W pogoni za statkiem Maquis w rejonie kosmicznym znanym jako „Badlands”, kapitan Kathryn Janeway i jej załoga na pokładzie Voyagera i statku Maquis są przeniesieni 70 000 lat świetlnych od domu do niezbadanego regionu galaktyki znanego jako Kwadrant Delta.

Gdy członkowie załogi Maquis zaczynają integrować się z załogą Gwiezdnej Floty, Voyager zostaje uwięziony w osobliwości kwantowej.

Fala uderzeniowa zderza się z Voyagerem. Budzi to Kes z potwornego koszmaru. Badając sytuację, okazuje się, że źródłem wstrząsu była planeta mogąca być zamieszkiwana przez istoty humanoidalne. Wszystko wskazuje na to, iż było na niej życie, dopóki nie nastąpił bliżej nieokreślony ogromny wybuch. Janeway i Paris zostają przeniesieni w przeszłość — do chwili na kilka godzin przed eksplozją. Muszą znaleźć sposób, aby zapobiec katastrofie, inaczej także w niej zginą.

Neelix kieruje załogę do planety przypuszczalnie bogatej w Dilithium, ale podczas badań z dala od zespołu, zaatakowany zostaje przez podobnego do człowieka obcego, który chirurgicznie usuwa jego płuca. Rasą, na jaką się natknął okazują się być Vidiianie. Załoga musi odzyskać narządy oddechowe Neelixa, nim będzie dla niego za późno. Ale Vidiianie, nie jest zbyt skłonni do współpracy.

Voyager natrafia na mgławicę, bogatą w mnóstwo niezbędnych Voyagerowi surowców. Kapitan postanawia ją zbadać, gdyż chce uzupełnić zapasy energii i statek zostaje zbombardowany przez kuliste twory z mgławicy, które niszczą kadłub Voyagera. Wkrótce Doktor i B'Elanna dochodzą wspólnie do wniosku, iż twór, w który wlecieli, wcale nie był mgławicą...

Załoga znajduje malutki tunel podprzestrzenny prowadzący do Kwadrantu Alfa. Nie uda się przez niego przelecieć, gdyż jest zbyt mały. Próbują nawiązać kontakt z Gwiezdną Flotą.

Kim i Paris odwiedzają rodzinną planetę Banean. Tam spotykają się z uczonym, Tolen Ren, z zamiarem przedyskutowania potencjalnych naukowych postępów, które mogą pomóc Voyagerowi znaleźć szybszą drogę z powrotem do przestrzeni Federacji. Uczony zostaje zamordowany, a oskarżony o zabójstwo zostaje Tom Paris. Zostaje więc ukarany — regularnie przeżywa ostatnie chwile domniemanej ofiary. Tylko Tuvok może być w stanie udowodnić niewinność Parisa i uratować go od śmierci w męczarniach.

Podczas badania nieznanego asteroidu Chakotay, Kim i B'Elanna natykają się na cmentarz obcej rasy Vhnori. Po śmierci Vhnori, ich ciała są osadzane na asteroidzie przez tunele podprzestrzenne. W czasie badań Kim zostaje wciągnięty przez jeden z tych tuneli i trafia na rodzinną planetę Vhnorich.

Załoga Voyagera odpoczywa na planecie Sikarian. Jej mieszkańcy to niezwykle gościnny lud, który uwielbia opowieści o historiach innych planet i podróżach ich gości. Załoga, odkrywa tam niezwykłą technologię, która może skrócić podróż Voyagera. Trajektor przestrzenny, który pozwala teleportować się na odległość do 40.000 lat świetlnych. Jednak tubylcy nie są zbyt skłonni do dzielenia się swoją techniką.

Podczas zbierania żywności na nieznanej planecie, Voyager dostaje wezwane o pomoc od okrętu wojennego Kazonów, tego samego, który Voyager wykrył jakiś czas temu na orbicie planety klasy M. Na pokładzie załoga odkrywa ślady spustoszenia wywołanego technologią Federacji. Zniszczeń dokonał sprzęt federacyjny pochodzący z Voyagera. To może oznaczać tylko jedno — ktoś z załogi zdradził...

Spędzając czas na holodeku Harry Kim, a za nim Chakotay tajemniczo znikają z pokładu Voyagera. Dziwne jest jednak to, że po zaginionych nie ma śladu, a w holodeku zdecydowanie dzieje się coś jeszcze dziwniejszego. Doktor, jako że jest hologramem, zostaje wysłany na swoją pierwszą misję do holodeku, aby dowiedzieć się, co się stało. Program to starogermańska opowieść o Beowulfie, który musi pokonać potwora przychodzącego po zmroku i mordującego ludzi. Jak się okazuje potwór ten, nie jest wcale hologramem.

Na Voyagera powraca ciężko uszkodzony prom z rannymi Tuvokiem i Chakotayem na pokładzie. Stan Chakotaya jest krytyczny. Dzienniki pokazują, że do wypadku doszło podczas badania czarnej mgławicy. Wkrótce na pokładzie Voyagera dochodzi do dziwnych wypadków. Po tym jak jego prom zostaje zaatakowany przez nieznanych obcych, Chakotay jest w stanie bliskim śmierci, a niektórzy członkowie załogi zaczynają chwilami tracić kontrolę nad swoimi działaniami.

Podczas misji zwiadowczej B'Elanna, Paris i porucznik Peter Durstnie dostają się w ręce Vidiian. Uczony Sulan chcąc uzyskać lekarstwo na gnębiącą ich chorobę, rozdzieli Torres na dwie różne osoby — czystej krwi Klingonkę i całkiem normalną Ziemiankę. Wierzy on bowiem, że jedynymi odpornymi na tę chorobę są Klingoni.

Kilku Maquis ma problem z przyzwyczajeniem się do zasad Gwiezdnej Floty. Tuvok składa raport o złamaniu przez nich protokołu floty i razem z Chakotayem i Janeway wpadają pomysł obozu treningowego, który przybliżyłby byłym Maquis zasady obowiązujące w Gwiezdnej Flocie. Muszą przejść przyśpieszony trening, a Tuvok zostaje ich trenerem.