ウィットモア大学で寮生活を始めたエレナは、大学のパーティ会場でルームメイトの落下事故に遭遇。しかも首にはヴァンパイアの噛み痕が残っていた。一方、サイラスによって水に沈められたステファンは、苦しみから逃れるため見ていた幻覚の中で、デイモンに人間性のスイッチを切るよう勧められる…。

デイモンはステファン捜索のため、トゥルーイットに湖の底をさらうよう依頼。一方、大学で起こった殺人事件の真相を探るためにエレナとキャロラインが調査を開始すると、2人は同じ大学に通うジェシーから、ウェス・マックスフィールド教授についての興味深い話を聞かされる......。

ステファンが女性に噛みつくという同じ夢を見たエレナとキャサリンは、デイモンを説得し、ステファン捜索のために夢に出てきたバーを探し始める。ところが、やっとバーにたどり着いたものの、そこにナディアが現れ、キャサリンを連れ去られてしまう......。

デイモンは記憶を無くしたステファンに日記を読ませ、これまでの経緯を説明するが、脳に受けたダメージにより、元殺人鬼の血が騒ぎ出すステファン。一方、思い出の場所をエレナに案内され、落ち着きを取り戻したステファンだったが、エレナがデイモンと付き合っていることを知らされると姿を消してしまう......。

サイラスに血を吸われたものの生き返り人間に戻ったキャサリンは、ごっそり生えた白髪に愕然とする。魔術師に戻ったサイラスは、愛するアマラとの再会を果たす方法をデイモンたちに説明する。自殺すれば向こう側へ行ってしまうため、まずは向こう側を壊す必要があり、それにはアンカーが必要だという。

アマラに噛みつかれ傷ついたサイラスは、フィラデルフィアのバス停にいた。愛を信じられなくなったことからカップルの男を惨殺し、バスでバージニアへ向かう。ステファンの記憶が戻りエレナは喜ぶが、つらい記憶が一気に押し寄せたステファンはそのトラウマに苦しんでいた。

ウェスはヴァンパイアに変異したジェシーにオーガスティンの血液を投与。凶暴化したジェシーに襲われる。エレナとキャロラインがボニーの歓迎パーティの準備をしていると、ジェシーがキャロラインに助けを求めてくる。キャロラインがジェシーの部屋に駆けつけると、ジェシーがアーロンに噛みついていた。

エレナはウェスに会いに行ったまま戻らないデイモンを心配していた。そんな中、アーロンはエレナをウィットモアハウスに案内し、大学のオーナーだと打ち明ける。飾られていた写真の中に、自分の父親の姿を見つけ驚くエレナ。そこに、突然ウェスが現れ……。

デイモンとステファンはアーロンに接近、ウェスに電話させ、エレナを返さなければアーロンを殺すと脅す。ウェスはエレナを診療所の地下室に移す。そこは、エレナの父親の元診療所だった。ウェスは、エレナの父親が書いたものだという拷問の記録を読み上げる。

老化に抗うキャサリンだったが、心臓発作で倒れる。救急治療室へ運ばれる中、娘を産んだ記憶をキャサリンは思い出すのだった。自分の体に乗り移らせてキャサリンを救うと言うナディアが一同の前に現れ、協力を仰ぐが……。一方、デイモンはキャサリンの意識の中に入り……。

エレナの体に乗り移ったキャサリンは、マットに暗示をかけエレナの情報を入手する。完全に乗っ取るには、キャサリンの死体が必要だ。エレナに連絡がつかないため、ステファンはデイモンとエレナがよりを戻せるよう、キャロラインに協力を要請する。一方エンゾはアーロンをさらいデイモンに殺すよう迫る。

キャロラインが企画した傷心パーティ。内心ウキウキのキャサリンはステファンもパーティに誘う。一方、タイラーはナディアに声をかけ、マットと3人で飲む。席を外した際に、ナディアがマットに暗示をかけていたことを知る。デイモンはオーガスティンを全滅させるため、ウェスの居場所を捜していた。

ヴァンパイアの血に反応してしまうデイモン。デイモンはエンゾと民家に侵入、家主をヴァンパイアに変え、その血を食らう。デイモンとエンゾが家を出ようとすると、ウェスがトラベラーズを引き連れ家を囲んでいた。家は封印され、外に出られない。8時間後には、エンゾを襲うしかなくなってしまう。

キャサリンがエレナに乗り移ったことに気づいた面々は、キャサリンを殺す作戦を練る。ボニーとジェレミーはリブに魔法でキャサリンの居場所を突き止めさせる。ステファンはデイモンが飢えを抑えられるよう計算し、自分の血を飲ませていた。しかしデイモンは見張りのタイラーを挑発し、逃げ出してしまう。

ウイルスを打たれたエレナは春休み中の寮に閉じ込められる。リブが魔法で封印したのだ。地下牢に監禁されたデイモンと電話するエレナ。解毒剤を捜しに行ったキャロラインは、ウェスが残した記録からエレナが打たれたウイルスが狼人間の毒入りだったことを知る。ウイルスの解毒剤を持っていると言うエンゾに、キャロラインはステファンを呼び出す。

トラベラーズのスローンはステファンのドッペルゲンガー、トム・エイブリーの居所を突き止める。2人の意識をつなげ、救急隊員のトムがアトランタの病院に患者を搬送するビジョンを見たのだ。一方、別れた直後にベッドに倒れ込んだエレナとデイモンは、気まずい雰囲気のまま朝を迎え、エレナはジェレミーの保護者面談へ向かう。

最後のドッペルゲンガーとなったステファンとエレナは同じビジョンを見るようになる。一方、電話に出ないジェレミーに苛立ちを募らせるボニーの前に祖母が現れる。トラベラーズたちが集団自殺を図り、ボニーを弱らせ、向こう側にいる何者かを生き返らせたと言うのだ。その影響で向こう側にある異変が生じていた……。

エンゾは最愛の女性マギーが頭をもぎ取られた写真をステファンに見せる。さらに、エンゾはデイモンに電話をかけ、1960年11月8日のステファンの日記を読めと言う。ケネディが大統領に当選した夜、マギーを殺したのは一体誰だったのか……。

トラベラーズのマーコスが、ドッペルゲンガーの血を手に入れようとしていると聞くと、デイモンはステファンとエレナを隠すため、二人を連れてキャロラインの別荘にこもる。そんなエレナの前に突然現れたエンゾが彼女の頭を水の中に押し込む。向こう側が崩れかけており、ゴーストが干渉できるようになったらしい。

ステファンとエレナがトラベラーズに拉致される。デイモンはトラベラーズのリーダーであるマーコスを見つけ、殺すことを決意するのだが……。キャロラインは地下室にいるジュリアンからマーコスの狙いを聞き出す。やがてミスティック・フォールズにかけられた魔法がとけはじめる。

魔法が消えたミスティック･フォールズ。町の境界線内に人間以外が入ると、ある変化が起こるのだった。デイモン、マット、ジェレミー、エレナ、キャロラインはトラベラーズを止め、向こう側にいる者を蘇らせ連れ戻すための作戦をたてる。そんな中、向こう側の死者の世界とこちらの世界をつなぐアンカーであるボニーがある決心をする……。