En Solaria, en el Baile de la Princesa, la sorpresa prometida para Stella resulta ser un choque. Cassandra y Quimera quedan bajo el poder de Valtor, Quimera conjura a Stella convirtiéndola en un monstruo marino y Cassandra esclaviza al Rey Radius haciéndole creer que ella no es su hija. Las Winx huyen desesperadamente por el castillo de Solaria.

Las Winx, sin Layla, escapan de Solaria y regresan a Alfea. Ella entienden que deben buscar "el Espejo de la Verdad" en los confines de Magix. Con ayuda de los Especialistas, las Winx salen a esta peligrosa misión, pero se encuentran con los guardianes del espejo.

Después de una peligrosa batalla contra los fuertes vientos, pajarracos gigantes y otra sorpresa, las Winx llegan a las cuevas de hielo en busca del Espejo de la Verdad. Stella logra volver a la normalidad y todas vuelven a Alfea. En el principio de curso, Faragonda reúne a las hadas de Alfea y les habla sobre el Enchantix. Layla explica lo de la llegada de Valtor en su planeta natal Andros, y las Winx prometen ayudarla.

Layla, Bloom, Flora, Musa y Tecna escapan de Alfea para ayudar a Andros a detener a Valtor. Mientras tanto, Stella se queda con las Pixies y su vieja amiga, Nova, en Alfea para cubrir a las demás Winx y las Pixies se disfrazan. Las Winx se reencuentran con las Trix pero ya saben dominarlas a la perfección, Tressa. Valtor se interesa rápidamente en Bloom, por su poder. Layla perdió la vista cuando quiso luchar contra Valtor.

La prima sirena de Layla, llamada Tressa, aparece repentinamente buscando ayuda para liberar a su madre, la Reina Liggea. Tressa y las Winx su sumergen en los sucios mares de Andros y luchan contra las sirenas mutantes y contra un enorme calamar. Layla gana el Enchantix salvando la reina de las sirenas, sacrificándose ella misma con no volver a ver. Stella, horrorizada, recibe la noticia de que en Solaria hay una jerarquía real y su padre, el Rey Radius, quedó al margen de la Realeza. Ahora a Layla sólo le falta recuperar la vista.

Las fugitivas Winx regresan a Alfea y son castigadas inmediatamente limpiando la biblioteca, pero al menos Layla recuperó la vista. Durante la limpieza de la biblioteca, sale un monstruo de un libro y luchan, menos Layla que lleva a las Pixies a un lugar seguro. Sky invita a Bloom, las Winx y los Especialistas a la fiesta del Milenio de Eraklyon. Valtor conquista Esferon y negocia con Diaspro para arruinar la fiesta del Milenio, y lastimar a Bloom. Faragonda le revela a Bloom la terrible verdad sobre Valtor: las tres antiguas hechiceras encontraron una chispa del Fuego del Dragón y, mezclándola con la Oscuridad, le dieron forma humana, llamándola Valtor. Por esta razón, Valtor tiene la potencia del Fuego del Dragón, por lo que iguala a Bloom. La compañía de la luz derrotó a Valtor y Oritel y Marion (padres de Bloom) lo encerraron en la Dimensión Omega, por lo tanto, Valtor busca venganza de Oritel y Marion, y su hija, Bloom. Pero Bloom dice que no dejará que Valtor gane.

Durante la fiesta del Milenio de Eraklyon, la princesa Diaspro, con una poción que le dio Valtor, lanza su hechizo para ganarse el amor de Sky. La fiesta es terriblemente arruinada y Bloom es decepcionada por la traición de su novio. Antes de partir, Stella ganó el Enchantix salvando a su padre de unos feroces dragones.

Después de regresar de Gardenia, Bloom, Musa, Stella y Flora, con ayuda de Brandon y Riven, viajan a Eraklyon y se introducen en el castillo real para hablar con Sky, hasta que Bloom descubre la verdad: su novio está bajo el control de Valtor y Diaspro. Stella, valiéndose de su polvo mágico, libera a Sky del hechizo de Valtor, pero el misterio aún no está resuelto. Además Griselda las descubre y van a hablar con Faragonda al día siguiente, y Layla regresa triste porque sus padres le han preparado un matrimonio arreglado con un chico que ella no conoce, sólo sabe que se llama Nabu.

Con ayuda de las Trix, Valtor logra vengarse de la Directora Griffin, ya que ella fue su aliada en el pasado, e hipnotiza a las brujas de Torre de Nubes para usarlas como ejército. Las Trix comandan al ejército de brujas y atacan Alfea, mientras Valtor y Faragonda luchan ferozmente en el bosque. Durante la lucha se ve a Mirta transformada en un hada oscura, y se pone triste porque debe luchar contra las brujas, que antes eran sus compañeras. Las Trix, valiéndose de Galatea (princesa de Melodía), se introducen en la Biblioteca Prohibida de Alfea. Las Winx logran detenerlas y Musa gana su Enchantix salvando a Galatea, que estaba rodeada de fuego oscuro.

Mientras que las Winx ayudan a Mirta en Torre de Nubes, las Pixies descubren que Faragonda se convirtió en un roble. Después de luchar con Valtor y recibir apoyo de los guardias de la escuela, las Winx se reúnen con las Pixies y encuentran a Faragonda convertida en árbol.

Las Winx viajan a Linphea, el planeta de Flora, para buscar un hechizo para liberar a Faragonda. La hermana menor de Flora, Miele, les acompaña. Después de descubrir el Sauce Negro, las Winx son atacadas por las Trix. Miele cae al agua y Flora la rescata, ganando su Enchantix. Más tarde, las Trix caen al agua y se convierten en niñas. Y con las lágrimas mágicas del sauce, Faragonda vuelve a la normalidad.

El portal de la Dimensión Omega amenaza con destruir Andros. Las Winx tratan de detener la destrucción con la ayuda de Tevoc, uno de los magos que hicieron el portal. Desgraciadamente, los pergaminos que tenían las palabras exactas para cerrar en portal desaparecen y, según Tevoc, se necesita una persona que entre al portal y lo cierre desde dentro. Tecna entra al portal, ganando el Enchantix. Tecna logra cerrarlo pero es succionada y queda encerrada en la Dimensión Omega, y todas las Winx se ponen tristes.

Tristes y llenas de angustia por la pérdida de Tecna, las Winx escapan de Alfea y llegan a Torre de Nubes, para vengarse de Valtor. Timmy se enteró de la noticia de Tecna y se niega a creer que llegó su fin, por el contrario, trata de encontrar a su novia. Las Winx liberan a Griffin y, con ayuda de Saladino y Faragonda, detienen a Valtor mientras liberan a Bloom, que se enfureció con Valtor porque creyó que él mató a Oritel y Marion (sus padres). Todos escapan a Alfea y Bloom parte a Pyros, donde la aguarda un destino incierto pero prometedor. Sky va a Alfea para hablar con Bloom pero ella ya no está y se queda preocupado.

Bloom llega a Pyros, una isla habitada por dragones, con el fin de aumentar su poder. Durante su misión se transforma, pero es inmediatamente atacada y debe defenderse, y luego se encuentra con un pequeño dragón. Las Winx y Sky están terriblemente preocupados por Bloom. Mientras tanto, en Fuente Roja, Timmy dedica todo su tiempo en encontrar Tecna en la Dimensión Omega a través de sus ordenadores, y lo consigue.

Bloom sigue en Pyros y se encuentra con Maya, una hechicera que se ofreció a ayudarla. Mientras tanto, las Winx y los Especialistas llegan a la ubicación aproximada de Tecna en la Dimensión Omega, pero son atacados por peligrosos prisioneros, y terminan separándose. Las Trix atacan a Bloom en Pyros y ella, confiada de su poder, se gana el Enchantix y se vuelve muchísimo más poderosa aunque está incompleto.

Bloom regresa a Alfea y se encuentra con Sky. Juntos, vuelan a la Dimensión Omega y se encuentran milagrosamente con Tecna. Los tres juntos rescatan a los Especialistas. Mientras Sky y los demás luchan con los presos, Bloom y Tecna se encuentran con las restantes Winx, acorraladas por una terrorífica serpiente de hielo. Bloom logra detener a la víbora, las demás se sorprenden al saber que consiguió el Enchantix, y las Winx y los Especialistas vuelven a Alfea, y celebran su victoria con una fiesta y con un muy merecido descanso.

Las Winx deben poner su Enchantix a prueba, luchando contra unas criaturas aspiradoras de magia. Todas tienen éxito, pero Bloom se sobreesforzó demasiado. Faragonda le explica a Bloom que su Enchantix está incompleto, ya que lo obtuvo por voluntad propia. Cuando las Winx salen a pasear, son perseguidas por un tal Ophir, y Valtor anuncia sus planes para robar el Cofre de Ágador, muy poderoso, junto con las Trix. Las Winx defienden el museo dudando de Ophir, él está interesado en Layla, pero las Winx creen que es un aliado de Valtor.

Todo parecía normal en Magix, pero mientras las Winx y los especialistas tenían sus momentos, toda Solaria anuncia que Cassandra y el Rey Radius se casan. Las Winx, con ayuda de los Especialistas, se introducen en el castillo real y detienen la boda. Stella logra detener finalmente a Quimera y Cassandra y logra evitar la boda. ¡El sol vuelve a brillar nuevamente en el cielo de Solaria!

Mientras que las hadas y magos de Alfea están en una misión, las Pixies defienden la Aldea Pixie porque Icy, Darcy y Stormy hacen competencia: la que encuentre los hechizos de las Pixies, se queda con Valtor. Las Pixies finalmente ganan.

Como Valtor tiene el poder del Fuego del Dragón, las Winx deben ir al reino primitivo, conocido como el Reino Dorado, para encontrar las Estrellas de Agua, que son la fuerza opuesta al Fuego del Dragón. Ophir, al principio creído como un enemigo, se convierte en un aliado de las Winx y Especialistas. Riven también llega para ayudar, creyendo que Ophir está interesado en Musa. En la contraposición de Magix, las Winx luchan contra unos hombres caballo, y encuentran la “Torre Roja”. Ophir y Riven empiezan una lucha.

Mientras los Especialistas y Bloom luchan contra las Trix, las restantes Winx se adentran en la Torre Roja por un laberinto y por fin entran al Reino Dorado, donde se encuentran con el "consejo de ancianos". Con el fin de obtener las Estrellas de Agua, Stella, Musa y Tecna tienen que encontrar su camino a través de un laberinto de cristal y entregar los que más aman o desean. Las Winx obtienen las Estrellas de Agua y se descubren que Ophir está enamorado de Layla.

Valtor reta falsamente a los directores de las tres escuelas de Magix (Faragonda, Griffin y Saladino) a un duelo. Las Winx se enteran que el duelo es un desvío para ocupar a los directores mientras que el verdadero Valtor se introduce en Alfea. Bloom puede sentir su presencia y lo detiene con sus amigas. Pero Valtor le dice a Bloom que sus padres están prisioneros en su propio cuerpo y si lo destruye, sus padres morirán. Luego Valtor se hace el desmayado y desaparece. Bloom está preocupada… ¿Será eso cierto?

Después de descubrir que Ophir es Nabu, el prometido de Layla, las Winx tienen un nuevo enigma: ¿sería cierto que los padres de Bloom están cautivos en el cuerpo de Valtor? Solo las tres antiguas hechiceras sabían la respuesta, y las Winx viajan a Torre de Nubes. Mientras las otras Winx se enfrentaban a las más fuertes Trix fortalecidas por Valtor, Bloom contacta a las brujas destructoras de Domino y por fin lo confirmó: lo que Valtor dijo es mentira.

Sabiendo que Valtor es un mentiroso y con las Estrellas de Agua, las Winx quieren destruir a su enemigo de una vez por todas. Valtor, furioso, desata el conjuro de los cuatro elementos: fuego en Alfea, agua en Torre de Nubes, tierra en la ciudad de Magix y aire en Fuente Roja. Las Winx tienen un duro encuentro con Valtor en el lago de Magix, pero Bloom usa su polvo mágico para abrir el Cofre de Ágador y regresar los mundos conquistados a la normalidad. Las Trix traicionan a Valtor, pero son atrapadas otra vez por el monasterio Rocaluz y pierden sus poderes. La paz vuelve a Magix y una gran celebración espera a las Winx en Alfea. Pero Bloom, dudosa, siente algo raro…

Valtor sobrevivió inexplicablemente y Helia comunica a las Winx que los restantes Especialistas fueron secuestrados por Valtor, en el portal Omega. Las Winx luchan contra malvadas réplicas de sus novios especialistas, que contienen el poder de los cuatro elementos. Valtor está dispuesto a destruir todo, pero Bloom lo detiene finalmente extinguiendo el Fuego del Dragón. La paz regresa a toda la dimensión mágica… ¡Otra victoria para las Winx! Aunque Bloom aún tiene que rescatar a sus padres.