Bloom se envolve em uma briga entre uma fada mágica Stella, e um bando de trolls liderados por Knut, o Ogro. Bloom leva Stella para casa e lá Stella a apresenta ao mundo de Magix, onde está localizado o Colégio de Alfea onde ela conhece novas Fadas.

Bloom e Stella são designadas para o mesmo dormitório, com Flora, Musa e Tecna. As 5 garotas se tornam melhores amigas e assim o "Winx Club" é formado. Bloom encontra as 3 bruxas da Torre Nebulosa. Icy, Darcy e Stormy.

Alfea organiza uma festa de boas-vindas para os novos alunos, com os meninos de Fonte Vermelha. Esta feliz ocasião está quase arruinada pelo ataque repentino das bruxas. Bloom mostra grande potencial enquanto salva o dia e recebe boas-vindas a verdadeiros heróis.

As alunas fadas de alfea vão ao primeiro exercício ao ar livre no Pântano. Um troll está sendo transportado para a Prisão Magix pelos Especialistas, mas acaba escapando. Eles têm que usar todas suas habilidades para fugir deste labirinto.

Stella recebe o que ela acredita ser um convite para um encontro do Príncipe Sky, no entanto, é apenas mais um truque das bruxas! As Winx confrontam as bruxas, mas são derrotadas e obrigadas a entregar o anel de Stella.

Os Winx entram escondidas na Misteriosa Torre Nebulosa para recuperar o anel, mas elas encontram a perigosa "Cripta do Arquivo Mágico". O cofre mais secreto da Escola, onde as fadas são mantidas presas. Mas uma voz misteriosa guia Bloom, ajudando as Winx a escapar.

A diretora de Alfea, pune as fadas por terem visitado a Torre Nebulosa privando-as temporariamente de seus poderes. As Bruxas chegam ao Colégio Alfea evocando um monstro para destruí-las. Ajudadas pelos especialistas, os Winx derrotam o monstro.

As bruxas fazem Riven ter um acidente, colocando Bloom como o culpado. Uma briga entre ela e Riven acontece, e ele acaba indo para o lado das Trix!

A voz misteriosa que salvou Bloom na Torre Nebulosa continua a atormentar Bloom em seus sonhos. Neste episódio, a voz revela seu rosto - Daphne, uma das nove ninfas lendárias de Magix. Bloom quer descobrir o que Daphne quer dela?

Icy está ansiosa para saber mais sobre o poder especial de Bloom, semelhante ao fogo do dragão. Durante o teste de Bloom em Alfea, Darcy define a Câmara de Simulação no mais alto nível de dificuldade, para analisar o poder de Bloom. Bloom é uma fada muito, muito especial.

Para o teste de poção, Flora deve encontrar uma flor rara, que se encontra apenas no Pântano do Lodo Negro. Elas encontram algumas fadas aquáticas, vítimas de um feitiço lançado por um salgueiro vermelho.

Stella, em vez de revisar as máterias para fazer o seu teste, acaba preferindo ir ao concurso de beleza 'Miss Magix' que acontece no centro da cidade. Ela reprova e tem que estudar muito, para evitar repetir de ano!

Bloom volta para casa em Gardenia para visitar seus pais mostrando seu poder recém-adquirido. Ela descobre que ela é realmente adotada e que seu pai adotivo Mike, realmente a encontrou em um incêndio durante uma de suas missões de combate ao fogo.

Bloom, Tecna, Timmy e Brandon tentam novamente entrar na 'Cripta do Arquivo Mágico' para saber mais sobre as origens de Bloom. Eles conseguem - Mas para a maior surpresa de todos, descobrem que Bloom é uma bruxa renegada e não uma fada!

Bloom encontra o Prof. Wizgiz, que deixa cair um envelope selado que contém as respostas de um teste! Bloom leva o envelope para suas amigas. Elas devem abrir o envelope e obter todas as perguntas e respostas?

A Trix aproveitam o Fogo do Dragão e evocar um monstro-sombra capaz de criar pesadelos aterrorizantes. As fadas lutam com o monstro, mas é tarde demais. Faragonda chega e defende as fadas com sua poderosa magia.

Bloom acidentalmente descobre que Brandon não é um simples escudeiro para o Príncipe Sky, mas que ele é o verdadeiro príncipe. Por razões de segurança, os dois amigos trocaram papéis. Outra surpresa: 'Brandon' tem uma noiva, a linda princesa Diaspro.

As Trix atacam Bloom novamente revelando ser velhas bruxas que séculos atrás destruíram o mundo de Domino enquanto tentavam capturar o Poder da Chama do Dragão. Bloom é derrotada e perde todos os seus poderes.

Com o poder da Chama do Dragão, as três bruxas tomam posse da Torre Nebulosa. Elas aprisionam o Prof. Griffin e as bruxas que não queriam se juntar a elas em seus planos malignos para conquistar todo o reino de Magix.

Faragonda finalmente concorda em deixar Bloom e suas amigas explorarem o mundo destruído de Domino, onde esperam encontrar a chama do dragão para salvar Magix! Enquanto isso, a Fonte Vermelha é destruída, e os especialistas se refugia em Alfea.

As fadas de Alfea, os especialistas da Fonte Vermelha e seus professores se preparam para se vingar! Eles tentam entrar na Torre Nebulosa de diferentes locais. Riven lamenta seu comportamento e se junta ao grupo novamente para ajudar a salvar Magix.

Bloom e amigos libertam as bruxas "boas" presas na Torre que unem forças com as fadas para combater Icy, Darcy e Stormy, no entanto, assim como Bloom está prestes a recuperar o poder, Icy apaga a chama com seus poderes.

As Trix destroem Alfea. O trio perverso está perto de controlar totalmente Magix. Bloom é guiada para o fundo de um lago a partir da voz de Daphne. Ela reacende o pequeno poder da Chama do Dragão que há dentro dela, e está pronta para salvar Magix!

As bruxas sofrem várias derrotas e todos sob seus feitiços são progressivamente libertados. Icy desafia Bloom em uma batalha final para decidir quem é a guardiã mais digna da Chama do Dragão.

Bloom inicialmente parece ser mais fraca, no entanto ela consegue derrotar Icy, Darcy e Stormy e as aprisiona! As diretoras das duas Escolas concordam que esta batalha tem sido o melhor teste possível para as fadas e bruxas.