Bloom wraz z przyjaciółmi celebruje początek drugiego roku w szkole dla czarodziejek Alfea. Przyjęcie kończy się przybyciem nowej uczennicy obdarzonej nadprzyrodzoną mocą, Layli. Czarodziejka uciekła właśnie z rąk potężnego wroga, Lorda Darkara i jego armii potworów cienia.

Kiedy Bloom i pozostałe członkinie klubu Winx pomagają nowej przyjaciółce Layli odzyskać siły, Lord Darkar wściekły na sługi cienia decyduje się na poszukiwania nowych sprzymierzeńców. Atakując opactwo Lightrock przeciwnik Winx uwalnia Trix!

Layla, Bloom i Stella wyruszają na zamek Lorda Darkara by pomóc uwięzionym Specjalistom. Nikczemnik uwięził bowiem zwierzaki Pixie i ma wobec nich bardzo niecne plany. Droga do zamku pełna jest jednak pułapek, niebezpieczeństw i potworów.

Stella i Brandon zostają oddzieleni od przyjaciół i przebywają w dziwnym podziemnym królestwie Downlandu. Kiedy brak promieni słonecznych znacznie osłabia moce Stelli, Brandon odkrywa, że znalazł się w jeszcze większym niebezpieczeństwie: księżniczka owej krainy decyduje się bowiem wyjść za niego za mąż.

By uwolnić zwierzaki Pixie, Bloom wraz z przyjaciółmi decyduje się zaatakować twierdzę Lorda Darkara. Ich plany krzyżują jednak Stromy, Darcy i Icy: trzy wiedźmy Trix, którym Darkar ofiarował specjalne przedmioty potęgujące ich moce.

Z pomocą zwierzaków Pixie, Klub Winx przedostaje się do krainy Downlandu, gdzie księżniczka Amentia przetrzymuje Brandona. Władczyni krainy postanowiła wyjść za chłopca i wygląda na to, że jej życzenie się spełni. Nadchodzi moment ceremonii i już tylko minuty dzielą Bloom i Stellę od utraty przyjaciela.

Bloom oraz Stella przyprowadzają nowych przyjaciół Pixie do szkoły dla czarodziejek Alfea. Powitania i radość nie trwają jednak długo. W szkole pojawia się poważne zagrożenie zrodzone z czarnej magii. Monolit, którego nie mogą pokonać nawet czarodziejki Winx zaczyna przysparzać wszystkim olbrzymich kłopotów...

Czarodziejki uczestniczyły w ceremonii otwarcia szkoły Czerwonej Fontanny. W tym samym czasie Lord Darkar uwolnił potężnego potwora.Na szczęście na pomoc przyszedł nowy magik - Helia.

Tecna wraz z Digit myślały, że profesor Avalon ma jakąś mroczną tajemnicę. Ale okazało się, że to były tylko eksperymenty Wizgisa. Dzięki czarom Avalona, Bloom dowiedziała się więcej o swojej przeszłości i o rodzinie.

Szkoła Czerwonej Fontanny została zaatakowana przez Trix, Sky został poważnie ranny. Tecna była zaskoczona tym, że Timmy pozwolił czarownicom zabrać Kodeks. Bloom obudziła w sobie nowe moce i uzdrowiła Sky'a.

Na wróżki rzucono zły czar, który sprawił, że zaczęły tęsknić za domem. Uciekły czarodziejkom i udały się w kierunku Wioski Wróżek. Jednak Bloom odnalazła potrzebne zaklęcie i uratowała Dom Wróżek przed zagładą.

Musa spotkała Jareda - magika, Darcy wykorzystała go do ustawienia pułapki w Komorze Symulacyjnej. W ostatniej chwili, Winx dzięki nowej magii, uniknęły porażki.

Bloom, Musa, Stella, Layla udają się do Gardenii. Tam odkrywają, że Wróżki są niewidzialne dla zwykłych ludzi. Layla i Musa zostają zaatakowane w klubie, przez tajemniczych mężczyzn. Ale Faragonda i Griselda przybywają w porę.

Bloom, Flora i Magicy spotkali grupę technonindżi w królestwie Sky'a. Po wielu przygodach uratowali księżniczkę Diaspro. W Alfeii, Musa wygrała pojedynek ze Stormy. Ta jednak szykuje się na odwet.

Stormy zaatakowała Musę podczas własnego występu w Czerwonej Fontannie. Najbardziej ucierpiał ojciec Musy, ale dzięki Musie, Rivenowi i publiczności wszystko dobrze się skończyło. Zgodził się by jego córka poświęciła się muzyce.

Czarodziejki udały się do Gardenii na imprezę zorganizowaną przez Mitzi, która przygotowała diabelską niespodziankę. Jednak niewidzialne Wróżki pokrzyżowały jej plany i to ona padła ofiarą własnego żartu.

Czarodziejki udały się do Chmurnej Wieży, by pomóc chronić kolejnego fragmentu Kodeksu. Trudno było im porozumieć się z wiedźmami. Tecna znalazła miejsce ukrycia kodeksu, ale Icy uwięziła ją w lodowej górze i ukradła cenną informację.

Bloom została zarażona przez fałszywy wirus cienia. Straciła kontrolę nad swoją mocą i zaatakowała magię Alfei. Wróżki dzielnie walczyły, ale Bloom zdążyła przekazać część kodeksu wrogom, zanim przyjechał Avalon i wyleczył ją.

Trix udało się przywłaszczyć kolejna część Kodeksu. W tym samym czasie Bloom pokonując przeszkodę, ocaliła siebie i swoich przyjaciół. Obudziła tym samym magię swojego Charmixu.

W Krainie Dzikich Gór zjawiły się Trix, by porwać Bloom. Stella rezygnuje z pokazu mody, by pomóc Layli, a Musa postanawia zaufać Rivenowi. Dzięki tym czynom otrzymują Charmixy.

Layla została oddzielona od reszty i musiała przezwyciężyć strach przed samotnością. Plan Timmy’ego pozwolił wszystkich uratować. Tecna była zadowolona, mimo że nie wykazała się w walce.Obie dziewczyny zdobyły Charmix, niestety Wróżki zachorowały na tajemniczą chorobę.

Flora uratowała Wioskę Wróżek, uzdrawiając drzewo życia i zdobywając swój Charmix. Tymczasem w Alfei okazało się, że Avalon był szpiegiem Lorda Darkara. Zanim czarodziejkom udało się go zatrzymać, Avalon porwał Bloom.

Czarodziejki, wróżki i magicy wyruszyli na ratunek Bloom. Brandon i Sky musieli przejść próbę dzielności w podziemnym królestwie, by zapewnić sobie pomoc księżniczki Amentii. Tymczasem Bloom została zmieniona w istotę ciemności, całkowicie poddaną mocy Lorda Darkara.

Darkar przemienił Bloom w złą istotę. Sky i specjaliści wygrali ważną bitwę z potworami ciemności. Po czułym powitaniu z magikami, czarodziejki wkroczyły do cytadeli. W środku zaatakował ich potwór, ostatnia broń Lorda Darkara.

Mroczna Bloom użyje swej mocy, by odblokować magię Relix. Flora, Musa, Stella, Layla i Tecna wydadzą ostateczną walkę przeciwko mocom Darkarowi.