A második szezon négy hónappal később veszi fel az első évad végén elejtett szálakat. Új hősöket ismerhetünk meg, köztük a hányattatott sorsú dél-amerikai testvérpárt, Alejandrót és Mayát. Van olyan hős, akitől el kell búcsúznunk, ám akad olyan is, akiről csak azt hisszük. Hiro még mindig a múltban keresi a kiutat, s megpróbálja megmenteni Takezo Kensei-t, de rájön, hogy ő nem az, akinek hitte. Maya és Alejandro a rendőrség elől menekülnek és az Egyesült Államok felé tartanak. A Bennet család eközben inkognitóban új életet kezd Kaliforniában. Matt nyomozóvá válik, ám Molly továbbra is rémálmokkal küzd. Mohinder pedig beépül a Társaságba.

Hiro - Takezo Kensei képét magára öltve - megmenti Yaeko-t és ráveszi Kensei-t, hogy továbbra is segítsen. Kaito gyilkosa Angela Petrelli-re is lecsap, ám ezúttal sikertelenül. Claire újra meg újra tágítja képessége határait, amit azonban West is meglát. Peter eközben kénytelen alkuba bocsátkozni, az őt megtaláló írekkel. Mohinder Suresh a terv részeként meggyógyítja a Haitit, aki később csatlakozik Bennet- hez.

Hiro-nak végre sikerül hőst faragnia Takezo Kensei-ből. Claire eközben megtudja, hogy egykor West is kapcsolatba került a Társasággal. Maya szerencsésen kiszabadítja a börtönbe került Alejandro-t. Mohinder pedig megtalálja Isaac végső képsorozatának utolsó darabját, ami baljós jövőt fest Bennet-nek. Kiderül, hogy ugyan Sylar még él, de kénytelen rádöbbenni, hogy nem működnek a képességei...

Miközben Micah megpróbál alkalmazkodni az új életéhez, Monica felfedezi a képességét. Claire sehogyan sem tud elszakadni West-től, ezért inkább az apjának hazudik. Angela eközben magára vállalja Kaito Nakamura megölését. Matt információkat vár Nathan-től a valódi gyilkos megtalálásához, s megdöbbentő felfedezést tesz rég nem látott apjáról. Ekkor pedig Molly-t hívja segítségül...

Peter-t nagy erőkkel keresi a Társaság, és úgy tűnik, hogy rá is bukkannak Írországban. Peter viszont nem akarja felfedni a múltját, még saját maga előtt sem. Eközben Brooklynban Suresh és Parkman, Molly segítségével rájönnek, hogy a rendőr apja is benne van a dolgokban, akivel Parkman már 25 éve nem találkozott. Molly azonban majdnem az életét veszti a segítségnyújtásban...Monica rájön, hogy milyen képességekkel rendelkezik, és megpróbálja feltérképezni, hogy mennyit is tud...

Peter el szeretne jutni Montrealba - ám csak egyedül. Eközben Hiro megpróbálja helyreállítani a történelmet és a múltat, a szerelme azonban erősebbnek bizonyul. Kim bekerül végre a pom-pomlány csapatba, pedig a próbatétel nagyon nehéznek bizonyul számára. Ám a barátja segítségével végül megtanítják a csapat vezetőjét arra, hogy nem szép dolog megalázni másokat. Ukrajnában pedig eközben rátalálnak a többi festményre is...

Peter végre eljut Montrealba, ám onnan egy szemvillanás alatt New Yorkban találja magát. A város teljesen kihalt, nincs senki sem, aki életben maradt volna a pusztító vírus után. Peter később találkozik az anyjával, de közben szem elől veszíti Caitlin-t. Hiro megmenekül, majd elpusztítja a Fehérszakáll összes fegyverét, de Kensei-t is meg kell ölnie. Claire és West lebuknak, amikor Claire apja váratlanul hazaér, Niki pedig Matt hatására megpróbálja megölni Paul-t.

Az epizód bemutatja, hogy egykor miről is maradtunk le... Most tényleg mindent megtudhatunk a hősökkel történtekről! Vagyis azt, hogy hogyan veszítette el az emlékezetét Peter? Miért halt meg Nicole férje, és hogyan került Micah a nagymamájához? Paul pedig miért üldözte Adam-t és Peter-t? És vajon hogyan épült fel Nathan ennyire gyorsan a súlyos égési sérüléseiből.

Mr. Bennet elhatározza, hogy biztonságos helyre költözteti a családját, mert úgy gondolja, hogy a Társaság jó nyomon halad, hogy megtalálja őket. Ám Claire egyáltalán nem rajong az ötletért. Hiro visszatér a jelenbe és döbbenten értesül az édesapja haláláról, majd úgy dönt, hogy ismét visszautazik a múltba, hogy megakadályozza a tragédiát. Eközben pedig Matt azon dolgozik, hogy hogyan tökéletesítse a legújabb képességét.

Miután a Bennet család azt hiszi, hogy az édesapa meghalt, úgy döntenek, hogy elköltöznek. Claire pedig mélyen gyászolja őt. Miközben a hamvait szórják szét, Claire felfedezi az őt figyelő Elle-t, majd megfenyegeti, hogy mindent kitálal a nagyközönség előtt, így pedig nekik kell majd menekülniük. Suresh lakásában Syler Molly-val fenyegeti meg az orvost. Eközben Peter és Adam a vírus hollétét kutatják fel, s amikor már éppen megtalálnák, Hiro közbelép.