Après un été sensuel et décontracté, Elena s'apprête à emménager sur le campus de l'université de Whitmore avec Caroline. Cependant, aucune d'elles n'est au courant de la disparition funeste de Bonnie qui continue de communiquer avec ses amies par le biais de Jeremy. Damon est surpris de voir une Katherine humaine, en piteux état, lui demander de l'aide. Matt revient de son voyage en Europe sans savoir qu'une charmante rencontre l'a suivi jusqu'à Mystic Falls. Enfin, personne n'a de nouvelles de Stefan, emprisonné au fond de l'eau et voué à une souffrance insoutenable, tandis que Silas, son double, prend goût à utiliser ses pouvoirs sur les habitants de la ville.

Affaiblie par une sinusite, Katherine tente par tous les moyens d'échapper à Silas qui a lancé la ville entière à ses trousses. C'est avec l'aide de Matt et Jeremy que la jeune femme assure sa protection. De son côté, Elena succombe au jeu malsain de Silas qui la persuade d'écarter Damon de ses plans en le tuant. Enfin, Bonnie reçoit la visite de Matt de « l'autre côté » dans lequel elle ne parvient pas à s'épanouir. Elena quitte temporairement Whitmore pour retrouver Stefan.

D'étranges rêves persuadent Elena et Katherine qu'elles sont connectées à Stefan, ayant disparu du coffre-fort dans lequel il était enfermé. Accompagnées de Damon, les deux rivales partent à sa recherche, menant à une confrontation explosive avec la mystérieuse Nadia. Matt apprend que Nadia veut le protéger de Silas. De son côté, Stefan fait la connaissance d'une certaine Tessa, aussi dangereuse qu'inquiétante. Cette dernière lui délivre des informations sur l'histoire de Silas et sur l'origine des doubles qui, selon elle, seraient destinés à s'aimer pour toujours. Tessa parvient à annuler les pouvoirs de Silas.

Alors que Mystic Falls fête la « journée du souvenir » pour honorer les morts, Damon et Elena essaient d'aider Stefan devenu amnésique, ravivant ainsi de vieux souvenirs pour Elena. Jeremy avoue à Damon que Bonnie est morte. En parallèle, Tyler revient et le docteur Maxfield transforme Jesse en vampire.

Contre toute attente, Katherine est toujours en vie. A la recherche d'un logement, elle prend la place d'Elena dans le dortoir universitaire et aide Caroline à obtenir des informations de la part de l'énigmatique docteur Maxfield. De son côté, Damon accepte d'aider Silas à retrouver la fameuse ancre qu'il doit détruire pour faire disparaître « l'autre côté » comme monnaie d'échange de la résurrection de Bonnie mais les choses dérapent quand Tessa décide de retenir Elena en otage.

Stefan a retrouvé la mémoire et n'a désormais qu'une obsession : se venger de Silas et le tuer. Quand Bonnie rencontre Amara, cette dernière montre qu'elle peut à la fois la voir et la toucher car elle est l'ancre de l'autre côté. Damon et Elena se rendent compte que la seule façon de faire revenir Bonnie est de la faire devenir l'ancre de l'autre côté. Damon va voir Qetsiyah qui lui révèle que la seule façon de faire fonctionner le sort est de réunir Amara, Elena et Katherine et d'obtenir une goutte de leur sang. Stefan parvient à ses fins : il tue Silas et Amara se suicide.

Avec le retour de Bonnie, Elena et Caroline décident d'organiser une fête, mais Bonnie souffre lorsque les créatures surnaturelles meurent et veulent passer de l'autre côté car elle est l'ancre. Jesse, qui est devenu vampire demande de l'aide à Caroline. Katherine oblige Gregor - dans le corps de Matt - à lui avouer ses motivations. Gregor révèle que sa mission était de tuer Silas puis Katherine. Celle-ci le poignarde, obligeant l'esprit de Gregor à quitter le corps de Matt. Wes révèle à Damon l'existence d'Augustin.

Stefan, toujours incapable de surmonter ce qui s'est passé l'été dernier, reçoit l´aide de. Caroline et Katherine pour surmonter son stress post-traumatique. Pendant ce temps, Elena demande de l´aide à Aaron pour retrouver Damon. Aaron lui révèle qu'il est un membre de la famille Whitmore et que Wes Maxfield est son tuteur légal.

Alors qu'Elena est piégée par Wes, qui poursuit ses recherches, Damon demande de l'aide à Stefan pour retrouver Elena. Wes révèle à Elena que son père utilisait le sang des vampires pour guérir d'autres personnes. Pendant ce temps, la vieillesse de Katherine s'accélère et elle appelle à l'aide Matt. De son côté, Nadia retourne à Mystic Falls et tente de convaincre Katherine de devenir un voyageur pour qu'elle puisse vivre plus longtemps, ce que Katherine refuse car elle pense que Stefan a des sentiments pour elle.

100e épisode Tout le monde se prépare à la mort de Katherine. Damon, Jeremy, Bonnie, Caroline, Matt et Elena fêtent sa mort prochaine en buvant des shoots. Seul Stefan éprouve assez de compassion pour ne pas se joindre à eux. Nadia, prête à tout pour sauver sa mère, propose d'insérer l'âme de Katherine dans son corps. Sachant que personne n'approuverait, elle kidnappe Matt et l'enferme dans une boîte.

Mia fait en sorte que Katherine ait le contrôle total du corps d'Elena, mais, pour cela, il faut le corps de la défunte. Katherine décide d'utiliser le corps d'Elena et de vivre sa vie en contraignant Matt à lui donner des informations à son sujet. Caroline pense révéler à Elena (qui est en fait Katherine) qu'elle a couché avec Klaus, ce qui rend Tyler furieux. Katherine a retrouvé son cadavre avec l'aide de sa fille, pour finaliser le charme.

Bonnie découvre que Liv, une camarade de classe, est une sorcière. Toujours dévasté par sa rupture avec Elena qui est en réalité Katherine, Damon collabore avec son vieil ami Enzo. Tous les deux essaient de retrouver le professeur Maxfield afin de le tuer pour supprimer tous les membres de l'Augustine. Ne trouvant pas le professeur, Enzo et Damon menacent de tuer Jeremy, si la nouvelle sorcière ne lance pas un sort de localisation. Pendant ce temps, Tyler découvre que Nadia utilise ses pouvoirs de vampire sur Matt.

Stefan apprend que son frère Damon se nourrit de sang de vampires à cause de Wes Maxfield. Il commence à regretter leur dernière conversation et décide d'aller sauver Damon. Katherine apprend que Matt a découvert son secret. Pour se rapprocher de Stefan, qu'elle veut conquérir, Katherine, en tant qu'Elena, décide de l'accompagner tout en espérant que Stefan tue son frère en voulant la protéger.

Nadia, avant de mourir, se remémore l'époque où elle était à la recherche de sa mère. Stefan, Caroline et Matt ont un plan pour sauver Elena possédée par Katherine. Elena revient parmi les vivants mais Katherine, partie en enfer, lui a injecté le virus que seul Damon possède.

Elena, infectée par le virus, est retenue par un sort dans la résidence universitaire où elle rencontre Luke à qui elle demande de trouver Bonnie et la nouvelle sorcière. Caroline découvre que le docteur Wes a ajouté du venin de loup-garou du sang de Nadia pour amplifier le virus. Enzo apparaît et prétend avoir un antidote pour le virus, mais a besoin de Stefan avant de le leur remettre. Elena a des hallucinations. Elle pense avoir tué Aaron et tente de le contacter. Stefan et Caroline font la connaissance de Sloan qui cherche le dernier double de Stefan.

Caroline et Enzo se rendent tous les deux à Atlanta afin de retrouver le dernier double mortel de Stefan pour le tuer, un infirmier qui se nomme Tom Avery. Caroline décide de lui laisser la vie sauve, mais Enzo se charge de lui briser la nuque. Liv s'allie à Jeremy afin de protéger Elena et découvrir ce que préparent les voyageurs. Ceux-ci, une fois le dernier double mort, peuvent enfin se servir du sang d'Elena et de Stefan...

Réalisé par Paul WESLEY - Etats-Unis Stefan et Elena ont des visions l'un de l'autre, d'une vie qu'ils auraient pu vivre dans le futur. Bonnie rencontre sa grand-mère qui l'avertit que quelque chose est en train de se passer de l'autre côté. De plus, si l'autre côté venait à disparaître, Bonnie pourrait ne pas survivre. Les voyageurs veulent prendre le contrôle de Mystic Falls en possédant les personnalités de la ville. Liv, Matt, Jeremy et Tyler tentent de les en empêcher.

Damon demande le couteau pour éliminer les Voyageurs mais Jeremy et Matt lui annoncent qu'il a disparu. Enzo révèle à Elena, Stefan et Bonnie qu'il a appris ce qui est arrivé à Maggie, celle qui l'aimait : quelqu'un l'a tuée et lui a arraché la tête dans les années 60 et il pense que c'est Stefan. Essayant de calmer Enzo, Damon intervient, mais Enzo éteint son humanité et s'en prend à Elena. Stefan le tue et garde cet incident pour lui en décidant de ne rien dire à son frère.

Lorsque Tyler annonce aux frères Salvatore que Markos compte briser la malédiction des Voyageurs en drainant le sang de Stefan et Elena, Damon leur suggère de se cacher. Luke utilise un sort de blocage pour cacher Elena et Stefan aux Voyageurs. Caroline pense que Stefan et Elena gardent un secret. Damon tente de percer la vérité. Lorsqu´Enzo, en tant que fantôme, réalise qu'il peut interagir physiquement avec les gens dans le monde réel, il décide de se venger.

Stefan et Elena se font vider de leur sang par Markos. Enzo, déterminé à trouver un moyen de revenir parmi les vivants, continue de tourmenter Bonnie. Maria, la femme de Julian qui a libéré Stefan et Elena, tente de les reconduire à Mystic Falls lorsqu´ils sont brusquement arrêtés par Liv et Luke, déterminés à tuer Elena ou Stefan pour arrêter le sort des Voyageurs. Le projet de Markos de détruire toute magie commence à faire effet : les bagues de protection contre la lumière du jour d'Elena, Damon et Stefan ne fonctionnent plus et Liv et Luke ne peuvent plus utiliser de magie. Tout le monde décide de s'échapper de Mystic Falls.

Caroline est toujours bouleversée par la mort de Stefan mais Bonnie et Enzo font appel à Silas pour pouvoir le ramener de l'au-delà. Elena exige que Liv l'aide à réaliser le sort mais Liv refuse de coopérer jusqu'à ce que Caroline brise la nuque de son frère, ne lui laissant pas le choix si elle veut voir revenir Luke. Le shérif Forbes assiste à la mort de Tyler/Julian prouvant ainsi que la magie a quitté Mystic Falls et que la ville est maintenant sous le contrôle des Voyageurs. Damon prévoit de rassembler les Voyageurs à un endroit précis, puis de le faire exploser pour tuer les Voyageurs. Elena décide de l'accompagner dans cette mission suicide...