Amikor Mohinder Suresh, a genetika professzora értesül szintén genetikus édesapja haláláról, azonnal New Yorkba utazik, hogy megtudja mi történt az apja kutatásaival. Hamarosan azonban rá kell ébrednie, hogy nem csak ő szeretné megtudni, hogy az édesapja milyen eredményeket ért el az emberi evolúció terén végzett munkásságával, ami miatt annak idején el kellett hagynia a családját és a hazáját.

Matt Parkman rendőr hallja egy eltűnt kislány gondolatait Sylar egyik gyilkosságának helyszínén. Claire hősiessége a vonatbalesetnél nemkívánatos figyelmet irányít rá. Peter kezdi megérteni saját és bátyja képességeit. Hiro rátalál egy róla szóló képregényre, ami Isaachez vezeti őt és szörnyű dologgal szembesül.

A Nevada-i sivatagban Niki egy bizarr gyűrűt viselő csontvázra bukkan, mely üzenetet hordoz a számára. Nathan megpróbálja felhasználni az öccsét saját politikai karrierje érdekében, s ez már önmagában kikészíti Petert, aki eközben azért küzd, hogy megismerje a saját képességeit. Hiro - visszatérvén Tokióba - Isaac képregényét próbálja felhasználni, hogy meggyőzze Andót, higgyen neki és tartson vele a világ megmentésére. Claire romantikus éjszakája a suli-bulin váratlan fordulatot vesz. Matt a különleges képességeit latba vetve, megpróbál segíteni felkutatni a sorozatgyilkost Sylart. Mohinderék pedig hatalmas felfedezésre jutnak.

Matt ismeretlen helyen tér magához, ahol éppen a képességét tesztelik. Hiro és Ando Las Vegas kaszinóiban próbálnak szerencsét. Nathan is Vegasba utazik, ahol összetalálkozik Nikivel. Mohinderben egyre csak gyűlnek a kétségek, s végül úgy dönt, hogy visszautazik Indiába. Isaac újabb képeket fest a jövőről, miközben Claire véres bosszút áll Brodyn. Petert titokzatos idegen látogatja meg a jövőből.

Petert Hiro látogatja meg a jövőből, s azt a feladatot adja neki, hogy mentse meg a pom-pomlányt, s ezáltal a világot. Claire bevallja az apjának, hogy Brody mit tett vele, ezért az apja elküldi Brodyhoz a Haitit. Nathant elrabolják a szállodaszobájából, de sikerül megszöknie, majd kiderül, hogy a Nikivel töltött éjszakáját videóra vették. Mohinder kételkedni kezd abban, hogy van-e értelme a New York-i tartózkodásának. Janice és Matt között végre rendeződni látszanak a dolgok. Miután Hiro és Ando összevesznek, Hiro látja Nathant repülni, majd találkozik is vele. Peter felkeresi Isaacet és egyre inkább hisz abban, hogy Isaac valóban le tudja festeni a jövőt. Niki megtudja, hogy a férje megszökött.

Peter és Isaac a pom-pomlány kilétét igyekszik kinyomozni, miközben kiderül, hogy a nyomravezető festményt egy Las Vegas-i milliomos, bizonyos Lindermann vásárolta meg. Claire találkozik a vérszerintinek vélt szüleivel. Nikit felkeresi a férje, s kiderül, hogy DL is különleges képességgel bír, valamint, hogy Niki sötét énje, Jessica, időnként legyőzi Nikit. Hirót és Andót egy vegasi szerencsejátékos csalásra kényszeríti, miközben fültanúi lesznek egy szörnyű mészárlásnak. Suresh úgy dönt, hogy visszautazik Indiába, majd később Eden kilétéről meglepő dolog derül ki. Mr. Bennet soron következő kiszemelt áldozata Isaac.

Claire öccse, Lyle ellopja, majd megnézi a Claire öngyilkossági kísérleteit tartalmazó kazettát és ettől persze halálra rémül. Kiderül, hogy Nathan felesége tolókocsihoz kötött mozgássérült, majd amikor Nathan-t kikezdi egy újságíró, szorult helyzetéből éppen Peter menti ki. Matt és Audrey egy titokzatos gyilkos után nyomoznak, aki radioaktív sugárzás által szedi áldozatait. D.L. és Micah továbbra is menekülnek Niki/ Jessica elől. Az országúton véletlenül találkoznak Hiro-val és Ando-val, miközben közösen, a képességeik segítségével megmentenek egy balesetet szenvedett nőt. Peter megkéri Nathan-t, hogy szerezze meg a festményt Lindermann-tól.

Eden megpróbálja Isaac-ot leszoktatni a drogról és megtanítani arra, hogy anélkül is képes legyen lefesteni a jövőt. Hiro és Ando találkozik Charlie-val, egy rendkívül gyorsan tanuló, különösen éles eszű pincérlánnyal, akit Sylar hamarosan meg is gyilkol. Suresh úgy dönt, hogy Indiában marad, visszatér az egyetemi katedrához és elfelejti apja kutatásait, csakhogy újabb rejtélyekre bukkan. Matt rádöbben, hogy a sugárzást kibocsátó gyilkos, Ted ugyanolyan különleges képességgel bíró személy, mint ő, és a nyakán lévő jel arra utal, hogy korábban őt is elrabolták. Mr. Bennet erőszakkal ráveszi Eden-t, hogy Isaac-et mégis csak győzze meg arról, hogy drog segítségével fessen még egy képet, mert azt reméli, hogy így megmentheti Claire-t Sylar-től.

Claire elhorgássza a diáknapi királynői koronát Jackie orra elől. Nathan visszaszerzi Lindermann-tól a festményt, de miután Peter-t holtan látja rajta, tönkreteszi a képet. Jessica / Niki mesterlövész puskát vásárol, mert feltett szándéka, hogy megöli D.L.-t. Suresh a titokzatos álmai nyomába ered, s végül rábukkan a jelszóra, mellyel fel tudja törni apja számítógépét. Peter Simone-tól tudja meg, hogy mi volt a tönkretett festményen, így már azt is tudja, hogy mikor és hová kell mennie, hogy megmentse a pom-pomlányt. Isaac újabb festménye használhatatlannak bizonyul. Hiro visszautazik az időben, hogy megmentse Charlie-t, a kedves pincérlányt. Sylar összetéveszti Claire-t és Jackie-t, így Jackie-t megöli, Claire-nek azonban Peter segítségével sikerül egérutat nyernie. Claire bevallja az apjának a titkát.

Suresh apja, Chandra felkeresi az első jelöltet, a Gabriel Gray nevű órásmestert, és elmondja neki, hogy valószínűleg különleges képességgel bír. Claire végre magára öltheti a hőn áhított pom-pomlány egyenruhát. Hiro, miután a teleportálása hat hónappal korábbra sikerül, egyre jobban összebarátkozik Charlie-val. Niki-t felkeresi rég nem látott édesapja, akinek a feltűnése régi sebeket szakít fel, majd megjelenik Jessica. Peter úgy dönt, hogy házi ápoló lesz. Egy buliból hazafelé tartva Nathan-t és Heidi-t baleset éri, s ekkor Heidi lebénul. Matt ismét elhasal a nyomozóvizsgán, miközben a házassági problémái egyre mélyülnek. Chandra Claire apját is megkeresi azzal, hogy Claire vélhetően különleges személyiség. Gabriel-t feldühíti, amikor Chandra közli vele, hogy tévedett, s még sincs különleges képessége. Sylar ekkor pedig színre lép.

Matt és Audrey Sylar után nyomoznak az iskolai gyilkosság helyszínén. Jessica megsebesíti D.L.-t, akinek Micah-val együtt mégis sikerül tovább menekülnie. Sylar-t bezárják, és a képességeit Claire apja és a munkatársai vizsgálni kezdik. Suresh visszatér New Yorkba, és értesíti az FBI-t a várható gyilkosságokról. Eden hozzásegíti Isaac-et a szökéshez, így Isaac hamarosan felveszi a kapcsolatot Hiro-val. Claire megtudja, hogy Peter-nek is különleges képességei vannak. Claire apja elküldi a Haitit mindenkihez, aki tudhat lánya képességéről, beleértve Claire-t is. A Haiti azonban "megkegyelmez" Claire-nek. Matt eközben arra gyanakszik, hogy Claire apjának köze lehet az emberrablásokhoz és Sylar-hez is. Niki miután rádöbben, hogy veszélyt jelent a fiára, feladja magát a rendőrségen. Eden és Sylar képességei összecsapnak, ezalatt pedig Peter megérti, hogy a mindent másoló képessége mindenki vesztét okozhatja.

Claire egy nehezebben viseli, hogy hazudnia kell az apjának arról, hogy semmire sem emlékszik, miközben megkísérli Zach emlékeit visszahozni. A Sylarrel való kísérletezés ezalatt Sylar életét fenyegeti. Matt igyekezete, hogy Claire apjára bizonyítson valamit, kudarcba fullad, míg Peter kómában fekszik, s az orvosok nem tudják, hogy mi baja. D.L. visszaadja a pénzt Lindermannek, remélve, hogy ezzel tisztázhatja magát. Niki nagyon szenved a börtönben, majd sikerül elérnie, hogy átszállítsák egy elmegyógyintézetbe. Bár Hiro képességei átmenetileg nem működnek, mégis megpróbálja megszerezni a "kardot". Suresh megtudja, hogy Eden meghalt és, hogy neki is volt különleges képessége. Hiro, Isaac és Simone Nathant győzködik, hogy higgyen a képességeikben, miközben Peter magához tér és egy újabb különleges képességű emberrel találkozik.

Peter összetalálkozik a láthatatlan emberrel, Claude-dal, s megpróbálja rávenni őt, hogy tanítsa meg uralni, illetve irányítani a képességeit. Sylarrel a legkülönfélébb kísérleteket végzik a titkos Primatech-laborban. Sylar pedig később elhiteti a laborvezetővel, hogy meghalt. Hiro és Ando a szamuráj kardot keresik, melynek során elrabolják őket. Nathan felkeresi Suresh-t, annak reményében, hogy együtt, közös erővel megtalálhatják Petert. Claire pedig Zach segítségével eltűnt édesanyját próbálja megtalálni. Nikihez eközben a börtönben egy pszichiátert küldenek. Mattet a sikertelen Primatech akció után hat hónapra felfüggesztik.

Jessica megtámadja a Niki-hez kirendelt pszichiátert. Sylar csapdába ejti Mr. Bennettet, miközben ő kiszabadul és a házukba indul, ahol megtámadja Claire anyját. Simone megkéri Isaacet, hogy próbálja meg megtalálni Petert. Claire felkeresi a vérszerinti anyját, akiről megtudja, hogy szintén különleges képességgel bír. Hiro és Ando elrablójáról kiderül, hogy nem más, mint Hiro apja és az a célja, hogy Hirót visszavigye Japánba. Claude egyre keményebben képzi Petert, aki viszont komoly ellenállást fejt ki. Nikit váratlanul kiengedik a börtönből.

Claire nem kap választ az édesanyjától, hogy ki is a vérszerinti apja. Beszélgetésüket kihallgatva csak annyit tud meg, hogy az apja gazdag és befolyásos ember, aki nem akarja őt megismerni. Claire anyja, miután Sylar megtámadta, és a Haiti törölte a rossz emlékeit, szörnyű fejfájással küzd. Claire pedig az apjára dühös, mert sejti, hogy az ő keze van a dologban. Jessica miután Niki-t a tükörbe zárta, átveszi a helyét a családban. Majd később bérgyilkosnak áll Linderman-nál, s első megbízatása egy Malsky nevű ember, aki Matt-tet fogadja fel testőrnek. Suresh-t végre visszahívja egy Zane Taylor nevű, különleges képességű férfi, ám Sylar előbb ér Zane-hez, mint Suresh. Hiro és Ando Las Vegas-ban összetalálkoznak Reménnyel.

Ted Sprague-t, a radioaktív férfit egy titokzatos lány keresi fel, azt állítva, hogy tudja, kik rabolták el őket. Isaac felveszi a kapcsolatot Benettel és megígéri neki, hogy megkeresi Petert, majd hasonló ígéretet tesz Simone-nak is. Matt-tel váratlanul kapcsolatba lép Ted, akivel együtt Claire-ék házához mennek. Suresh és Sylar, akit Suresh Zane Taylornak hisz, felkeresik a szuperhallású Dale Smither-t, akit azonban Sylar, mielőtt még Suresh megvizsgálhatná, meggyilkol. Hiro a Las Vegas-i Reménnyel történt szerencsétlen kaland után úgy dönt, hogy elbúcsúzik Andótól. Petert és a láthatatlan Claude-ot megtámadja Mr. Bennet és a Haiti, és megpróbálják őket elrabolni. Claire anyja ájultan esik össze, majd kórházba kerül. Isaac pedig véletlenül szörnyű tettet követ el.

Ted, a radioaktív férfi Matt-tel együtt a Bennet-házban próbál választ találni a kérdéseire. Ám amikor a Mr. Bennet számítógépében tárolt fájlokat szeretnék letölteni, az egész család hazaér. Ted pedig, - kihasználva az adódó remek alkalmat -, túszul akarja ejteni a családot, tudván, hogy ezzel a tettel rákényszeríthetik a férfit, hogy felfedje az igazságot. Kiderül, hogy 15 évvel ezelőtt Mr. Bennet-et álcaként nevezték ki a Primatech Papírgyár igazgatójának, s egy régi/új hős is feltűnik. Matt olvasni próbál Claire gondolataiban, és megtudja, hogy Claire tisztában van az apja titokzatos ügyleteivel. A lány persze tagad, mialatt az események kezdenek kicsúszni Matt irányítása alól, ráadásul Ted gondolatait látva Matt rájön, hogy a radioaktív férfi terve nem más, mint megölni mindenkit.

Bennet miután a Haiti segítségével megszöktette Claire-t, megpróbálja eltüntetni a lányhoz vezető nyomokat, Claire pedig ezalatt a Haiti társaságában menekül. Hiro még mindig a kardot szeretné megszerezni Lindermantól, de képtelen a közelébe férkőzni. Nathan az FBI-al szövetkezve megpróbálja lebuktatni Lindermant, akinek azonban Jessica a testőre. Suresh rájön, hogy akit ő Zane-nek vélt, valójában Sylar, s csapdát állítva neki meg akarja megölni. Ám még ő sem számol Sylar valódi képességeivel.

Mr. Bennet segítségével Matt és Ted megszökik, és mindhárman New Yorkba tartanak, hogy a társaság nyomkövető rendszerét kiiktassák. Linderman beavatja Nathan-t a tervébe, amelynek első mozzanataként Nathan megnyerné a választást, majd egy robbanás során New York lakosságának fele elpusztulna. Peter és Sylar összecsapnak, mely során szörnyű tragédia következik be...Isaac elkészíti utolsó festményét és a képregény utolsó rajzait, majd megadóan várja Sylar megérkezését. Linderman, miután Niki nemet mond neki, Candice-szel elraboltatja Micah-t. Hiro és Ando eközben egy véletlen folytán 5 év múlva, a jövőben kötnek ki.

Hiro és Ando a jövőben találkoznak Hiro-val, akitől megtudják, hogy a robbanás után sötét kor köszönt majd be. A képességekkel rendelkező embereket ugyanis üldözik, mozgásukat korlátozzák, szaporodásukat tiltják. A jövőbeni Hiro-t pedig terrorista múltja miatt üldözik, aki azzal küldi vissza Hiro-t a jelenbe, hogy ölje meg Sylar-t, csakhogy Matt elfogja. A jövőbeni Hiro ezért Peter-hez fordul segítségért. Időközben Matt megtalálja a bujkáló Claire-t is és hazaviszi az apjához, Nathan-hez, aki az Egyesült Államok elnöke. Nathan-ről aztán az is kiderül, hogy nem más, mint az alakot váltott Sylar.

Hiro és Ando visszatérnek a jelenbe és elindulnak veszélyes küldetésükre, amelyben meg kell találniuk Sylar-t, hogy Hiro megölhesse, és ezzel megmentse a világot. Amikor pedig Sylar nyomába szegődnek, tanúi lesznek annak, ahogyan Sylar megöli az édesanyját. Peter-nek sikerül meggyőznie Claire-t, hogy maradjon vele és segítsen megakadályozni a robbanást. Jessica és DL, Micah keresésére indulnak. Suresh-t ráveszi Thompson, hogy segítsen neki Sylar megtalálásában, illetve Molly Walker meggyógyításában. Hiro a döntő pillanatban nem képes megölni Sylar-t, miközben Peter átveszi Ted képességét, amit képtelen uralni.

Hiro és Ando az eltört kardot szeretné megjavíttatni. Hiro később a kardjavító műhelyében találkozik az édesapjával, akiről kiderül, hogy mindvégig tudott Hiro küldetéséről. Bennet elküldi a városból Claire-t, Peter-t és Ted-et, miközben ő Matt-tel együtt a nyomkövető rendszert próbálja kiiktatni. Sylar meggyilkolja Ted-et, s ezáltal elnyeri Ted képességét, Peter pedig rádöbben, hogy talán Sylar lesz a robbanó ember. Bennet és Matt számára világossá válik, hogy a "nyomkövető rendszer" nem más, mint maga Molly Walker. Linderman a választáson - Micah segítségével - fölényes győzelemhez segíti Nathan-t. Niki és DL miközben Micah-t keresik, megölik Linderman-t.

Niki a sebesült D.L.-t hátrahagyva tovább keresi Micah-t. Bennet és Matt, Suresh támogatásával előbb Peter, majd Sylar megtalálását kéri Molly-tól. Hiro megmenti Sylar-től Ando-t, miközben Sylar elpusztítására készül. Nathan, az anyja és Claire társaságában a robbanást megelőzően el akarja hagyni a várost, ám Claire megszökik, és Peter keresésére indul. Peter a különös "időutazása" és Mr. Bennet hatására úgy dönt, hogy ismét megmérkőzik Sylar-rel.

A második szezon négy hónappal később veszi fel az első évad végén elejtett szálakat. Új hősöket ismerhetünk meg, köztük a hányattatott sorsú dél-amerikai testvérpárt, Alejandrót és Mayát. Van olyan hős, akitől el kell búcsúznunk, ám akad olyan is, akiről csak azt hisszük. Hiro még mindig a múltban keresi a kiutat, s megpróbálja megmenteni Takezo Kensei-t, de rájön, hogy ő nem az, akinek hitte. Maya és Alejandro a rendőrség elől menekülnek és az Egyesült Államok felé tartanak. A Bennet család eközben inkognitóban új életet kezd Kaliforniában. Matt nyomozóvá válik, ám Molly továbbra is rémálmokkal küzd. Mohinder pedig beépül a Társaságba.

Hiro - Takezo Kensei képét magára öltve - megmenti Yaeko-t és ráveszi Kensei-t, hogy továbbra is segítsen. Kaito gyilkosa Angela Petrelli-re is lecsap, ám ezúttal sikertelenül. Claire újra meg újra tágítja képessége határait, amit azonban West is meglát. Peter eközben kénytelen alkuba bocsátkozni, az őt megtaláló írekkel. Mohinder Suresh a terv részeként meggyógyítja a Haitit, aki később csatlakozik Bennet- hez.

Hiro-nak végre sikerül hőst faragnia Takezo Kensei-ből. Claire eközben megtudja, hogy egykor West is kapcsolatba került a Társasággal. Maya szerencsésen kiszabadítja a börtönbe került Alejandro-t. Mohinder pedig megtalálja Isaac végső képsorozatának utolsó darabját, ami baljós jövőt fest Bennet-nek. Kiderül, hogy ugyan Sylar még él, de kénytelen rádöbbenni, hogy nem működnek a képességei...

Miközben Micah megpróbál alkalmazkodni az új életéhez, Monica felfedezi a képességét. Claire sehogyan sem tud elszakadni West-től, ezért inkább az apjának hazudik. Angela eközben magára vállalja Kaito Nakamura megölését. Matt információkat vár Nathan-től a valódi gyilkos megtalálásához, s megdöbbentő felfedezést tesz rég nem látott apjáról. Ekkor pedig Molly-t hívja segítségül...

Peter-t nagy erőkkel keresi a Társaság, és úgy tűnik, hogy rá is bukkannak Írországban. Peter viszont nem akarja felfedni a múltját, még saját maga előtt sem. Eközben Brooklynban Suresh és Parkman, Molly segítségével rájönnek, hogy a rendőr apja is benne van a dolgokban, akivel Parkman már 25 éve nem találkozott. Molly azonban majdnem az életét veszti a segítségnyújtásban...Monica rájön, hogy milyen képességekkel rendelkezik, és megpróbálja feltérképezni, hogy mennyit is tud...

Peter el szeretne jutni Montrealba - ám csak egyedül. Eközben Hiro megpróbálja helyreállítani a történelmet és a múltat, a szerelme azonban erősebbnek bizonyul. Kim bekerül végre a pom-pomlány csapatba, pedig a próbatétel nagyon nehéznek bizonyul számára. Ám a barátja segítségével végül megtanítják a csapat vezetőjét arra, hogy nem szép dolog megalázni másokat. Ukrajnában pedig eközben rátalálnak a többi festményre is...

Peter végre eljut Montrealba, ám onnan egy szemvillanás alatt New Yorkban találja magát. A város teljesen kihalt, nincs senki sem, aki életben maradt volna a pusztító vírus után. Peter később találkozik az anyjával, de közben szem elől veszíti Caitlin-t. Hiro megmenekül, majd elpusztítja a Fehérszakáll összes fegyverét, de Kensei-t is meg kell ölnie. Claire és West lebuknak, amikor Claire apja váratlanul hazaér, Niki pedig Matt hatására megpróbálja megölni Paul-t.

Az epizód bemutatja, hogy egykor miről is maradtunk le... Most tényleg mindent megtudhatunk a hősökkel történtekről! Vagyis azt, hogy hogyan veszítette el az emlékezetét Peter? Miért halt meg Nicole férje, és hogyan került Micah a nagymamájához? Paul pedig miért üldözte Adam-t és Peter-t? És vajon hogyan épült fel Nathan ennyire gyorsan a súlyos égési sérüléseiből.

Mr. Bennet elhatározza, hogy biztonságos helyre költözteti a családját, mert úgy gondolja, hogy a Társaság jó nyomon halad, hogy megtalálja őket. Ám Claire egyáltalán nem rajong az ötletért. Hiro visszatér a jelenbe és döbbenten értesül az édesapja haláláról, majd úgy dönt, hogy ismét visszautazik a múltba, hogy megakadályozza a tragédiát. Eközben pedig Matt azon dolgozik, hogy hogyan tökéletesítse a legújabb képességét.

Miután a Bennet család azt hiszi, hogy az édesapa meghalt, úgy döntenek, hogy elköltöznek. Claire pedig mélyen gyászolja őt. Miközben a hamvait szórják szét, Claire felfedezi az őt figyelő Elle-t, majd megfenyegeti, hogy mindent kitálal a nagyközönség előtt, így pedig nekik kell majd menekülniük. Suresh lakásában Syler Molly-val fenyegeti meg az orvost. Eközben Peter és Adam a vírus hollétét kutatják fel, s amikor már éppen megtalálnák, Hiro közbelép.

Claire megtudja, hogy az apja még életben van, ám ez cseppet sem könnyíti meg a helyzetét. Maya rájön, hogy Syler ki is valójában és Molly segítségével azt is megtudja, hogy ő ölte meg az öccsét. Suresh a laboratóriumba viszi őket, mert tudja, hogy ott kamerával figyelik. A terve be is jön, mert Elle meglátja Syler-t és megmenti az életüket. Sylar-nek azonban sikerül elmenekülnie. Niki és Micah, Monica segítségére sietnek, de a házat felgyújtják, Niki pedig bennragad.

Négy évvel később járunk a jövőben, amikor is Claire fegyvert szegez Peter-re, és meg akarja ölni. A férfi hiába ígéri, hogy visszatér a múltba és mindent helyrehoz, Claire mégis rálő. Peter-nek ezért meg kell állítania az időt. A jelenben később Nathan-t a jövőbeli Peter meglövi, hogy elmaradjon a sajtótájékoztató, ahol felfedné a létezésüket. Sylar eközben Claire-re támad a képességéért. Hiro pedig üzenetet kap a halott apjától, ami a jövőjére vonatkozik. Suresh ez alatt rájön Maya-t vizsgálva, hogy honnan erednek a képességek, így beadja magának a szérumot...

Angela álmot lát, amelyben a képességekkel rendelekezők halottak, s csak Sylar és Tracy maradtak életben. Suresh új képessége a mozgásának felgyorsulása, s az érzékeinek kiélesedése, valamint, hogy tud falon mászni. Claire elmeséli Peter-nek, hogy mi történt vele. Tracy pedig felkeresi Nathan-t, és felajánlja neki a helyettes szenátori széket. Sylar eljut az 5-ös szintre, amikor is robbanás történik, s a rabok kiszabadulnak. Angela veszi át a hatalamat a Társaság élén. Claire-re pedig az anyja vigyáz majd, hogy a kiszabadult rabok ne bánthassák. Ekkor pedig különös dolog derül ki Sylar-ről...

Sylar csatlakozik az 5. szint munkájához, így Noah Bennet partnere lesz. Claire eközben részt akar venni a Föld megmentésében, s a vérszerinti anyját kéri meg, hogy segítsen neki. Tracy nyomozni kezd Niki után, és Micah-val is találkozik. A jövőbeli Peter pedig magával viszi a jelenben élőt, hogy megértesse vele a cselekedeteit. A szökött bűnözők bankrablását később Noah és Sylar közösen akadályozzák meg...

Suresh kezdi megtapasztalni magán a mellékhatásokat, amely a formula beadásával jár. Tracy eközben eljut Dr. Zimmermannhoz, akitől megtudja, hogy még két testvére volt, és mindnyájuk génjeit manipulálták. Nathan eközben végre felesküszik. Tracy pedig fel akarja adni a tanácsadói állását, és öngyilkosságot kísérel meg, de a férfi megmenti. A jövőbeli eseményekbe aztán Matt álmain keresztül láthatunk bele...

Claire segíteni akar a társaságnak, ezért úgy dönt, hogy egyedül kutatja fel az Ötös szint szökevényeit. Hiro eközben kiszabadítja Adam Monroe-t, hogy a segítségével a "gyorshajtó" nyomára bukkanjanak. Nathan pedig megtudja az anyjától, hogy nem Istentől, hanem egy orvostól kapta a képességeit. Maya később felfedezi Suresh titkát...

Meredith egy őrült fogságába kerül, amikor elindul, hogy megmentse Claire-t. Adam Monroe segítségével eközben Petrelli visszanyeri az erejét. Daphne és Matthew pedig találkoznak egymással. Nathan és Tracy felkeresik Suresh-t, mert a lány meg akar szabadulni a képességétől, ám csapdába esnek. Peter a Pinehearst-höz készül, Sylar azonban meg akarja akadályozni...

Suresh elmegy a Pinehearst-höz, ahol Mr. Petrelli a szeme láttára veszi el Maya képességét. Ezt látva pedig csatlakozik a kutatócsoporthoz. Elle és Claire úgy döntenek, hogy ők is elmennek a Pinehearst-höz, hogy megtudják, mit kínálnak nekik. Mr. Petrelli eközben megbízza Daphne-t, hogy ölje meg Matt-et. Suresh Peter-en akar kísérletezni, amikor is Sylar siet a segítségére. Nathan pedig megtudja, hogy él az apja, így találkozni akar vele...

Hiro lehetőséget kap rá, hogy betekinthessen a múltba, így az egy évvel korábbi eseményeket ismerhetjük meg. Láthatjuk Mr. Petrelli állítólagos halálát, valamint a Lindermann által elkövetett gyilkossági kísérletet Nathan ellen, és azt is megtudhatjuk, hogy Claire anyjából hogyan lett ügynök...

Peter elmondja Claire-nek, hogy a jövőben gyilkossá fog válni, és megöli őt. Matt eközben megpróbál segíteni Angela-nak, ám ehhez be kell férkőznie a fejébe. Syler megtanulja az együttérzés képességét, így pedig megkapja Elle képességét is. Daphne bevallja Matt-nek, hogy szereti, s ezzel megmenti magukat és Angela-t is. Hiro pedig azt hiszi, hogy 10 éves, mert Arthur törölte az emlékezetét, így Ando-nak kell újra megtanítania a képessége használatára...

Suresh rájön, hogy a napfogyatkozásnak köze van a képességekhez. Eközben pedig mindkét oldal rájön, hogy Claire a katalizátor, így Angela el akarja rejteni a lányt, míg Arthur Sylar-t küldi felkutatni őt. Elkezdődik hát a napfogyatkozás, és mindenki elveszíti a képességét, így amikor Claire-t meglövik, egyáltalán nem gyógyul. Peter és Nathan eközben elindulnak, hogy felkutassák a Haiti-t, ám csapdába esnek...

A napfogyatkozás végeztével mindenki visszakapja a képességét. Claire a halálból tér vissza, Matt a gondolatokon keresztül végre megérti Elle-t, és Haiti elveszi a gonosz testvére képességét. Claire-nek kell hát segíteni Hiro-nak visszakapni az emlékeit. Bennet elmondja Sylar-nek, hogy Arthur és Angelica nem a szülei, csak manipulálják őt. Suresh testében eközben pedig újra növekszik a szörnyeteg...

Nathan úgy dönt, hogy a Pinehurst élére áll, ám az apját kihagyná a terveiből. Sylar eközben újra a képességekre vadászik, mert tudni akarja az igazságot a származásáról. Hiro-t pedig meggyógyítja a múltban az édesanyja, így visszatérnek az emlékei. Peter és a Haiti ez alatt elindulnak, hogy megöljék Arthur-t...

Ando beadja magának a Suresh-től lopott formulát, hogy megkapja az időutazás képességét és megmenthesse Hiro-t, ám nem minden megy zökkenőmentesen. Sylar eközben fogságba ejti Angela-t, Claire-t és a szüleit, hogy bosszút álljon, amiért szörnnyé tették őt. Peter pedig elkezdi a Pinehearst laborját tönkretenni, Nathan azonban mindent megtesz, hogy ezt megakadályozza...

Nathan és Angela úgy döntenek, hogy begyűjtik a képességekkel rendelkezőket. Tracy-re és Suresh-re így máris sor kerül. Claire eközben kihallgat egy telefonbeszélgetést anya és fia között, így megtudja, hogy Parkman a következő. Értesíti hát erről Peter-t, s megpróbál segíteni a férfin, ám elfogják őket is...

A repülőgép lezuhanása után több fogoly is kiszabadul, akiknek most már a lelövésére kapott parancsot a begyűjtő csapat. Parkman az új képessége segítségével rájön, hogy Nemesis bajban van, így megpróbál segíteni neki. Sylar eközben elfog egy ártatlan családot, hogy a túszul ejtett ügynököt beszédre bírja. Peter pedig a néhány szökevény élére állva megfogadja, hogy mindent megtesz Nathan hatalmának megdöntéséért...

Az Ellenállók megkérik Claire-t, hogy figyelmeztessen egy képességgel rendelkező fiút a kormányügynökök érkezésére. Így a lánynak a saját apjával kell ismét szembeszállnia. Sylar Luke-kal a szüleihez tart, amikor is egy közúti fotó segítségével Nathan csapata a nyomába ered. Majd Tracy manipulálásával Nathan megszerzi az elnök megbízottjának támogatását a programjához...

Peter, Suresh és Matt elrabolják Noah Bennet-et, hogy Parkman a fejébe jutva információkat szerezzen az Ellenállók számára. Később aztán rájönnek, hogy Nathan és Bennet együtt hozták létre a kormányszervezet által támogatott programot, mely a képességgel rendelkezőket gyűjti be, majd aztán arra is, hogy ki a vezetőjük...

Claire anyja rájön, hogy a lánya Alex-et rejtegeti a házukban, majd az első mérgén túljutva megpróbál segíteni a fiataloknak. Peter és Matt betörnek a 26-os létesítménybe, hogy Daphné nyomára bukkanjanak, közben pedig bizonyítékot szereznek Nathan szervezete ellen, és Daphné-ra akarják elcserélni. Peter megsérül az akció során, de az anyja és a testvére megmentik őt. Sylar pedig az emlékei hatására, amelyek az ismerős helyeken törnek rá, teljesen meggyűlöli az apját...

Danko Tracy-n keresztül akarja bizonyítani, hogy Nathan is rendelkezik képességgel. Sylar megtalálja az apját, ám amikor meg akarja ölni, rájön, hogy az öreg haldoklik. Claire úgy dönt, hogy jelentkezik a képregény boltba Alex helyére, hogy a "menekültek" ne az otthonában keressék. Angela eközben mindent megtesz azért, hogy Danko-t eltávolítsa Nathan közeléből...

Miután Danko rájön, hogy Nathan is különleges képességekkel rendelkezik, úgy dönt, hogy Angela-t is elfogja, ám a terve kudarcba fullad. Tracy kiszabadul a 26-os létesítményből és magával viszi Suresh-t, Nemesis-t és Matt-et is. Nemesis-t azonban egyből kórházba kell vinni, mert a lőtt sebét még nem látták el. Tracy a Bennet-tel kötött alku értelmében elvezeti Danko embereit a Lázadóhoz, ám amikor megtudja, hogy az álnév kit takar, megbánja az árulását...

Denko és Sylar szövetséget kötnek egymással. Az alakváltó után nyomoznak, amikor megtalálják, s éppen Sylar alakjában van, így amikor megölik, Bennet azt hiszi, hogy a veszélyes pszichopata immár halott. Peter megmenti Angela-t, az asszony azonban nem képes álmodni, ezért abba a templomba mennek, ahol annak idején Arthur-ral összeházasodtak, hogy megnyugvást leljen a lelke. Nathan eközben Mexikóba viszi Claire-t, ám nincs pénzük, így a férfi fogadást ajánl néhány turistának...

Matt akkora fájdalmat akar Danko-nak okozni, amekkora neki Nemesis elvesztése volt, ezért csapdába csalja őt. Később Ando-ék mentik meg attól, hogy kegyetlen gyilkossá váljon, vagy ő maga haljon meg. Angela álma eközben elvezeti a családot arra a helyre, ahol minden elkezdődött. Bennet pedig rájön, hogy a holttest nem Sylar-é, ám nem tudja bizonyítani, így menekülnie kell...

Nathan nagyon szeretné rendezni a viszonyát Peter-rel, ám a fiatalabbik testvér nem könnyíti meg a dolgát. Angela érzi, hogy a húga, aki az időjárást képes befolyásolni, még életben van, annak ellenére, hogy 1961 óta már halottnak hitte. Eközben pedig Suresh is csatlakozik a csoporthoz...

Matt úgy gondolja, hogy a fiának az anyjánál van a helye, azért visszaviszi a kisfiút, ám közben ügynökök veszik körül a házat. Sylar pedig már nem tudja, hogy ki is ő valójában, így amikor egyedül van, az anyjával beszélget. Találkozik Micah-val, és megmenti a fiú életét. Nathan-nek pedig eközben meg kell akadályoznia, hogy Sylar az ő alakjában találkozzon az elnökkel...

Angela arról álmodik, hogy Matt Parkman fogja Nathan életét megmenteni, ezért megpróbálja a férfit megtalálni. Hiro szervezete eközben nem bírja, hogy a férfi állandóan megállítja az időt, így folyton rosszul van, de nem engedi Ando-nak, hogy segítsen neki. Peter-nek kell később Sylar eszén túljárni ahhoz, hogy legyőzhessék a férfit...

Hőseink megpróbálják feldolgozni a közelmúlt eseményeit. Vannak közülük, akik visszatérnek hétköznapi életükhöz, mint Matt és Claire, mások pedig igyekeznek jóra használni a képességeiket, mint Hiro és Ando. Sylar személyisége kezdi elnyomni Nathan-ét, és egy új titokzatos karneváli klán is felemelkedőben van.

Claire holtan találja a szobatársát. Hiro közben megpróbálja helyrehozni a múlt tévedéseit, Matt pedig újra használni kezdi a képességét. Peter segélykérő telefont kap, majd Noah is felbukkan az otthonában...

Peter kénytelen szembenézni tettei következményeivel, sőt egy női hőssel is találkozik. Samuel közben vissza akarja szerezni bátyja emlékeit. Matt-nek meg kell birkóznia belső démonjával, míg Claire nem tudja, hogy mitévő legyen, hogy féltve őrzött titka kiderült...

Hiro-t kéri fel azzal a testvére, hogy kísérje őt az oltárhoz, de Ando ezt az ötletet kétellyel fogadja. Eközben pedig mindent megtesz azért, hogy megelőzze egyik munkatársuk halálát. Nathan új képességekre tesz szert, és különböző emlékek gyötrik, amelyek nemcsak a sajátjai...

Nathan halálával Syler visszakapja saját testét, ám az emlékei még homályosak. Samuel elhatározza, hogy napnyugtáig megtalálja bátyja megüresedett helyére a megfelelő embert. Claire rájön, hogy szobatárásval, Gretschen-nel nincs minden rendben, miközben Emma képessége egyre jobban felerősödik...

Samuel segítségével Sylar kezd visszaemlékezni a valódi énjére. Peter és Noah közben útra kel, hogy találjanak valakit, aki megmentheti Hiro életét. Emma-t félelemmel tölti el a képessége, de Hiro próbálja vele megértetni, hogy ez egy jó dolog...

Sylar tovább kínozza Matt-et. Becky pedig mindent megtesz, hogy minél jobban elszigetelje Claire-t mindenkitől, s persze elég jó munkát végez. Noah megpróbálja helyrehozni múltbéli hibáját és kiszabadítani Jeremy-t az előzetesből, Tracy közbenjárásával...

Samuel mindent bevet, hogy hasson Hiro-ra, hogy hagyja Rachel-t meghalni, különben a dolgok folyása másképp alakulhat a legapróbb változtatástól is. Hiro azonban inkább az érzéseire hallgatna...

Claire megpróbálja kideríteni, hogy ki a felelős Gretchen megtámadásáért és Annie meggyilkolásáért. Sylar továbbra is kontrollálja Matt cselekedeteit, Peter pedig Emma-nak segít az újonnan szerzett képességével...

Matt folytatja harcát az elméjét megszállt Sylar-rel. Tracy a képességét próbálja kordában tartani, miközben Samuel ráveszi Hiro-t, hogy szerezzen meg neki valamit Dr. Suresh-től...

A Bennet család Hálaadás-napi vacsorája felemásra sikerül. Hiro eközben visszamegy az időben Samuel egyik követőjével, és rájönnek, hogy ő felelős Joseph haláláért...

Váratlan látogatók fogadják H.R.G.-t. Samuel terve kezd megvalósulni. Az igazságért küzdő Péter szélsőséges intézkedéseket tesz, hogy megszerezze, amit aka. Claire útja meglepő irányba vezet.

Claire úgy határoz, hogy eltölt pár napot a vidámparkban, de kezdi sejteni, hogy ez nem csak az ő döntésén múlik. Hiro újabb utazást tesz térben és időben, de elméje játszik vele, így nehezére esik kapcsolatba lépnie Ando-val. Nathan temetésén eközben sok barát részt vesz, hogy méltóképpen elbúcsúztassák...

Sylar minden várakozással ellentétben újból felbukkan Samuel vidámparkjánál. Miközben Peter és Claire a veszteséggel próbálnak megbirkózni, addig Bennet bármilyen eszközzel is, de információhoz akar jutni Samuel-ről. Edgar pedig új szövetségest talál.

Miközben Bennet Samuel gyengeségére próbál rájönni, hogy a közelébe férkőzhessen és megölhesse, Hiro és Ando Dr. Suresh megmentésén fáradoznak. Lydia pedig saját kezébe veszi az irányítást, ezért új vezető után néz.

Sylar látogatást tesz Claire-nél. Hiro múltbeli tettei közben nyilvánvalóvá válnak az agydaganata miatt. Samuel megpróbálja lenyűgözni az elveszett szerelmét, Vanessa-t, ám nem alakul minden a terve szerint.

Claire az apjához siet, hogy megbeszélhesse vele a történteket, de csak Lauren-t találja otthon. Sylar meglátogatja Matt-et, miközben Samuel megpróbálja visszaszerezni a társai bizalmát. Noah Bennet terve pedig egyre jobban összeáll, és ez a vidámpark végét jelentheti.

Peter megpróbálja visszahozni a valóságba Sylar-t, ugyanis a látomása szerint csak ő képes megmenteni Emma-t és a világot is. Samuel közben elhatározza, hogy felnyitja Claire szemét, hogy lássa, ki is valójában az apja és miket tett a múltban. Lauren pedig besurran a vidámparkba.

Miközben Noah élete egy hajszálon függ, Samuel százezrek megölésére készül. Peter-en és társain áll Emma és a világ megmentésének sorsa. A tömeg pedig egyre csak nő és nő, nem is sejtvén, hogy mi vár rájuk.