Amikor Mohinder Suresh, a genetika professzora értesül szintén genetikus édesapja haláláról, azonnal New Yorkba utazik, hogy megtudja mi történt az apja kutatásaival. Hamarosan azonban rá kell ébrednie, hogy nem csak ő szeretné megtudni, hogy az édesapja milyen eredményeket ért el az emberi evolúció terén végzett munkásságával, ami miatt annak idején el kellett hagynia a családját és a hazáját.

Matt Parkman rendőr hallja egy eltűnt kislány gondolatait Sylar egyik gyilkosságának helyszínén. Claire hősiessége a vonatbalesetnél nemkívánatos figyelmet irányít rá. Peter kezdi megérteni saját és bátyja képességeit. Hiro rátalál egy róla szóló képregényre, ami Isaachez vezeti őt és szörnyű dologgal szembesül.

A Nevada-i sivatagban Niki egy bizarr gyűrűt viselő csontvázra bukkan, mely üzenetet hordoz a számára. Nathan megpróbálja felhasználni az öccsét saját politikai karrierje érdekében, s ez már önmagában kikészíti Petert, aki eközben azért küzd, hogy megismerje a saját képességeit. Hiro - visszatérvén Tokióba - Isaac képregényét próbálja felhasználni, hogy meggyőzze Andót, higgyen neki és tartson vele a világ megmentésére. Claire romantikus éjszakája a suli-bulin váratlan fordulatot vesz. Matt a különleges képességeit latba vetve, megpróbál segíteni felkutatni a sorozatgyilkost Sylart. Mohinderék pedig hatalmas felfedezésre jutnak.

Matt ismeretlen helyen tér magához, ahol éppen a képességét tesztelik. Hiro és Ando Las Vegas kaszinóiban próbálnak szerencsét. Nathan is Vegasba utazik, ahol összetalálkozik Nikivel. Mohinderben egyre csak gyűlnek a kétségek, s végül úgy dönt, hogy visszautazik Indiába. Isaac újabb képeket fest a jövőről, miközben Claire véres bosszút áll Brodyn. Petert titokzatos idegen látogatja meg a jövőből.

Petert Hiro látogatja meg a jövőből, s azt a feladatot adja neki, hogy mentse meg a pom-pomlányt, s ezáltal a világot. Claire bevallja az apjának, hogy Brody mit tett vele, ezért az apja elküldi Brodyhoz a Haitit. Nathant elrabolják a szállodaszobájából, de sikerül megszöknie, majd kiderül, hogy a Nikivel töltött éjszakáját videóra vették. Mohinder kételkedni kezd abban, hogy van-e értelme a New York-i tartózkodásának. Janice és Matt között végre rendeződni látszanak a dolgok. Miután Hiro és Ando összevesznek, Hiro látja Nathant repülni, majd találkozik is vele. Peter felkeresi Isaacet és egyre inkább hisz abban, hogy Isaac valóban le tudja festeni a jövőt. Niki megtudja, hogy a férje megszökött.

Peter és Isaac a pom-pomlány kilétét igyekszik kinyomozni, miközben kiderül, hogy a nyomravezető festményt egy Las Vegas-i milliomos, bizonyos Lindermann vásárolta meg. Claire találkozik a vérszerintinek vélt szüleivel. Nikit felkeresi a férje, s kiderül, hogy DL is különleges képességgel bír, valamint, hogy Niki sötét énje, Jessica, időnként legyőzi Nikit. Hirót és Andót egy vegasi szerencsejátékos csalásra kényszeríti, miközben fültanúi lesznek egy szörnyű mészárlásnak. Suresh úgy dönt, hogy visszautazik Indiába, majd később Eden kilétéről meglepő dolog derül ki. Mr. Bennet soron következő kiszemelt áldozata Isaac.

Claire öccse, Lyle ellopja, majd megnézi a Claire öngyilkossági kísérleteit tartalmazó kazettát és ettől persze halálra rémül. Kiderül, hogy Nathan felesége tolókocsihoz kötött mozgássérült, majd amikor Nathan-t kikezdi egy újságíró, szorult helyzetéből éppen Peter menti ki. Matt és Audrey egy titokzatos gyilkos után nyomoznak, aki radioaktív sugárzás által szedi áldozatait. D.L. és Micah továbbra is menekülnek Niki/ Jessica elől. Az országúton véletlenül találkoznak Hiro-val és Ando-val, miközben közösen, a képességeik segítségével megmentenek egy balesetet szenvedett nőt. Peter megkéri Nathan-t, hogy szerezze meg a festményt Lindermann-tól.

Eden megpróbálja Isaac-ot leszoktatni a drogról és megtanítani arra, hogy anélkül is képes legyen lefesteni a jövőt. Hiro és Ando találkozik Charlie-val, egy rendkívül gyorsan tanuló, különösen éles eszű pincérlánnyal, akit Sylar hamarosan meg is gyilkol. Suresh úgy dönt, hogy Indiában marad, visszatér az egyetemi katedrához és elfelejti apja kutatásait, csakhogy újabb rejtélyekre bukkan. Matt rádöbben, hogy a sugárzást kibocsátó gyilkos, Ted ugyanolyan különleges képességgel bíró személy, mint ő, és a nyakán lévő jel arra utal, hogy korábban őt is elrabolták. Mr. Bennet erőszakkal ráveszi Eden-t, hogy Isaac-et mégis csak győzze meg arról, hogy drog segítségével fessen még egy képet, mert azt reméli, hogy így megmentheti Claire-t Sylar-től.

Claire elhorgássza a diáknapi királynői koronát Jackie orra elől. Nathan visszaszerzi Lindermann-tól a festményt, de miután Peter-t holtan látja rajta, tönkreteszi a képet. Jessica / Niki mesterlövész puskát vásárol, mert feltett szándéka, hogy megöli D.L.-t. Suresh a titokzatos álmai nyomába ered, s végül rábukkan a jelszóra, mellyel fel tudja törni apja számítógépét. Peter Simone-tól tudja meg, hogy mi volt a tönkretett festményen, így már azt is tudja, hogy mikor és hová kell mennie, hogy megmentse a pom-pomlányt. Isaac újabb festménye használhatatlannak bizonyul. Hiro visszautazik az időben, hogy megmentse Charlie-t, a kedves pincérlányt. Sylar összetéveszti Claire-t és Jackie-t, így Jackie-t megöli, Claire-nek azonban Peter segítségével sikerül egérutat nyernie. Claire bevallja az apjának a titkát.

Suresh apja, Chandra felkeresi az első jelöltet, a Gabriel Gray nevű órásmestert, és elmondja neki, hogy valószínűleg különleges képességgel bír. Claire végre magára öltheti a hőn áhított pom-pomlány egyenruhát. Hiro, miután a teleportálása hat hónappal korábbra sikerül, egyre jobban összebarátkozik Charlie-val. Niki-t felkeresi rég nem látott édesapja, akinek a feltűnése régi sebeket szakít fel, majd megjelenik Jessica. Peter úgy dönt, hogy házi ápoló lesz. Egy buliból hazafelé tartva Nathan-t és Heidi-t baleset éri, s ekkor Heidi lebénul. Matt ismét elhasal a nyomozóvizsgán, miközben a házassági problémái egyre mélyülnek. Chandra Claire apját is megkeresi azzal, hogy Claire vélhetően különleges személyiség. Gabriel-t feldühíti, amikor Chandra közli vele, hogy tévedett, s még sincs különleges képessége. Sylar ekkor pedig színre lép.

Matt és Audrey Sylar után nyomoznak az iskolai gyilkosság helyszínén. Jessica megsebesíti D.L.-t, akinek Micah-val együtt mégis sikerül tovább menekülnie. Sylar-t bezárják, és a képességeit Claire apja és a munkatársai vizsgálni kezdik. Suresh visszatér New Yorkba, és értesíti az FBI-t a várható gyilkosságokról. Eden hozzásegíti Isaac-et a szökéshez, így Isaac hamarosan felveszi a kapcsolatot Hiro-val. Claire megtudja, hogy Peter-nek is különleges képességei vannak. Claire apja elküldi a Haitit mindenkihez, aki tudhat lánya képességéről, beleértve Claire-t is. A Haiti azonban "megkegyelmez" Claire-nek. Matt eközben arra gyanakszik, hogy Claire apjának köze lehet az emberrablásokhoz és Sylar-hez is. Niki miután rádöbben, hogy veszélyt jelent a fiára, feladja magát a rendőrségen. Eden és Sylar képességei összecsapnak, ezalatt pedig Peter megérti, hogy a mindent másoló képessége mindenki vesztét okozhatja.

Claire egy nehezebben viseli, hogy hazudnia kell az apjának arról, hogy semmire sem emlékszik, miközben megkísérli Zach emlékeit visszahozni. A Sylarrel való kísérletezés ezalatt Sylar életét fenyegeti. Matt igyekezete, hogy Claire apjára bizonyítson valamit, kudarcba fullad, míg Peter kómában fekszik, s az orvosok nem tudják, hogy mi baja. D.L. visszaadja a pénzt Lindermannek, remélve, hogy ezzel tisztázhatja magát. Niki nagyon szenved a börtönben, majd sikerül elérnie, hogy átszállítsák egy elmegyógyintézetbe. Bár Hiro képességei átmenetileg nem működnek, mégis megpróbálja megszerezni a "kardot". Suresh megtudja, hogy Eden meghalt és, hogy neki is volt különleges képessége. Hiro, Isaac és Simone Nathant győzködik, hogy higgyen a képességeikben, miközben Peter magához tér és egy újabb különleges képességű emberrel találkozik.

Peter összetalálkozik a láthatatlan emberrel, Claude-dal, s megpróbálja rávenni őt, hogy tanítsa meg uralni, illetve irányítani a képességeit. Sylarrel a legkülönfélébb kísérleteket végzik a titkos Primatech-laborban. Sylar pedig később elhiteti a laborvezetővel, hogy meghalt. Hiro és Ando a szamuráj kardot keresik, melynek során elrabolják őket. Nathan felkeresi Suresh-t, annak reményében, hogy együtt, közös erővel megtalálhatják Petert. Claire pedig Zach segítségével eltűnt édesanyját próbálja megtalálni. Nikihez eközben a börtönben egy pszichiátert küldenek. Mattet a sikertelen Primatech akció után hat hónapra felfüggesztik.

Jessica megtámadja a Niki-hez kirendelt pszichiátert. Sylar csapdába ejti Mr. Bennettet, miközben ő kiszabadul és a házukba indul, ahol megtámadja Claire anyját. Simone megkéri Isaacet, hogy próbálja meg megtalálni Petert. Claire felkeresi a vérszerinti anyját, akiről megtudja, hogy szintén különleges képességgel bír. Hiro és Ando elrablójáról kiderül, hogy nem más, mint Hiro apja és az a célja, hogy Hirót visszavigye Japánba. Claude egyre keményebben képzi Petert, aki viszont komoly ellenállást fejt ki. Nikit váratlanul kiengedik a börtönből.

Claire nem kap választ az édesanyjától, hogy ki is a vérszerinti apja. Beszélgetésüket kihallgatva csak annyit tud meg, hogy az apja gazdag és befolyásos ember, aki nem akarja őt megismerni. Claire anyja, miután Sylar megtámadta, és a Haiti törölte a rossz emlékeit, szörnyű fejfájással küzd. Claire pedig az apjára dühös, mert sejti, hogy az ő keze van a dologban. Jessica miután Niki-t a tükörbe zárta, átveszi a helyét a családban. Majd később bérgyilkosnak áll Linderman-nál, s első megbízatása egy Malsky nevű ember, aki Matt-tet fogadja fel testőrnek. Suresh-t végre visszahívja egy Zane Taylor nevű, különleges képességű férfi, ám Sylar előbb ér Zane-hez, mint Suresh. Hiro és Ando Las Vegas-ban összetalálkoznak Reménnyel.

Ted Sprague-t, a radioaktív férfit egy titokzatos lány keresi fel, azt állítva, hogy tudja, kik rabolták el őket. Isaac felveszi a kapcsolatot Benettel és megígéri neki, hogy megkeresi Petert, majd hasonló ígéretet tesz Simone-nak is. Matt-tel váratlanul kapcsolatba lép Ted, akivel együtt Claire-ék házához mennek. Suresh és Sylar, akit Suresh Zane Taylornak hisz, felkeresik a szuperhallású Dale Smither-t, akit azonban Sylar, mielőtt még Suresh megvizsgálhatná, meggyilkol. Hiro a Las Vegas-i Reménnyel történt szerencsétlen kaland után úgy dönt, hogy elbúcsúzik Andótól. Petert és a láthatatlan Claude-ot megtámadja Mr. Bennet és a Haiti, és megpróbálják őket elrabolni. Claire anyja ájultan esik össze, majd kórházba kerül. Isaac pedig véletlenül szörnyű tettet követ el.

Bennet miután a Haiti segítségével megszöktette Claire-t, megpróbálja eltüntetni a lányhoz vezető nyomokat, Claire pedig ezalatt a Haiti társaságában menekül. Hiro még mindig a kardot szeretné megszerezni Lindermantól, de képtelen a közelébe férkőzni. Nathan az FBI-al szövetkezve megpróbálja lebuktatni Lindermant, akinek azonban Jessica a testőre. Suresh rájön, hogy akit ő Zane-nek vélt, valójában Sylar, s csapdát állítva neki meg akarja megölni. Ám még ő sem számol Sylar valódi képességeivel.

Mr. Bennet segítségével Matt és Ted megszökik, és mindhárman New Yorkba tartanak, hogy a társaság nyomkövető rendszerét kiiktassák. Linderman beavatja Nathan-t a tervébe, amelynek első mozzanataként Nathan megnyerné a választást, majd egy robbanás során New York lakosságának fele elpusztulna. Peter és Sylar összecsapnak, mely során szörnyű tragédia következik be...Isaac elkészíti utolsó festményét és a képregény utolsó rajzait, majd megadóan várja Sylar megérkezését. Linderman, miután Niki nemet mond neki, Candice-szel elraboltatja Micah-t. Hiro és Ando eközben egy véletlen folytán 5 év múlva, a jövőben kötnek ki.

Hiro és Ando a jövőben találkoznak Hiro-val, akitől megtudják, hogy a robbanás után sötét kor köszönt majd be. A képességekkel rendelkező embereket ugyanis üldözik, mozgásukat korlátozzák, szaporodásukat tiltják. A jövőbeni Hiro-t pedig terrorista múltja miatt üldözik, aki azzal küldi vissza Hiro-t a jelenbe, hogy ölje meg Sylar-t, csakhogy Matt elfogja. A jövőbeni Hiro ezért Peter-hez fordul segítségért. Időközben Matt megtalálja a bujkáló Claire-t is és hazaviszi az apjához, Nathan-hez, aki az Egyesült Államok elnöke. Nathan-ről aztán az is kiderül, hogy nem más, mint az alakot váltott Sylar.

Hiro és Ando visszatérnek a jelenbe és elindulnak veszélyes küldetésükre, amelyben meg kell találniuk Sylar-t, hogy Hiro megölhesse, és ezzel megmentse a világot. Amikor pedig Sylar nyomába szegődnek, tanúi lesznek annak, ahogyan Sylar megöli az édesanyját. Peter-nek sikerül meggyőznie Claire-t, hogy maradjon vele és segítsen megakadályozni a robbanást. Jessica és DL, Micah keresésére indulnak. Suresh-t ráveszi Thompson, hogy segítsen neki Sylar megtalálásában, illetve Molly Walker meggyógyításában. Hiro a döntő pillanatban nem képes megölni Sylar-t, miközben Peter átveszi Ted képességét, amit képtelen uralni.

Hiro és Ando az eltört kardot szeretné megjavíttatni. Hiro később a kardjavító műhelyében találkozik az édesapjával, akiről kiderül, hogy mindvégig tudott Hiro küldetéséről. Bennet elküldi a városból Claire-t, Peter-t és Ted-et, miközben ő Matt-tel együtt a nyomkövető rendszert próbálja kiiktatni. Sylar meggyilkolja Ted-et, s ezáltal elnyeri Ted képességét, Peter pedig rádöbben, hogy talán Sylar lesz a robbanó ember. Bennet és Matt számára világossá válik, hogy a "nyomkövető rendszer" nem más, mint maga Molly Walker. Linderman a választáson - Micah segítségével - fölényes győzelemhez segíti Nathan-t. Niki és DL miközben Micah-t keresik, megölik Linderman-t.

Niki a sebesült D.L.-t hátrahagyva tovább keresi Micah-t. Bennet és Matt, Suresh támogatásával előbb Peter, majd Sylar megtalálását kéri Molly-tól. Hiro megmenti Sylar-től Ando-t, miközben Sylar elpusztítására készül. Nathan, az anyja és Claire társaságában a robbanást megelőzően el akarja hagyni a várost, ám Claire megszökik, és Peter keresésére indul. Peter a különös "időutazása" és Mr. Bennet hatására úgy dönt, hogy ismét megmérkőzik Sylar-rel.