Olivia paralel evrende zor durumdadır.

Ekip bir kaçırılma ve rehin alınma sırasında gerçekleşen ölüm olayını incelemeye başlar.

Gerçek dünyada nedeni açıklanamayan bir dizi otobüs kazası gerçekleşir.

Amerikan Senatörü James Van Horn ciddi bir trafik kazası geçirip hemen hastaneye kaldırılır.

Paralel evrende bir adam ikiz kardeşini karantina bölgesinden kurtarmak üzere plan yapar. Ancak yaptığı plan yolunda gitmez.

Gerçek hayatta doğu bölgesindeki bir grup insan dinledikleri radyo frekansından etkilenerek hafıza kaybı yaşarlar.

Paralel evrende Olivia, eve geri dönüş yolu bulmak için gizli bir müttefik bulmaya çalışır.

Olivia’nın sırrı ortaya çıkar.

Ekibin yeni davası kalbi çıkarılan bir adamın vakasıdır.

Walter’ın Peter’ı paralel evrenden getirmesi zincirleme pek çok olayın değişmesine ve zamanda bir takım çakışmalar meydana gelmesine neden olur.

Ekip Doomsday Makinası'nı görmek için Massive Dynamic'i ziyaret eder.

Bir bilim adamı, mavi bir tozla kemikleri eriyerek öldürüldüğünde, ekip davayı soruşturur.

Paralel evrende ekip, bir insanın soyu tükenmiş bir böcek tarafından içten dışarıya yendiği bir vakayı inceler.

Peter, Olivia ile arasındaki duygusal açıklığı gidermeye çalışır.

Geçen sezonun “Peter” bölümündeki geçmişe dönük olaylar kaldığı yerden devam eder.

Ekip hangi işlemin insanların havadan daha hafif olmasını ve yüzmesini sağladığını bulmaya çalışır.

Bir binanın tepesinden düşen kadın, gizemli bir şekilde ölmez, sağ kalır.

Paralel evrende, kız kardeşi bebeğinin doğumu sırasında öldüğü için Olivia EPV testine tabi tutulur.

William Bell'in başarısız transferinden sonra Olivia'nın bilinçliliğini bir günden daha kısa sürede kurtarması gerektiği sonucuna varılır.

Walternate, kıyamet makinesini çalıştırmanın bir yolunu bulur.

Kıyamet makinesi bir çok doğa olaylarına neden olurken Olivia, gizemli Sam Weiss’in cevap olabileceğini düşünür.

Peter, Olivia'nın yardımıyla makineye başarıyla girer ve evreninin yok edildiği gelecek günlere taşınır.