ניקיטה שורדת את הריסת מקום המחבוא של ליגת החופש בעזרתו של מייקל. כעת היא במנוסה ממדור 1, אבל נתפסת על ידי ליגת החופש ומשמשת כפיתיון הנועד ללכוד את אנשי מדור 1.

ניקיטה מצוותת לסוכן המיוחד יורגן לצורך אימונים, בעוד "מדור 1" יוצרים קשר עם פעילים של "ליגת החופש" במטרה לאמת את סיפור לכידתה של ניקיטה.

אחרי שנחשדה בבגידה ועברה תקופת מבחן, המדור נאלץ להשיב את ניקיטה לתפקוד מלא כאשר בירקוף מגלה שקבוצת טרוריסטים מבצעת שורת תקיפות אקראיות.

במחלקה מאמינים כי טרוריסטים מנסים להניח את ידיהם על מקור אנרגיה גרעינית של לוויין לא תקין. במהרה מסתבר כי הם מנסים להשיג אותו כי מדובר בלוויין צבאי שבאמצעותו תהיה להם גישה לפנטגון.

סוכן סמוי לשעבר של המחלקה מקבל פיקוד ומקדם את ניקיטה להיות סגניתו לאחר ש-"מבצעים" נפצע קשה על ידי פעיל שחצה את הקווים. השאלה היחידה היא: מי גרם לו לחצות אותם?

במהלך משימה נאלץ מייקל לנתק את התקשורת עם המחלקה ולהשלים את המשימה בכל מחיר. אולם כאשר המטרה של מייקל לוכדת את מדלין, האם "מבצעים" יורה על מותו של מייקל בשביל להגן עליה?

נאמנותו של מייקל חצויה כאשר ניקיטה מגלה כי מישהו מחייו הקודמים הוא כעת טרוריסט, ו-"מבצעים" מורה לו לבגוד בחברו משכבר.

ניקיטה ומייקל נשלחים להתנקש במצביא במדינה בלקנית, אבל בדרך ניקיטה מאלצת את מייקל להגן על שני ילדים. השינוי מונע מהם להרוג את האיש, וכעת עליהם לסכן הכל כדי להשלים את המשימה.

ניקיטה נעצרת ונכנסת לכלא כחלק ממשימה להתחבר עם סוכנת של "תא אדום" בשם ג'נה, שיודעת את זהותו של אדם שהפך לפצצת זמן ביולוגית וכלואה באותו מקום.

ניקיטה מקודמת למנהיגת צוות כאשר המחלקה סובלת מקיצוץ בכוח האדם, והמשימה שלה הופכת מסוכנת בהרבה על ידי פעילה לא ממושמעת שיש לה אובססיה כלפי מייקל.

ניקיטה ומייקל מתחזים לזוג כדי להפיל עו"ד מושחת, כאשר ניקיטה מעמידה פנים שהיא מדיום. הפרקליט מבקש ממנה ליצור קשור עם בנו המת, וניקיטה נחרדת לגלות שהקשר בינה לבין בנו אמיתי.

סוכנת של המחלקה כושלת במהלך משימה ומודה בפני ניקיטה כי זה קרה מפני שהיא בהריון. כאשר היא נלכדת על ידי מייקל במהלך ניסיון שלה לברוח מהמחלקה, ניצבות בפניה שתי ברירות נוראיות.

מייקל וניקיטה נשלחים למשימה עם רוצח פסיכופת אשר עבר תכנות מחדש ע"י המדור.

המדור חוטף גאון מחשבים צעיר במטרה לפצח את הקוד של ארגון טרור המתכונן לבצע פיגוע. שכן של ניקיטה מערב אותה בעסקת סמים.

המדור נעזר ברוצח סדרתי במטרה לאתר את חברי ארגון טרור המתכוון לבצע פיגוע המוני. וולטר מתאהב בסוכנת מהמדור.

קבוצת התא האדום מצליחה להחדיר וירוס קטלני לתוך מדור 1 ולהדביק את רוב חברי המדור. חברתו של בירקוף עוזבת אותו לטובת אחד מהסוכנים במדור.

מייקל מפתח רומן עם סוכנת חדשה במדור. וולטר אשר עדיין זועם על חיסולה של בלינדה, מחפה על טעות של מבצעים.

ארגון טרור שוכר האקר אשר חודר למחשבי המדור וגורם לנזקים קשים. מדליין ומבצעים מבלים ערב רומנטי.

במהלך פעולה מתברר לניקיטה כי סוכן לשעבר אותו היא אמורה לחסל, הוא בעלה של מדלן; בינתיים, שכנתה של ניקיטה מרגלת אחריה.

ניקיטה נחטפת ע"י אדריאן, המייסד של מדור 1, אשר מגייס אותה לעזרתו במטרה להרוס את המדור.

פרק 22 ואחרון לעונה. בעזרתו של אדריאן, חודרת ניקיטה לאגף הסודי ביותר במדור ושם מוצאת עדויות אשר יכולות להפליל את מבצעים ולהרוס את המדור, אולם בינתיים, נשלח מייקל בעקבותיה מטעם המדור.