分节号船员叛变，他们在兰森的带领下劫走了九之七，还破坏了航海家号的护盾系统，令航海家号暴露于外星生物的攻击之下，幸好损失不大。珍妮薇怒不可遏，认为兰森触犯了她竭力维护的所有信仰，发誓要抓住这个凶手，并开始不惜一切代价追捕分节号。查克泰一边努力稳住珍妮薇的情绪，另一边试图联系最初帮助分节号接触神秘外星生物的安卡利人。另一边，想方设法从九之七身上套取情报的兰森开始对自己所做的一切感到悔恨，当他打算向航海家号投降自首时，却遭遇了一场意料之外的兵谏。

三名与九之七的过去有关联的博格个体暗中登上航海家号，试图访问九之七的记忆，被九之七发现并拦下。船员们审问了这些博格个体，原来，在几年前一次意外中，九之七和这三个个体被困于一颗星球上，虽然最后他们被集合体救回，但不知何故，那三名个体被连接成了一个子集，能够相互感应对方的思维，他们恢复了人性，并达成共识，一起设法脱离集合体，寻找九之七，试图从她身上搞清楚连接是如何形成的，以及如何解除。

贝拉娜的穿梭机遇到一场离子风暴后经历了一次濒死体验：她发现自己和母亲身于克林贡“死亡之舟”中，并正向克林贡的地狱漂去，就在她想弄清楚发生了什么事的时候，医生唤醒了她。但摆脱死亡的贝拉娜依然惴惴不安，因为根据克林贡传说，她的母亲将进入地狱为不信奉克林贡信条的自己抵罪，贝拉娜决定让医生重现濒死体验，去死亡之舟上救出母亲。

医生为自己的程序中加入做白日梦的功能，但外星人却借此入侵了他的程序，利用他收集情报并策划一次袭击。

汤姆·派里斯买下了一艘外星穿梭机，将其命名为“爱丽丝”，结果派里斯在检查过程中被爱丽丝的程序控制，开始不务正业，整日沉迷于修理穿梭机。贝拉娜试图查明事情真相却险些被爱丽丝杀害，珍妮薇下令彻查事件，结果派里斯私自驾驶爱丽丝出逃，飞向了一个危险的天体：粒子喷泉。

从一次外交任务返航的杜沃克被一名隐形的入侵者攻击，并受到了神经上的损害，要救治他就必须找到武器原型。航海家号联系附近星球的大使寻求帮助，得知此事是一个极度封闭且妄想的种族所为。在一位专门研究该种族的外交人员帮助下，珍妮薇下令搜索这群外星人。而为了让杜沃克恢复正常，尼利克斯也绞尽脑汁去帮助他。

航海家号发现了一处能够加快航行速度的亚空间通道，但其持有者拒绝提供帮助，并攻击航海家号。航海家号迫降在了一颗处于核冬天行星上，他们在那里的地下意外发现了亚空间通道的建造者——一群战争遗民，他们自900年前战败后就一直处于低温休眠状态。

九之七帮助船员躲避了大规模亚空间能量的冲击，而这些能量中却包裹着一艘古老的地球飞船——战神四号，这是一艘在2023年发射到火星的载人飞船，途中遭遇异象，连同指令长约翰·凯利一同失踪。航海家号在遭遇故障后受损，崇拜凯利的查克泰主动请缨登陆战神四号，但同行提供技术援助的九之七对此冷淡，认为战神四号只是一艘过时的飞船，没有任何实际意义。战神四号的回收过程不如想象中的顺利，德尔塔飞船严重受损，查克泰受重伤，九之七不得不前往战神四号上回收可用于修理的零件，她发现战神四号进入异象后约翰·凯利还活着，并且一直在作努力探索异象，同时寻找回家的路，影像日志记录下了这位英雄的最后时日：不馁的精神和不懈的努力，令九之七深感震撼。

在对航海家号上的数据进行同化吸收后，九之七开始怀疑这艘船并非是因为意外而来到第四象限的，她找到查克泰，告诉他航海家号的遭遇可能是星际舰队的阴谋，之后又联系珍妮薇，说马奇游击队策划了守护者的意外，令两人互相猜忌对方，好让九之七能够达成自己的目的……

雷金纳德·巴克利为了联系上航海家号的船员而模拟了飞船的全息程序，却再次对全息人物上了瘾。

哈里·金与汤姆·派里斯在全息甲板创造了一处爱尔兰的村落晴港，并通过了一个全天候开放协议，让船员们随时能进来歇脚，前来凑热闹的珍妮薇意外对其中一个角色一见钟情。

航海家号被困在了一颗行星的轨道上，而时空上意外出现的差动让航海家号上的几秒钟就相当于该行星上的几年，航海家号见证了这个星球上文明的成长，而这颗星球上的人民也奉航海家号为神灵。最终，在一名试图登陆的外星宇航员的帮助下，航海家号终于成功脱离轨道。

航海家号上来了一批极度封闭、自负的客人，他们的飞船因为航海家号的扫描而受损，船员们只能给他们提供援助，这些外星人一上船就吹胡子瞪眼，吹毛求疵，对航海家号上的所有东西都看不上眼，医生在给他们治疗时，无意中哼起了《I've Been Working on the Railroad》的小调，立马吸引了这批外星人的注意，原来他们的文明中只有科学而没有艺术，因此觉得医生的歌奇妙，他们邀请医生去表演，结果默默无闻的医生一下子变成了万世巨星，一发不可收拾，他开始荒废工作，甚至打算向珍妮薇递交辞呈，留下来继续表演。不过就在他打算离开航海家号的时候，这群木头木脑的外星人作出了一件令他意想不到的事。

查可泰、汤姆·派里斯、哈里·金与尼利克斯在完成一次外勤任务后开始经历奇怪的幻觉，觉得自己身处于战场之中，珍妮薇让三个人坐在一起，试图复原出幻觉中的场景，经过拼凑后，发现那是一段外星战争中的大屠杀的记忆，为了证实三人并没有参与屠杀，珍妮薇下令驶向任务区域，结果航海家号半数船员眼前也浮现出了这段记忆……

九之七与杜沃克在登陆享受假期的时候被绑架，杜沃克重伤，为了帮助他治疗，九之七不得不同意参加一场格斗比赛。在比赛期间，一位已经被绑架并参与比赛19年的希罗吉恩人主动指导九之七格斗技巧及制胜诀窍，两人结下深厚友谊。但是在决赛来临时，九之七惊讶的发现自己的对手正是那位希罗吉恩人，并且对方希望九之七在格斗中结束自己的生命。

德尔塔飞艇被一群博格儿童占领，查可泰、金、派里斯与尼利克斯全部成了俘虏。

在不间断地运行了爱尔兰村庄的全息程序后，程序出现了问题。村民能够注意得到船员们对全息程序下达指令并作出修改，他们开始把航海家号的船员们当成了来世精灵，并打算将他们赶出晴港。

伊琪布的家人找到了，尽管很不愿意，但船员们和伊琪布本人都不得不接受他必须离开航海家号，回到父母身边的事实，其中反应最激烈的是九之七，她想方设法要让伊琪布留下来，但似乎希望渺茫，但就在她打算接受现实的时候，梅萨蒂不经意间说出了伊琪布被同化时的一个细节，令九之七大感吃惊。

三名效率低落的船员与珍妮薇一同去执行任务。

航海家号不停遇到向他们索要赔偿的人，珍妮薇经过调查发现，原来几周之前尼利克斯和派里斯出外遣时遇到了两个“修道士”，他们乘人不备，盗走了德尔塔飞艇上的数据库，并化装成珍妮薇和杜沃克的模样，四处招摇撞骗，弄走了这个星域的大量资源，又气又好笑的珍妮薇指使船员抓住这帮江湖骗子，恢复航海家号的名誉。

驾驶德尔塔飞艇坠毁在一颗青铜文明星球上的朵芮斯因为冲击而昏迷不醒，同行的哈里·金则乘坐逃生舱失踪。一位剧作家发现了朵芮斯和德尔塔飞艇，他根据飞艇上的日志记录来创作剧本，并将朵芮斯视作灵感女神。朵芮斯一开始并不情愿，但她得知作家正试图通过戏剧表演劝说一位诸侯停止战争，便决定帮助他完成最终的结局。

一个很老但很强大的凯丝回到了航海家号上，企图改变自己的过去。

探路者计划使用脉冲器与MIDAS阵列，让航海家号每32天就能接受并回复数据流。

在航海家号穿过一片星云时，星舰的主电源需要被关闭，这让尼利克斯变得焦躁不已。

珍葳发现可以分裂博格的机会，九之七则造访一处虚拟世界，当地的个体能够短暂保留自己的个性。