Olivia, capturada no "outro lado", tenta escapar e retornar ao seu mundo de origem. Enquanto isso, Walter tenta se reconciliar com Peter, mas eles não sabem que a Olivia com eles não é a real.

A equipe investiga quando pessoas são descobertas em um estado de transe que conduz à morte; Walter reúne-se com Nina na Massive Dynamic.

A equipe corre para investigar uma série de acontecimentos anómalos; o secretário Bishop divide seu plano com o coronel Broyles; Olivia luta contra uma visão de parar o coração.

Um metamorfo é descoberto e neutralizado; Walter se encontra em uma situação de perigo durante uma investigação na Massive Dynamic.

Walter volta a 1985 ao explicar as origens do Peter de outro mundo para Olivia. Além disso, a mãe de Peter é apresentada e detalhes do mundo vizinho reafirma que há mais de um de tudo.

Neste lado 15 pessoas em toda a costa oriental sofre amnésia após ouvir a mesma frequência de rádio, e a equipe de Fringe é chamada. Enquanto isso, Peter continua a trabalhar na arma de destruição em massa do outro lado e buscar sua relação com "Olivia", sem saber quem ela realmente é.

Um caso emocional e familiar atinge os Broyles; Olivia se reúne com Henry para alistar seus serviços em uma missão secreta para voltar para casa.

Peter luta para lidar com os acontecimentos recentes; Olivia procura por um aliado; um dispositivo que se comunica entre os universos é descoberto.

Enquanto a equipe Fringe investiga o caso de um homem que teve seu coração extraído, Peter lida com a revelação de quem ele está namorando nos últimos meses.

Um erro acontece, o que faz com que um dos Observadores chame a Equipe Fringe para ajudar a ajeitar as coisas. Além disso, Walter conhece Roscoe Joyce (Christopher Lloyd), um dos seus heróis musicais.

Quando a equipe de Fringe visita a Massive Dynamic e encontra uma câmara do Juizo Final, Walter fica muito preocupado com o bem estar de Peter, então ele pede ajuda a Nina para restaurar sua capacidade cerebral para entender a relação entre Peter e a super arma. Enquanto isso, a descoberta de um cadáver metamorfo desencadeia uma intensa investigação.

Conforme a história volta para o universo alternativo, a ausência do Coronel Broyles muda a dinâmica da equipe Fringe enquanto eles investigam um bioterrorista armado com um inseto antropófago. Enquanto isso, Olivia alternativa se reencontra com seu namorado, e Walternativo continua determinado a salvar o seu mundo, mas descobre que não está disposto a cruzar certos limites.

Um novo caso leva a equipe à casa de uma viúva enlutada; Peter e Olivia finalmente começam seu relacionamento.

Em 1985, seis meses depois que Peter foi trazido para ser curado, Walter finalmente antevê a possibilidade de devolvê-lo a seu universo original quando Olivia acidentalmente atravessa a barreira entre os universos pela primeira vez.

A equipe investiga um grupo de ladrões que é capaz de contrariar as leis da gravidade; Walter sente falta de Belly para tentar minorar o dano que causou.

Enquanto investiga um suicídio, a equipe Fringe encontra uma mulher com características surpreendentes.

A Olívia "do outro lado" é sequestrada e Lincoln faz de tudo para resgatá-la.

A Walter faz uma tentativa desesperada de transferir a consciência de William Bell do corpo de Olivia antes que ela se perca para sempre.

Walternativo encontra um jeito de acionar a máquina misteriosa e causar estragos "por aqui".

Olivia se junta com Sam Weiss numa corrida desesperada contra o tempo.

Questões são respondidas quando Peter enfrenta o seu destino e um membro querido da equipe encontra a morte.