Enquanto Olivia se envolve em um acidente de carro e Walter faz planos para o aniversário de Peter, alguém inesperado procura um dos membros do time.

As circunstâncias que envolvem Olivia se intensificam, e o time Fringe investiga um caso sinistro de mutação genética.

Peter, Walter, Olivia e Broyles tentam desvendar uma ocorrência mortal em que uma bomba estourou em uma estação de trem sem deixar nenhum rastro de explosivo.

Se recuperando de um encontro traumático com William Bell, Olivia consome uma mistura preparada por Dr. Bishop para estimular a memória.

O time vai a Seattle para investigar um caso em que um homem atacou o chefe por acreditar que ele era uma criatura do mal.

O time investiga um caso intrigante, no qual as vítimas inexplicavelmente se desintegram em cinzas. O caso sombrio lança luz sobre o passado do agente especial Phillip Broyles.

Em meio a um sequestro, as autoridades nova iorquinas descobrem a existência de uma força misteriosa com consequências alucinantes.

Quando um dos misteriosos Observadores sequestra uma mulher, o time é chamado para investigar o motivo.

Depois que um navio de carga encalha, o litoral fica cheio de corpos que hospedam uma criatura gigante semelhante a uma lula.

O time inicia uma investigação quando um paciente de um hospital psiquiátrico passa por uma cirurgia improvisada, que deixa o cérebro exposto.

Um adolescente volta dos mortos possuído por um soldado militar que desapareceu. Walter faz um experimento para que a equipe Fringe possa encontrar o assassino do soldado.

Após um ataque inexplicado envolvendo humanos desfigurados, o time vai a uma cidade pequena a procura de pistas sobre o caso bizarro.

Dentro de um escritório em Boston, um homem entra em colapso e suas veias explodem, fazendo o sangue jorrar por toda a parte.

Quando os convidados de um casamento morrem sufocados, o time investiga como e por que a toxina chegou até eles.

Walter explica as origens de Peter para Olivia e revela quem é a mãe de seu filho.

Quando uma mulher saudável é encontrada morta de uma doença que ela nunca teve, o time decide investigar a origem desse mal antes que ele atinja outras vítimas inocentes.

Os passageiros de um trem são mortos e têm sua energia drenada de forma inexplicável.

Dois adolescentes aparecem "mortos" em um armazém abandonado, com uma marca registrada dos metamorfos do mundo alternativo em seus corpos.

Enquanto Walter lida com notícias preocupantes, ele conta uma história a Ella, sobrinha de Olivia, com direito à performance musical da agente.

Peter se une a uma delegada na investigação de assassinatos em série, que podem estar ligados a Thomas Newton.

Walter e Olivia viajam para o universo paralelo, e o confronto esperado entre Walter Bishop e William Bell acontece.

Sacrifícios são feitos e os dois universos podem nunca mais ser os mesmos, quando Walter e Olivia visitam o outro lado.