航海家号在穿越一片布满θ射线的黑暗空域时丢失了能量。这一切都源于一个种族污染了这个空域，而这个空域的生命受到了致命伤……

医生的移动全息发射器在一次传送过程中被损坏了，九之七拿走修理，却不慎将博格纳米探针与发射器融合，创造了一名拥有29世纪科技的博格个体——小一。怎么处理这个博格人成为了船员们头疼的问题。最终珍妮薇决定坦诚对待小一，并成功让他融入到了船员中去。博格人接受到小一无意中发出的信号，他们觊觎29世纪的科技，企图拦截航海家号，刚刚才明白友情的小一为了拯救朋友们，毅然牺牲自己的生命……

贝拉娜故意将自己置入非常危险的境地，与此同时，船员们也打算建造一艘新的穿梭机——德尔塔飞艇。船员们开着德尔塔飞艇去一个气态巨行星抢救他们的探测器，以防被外星种族抢走……

查可泰等人发现了一群人类形态的8472种族。这群8472种族模拟了星际舰队总部来训练侵入地球。查克泰被他们扣留了。后来珍妮薇主动要求和好，解除了纳米探针武器。双方保持了联系并交换了技术。

纳奥米·怀德曼的母亲在外勤任务中受伤，三个外遣队员被埋在了岩石下，尼利克斯因此负责照看纳奥米。纳奥米是一个非常敏感的小孩，几次差点发现其他船员为她隐瞒真相。后来纳奥米明白了真相，她很伤心，尼利斯在全息甲板找到了她。后来救援队挖开了岩石，把外遣队员救了出来。

在未来的十五年后，查可泰与哈里·金试图阻止航海家号在一颗冰原行星上坠毁。他们冒着被银河级挑战号击中的危险，用一个博格器件给过去的九之七发送信息，使航海家号退出量子滑流，免于受损。

九之七出现了类似多重人格的症状，这些人格来自她曾经同化过的人。这源于一个感染病毒的用来联系博格个体的博格节点。船员瘫痪了这个节点。但是投放这种病毒的种族很不高兴，认为航海家号使他们丧失了摧毁博格的机会。

船员们从一艘瘫痪的飞船中救出了一名受伤的外星生物，它却把自己紧贴在了贝拉娜·朵芮丝身上。医生创造了一个卡达西全息医生来帮助他。但是这个卡达西人很残忍，用活人做实验，所以贝拉娜拒绝治疗。后来外星生物被移除后，医生删除了卡达西医生的程序。

汤姆·派里斯无视命令，执意干涉一颗水行星上的世界。

在穿过德沃尔星域时，航海家号被例行检查是否藏有心灵感应者。航海家号将一批心灵感应的难民和船员藏到了模式缓冲器里，检查过后再物质化。后来一个检察员投靠了他们，帮助他们找到了一个虫洞。难民乘坐穿梭机进入了虫洞……

医生发现自己的某些记忆被隐藏了。这些记忆是一年半前，有两个人同时受伤，时间只够治疗一个人，医生选择先救他的朋友哈里金。事后医生陷入了无限的苦恼中，舰长不得不下令删除这些记忆。在医生的强烈要求下，他恢复了这段回忆……

派里斯最近的全息甲板探险《质子船长历险记》出现了难以预料的情节。一些来自五维的光子生物认为全息甲板上的情景是真的，船员们才是模拟。光子生物和故事人物混沌博士在全息甲板开战，船员们帮助消灭了混沌博士。

杜沃克与派里斯迫降在位于异像中的一颗行星，那里的时间相对于外面流逝极快。他们遇见了一名叫诺丝的女性。在亚空间马上就要封闭时，航海家号成功传送了他们出来。

一个大型的空间有机体用心灵感应诱使航海家号驶入它的消化腔中。所有船员都认为这是通向地球的虫洞，并且收到了来自“家乡”的好消息。只有九之七和小纳奥米认为这不是真的。航海家号进去后，船员都昏过去了。后来九之七和另一艘陷入的飞船合作，使这个有机体感到“肚子疼”，将他们排出了消化道。

珍妮薇计划从一艘受损的博格球体上盗取一个超曲速线圈，来减短回家的旅程。

计划实施时，九之七重新加入了集合体。她来到了女王身边工作，因为博格需要她这种独一无二的特质。后来珍妮薇乘坐德尔塔飞船使用超曲速找到了这儿，救出了九之七。

航海家号帮助瓦罗族的一艘世代飞船修复曲速引擎，而金则与对方的一名船员陷入热恋之中。瓦罗族飞船后来解体了，变成了一个个单独的自由的子节点。

在“一艘”航海家号上，朵芮丝与派里斯结婚了。而此时，星舰受到来自子空间辐射的威胁，所有的船员开始分解。

查可泰为了通过幻象探索与外星人取得联系，而躺在了医务室中。

航海家号被某种族的船舰追逐，而一个名叫智囊团的外星人团体愿意向她提供帮助。但是一切都是由这个智囊团引起的。

船员们回应了被辐射污染的马龙飞船逃生舱的求救呼号。

困于无法融入集体的九之七向“爱情教授”医生“约会”以获取帮助，学习如何融入人类集体，但在磕磕碰碰不断的教学过程中，医生居然发现自己朦朦胧胧地爱上了九之七，并为这段单相思而苦恼不已。另一边，尼利克斯因为不小心让外星大使醉酒而陷入外交上的麻烦。

联邦时舰相对号的舰长布拉克斯顿把九之七送回过去，以阻止航海家号被破坏。

船员们发现了一个嵌入石头的人工智能装置，但随后这个装置却夺取了医生的控制权，原来这是一种大规模杀伤性武器。

航海家号接收到来自同样被困于德尔塔象限的分节号的求救信号后，立刻赶往救援，他们发现分节号此刻正遭受某种不明生物的攻击，损失惨重。航海家号及时将护盾延伸，保护了分节号。两艘船的船员们相互介绍后立刻着手开始修复工作，但九之七发现了一些疑点，分节号船长兰森似乎故意污染船上的实验室，阻止他人进入，他对船上系统的奇怪“改进”也没有作出任何解释。同样感到困惑的珍妮薇派出医生进入分节号实验室，却发现了一个惊人的事实：分节号船员正试图屠杀外星生物，并从他们身上提取能够加快航行速度的燃料。