, diagnozuje u Neeliksa śmiertelną chorobę.

Aby zaprowadzić zbuntowanych członków załogi Maquis, Tuvok zapewnia im kurs zderzeniowy Akademii Gwiezdnej Floty.