Olivia, capturada no "outro lado", tenta escapar e retornar ao seu mundo de origem. Enquanto isso, Walter tenta se reconciliar com Peter, mas eles não sabem que a Olivia com eles não é a real.

A equipe investiga quando pessoas são descobertas em um estado de transe que conduz à morte; Walter reúne-se com Nina na Massive Dynamic.

A equipe corre para investigar uma série de acontecimentos anómalos; o secretário Bishop divide seu plano com o coronel Broyles; Olivia luta contra uma visão de parar o coração.

Um metamorfo é descoberto e neutralizado; Walter se encontra em uma situação de perigo durante uma investigação na Massive Dynamic.

Walter volta a 1985 ao explicar as origens do Peter de outro mundo para Olivia. Além disso, a mãe de Peter é apresentada e detalhes do mundo vizinho reafirma que há mais de um de tudo.

Neste lado 15 pessoas em toda a costa oriental sofre amnésia após ouvir a mesma frequência de rádio, e a equipe de Fringe é chamada. Enquanto isso, Peter continua a trabalhar na arma de destruição em massa do outro lado e buscar sua relação com "Olivia", sem saber quem ela realmente é.

Um caso emocional e familiar atinge os Broyles; Olivia se reúne com Henry para alistar seus serviços em uma missão secreta para voltar para casa.

Peter luta para lidar com os acontecimentos recentes; Olivia procura por um aliado; um dispositivo que se comunica entre os universos é descoberto.

Enquanto a equipe Fringe investiga o caso de um homem que teve seu coração extraído, Peter lida com a revelação de quem ele está namorando nos últimos meses.

Um erro acontece, o que faz com que um dos Observadores chame a Equipe Fringe para ajudar a ajeitar as coisas. Além disso, Walter conhece Roscoe Joyce (Christopher Lloyd), um dos seus heróis musicais.

Quando a equipe de Fringe visita a Massive Dynamic e encontra uma câmara do Juizo Final, Walter fica muito preocupado com o bem estar de Peter, então ele pede ajuda a Nina para restaurar sua capacidade cerebral para entender a relação entre Peter e a super arma. Enquanto isso, a descoberta de um cadáver metamorfo desencadeia uma intensa investigação.

Um cientista morre após aspirar uma nuvem de pó azul que desintegra os seus ossos. Uma pessoa do passado de Walter relutantemente concorda em ajudar na investigação.

Conforme a história volta para o universo alternativo, a ausência do Coronel Broyles muda a dinâmica da equipe Fringe enquanto eles investigam um bioterrorista armado com um inseto antropófago. Enquanto isso, Olivia alternativa se reencontra com seu namorado, e Walternativo continua determinado a salvar o seu mundo, mas descobre que não está disposto a cruzar certos limites.

Um novo caso leva a equipe à casa de uma viúva enlutada; Peter e Olivia finalmente começam seu relacionamento.

Em 1985, seis meses depois que Peter foi trazido para ser curado, Walter finalmente antevê a possibilidade de devolvê-lo a seu universo original quando Olivia acidentalmente atravessa a barreira entre os universos pela primeira vez.

A equipe investiga um grupo de ladrões que é capaz de contrariar as leis da gravidade; Walter sente falta de Belly para tentar minorar o dano que causou.

Enquanto investiga um suicídio, a equipe Fringe encontra uma mulher com características surpreendentes.

A Olívia "do outro lado" é sequestrada e Lincoln faz de tudo para resgatá-la.

A Walter faz uma tentativa desesperada de transferir a consciência de William Bell do corpo de Olivia antes que ela se perca para sempre.

Walternativo encontra um jeito de acionar a máquina misteriosa e causar estragos "por aqui".

Olivia se junta com Sam Weiss numa corrida desesperada contra o tempo.

Questões são respondidas quando Peter enfrenta o seu destino e um membro querido da equipe encontra a morte.