被困于德尔塔象限的航海家号船员面临重新调配，查克泰推荐自己的船员贝拉娜·朵芮斯担任轮机长，但她因为天生的暴脾气和其他人相处不融洽（时不时打断别人鼻子），令珍妮薇不得不暂缓工作调配。航海家号途经一处黑洞时，接受到不明飞船的求救信号，珍妮薇下令前往黑洞附近展开救援，但船员们不仅没有发现所谓的遇难飞船，反倒是航海家号自己被困在了黑洞的视界之中。为了脱困，珍妮薇和贝拉娜一同驾驶穿梭机为航海家号引导方向，这给了珍妮薇检验贝拉娜实力的一个机会。

航海家号进入了一片星云以收集 θ 粒子作为燃料，后来却发现这片星云是一个活的有机体，而他们的收集过程损害了这个生命体的身体结构，凯瑟琳接受医生的建议，冒险用航海家号船身作针给其作缝合术。

航海家号在一颗小行星内部发现了一种新的元素，当他们传送到其内部查看时才发现这里原来是一座墓地，那种新元素是尸体腐化的产物，为了不打扰逝者，查克泰等人打算离开，但是临走之前，一种异常的空间泡现象吸走了哈里·金，他被传送到了一颗深信转世说星球上的棺材里，而棺材里原有的“尸体”则被传送到航海家号上，原来那个空间异常便是所谓的转世，而哈里被当地人当成了“从另一个世界回来的人”为了尽快返回航海家号，哈里和船员们两头分工，试图揭开转世之谜。

金哈里在全息甲板上体验史诗《贝奥武夫》时离奇失踪，随后去寻找他的杜沃克和查克泰也意外失踪，贝拉娜调查认为全息甲板上存在一处故障，会把所有接触该区域的人从物质转化成能量。为了救出三名船员，大家把希望放在了唯一不会变成能量的人——医生身上，于是，医生开始了他的第一次“外遣”任务，然而发现的结果却令他大吃一惊，有一种光子生物进入了航海家号。医生放出了先前捕捉到的生物，所有人都得救了。

与泰莱克斯人爆发种族战争的哈康尼亚人的一员找到了航海家号，这让尼利克斯感到不安，因为他的家人都是被哈康尼亚人杀害的。

查克泰独自一人驾驶穿梭机离舰纪念他父亲的忌日，不料误入卡松-尼斯楚人的领空，按照习俗，一名卡松少年驾驶飞船前去刺杀查克泰作为成人礼的仪式，查克泰费尽周折击毁飞船，并抓住卡松少年，在和他的相处过程当中，两人有了一定了解。查克泰还是被卡松人抓住，卡松首领命令他杀掉卡松少年——因为他未能完成自己的成人仪式，查克泰临机应变，挟持首领，带着少年驾驶穿梭机向一颗月球逃难，少年和查克泰成了朋友，少年在关键时刻保护了查克泰……

一种生活在太空的生命形式让凯丝进入了奥康帕人的性成熟期，这为她与尼利克斯的关系平添不少压力。

一个外星人让航海家号上的船员产生了幻觉，只有凯丝和医生能对其免疫。

卡松-尼斯楚派偷走了航海家号上的一个传送器模块，企图兼并其他的卡松宗派。

为了让航海家号船员苏德尔的不良情绪得到压制，杜沃克与他进行了心灵融合。但是这对杜沃克产生了副作用……

船员们遇到了一个企图终结自己不朽生命的Q连续体成员。

医生帮助了一名被噬菌感染的维汀女性，医生后来维汀女性相爱了。

航海家号驶近一颗遭遇生态危机而进入冰河期的星球，船员们发现当地住民通过低温冬眠使自己躲避危机，但不知什么原因，预设的复苏时间早已超过，而里面的人却没有被唤醒。当恒温仓被传送上飞船后，船员们更是惊讶地发现，这些人在冬眠状态下大脑似乎受助梦系统影响，处于极度恐惧的状态，有的人甚至因为惊吓而死，为了找出原因，哈里和贝拉娜进入机器冬眠，却发现计算机里产生了一个代表着恐惧的小丑在不断地折磨着人们。

西斯卡与卡松人夺取了航海家号的控制权，并将她的船员放逐在一颗原始的行星上。船员们想尽一切办法生存……

在航海家号遇到一团17级的巨型星云后，杜沃克开始感受到身体不适，甚至出现一段奇怪然而真实的幻觉，医生认为那段幻觉可能是被抑制的记忆，星云的形象刺激大脑将其再现，他建议通过心灵融合将记忆完全释放，珍妮薇自愿担当融合对象，然而当珍妮薇进入杜沃克的记忆中时，她看到的并非幻觉，而是光苏鲁上校——这是杜沃克年轻时在联邦星舰精进号上服役的记忆！

贝拉娜经历了奇怪却逼真的梦境。

珍妮薇必须阻止一名20世纪的企业家驾驶时空舰前往29世纪，否则29世纪的太阳系将会被摧毁。与此同时，航海家号得到了一位20世纪但女天文学家的帮助……

开展外交活动的珍妮薇和尼利克斯返回航海家号，却发现船上似乎遭受外星生物袭击，船员集体失踪，在珍妮薇尚摸不着头脑的时候，尼利克斯又失踪了，孤身一人的珍妮薇抄起武器，一路击杀外星生物，前往医务室找到医生，原来，航海家号响应了一处爆发病毒的采矿殖民地的呼救，这种病毒会通过叮咬生物而逐渐变大，成长为巨型病毒，不幸的是，乘着医生返回航海家号的功夫，这种病毒也跟着溜上来了……医生和珍妮薇使用全息的虚拟人来吸引这种病毒，并消灭了它们。

沃里克经历了庞发，他向一同工作的贝拉娜求爱。贝拉娜被传染了……他们在探索一颗星球时发现这里有及其隐蔽的外星人，自称在一次惨烈的攻击后躲了起来……最后，决斗解决了沃里克的问题，并且人们发现攻击这颗行星的是——博格。

在未来凯丝死后不久，她开始逆时间旅行。医生使用了生物时空舱稳定了凯丝。

船员们被莫名其妙的疾病所困扰，而一群看不见的入侵者正在近距离地观察他们。珍妮薇冒死冲进了脉冲双星系统来甩掉他们……

朵芮丝在访问一个心灵感应种族居住的世界时被逮捕，罪名是暴力的思想。

医生的程序经由一个外星人的通讯网络而发送到了位于阿尔法象限的实验星舰普罗米修斯号上，但却发现星舰被罗慕伦人占领了。只有他和那艘船的紧急医疗全息程序能重新夺回船的控制权。

航海家号营救了一名希罗吉恩人，他告诉船员他的猎物逃跑了。这个猎物是8472种族的，珍妮薇决定将这名8472送回液态空间……

一艘隐形飞船的外星女性想要见查可泰，并要求航海家号为她提供庇护。

航海家号要穿过一片布满致死辐射的星云，这迫使除了九之七外的所有船员都要进入休眠状态。而在医生掉线后，九之七必须面临孤身一人的境遇，她因害怕产生了幻像。就在九之七极端害怕时，飞船成功通过了星云……

医生的移动全息发射器在一次传送过程中被损坏了，九之七拿走修理，却不慎将博格纳米探针与发射器融合，创造了一名拥有29世纪科技的博格个体——小一。怎么处理这个博格人成为了船员们头疼的问题。最终珍妮薇决定坦诚对待小一，并成功让他融入到了船员中去。博格人接受到小一无意中发出的信号，他们觊觎29世纪的科技，企图拦截航海家号，刚刚才明白友情的小一为了拯救朋友们，毅然牺牲自己的生命……

纳奥米·怀德曼的母亲在外勤任务中受伤，三个外遣队员被埋在了岩石下，尼利克斯因此负责照看纳奥米。纳奥米是一个非常敏感的小孩，几次差点发现其他船员为她隐瞒真相。后来纳奥米明白了真相，她很伤心，尼利斯在全息甲板找到了她。后来救援队挖开了岩石，把外遣队员救了出来。

汤姆·派里斯无视命令，执意干涉一颗水行星上的世界。

杜沃克与派里斯迫降在位于异像中的一颗行星，那里的时间相对于外面流逝极快。他们遇见了一名叫诺丝的女性。在亚空间马上就要封闭时，航海家号成功传送了他们出来。

珍妮薇计划从一艘受损的博格球体上盗取一个超曲速线圈，来减短回家的旅程。

计划实施时，九之七重新加入了集合体。她来到了女王身边工作，因为博格需要她这种独一无二的特质。后来珍妮薇乘坐德尔塔飞船使用超曲速找到了这儿，救出了九之七。

查可泰为了通过幻象探索与外星人取得联系，而躺在了医务室中。

航海家号被某种族的船舰追逐，而一个名叫智囊团的外星人团体愿意向她提供帮助。但是一切都是由这个智囊团引起的。

珍妮薇在和尼利克斯闲聊历史时回忆起她的一位祖先，来自印第安纳的香农·奥唐奈，她曾在千禧年除夕夜的最后一刻说服一位钉子户——亨利·珍妮薇拆除自家书店，为世纪工程千禧门的建设铺平道路。这次谈话竟然激发了船上所有人探寻历史的兴趣。

航海家号接收到来自同样被困于德尔塔象限的分节号的求救信号后，立刻赶往救援，他们发现分节号此刻正遭受某种不明生物的攻击，损失惨重。航海家号及时将护盾延伸，保护了分节号。两艘船的船员们相互介绍后立刻着手开始修复工作，但九之七发现了一些疑点，分节号船长兰森似乎故意污染船上的实验室，阻止他人进入，他对船上系统的奇怪“改进”也没有作出任何解释。同样感到困惑的珍妮薇派出医生进入分节号实验室，却发现了一个惊人的事实：分节号船员正试图屠杀外星生物，并从他们身上提取能够加快航行速度的燃料。

贝拉娜的穿梭机遇到一场离子风暴后经历了一次濒死体验：她发现自己和母亲身于克林贡“死亡之舟”中，并正向克林贡的地狱漂去，就在她想弄清楚发生了什么事的时候，医生唤醒了她。但摆脱死亡的贝拉娜依然惴惴不安，因为根据克林贡传说，她的母亲将进入地狱为不信奉克林贡信条的自己抵罪，贝拉娜决定让医生重现濒死体验，去死亡之舟上救出母亲。

汤姆·派里斯买下了一艘外星穿梭机，将其命名为“爱丽丝”，结果派里斯在检查过程中被爱丽丝的程序控制，开始不务正业，整日沉迷于修理穿梭机。贝拉娜试图查明事情真相却险些被爱丽丝杀害，珍妮薇下令彻查事件，结果派里斯私自驾驶爱丽丝出逃，飞向了一个危险的天体：粒子喷泉。

在对航海家号上的数据进行同化吸收后，九之七开始怀疑这艘船并非是因为意外而来到第四象限的，她找到查克泰，告诉他航海家号的遭遇可能是星际舰队的阴谋，之后又联系珍妮薇，说马奇游击队策划了守护者的意外，令两人互相猜忌对方，好让九之七能够达成自己的目的……

九之七与杜沃克在登陆享受假期的时候被绑架，杜沃克重伤，为了帮助他治疗，九之七不得不同意参加一场格斗比赛。在比赛期间，一位已经被绑架并参与比赛19年的希罗吉恩人主动指导九之七格斗技巧及制胜诀窍，两人结下深厚友谊。但是在决赛来临时，九之七惊讶的发现自己的对手正是那位希罗吉恩人，并且对方希望九之七在格斗中结束自己的生命。

德尔塔飞艇被一群博格儿童占领，查可泰、金、派里斯与尼利克斯全部成了俘虏。

一名死去的船员重新出现，并声称自己是被一名收养她的外星人复活的。

驾驶德尔塔飞艇坠毁在一颗青铜文明星球上的朵芮斯因为冲击而昏迷不醒，同行的哈里·金则乘坐逃生舱失踪。一位剧作家发现了朵芮斯和德尔塔飞艇，他根据飞艇上的日志记录来创作剧本，并将朵芮斯视作灵感女神。朵芮斯一开始并不情愿，但她得知作家正试图通过戏剧表演劝说一位诸侯停止战争，便决定帮助他完成最终的结局。

一个很老但很强大的凯丝回到了航海家号上，企图改变自己的过去。

在零号分部这个虚拟世界中，博格个体不必成为博格集合体的一部分，不会遭受生物力学的影响，也无需经历皮层植入。珍妮薇、贝拉娜与杜沃克渗透进一艘博格方块中，解救出能感受到自己个性的博格个体。

一个外星小偷把医生的程序偷走并卖给了一家外星医院，迫于压力和希波拉底誓言，医生只好留下来救治病患。很快，他发现这里的社会受到一台计算机的控制，根据人们的地位、可能的社会贡献进行评估，把人们被分为不同的阶级，发明人——也是这里的实际控制者声称是为了节约社会资源。这里的很多人都患有疾病，需要一种特殊药物治疗，大多数人因为等级不够，无法获得足够的治疗而死去，而等级高的人他们可以享受挥霍不完的药物，医生受到良心的谴责，决心改变这里的一切……

一艘外星飞船在一次袭击中失去了指挥官，哈里·金开始指挥这艘船。

希罗吉恩人改进了航海家号送给的全息技术，并导致了一场全息人物的叛乱。

航海家号从一艘受损的外星飞船中救出了一群罪犯。

航海家号的船员被洗脑，并在一颗工业行星上开始了新的工作。只有查可泰、金、尼利克斯与医生可以救他们。

Q把他的儿子（Q2）留在了航海家号，让他向船员们学习。

九之七与查可泰被困在了一颗有原始人的行星上。

来自未来的凯瑟琳·珍妮薇中将带来了25世纪的先进技术，带领航海家号进入了一个星云，欲借博格超曲速枢纽返回地球。珍妮薇舰长否决了这一计划，并想给博格一个重重的打击。

珍妮薇中将决定牺牲自己，来做到一举两得。航海家号终于与博格人摊牌，两位珍妮薇执行了一项冒险的计划，珍妮薇中将被同化后释放了病毒，在瘫痪掉博格人的同时利用他们的超曲速通道重返地球。