Las Winx vuelven al bar Frutti Music, donde Roxy les comunica que fue aceptada en Alfea. Mientras tanto, en el reino submarino de Andros, los tíos de Layla (el Rey Neptuno y la Reina Liggea) planean hacer a su hijo Nereus el príncipe heredero de las aguas de Andros. El hermano gemelo de Nereus, Tritannus, interrumpe la ceremonia de coronación y es enviado a prisión, donde conoce a las Trix, que han sido despojadas de sus poderes. En el océano de la Tierra ha habido un derrame de petróleo y las Winx tratan de detenerlo, pero el petróleo está contaminando el agua.

Las Winx evitaron un derrame de petróleo y ahora fueron beneficidas con un gran concierto en el bar FruttiMusic, mientras que Sky es víctima de un mal humor por la pérdida de su colgante. Mucho petróleo quedó liberado en el océano de la Tierra y, mediante el portal marino, llegó a Andros. Tritannus absorbió todo este petróleo y se transforma en un monstruo verde. Él y las Trix, con sus poderes restaurados, escapan de prisión. Tritannus convierte a los guardias en mutantes y comienza su cacería de Selkies. Usando los poderes de Philla y Lemmy, él y las Trix viajan a la Tierra, donde las Trix hipnotizan a dos hombres y los obligan a hacer otro derrame de petróleo. Las Winx luchan contra Trittanus, sus monstruos y las Trix. Layla queda horrorizada al ver a su primo convertido en monstruo y aliado con sus peores enemigas.

Las Winx vuelven a Alfea, con Roxy, y todas las reciben con felicidad. Las Winx le resumen a Faragonda lo ocurrido con Tritannus. Para detener a la horrible amenaza que se desarrolla bajo el agua, las Winx deben adquirir el Sirenix. Layla recibe noticias preocupantes de su madre, y Daphne le revela a Bloom el oscuro final que le provocó este poder (hechizado por las tres antiguas hechiceras) y que la convirtió en un espíritu sin cuerpo, y dice que el libro Sirenix se oculta en el archivo mágico de Alfea. Las Trix, más fuertes por la magia negra de Tritannus, atacan el archivo durante la búsqueda del libro y, durante la lucha, Sky pierde la memoria.

Bloom se deprime porque Sky no recuerda quién es ella o la relación entre ambos; ni siquiera la ayuda de la princesa Krystal puede romper el conjuro en Sky, porque Krystal revela que hay algo que no quiere recordar. Mientras, Tecna encuentra el modo de localizar el libro Sirenix, pero las Trix lanzan un conjuro sobre su móvil. Cuando todas las Winx van al Archivo Mágico de Alfea, el teléfono lleva a ellas un libro oscuro que, al abrirlo, convierte a Tecna en una robot empeñada en encontrar el libro Sirenix volviéndose completamente loca y buscando el libro. Las Winx logran regresar a Tecna a la normalidad y, gracias a ella, el verdadero libro Sirenix es encontrado, pero se lo pensarán antes de abrirlo.

Faragonda explica a las Winx el secreto del Lilo mágico, que se encuentra en la Tierra. Las Winx buscan el Lilo por Gardenia siendo perseguidas por las Trix, que ansían mayor poder. La hermana menor de Mitzi, Macy, encontró la poderosa flor y, tras una gran batalla, el Lilo se abre desplegando todo su poder. Las Trix parece que ganarán pero fallan, y las Winx triunfan gracias a su aún más fuerte poder del Believix.

Las Winx deben ir a las antiguas Ruinas de Graynor a conseguir un poder especial para abrir el libro Sirenix. A pesar de la presencia de las Trix, las Winx consiguen su objetivo. Al regresar a Alfea, las Winx abren el libro Sirenix y aprenden que deben completar la búsqueda del Sirenix y ganar la transformación dentro de un ciclo lunar (es decir: antes de que finalice el ciclo lunar en el que se encuentran, que es antes de la próxima luna nueva) o perderán sus poderes mágicos para siempre. Con sus respectivas Cajas Sirenix y con la ayuda de sus Guardianas Sirenix, las Winx deben encontrar las gemas de auto-confianza, empatía y valor.

Layla descubre el lazo mágico con Lemmy (la Selkie de Andros), y le devuelve a Lemmy su perdido poder. Al encontrar las conchas resplandecientes, las Winx obtienen un nuevo acertijo que conduce a la gema de la auto-confianza. Después de pensarlo, Stella descubre que la gema se encuentra en su planeta natal. Al día siguiente, Stella, Flora y Layla llegan a Solaria y buscan la gema. Stella se enlaza con Illiris (la Selkie de Solaria) devolviéndole su poder (robado por Tritannus). Bloom, Tecna y Musa regresan a Gardenia porque las Trix están contaminando el mar para recargar a Tritannus (con unas personas hipnotizadas) y logran detenerlas gracias a su más fuerte poder de Harmonix. Al final todas las Winx ganan la gema de auto-confianza.

Bloom le expresa a Daphne sus preocupaciones sobre el Sirenix. Mientras tanto Tritannus ataca el palacio submarino del rey Neptuno y transforma a toda su familia en mutantes. Luego, se las arregla para absorber el útil poder de la espada de su padre, los poderes de Nissa (la Selkie de Magix) y Sonna (la Selkie de Melodía). Tres de las Winx (Layla, Musa y Stella) están en el planeta de Musa, Melodía, ocupadas descifrando un acertijo vinculado a las canciones de la madre de Musa.

Bloom recibe un mensaje urgente de Daphne a través de sus sueños y entonces Bloom se entera de que su hermana está en serio peligro. Esa mañana en Alfea, Stella organiza un desfile de modas, pero no sale como esperaba y más tarde se transforma temporalmente en una niña de tres años, debido a que toca un objeto mágico de edad (sin saberlo). Mientras Brandon, Flora y Musa son los niñeros de Stella, las otras Winx viajan al océano de Zenith, donde Tecna se enlaza con Lithia (la Selkie de Zenith), devolviéndole sus poderes. Respaldadas por el especialista Roy, las Winx luchan contra los mutantes de Tritannus en el castillo Fuente de Datos y ganan la gema de la empatía. Y Stella vuelve a la normalidad.

Las Trix quieren robar la “magia de la Navidad”, creyendo que se trata de un poderoso hechizo para incrementar sus poderes. Con el fin de evitar de que Bloom se haga más fuerte con el “poder” de la magia de la Navidad, las Trix encierran a todas las hadas en una cúpula de hielo en Alfea, evitando que Bloom celebre la Navidad en su casa de la Tierra. Furiosa con las Trix, Bloom desata todo su poder del Dragón y en Alfea se inicia una Navidad mágica con los padres de Bloom y sus amigos de la Tierra.

En el castillo real de Domino se celebra el aniversario de la libertad de Domino, ya que hace años fue prisionero de Obsidiana. Para mala suerte de Bloom, ella debe abandonar la fiesta e ir con Flora, Stella y Layla al Gran Arrecife Amarillo de Domino. Allí, Bloom se enlazó con Serena (la Selkie de Domino) y le devolvió sus poderes. Mientras tanto, Musa y Tecna se quedan en Alfea. Finalmente, las Winx ganan la gema del valor. Las Trix congelan a Oritel y Marion para asustar a Daphne y obligarla a hablar, pero las Winx llegan a detenerlas. Bloom confirma que su hermana es prisionera de Tritannus, pero al menos Sky recobra la memoria por recuperar y entregarle a Bloom el colgante de Eraklyon.

Las Winx deben dar el paso final y encontrar la fuente del Sirenix en la guarida de Daphne, pero Tritannus se les adelantó y con su tridente succionó el poder de la fuente, provocando que el lago Rocaluz pierda agua. Mientras las Winx y las Selkies están reparando la fuente del Sirenix, Tritannus usa su horrible tridente para succionar el Sirenix de Daphne y se lo entrega a las Trix, otorgándoles un Sirenix Oscuro. Al final las Winx logran llenar el lago otra vez y conocen a Omnia, y son bienvenidas al océano infinito. A pocas horas de que termine el ciclo lunar, las Winx finalmente obtienen el Sirenix y Omnia les confirma que Tritannus y las Trix lograron entrar y ellas, Tritannus y las Trix ahora están iguales con el mismo poder en el océano infinito. ¿Quién ganará?

Las Winx celebran su triunfo del Sirenix en Gardenia, mientras Tritannus encuentra el Trono del Emperador (la fuente del océano infinito) pero, cuando él quiso forjarlo, la magia contraataca y Tritannus pierde sus fuerzas, por lo tanto él y las Trix viajan a un vertedero flotante en Gardenia, creando un feroz tornado oscuro, para que Trittanus se recargue. Las Winx, las Selkies, Tritannus y las Trix se encuentran en el océano infinito, pero Layla se angustia al ver a su familia convertida en mutantes.

El rey Teredor (padre de Layla) entrega a su hija la espada del rey Neptuno, cuyo poder es extraordinario y muy útil. Tritannus roba el sello del Pilar de Luz del océano infinito, provocando un eclipse que deja a oscuras gran parte de la dimensión mágica y el padre de Stella corre peligro al ocultarse el sol en Solaria. Más tarde en el océano infinito empieza una batalla con las Winx y el ejército de Tritannus por el Pilar de Luz. Icy es herida por Bloom y Tritannus, furioso, desequilibra el Pilar.

Stella utiliza todas sus fuerzas para restaurar el Pilar de Luz, y lo consigue; la dimensión mágica recupera el sol en todos los mundos y el padre de Stella se salva. Layla utiliza la espada del Rey Neptuno para salvar a sus queridos primos (Nereus y Tressa) del conjuro de Tritannus y lo logra, luego le da la espada a Nereus, para que luche con ella. De vuelta en Magix, por mandato y discusión de los reyes de los mundos, Sky debe retomar su deber de rey junto a la peligrosa Diaspro.

Daphne no resiste más torturas e intenta contactar a Bloom, y ella junto a sus amigas buscan el “Ojo Inspirador” para encontrar los Pilares del Balance y del Control, pero el rescate deberá esperar porque Tritannus va a Gardenia para fortalecerse y convierte el vertedero flotante del mar de Gardenia en un enorme monstruo, causando pánico y descontrol. Las Winx van a tener que detener a ese horrible monstruo. Mientras tanto Tritannus trata de escapar, las Sekies de la Tierra tratan de atacarlo pero él las captura, después llegan las Winx y salvan a las Selkies, pero Tritannus escapa rumbo al Pilar del Balance.

Un horrible monstruo ataca a las Trix en el Océano Infinito. Cuando está a punto de devorar a Icy, Tritannus llega y logra controlar al monstruo y le da la orden de devorar a las Selkies que se encuentran cerca del Pilar de Luz. En Alfea, Flora discute con Bloom acerca de la reunión de todos los reyes de la dimensión mágica que se va a realizar en Domino. Mientras Bloom, Stella y Layla van a la ceremonia, en Alfea las demás Winx deben usar sus podres Sirenix para domar un dragón. Daphne se entera del plan de Tritannus y alarma a las Winx; Flora, Tecna y Musa tendrán que detener al devorador y devolverlo a la normalidad antes de que sea tarde y devore a las Selkies.

Mientras sigue la reunión de los líderes de la dimensión mágica, ninguno se pone de acuerdo, excepto Andros y Domino, Bloom habla con Sky para tratar de convencer a su padre de unir fuerzas con Andros y Domino pero no lo logra. Mientras tanto en el Océano Infinito, Tritannus encuentra el Pilar del Balance y trata de robar su sello pero las Selkies supremas aparecen y tratan de atacarlo pero este logra vencerlas y roba el sello del Pilar del Balance causando desastres naturales por toda la dimensión mágica. En ese momento Darcy y Stormy van a Melodía y toman control de las Ballenas Cantoras. En Alfea, Musa recuerda el canto de las Ballenas Cantoras de Melodía cuando Riven estaba escuchando música, después Riven se va y al poco rato Musa lo ve con otra persona.

Mientras continúa la batalla en el Pilar del Balance, llegan Darcy y Stormy montadas de las Ballenas Cantoras las cuales atacan a las Winx con ondas sonoras. Pero las Winx siguen atacando y logran recuperar a las Ballenas gracias a Musa, las Winx regresan a las Ballenas Cantoras a Melodía donde el padre de Musa se lo agradece. En Alfea comienzan los problemas, Musa se siente mal por haber visto a Riven con otra persona, Stella llama a Brandon y él no la puede atender en lo que necesite y Diaspro llama a Bloom a través del móvil de Sky para molestarla lo cual la hace sentir peor. Después Bloom trata de llamar a Sky con su móvil pero este no contesta lo cual la pone mucho peor. Por órdenes de Faragonda, las Winx viajan al reino de la Naturaleza para sentirse mejor y logran volverlas a la normalidad.

Las Winx en Alfea convencen a Tecna de que tenga su primera cita con Timmy en un restaurante de la dimensión mágica, mientras están en la cita Daphne contacta con Bloom para decirle que vaya junto con las Winx al Pilar del Control antes que Tritannus. Las Winx (sin Tecna) viajan al océano infinito y encuentran el Pilar del Control pero un horrible monstruo las ataca y están en problemas, entonces le piden auxilio a Tecna la cual llega a tiempo y logran derrotar al monstruo y sacan el sello del Pilar y con la convergencia lo reponen para que Tritannus no pueda robarlo y logre activar el Trono del Emperador, después Tecna encuentra a Timmy fuera del restaurante a la luz de la Luna y se dan un gran abrazo. El episodio acaba con Tecna y Timmy, oficialmente como novios.

El rey Cryos de Zenith se niega a unirse a la alianza contra Tritannus. Justo en el momento, Tritannus se enfurece al perder el sello que buscaba y se arrasa contra el Pilar del Control, provocando otro gran caos en la dimensión mágica. Las Winx controlan a Zenith mientras las Selkies hacen frente a Tritannus y Tecna cumple su misión. Tecna gana su deseo Sirenix para hacer que los habitantes de Zenith estén conectados con los otros mundos de la dimensión mágica.

Bloom exploró en el pasado a Daphne, cómo fue atacada por las Tres Antiguas Hechiceras y cómo perdió su cuerpo. Su ninfa amiga, llamada Politea, traicionó a Daphne, pero también fue atacada y, convertida en un monstruo, almacena su poder Sirenix, oculta en una cueva. Bloom, entonces, viaja al Océano Infinito tras Politea, pero Darcy y Stormy se adelantan y succionan el Sirenix del monstruo, que Icy pensaba robar para activar el Trono del Emperador. En Magix, por la noche, Stella cumple su misión y gana su deseo Sirenix para que sus padres puedan relacionarse mejor (posiblemente vuelvan a estar juntos).

En la Tierra, Tritannus ataca la Bahía Paraíso causando una terrible lluvia ácida, cuando unos delfines nadaban libremente por el océano. Para evitar un terrible desastre ambiental, las Winx deben encontrar en las afueras del Océano Infinito una legendaria piedra mágica, el aliento del océano, y al final consiguen encontrarla.

En un último encuentro, las Winx y el ejército de Selkies con Nereus y Tressa se enfrentaran a Tritannus, Icy y el ejército de mutantes. Durante la batalla, Tritannus captura a Layla y le arrebata sus poderes Sirenix para ir a activar el Trono del Emperador, y Bloom y su Selkie les persiguen.

Es el episodio donde se lleva a cabo la batalla final entre las Winx y Tritannus. Él logra activar el Trono del Emperador pero debido ese enorme poder, se transforma en un monstruo sin pensamiento el cual ataca a Icy pero justamente llegan Darcy y Stormy, las Trix usan la convergencia pero Tritannus les quita el Sirenix Oscuro y las expulsa del Océano Infinito. Luego de la batalla, Bloom gana su deseo y lo usa para eliminar la maldición Sirenix y así restaurar por fin el cuerpo de su hermana Daphne. Luego Tritannus es enviado a la dimensión del olvido. La temporada finaliza con una celebración.