호스피스 간호사인 피터는 언제부터인가 하늘을 날 수 있을 것 같은 느낌을 갖게 돼 정치 지망생인 형 네이슨에게 이를 털어놓는다. 또 피터는 자신이 돌보고 있는 환자의 딸인 시 몬을 좋아하게 되는데, 시몬의 남자 친구 아이작은 마약에 취해 그린 그림이 실제 사건으 로 터져 현실화 되자 악마의 소행이라며 이를 막으려고 자살을 시도한다. 한편 인도에서 존경받는 유전학자였던 아버지가 특별한 능력을 지닌 자를 찾아 뉴욕에 갔다 돌아가셨다는 소식을 들은 모힌더 수레쉬는 아버지가 연구하던 이론을 쫓아 뉴욕으로 간다. 그리고 평범한 일본인 히로는 어느 날 갖게 된 특별한 힘을 개발시켜 뉴욕으로 공간 이동 을 하게 되고, 아들 마이카와 단 둘이 살던 니키는 돈을 갚지 못해 마피아에게 붙잡혀 위 기를 맞지만 거울 속에 비친 또 다른 자아가 그들을 살해한다.

고등학교 치어리더인 클레어는 아무리 다쳐도 상처가 안 나는 소녀. 그녀는 양아버지에게 친부모가 누군지 알고 싶다고 말하지만 아버지는 그녀가 어른이 될 때까지 기다리자고 한다. 피터는 자신이 투신할 때 형 네이슨이 날아올라 자신을 붙잡았다고 믿고 있지만 형은 말도 안 되는 소리라고 일축한다. 수레쉬는 연구실에 침입한 수상한 자와 격투하다 아버지를 알고 있는 이든이라는 젊은 아가씨를 알게 되고, 우연히 아버지의 연구 결과를 발견하고 그 일을 마무리 지을 결심을 한다. 니키는 자신도 모르는 사이에 빚 받으러 온 남자들이 자기 집 차고에서 죽어 있는 것을 발견하고 아들 마이카를 데리고 무작정 집을 떠나 도망친다. 번번이 형사 진급 시험에서 떨어진 경찰관 맷은 사건 현장에서 유괴된 아이가 속삭이는 소리를 듣고 아이의 행방을 알아내는데...

니키는 시신을 유기하려고 사막을 파다 남편의 부하임을 표시하는 반지를 끼고 있는 유골을 발견한다. 일본에서는 아무 소식 없이 이틀간 결근했던 히로가 사무실에 나타나 안도에게 시공이동으로 5주 후의 뉴욕에 갔다 왔다고 주장한다. 안도는 히로가 술에 취한 게 틀림없다면서 믿지 않지만 히로는 자신들이 현재 주고받는 대화가 그대로 묘사되어 있는 만화책을 보여주며 미래를 바꾸기 위해 함께 뉴욕으로 가자고 한다. 한편 뉴욕에서는 다시 한 번 날아보려고 연습하지만 실패한 피터가 형과 자신이 날았던 사실의 비밀을 풀고자 시몬의 아버지를 간호하는 일을 그만둔다. 아버지가 연구하던 게 무엇이었는지 알아내려고 애쓰던 모힌더는 노트북에 감춰져 있던 작은 수첩에서 사일로의 주소와 그의 집 열쇠를 찾아낸다. 텍사스의 클레어는 원정 경기에 응원 갔다가 자신을 성폭행하려는 남학생과 몸싸움을 벌이게 되고 부러진 나무그루터기가 뒷머리에 박혀 목숨을 잃게 되고...

초능력자들을 조사하는 정체불명의 고위 정부기관에서 일하는 베넷의 양딸 클레어는 과실치사로 죽지만 자연 재생력을 지닌 덕분에 기적적으로 되살아난다. 유전학자 모힌더는 초능력자에 관한 조사를 포기하고 인도로 돌아가려고 한다. 하지만 그때 피터가 찾아와 자신의 형인 네이슨의 비행능력과 화가 아이작의 미래예지 능력에 관해 말해준다. 아울러 피터는 자신은 초능력자의 옆에서 그 능력을 복제하는 것 같다고 말해준다. 한편, 화가 나면 난폭한 분신이 나타나 괴력을 발휘하는 싱글맘 니키는 빚을 없애주는 대가로 피터의 형, 네이슨을 유혹하는 일을 맡는다. 시공을 자유자재로 넘나드는 능력을 지닌 히로는 미래의 재앙을 막기 위해 다시 미국으로 날아와 피터를 찾아온다.

시간 이동을 통해 미래에서 피터를 찾아온 히로는 치어리더 소녀를 구해야 한다며 만화가인 아이작에게 가라는 메시지를 남기고 떠난다. 한편, 클레어는 아버지에게 브로디가 자신을 범하려 해서 일부러 사고를 냈다고 고백하고, 이에 분개한 클레어의 아버지는 브로디의 기억을 지워 버린다. 하늘을 날아 클레어의 아버지에게서 탈출한 네이슨은 식당에서 히로를 만나 같이 라스베이거스의 호텔로 돌아오고, 자신과 니키가 같이 찍힌 테이프를 이용해서 네이슨을 협박하려 하는 린더만 일당에게 오히려 4백만 달러를 달라고 요구한다. 아이작의 화실로 간 피터는 클레어를 구하기 위해 아이작이 완성하지 못한 그림을 완성하는데...

피터는 아이작의 집에서 히로 나카무라의 전화를 받고, 미래에서 온 사람으로부터 치어리더를 구하라는 말을 들었다며 뉴욕으로 와서 치어리더의 행방을 찾자고 히로에게 말한다. 클레어는 드디어 집으로 찾아온 친부모를 만나지만 자신의 정체에 대해 별다른 말을 듣지 못해 실망한다. 수레쉬가 아버지의 유해를 갖고 인도로 떠나자 이든은 그 사실을 클레어의 아버지에게 알리고 시간 여행자인 히로의 존재에 대해서도 알려준다. 한편 니키는 감옥에서 탈옥한 남편과 함께 그의 친구들을 찾아갔다가 지난번 자기 집 차고에서 봤던 것처럼 그들이 갈기갈기 찢긴 채 죽어있는 것을 발견하고 또 다시 혼란에 빠지는데...

시몬의 아버지가 사망하고, 클레어는 자신의 재생능력을 보여주는 테이프를 다시 찾지만 우연히 동생이 그 테이프를 보게 된다. 피터는 시몬이 린더만에게 판 그림을 되찾기 위해 형에게 찾아가고, 네이슨은 가족의 행복을 중시하는 자신의 선거 전략을 부각시키려고 유명한 칼럼니스트를 가족 브런치에 초대한다. 한편, 니키는 호킨스가 데려간 아들을 되찾아올 궁리를 하고, 히로는 교통사고를 당한 여인을 구하기 위해 시간을 정지시키는데…

인도로 돌아간 모힌더는 자신에게 5살 때 죽은 누나가 있었다는 사실을 알게 되고 환영을 통해 아버지가 미국으로 가게 된 이유에 대한 해답을 서서히 찾기 시작한다. 치어리더를 구하기 위해 텍사스에 간 히로와 안도는 식당에서 비상한 기억력을 가진 웨이트리스 찰리를 만나게 되는데, 찰 리가 사일러에 의해 살해되자 그녀를 구하기 위해 히로는 과거로 시간 이동을 한다. 한편 딸 클레어를 구하기 위해 베넷은 마약을 끊으려고 안간힘을 쓰는 아이작에게 다시 마약을 투여해 미래의 그림을 그리게 한다.

네이슨은 피터 몰래 피터가 찾던 아이작의 그림을 린더만에게서 구입해 아이작의 화실로 가져온다. 그림의 내용이 피터가 죽는 장면인 것을 본 네이슨은 그림 위에 페인트를 부어 버리고, 옆에 있던 시몬은 마음이 편치 않아 피터를 불러 이를 알리며 그림과 함께 왔던 디지털 사진을 피터에게 보여 준다. 이에 피터는 치어리더를 구하기 위해 텍사스의 오데사에 있는 유니온 웰스 고등학교로 향하게 된다. 클레어는 잭의 기지로 축제 여왕으로 뽑히지만 재키가 잭을 모욕하자 재키에게 주먹을 날린다. 베넷은 클레어를 살리기 위해 아이작에게 다시 마약을 투여해 그림을 그리게 하지만 클레어와 관련된 그림을 그리지 못하자, 재키에게 주먹질을 한 것을 이유로 클레어를 축제에 못 가게 외출 금지시킨다. 한편, 인도로 간 모힌더는 아버지 책상 서랍에 있던 "산조그 아이어"라는 소년을 통해 환영을 보며, 아버지의 행적을 알게 되고, 암호를 풀어 아버지가 컴퓨터에 저장해 놓은 초능력자들의 명단을 보게 된다.

6개월 전의 상황들이 펼쳐진다. 히로는 찰리를 구하기 위해 어제로 시간 이동을 하지만 시간 조절이 어긋나 6개월 전으로 돌아가게 돼 찰리와 함께 시간을 보내며 사랑에 빠진다. 네이슨은 간호사가 된 동생 피터를 축하하는 파티에서 집으로 돌아가다 린더만의 부하들의 습격을 받아 차 사고를 당하게 되고, 이때 공중부양의 능력이 발현되어 자신은 다치지 않지만 아내가 척추를 다쳐 대수술을 받는다. 이든은 베넷을 만나게 되고, 찬드라를 만나 자신이 특별한 능력을 가졌다는 것을 알게 된 사일러는 늘 원해 왔던 특별한 사람이 되고 싶은 욕심에 자신과 같은 초능력자를 하나씩 죽여 그 능력을 흡수하기 시작하는데...

클레어는 집에 오자 아빠에게 자신의 고백이 충격적이었냐고 묻는다. 베넷은 클레어에게 이미 알고 있었으며 앞으로 누구에게도 그 사실을 얘기하면 안 된다고 주지시키고 테이프도 없애라고 한다. 현장을 살피던 맷은 이번 사건이 사일러의 짓이며, 그 외 공범이 더 있을 것으로 잠정 결론을 내린다. 핸슨은 피터의 무혐의를 인정하지만 그에게 상처가 없음을 이상하게 여긴다. 아이작을 방문한 이든은 마약 없이도 그림을 그릴 수 있을 거라고 하며 자신는 떠난다고 한다. 찰리와 클레어를 구하지 못해 절망하던 히로는 아이작으로부터 만나자는 전화를 받는다. 핸슨은 클레어를 면담하지만 아무런 정보도 얻지 못하고, 밖에서 엿듣던 맷은 뭔가 또 이상한 방해가 느껴져 아무것도 듣지 못한다. 잭과 라일의 기억이 지워진 것에 놀란 클레어는 베넷에게 전화를 걸고, 그 때 나타난 아이티인의 ‘기억이 지워진 척 하라’는 제의에 응한다. 구금에서 풀려난 피터는 심한 환영에 쓰러지고 네이슨은 피터를 살리려 애를 쓴다.

교도소에 갇힌 니키는 제시카의 동행에 마음이 불편하고, 변호사는 니키에사 사형이 구형될 것이라고 말한다. 니키가 계속 다중인격자의 모습을 보이자 변호사는 정신과의사에게 니키를 인도하려 한다. DL은 린더만에게 2백만 달러를 건네주고 자신의 혐의를 벗는다. 클레어는 자신의 정체성을 되찾기 위해 잭에게 전처럼 비디오테이프를 찍게 한다. 맷의 제안에 상부에서 베넷의 제지공장을 수색하지만 밀실을 발견하지 못하자 핸슨 요원은 맷과의 절연을 선언한다. 히로는 박물관에서 검을 꺼내오지만 그건 모조품이었다. 시몬과 아이작의 화실에 간 메디슨은 거기서 히로를 만나고 여러 정황상 피터의 믿음이 크게 틀리지 않았다는 마음에 그들에게 협력하기로 한다. 모힌더를 찾아 온 베넷은 그에게 손잡을 것을 권하지만 모힌더는 강력히 거부한다. 집에 돌아온 맷은 아내와 화해하고 자신의 비밀을 밝힌다.

피터는 투명인간 클로드에게 통제능력을 가르쳐 달라고 애원하지만 그는 냉정히 거절한다. 맷은 제니스에게 제지공장의 비리를 끝까지 파헤쳐 내고 말 것이라고 하며 인사 사정회에 갔다가 6개월 정직처분을 당한다. 풀이 죽어 돌아온 맷을 맞이한 제니스는 맷을 위로하며 둘의 결혼생활엔 이상이 없을 것이며 아기를 가졌다고 얘기한다. 베넷은 치료진에게 사일로를 자신의 허락 없이는 죽지 못하게 하라고 했으나 결국 죽었다는 전화를 받았으나 치료실엔 사일러 대신 치료진의 시체가 누워있다. 네이슨은 피터를 찾기 위해 모힌더와 만났다가 그와 함께 피터의 일에 협조하기로 하고 함께 네이슨의 집으로 온다. 자신의 정체성을 찾고 싶은 클레어는 아이티인을 만나 그의 친모는 아파트 화재로 죽었고 그의 친부는 누군지 모른다는 소리를 듣는다. 잭과 도서관을 찾은 클레어는 14년 전 아파트 화재사고 기록에서 사망한 여성의 이름이 메러디스 고든이라는 것을 알아낸다. 전화번호부를 뒤져 메러디스 고든과 통화하게 된 클레어는 자신이 그녀의 딸이라고 밝힌다. 엄마를 잃어버려 방황하는 마이카는 돈에 쪼들리는 아빠를 보고 거리 현금지급기에서 현금을 불법 인출해 온다. 히로는 낯선 남자에게 납치되나 그건 그를 말리려는 그의 아버지의 계획이었는데...

피터는 투명인간을 따라다니며 가르쳐 줄 것을 청한다. 거리에서 여성의 핸드백을 날치기하고 서있던 피터는 투명인간 작동에 실패해 낭패를 본다. 정신과 의사의 요청에 니키는 제시카를 불러내고 정신을 차려보니 의사가 살해된 후였다. 극도의 혼란에 빠진 니키는 바깥세상에 나갈 것이 두려워 차라리 감옥생활을 하려고 하나 린더만은 손을 써 그녀를 풀어준다. 사일러는 베넷을 밀실에 가두고 그의 출입증으로 탈출해 클레어의 집에 간다. 사일러와 대화를 나누던 클레어의 엄마는 이상한 기분에 남편에게 전화를 하나 베넷은 전화를 받을 수 없다. 사일러가 그녀를 해치려는 순간 베넷이 나타나 사일러는 도주하고 클레어의 엄마는 다시 기억이 지워진다. 클레어는 생모를 만나 그녀 역시 재생능력이 있다는 것을 확인한다. 아버지에게 잡혀 간 히로는 가업을 이어 받으라는 아버지의 명령에 누나를 추천하고 그 자리를 떠난다. 투명인간은 피터에게 가족과 주변인들과의 인연을 끊고 자신에게 집중해야만 통제력이 생긴다고 한다. 피터가 심하게 반항하자 투명인간은 고층빌딩에서 피터를 밀어버리지만, 지상으로 추락한 피터는 다시 살아나고 스스로 통제할 수 있는 방법을 조금씩 깨닫게 된다.

네이슨에게 전화를 한 클레어의 친모는 자신이 돈을 요구하는 것으로 오해한 네이슨에게 화가 나 돈을 받겠다고 한다. 클레어는 친모에게 친부를 만나고 싶다고 하지만 그녀가 머뭇거리자 화가 나서 그녀의 집으로 찾아갔다가 친부를 몰래 본 클레어는 친부의 냉정함에 감정이 쌓인다. 클레어의 엄마는 기억을 지운 후유증으로 정신이 자꾸 혼란스러워진다. 맷은 개인 보안요원으로 고객을 만나 호위하던 중 린더만의 사주를 받은 제시카가 고객을 해치려 하자 저지하려 했으나 실패하고, 경찰의 비웃음만 산다. 히로는 린더만의 호텔에 들어가기 위해 클럽 무희의 협조를 구하나 실패한다. 모힌더는 한 능력자의 전화를 받고 그의 집을 방문하는데, 거기엔 이미 사일러가 능력자를 죽이고 그의 행세를 하고 있다. 사일러는 모힌더에게 그의 연구를 돕고 싶다고 하는데...

네바다 주의 사막 모처, 테드의 인터넷에 한나 기틀먼이 뜬다. 그녀는 인간 컴퓨터와 같아서 위성신호와 무선 랜을 이용할 수 있다고 말하며 그녀 역시 테드처럼 그들에게 끌려가 같은 흔적이 남았다고 한다. 테드와 한나는 힘을 합쳐 그들의 비밀을 파헤치기로 한다. 엄마의 기억력에 문제가 생기자 클레어는 베넷을 의심하고 그 사실을 의사에게 털어놓으나 의사는 오히려 클레어를 나무란다. 클레어가 심하게 반항하자 베넷은 가족을 지키려고 그랬다며 변명을 한다. 테드는 맷을 만나 그들의 상처는 방사능 주입용 공기압 주사를 맞은 것이라며 그것은 베넷 일당이 그들을 추적하기 위한 장치로 이용되고 있다고 한다. 맷은 테드와 함께 베넷을 처단하기로 한다. 모힌더와 사일러는 소리에 민감한 능력을 가진 데일을 만났으나 그녀는 다음 날 만나자고 한다. 다음날 아침 데일을 만나러 간 모힌더는 그녀가 살해된 것을 보고 사일러의 짓이라고 단정한다. 시몬은 아이작에게 피터를 찾는 그림을 그리라 다그치고, 투명인간과 싸우고 나온 피터는 아이작의 화실에 갔다가 아이작과 다툰다. 감정이 격해진 아이작이 피터를 향해 총을 쏘다 화실로 막 들어오던 시몬을 죽인다. 히로는 안도를 구하고 그에게 일본으로 돌아가라고 한다.

클레어의 집에 간 맷과 테드는 수색을 해보나 아무런 증거자료가 없다. 바로 그때 베넷이 들어오자 갑자기 그들을 인질로 잡고 베넷에게 증거자료를 내놓으라고 협박을 하게 되나 가족을 갖게 된 맷의 마음이 흔들리며 베넷에게 협조적이 된다. 테드를 건드리지 않으려는 맷의 노력에도 불구하고 라일이 테드에게 덤비자 순간 험악한 분위기가 되어 맷이 클레어를 먼저 쏴버린다. 이것은 베넷의 마음을 읽은 맷이 모든 이들을 보호하기 위해 선제공격을 한 것이다. 클레어가 사망하자 베넷과 맷은 클레어를 방으로 옮겼다가 클레어가 살아난 것을 확인하고 테드에게는 우선 그 사실을 숨기기로 하며 서로가 손을 잡기로 한다. 테드를 안심시키기 위해 공장으로 증거물을 가지러 갔던 맷과 베넷은 테드에게 진정제를 놓기로 한다. 가족들이 위험에 빠지게 된 베넷은 과거를 회상한다. 베넷은 15년 전 특수임무를 행하는 제지공장에 입사한다. 그곳은 히로의 아버지가 운영하는 비밀회사로 초능력을 가진 이들을 특별 관리하는 곳이다. 어느 날, 히로의 아버지는 화재 현장에서 구해 낸 클레어를 베넷에게 건네주며 키우라고 한다. 아기 갖기에 실패한 베넷은 정중히 사양하나 사장은 아기가 회사 소유물이라며 아기에게 초능력이 나타나면 회사에 돌려줄 것을 명한다. 그러나 클레어를 키우며 정이 든 베넷은 클레어와 가족들을 보호하기 위해 안간힘을 쓰다 결국은 오늘이 오고 만 것이다. 클레어에게 능력이 나타난 것을 안 베넷의 절친한 동료 클라우드는 그 사실을 숨겨오다 상부에 들켜 베넷의 총을 맞고 사라진다. 상사에게 클레어를 들킨 베넷은 클레어를 회사에 데려다 주기로 하고 아이티인에게 자신을 쏘고 회사사람들이 클레어에 대한 정보를 알아내지 못하게 자신의 기억을 지워달라고 부탁한다.

클레어의 안전을 위해 베넷 부부는 기억이 지워진 척 행동한다. 회사에선 클레어의 행방을 알기 위해 베넷을 테스트 한다. 베넷은 클레어에 대한 기억이 전혀 없다고 말하고, 맷은 그의 발언이 사실이라고 한다. 하지만 어느 날 베넷은 아내로 알았던 모습 변환자에게 속마음을 털어놓다 걸린다. 아이티 청년은 클레어를 데리고 캐나다로 가려 하지만 클레어는 달아나 버린다. 피터는 네이슨에게 자기 때문에 시몬이 죽었다고 말하고 같이 있자는 네이슨의 말을 뒤로 한 채 사라져버린다. 모힌더가 건네 준 차를 마신 사일러는 쓰러진다. 제인의 사망 사실을 안 모힌더는 그가 사일러임을 눈치 챘던 것이다. 피터는 모힌더를 만나러 갔다가 모힌더를 살해한 사일러와 마주친다. 네이슨은 FBI와 연계해 린더만을 만나러 가나 제시카는 FBI 요원들을 죽인다. 니키는 네이슨에게 린더만이 하는 제안을 받아들이라고 한다. 린더만을 죽이러 간 네이슨에게 린더만은 네이슨이 앞으로 대통령이 되게 해주겠다고 하고 네이슨은 총을 거둔다. 피터를 만나러 간 클레어는 할머니와 만나게 되고, 그 곁에는 아이티인이 있다. 네이슨의 도움으로 린더만 호텔에 들어간 히로는 검을 훔쳐 오려다 경비에게 잡히고, 때마침 나타난 안도의 도움으로 검을 갖고 나온다.

베넷의 상사 톰슨은 베넷과 테드, 맷을 가두고 심문에 들어간다. 캔디스를 클레어로 변환시켜 베넷과 만나게 하나 베넷에게 들킨다. 베넷은 맷에게 탈출하라고 신호를 보내고 맷은 베넷의 생각을 읽으며 테드와 탈출한다. 린더만은 네이슨에게 손잡고 일하자며 자신의 능력으로 차후 대통령이 되게 해주겠다고 한다. 수레쉬를 찾아간 피터는 수레쉬를 구하고 사일러에게 당해 죽는다. 클레어는 피터의 주소를 들고 집을 찾았다가 할머니와 대면하고, 피터가 그녀의 삼촌임을 알게 된다. 수레쉬는 피터의 시체를 집에 옮겨놓고 간다. 린더만은 제시카에게 마이카의 재능이 필요하니 잠시 빌려달라고 한다. 제시카로 변환한 캔디스는 마이카를 린더만에게 넘겨준다. 죽은 줄 알았던 피터가 깨어나고, 클레어의 할머니는 클레어가 평범하게 살 수 있도록 어릴 때부터 뒤에서 보호해 왔다고 한다. 피터는 다시 살아나고 네이슨은 클레어를 만나 선거기간 동안 할머니와 파리에 가있으라고 한다.

뉴욕 폭발 5년 후, 네이슨은 대통령이 되었고 맷은 능력자들을 특별관리 감독 관련기관에, 모힌더는 유전자 코드를 되돌리는 것을 연구하는 연구소를 맡고 있다. 아이작을 찾으러 간 히로는 미래의 자신과 마주치고 그를 통해 아이작의 작업실에 시간표가 걸린 줄이 무엇을 의미하는지 알게 된다. 피터의 줄에서 예전 지하철 시점이 나오자 히로는 자기가 피터에게 클레어를 구하라는 메시지를 전했다고 말한다. 미래의 히로는 그렇다면 사일러가 재생능력이 없을 테니 폭발의 날로 가서 사일러를 죽이라고 한다. 그때 작업실을 급습한 맷이 히로를 쏘고 부상을 입은 히로는 미래의 히로에게 달아나라고 한다. 안도와 겨우 탈출한 미래의 히로는 피터가 있는 클럽으로 갔지만 피터와 사랑하는 사이가 된 니키만 만난다. 피터의 행방을 묻자 니키는 자기는 모른다며 베넷에게 가보라 한다. 피터는 니키의 말을 듣고 히로와 같이 행동하기로 한다. 대통령이 된 네이슨은 사일러가 인간폭탄이 되어 뉴욕 폭발의 원인이 된 이유로 사람들이 초능력자들을 혐오하게 되자 모힌더에게 유전자 되돌리기 연구의 완성을 촉구하지만 진전이 없자 모힌더를 협박하고 폭발 5주년 추모행사에서 거짓으로 유전자 되돌리기 연구가 완성되었다고 선언한다. 5년간 숨어 지내던 클레어는 웨이트레스로 지내며 베넷과 남모르게 연락을 주고받는다. 어느 날 베넷은 클레어에게 눈치 챈 사람이 있으니 떠나라고 한다. 클레어가 남자친구와 떠나려고 하는 순간 맷이 나타난다.

클레어는 할머니와 파리로 떠날 준비를 한다. 작별인사를 하러 온 피터는 자기와 클레어가 친척 간이며 우연히 만나게 된 것은 도시를 구하라는 둘의 운명이라고 하며 설득한다. 클레어는 피터와 테드를 찾아 나섰다가 베넷을 만난다. 사일러는 폭발하는 사람의 그림을 보고 자신이 그 폭발자가 될지도 모른다는 두려움에 모힌더에게 도움을 요청하나 그가 911에 신고를 하려 하자 고향으로 간다. 뒤를 좇아간 히로는 사일러에게 검을 휘두르나 검만 부러지고 사이러를 죽이는데 실패한다. 안도가 피살되었던 미래의 그림을 보았던 히로는 마음이 무거워진다. 자신이 사일러를 죽이지 못해 친구뿐 아니라 도시를 구하지 못하게 된데 대한 자책감으로 괴로워한다. 한편 톰슨을 만나러 간 모힌더는 둘이 손을 잡기로 하고, 톰슨은 몰리라는 어린 아리를 소개해 준다. 몰리는 위치 추적능력을 갖고 있다. 그러나 예전 모힌더의 누이였던 샨티와 같은 병을 앓고 있어 능력을 발휘하지 못하고 있었다. 모힌더는 자신의 항체로 몰리를 치료해 주기로 하고 톰슨은 몰리만이 사일러를 막아낼 사람이라고 한다. 고향으로 간 사일러는 엄마에게 앞으로 평범하게 고향에 묻혀 살겠다고 하지만 엄마는 사일러에게 좀 더 큰 세상에 나갈 것을 종용한다. 사일러는 갈등을 하다 엄마를 죽이고 만다. 선거일이 다가오자 네이슨은 지지율도 저조하고 심적이 부담도 커져 물러나려고 하나 그의 어머니는 네이슨이 앞으로 지도자가 될 운명이라며 여기서 멈추지 말라고 한다. 테드를 찾아 나섰던 피터는 테드와 만나자 그의 능력을 흡수하며 손이 달아오르고, 이를 본 클레어와 주변사람들은 당황하는데...

안도는 히로가 사일러를 죽이지 못한 것에 대해 심하게 자책하자 위로를 해준다. 부러진 검을 들고 수리상을 찾아간 그들 앞에 히로의 아버지가 나타난다. 당황한 히로는 집에 돌아가지 않고 임무를 수행할 거라고 말한다. 히로의 아버지는 켄세이의 검이 히로를 도와줄 것이라며 히로의 임무를 인정해 준다. 한편 네이슨의 집을 방문한 린더만은 다시 한 번 네이슨을 독려하고, 그를 못마땅해 하는 네이슨 아내에게 다리를 낫게 하는 선물을 주고 떠난다. 수레쉬의 항체 제공 덕분으로 몰리는 건강을 회복해 생각으로 상대방의 위치를 알아내는 능력이 재생된다. 추적시스템을 찾아 나선 베넷 일행은 그 시스템이 몰리라는 것을 알고 경악한다. 베넷의 침입을 감시카메라로 본 톰슨은 맷을 죽이려다 베넷의 총에 맞아 죽는다. 네이슨은 마이카가 컴퓨터를 조작해 압도적인 승리를 거두고, 마이카를 찾아나선 D.L은 린더만과 언쟁을 벌이다 린더만이 쏜 총에 맞고 그도 린더만에게 총을 쏜다. 테드는 그를 뒤쫓아 온 사일러에게 살해당하고 그의 능력을 빼앗은 사일러는 회심의 미소를 짓는데...

베넷이 몰리를 죽이려는 순간, 몰리가 파크먼을 알아보고 살려달라고 한다. 주변의 설득으로 베넷 일행은 다시 사일러를 없애는데 주력하기로 하고 히로는 아버지에게 인사를 하고 안도를 구하기 위해 사일러를 찾아나선다. 네이슨의 어머니는 린더만의 사망소식을 네이슨에게 전하며 동요되지 말라고 한다. 네이슨을 거부하는 클레어는 피터가 네이슨에게 도움을 요청하자 화를 내며 차에서 내린다. 형을 믿었던 피터는 클레어를 보호해주겠다는 형에게 잠시 안도의 기쁨을 느끼지만 바로 들려오는 형의 마음의 소리를 듣고 이중적인 형의 태도에 환멸을 느낀다. 몰리를 통해 사일러의 위치를 알아낸 베넷이 클레어에게 전화를 했으나 클레어는 할머니에게 끌려 다른 곳으로 간다. 베넷은 클레어에게 뉴욕을 벗어나면 바로 탈출하라고 한다. 니키는 총상을 입은 D.L을 데리고 마이카를 찾아나선다. 겨우 제시카를 만난 니키, 제시카와 몸싸움을 벌이는데 진짜 제시카가 나타나 가짜 제시카를 죽이라고 한다. 죽인 후 본모습으로 돌아온 그녀는 마이 카를 만나 D.L과 건물 밖으로 나온다. 한편 찰스는 피터에게 세상을 구할 사람은 피터라 말하고 사라진다. 피터를 깨운 베넷은 사일러를 죽이는데 협조하겠다고 한다. 피터가 실패할 경우 그의 폭발을 막기 위해 베넷이 총을 쏘기로 하는데...

4개월 후, 각자 다른 위치에서 저마다의 삶을 충실히 살고 있는 능력자들. 클레어, HRG, 그리고 가족들은 컴퍼니의 추적을 피해 새로운 도시로 이사를 오지만 또 다른 능력을 가진 학교 친구가 클레어의 능력을 간파한다. 매트 파크먼과 모힌더 수레쉬는 사일러보다 더 사악한 남자에 관한 악몽에 갇힌 몰리 파커를 구해 주기 위해 노력한다. 한편 모힌더와 HRG는 여전히 컴퍼니를 무너뜨릴 계획을 세우고 안젤라 페트렐리는 또 다시 꿈의 계시를 받는데......

바이러스에 감염됐을지 모를 누군가를 치료하기 위해 아이티에 간 수레쉬 박사는 그곳에서 낯익은 얼굴을 발견한다. 클레어는 우연히 ***Limb-(팔이나 다리 중에 하나) 재생 능력을 쓰게 되고 친구가 그 모습을 보면서 능력을 들킬 위기에 처한다. 한편 17세기 일본으로 간 히로는 타케조 켄세이가 명예를 지킬 수 있도록 최선을 다해 돕지만 상황은 예상치 못한 방향으로 흘러가고......

아이티에서 돌아온 수레쉬 박사는 자신의 새 연구실이 아이작 멘데즈의 거처였음을 알게 되고 그곳에서 끔찍한 미래를 예고하는 아이작의 8번째 그림을 보게 되는데...... 클레어는 친구인 ***가 자신의 능력을 노출시킬까 염려하지만 ***는 오히려 클레어에게 자신만의 비밀을 털어 놓는다. 한편 피터 페트렐리는 새 친구들을 돕는 과정에서 자신의 정체성과 과거에 대해 의문을 갖기 시작하고 17세기 일본에 간 히로는 타케조 켄세이의 명예를 위해 일을 꾸미기 시작하는데......

마이카는 잠시 사촌들과 살기 위해 뉴올리언즈로 오고 그곳에서 또 다른 초능력자를 만난다. 매트는 히로 아버지의 사진 속에 있는 의문의 표식을 둘러싼 비밀에 더 가까이 접근하고 몰리에게 도움을 요청한다. 한편 안젤라는 자신이 히로의 아버지인 케이토 나카무라를 죽였음을 고백하고 클레어는 하늘을 날 수 있는 친구 ****와 한층 더 가까워지는데......

어렵게 찾은 사랑을 잃는 것이 두려워진 피터는 자신의 과거를 부인한다. 그러나 같은 시각 정체 불명의 여인이 피터를 추격하고...... 파크먼과 네이단은 매트의 아버지를 찾아 필라델피아로 오지만 매트의 아버지 때문에 악몽의 함정에 빠지고 만다. 한편 수레쉬는 악몽에서 헤어나지 못하는 몰리를 구하기 위해 컴퍼니를 찾지만 그런 그 앞에 니키가 모습을 드러내는데......

치어리더에 들어가지 못한 클레어는 가족들에게 치어리더가 됐다고 거짓말을 하고 치어리더 응원단장에게 본때를 보여 주기로 결심한다. 수레쉬는 모니카를 설득해 뉴욕으로 데리고 오지만 모니카를 백신 연구의 실험 대상으로 이용하라는 컴퍼니의 명령에 마음이 편치 않다. 그런 수레쉬 앞에 니키 샌더스가 나타나고...... 한편 알레한드로와 마야는 가까스로 미국 국경을 넘어 들어오지만 곧이어 국경 수비대에 막히고 마는데......

피터 페트렐리는 바이러스로 인해 황폐화된 뉴욕시의 미래를 보게 된다. 기억이 돌아온 그는 엄마인 안젤라를 알아보고 안젤라는 시간 여행이 가능한 피터에게 바이러스가 퍼지는 것을 막아달라고 부탁한다. 클레어와 웨스트는 한층 더 가까워지지만, 웨스트가 자신을 납치했던 사람이 클레어의 아빠임을 알게 되면서 이들의 관계는 위기를 맞는다. 한편 네이단은 동생, 피터가 살아 있음을 알게 되고 매트는 피할 수 없는 자신의 운명과 맞닥뜨리는데......

피터는 아담 먼로의 도움을 받아 과거에 대한 기억을 되찾고, 네이단은 폭발 사고에서 기적적으로 회복한다. 니키과 DL, 마이카는 재회의 기쁨에 젖지만 그것도 잠시뿐...... 한편 밥과 엘, 아이티인은 능력자들을 돕는 한편 또 다른 능력자들의 힘을 저지하고 마야와 알레한드로는 자신들이 가진 치명적인 능력을 처음으로 알게 되는데......

아버지의 사망 소식을 접한 히로는 아버지를 살리기 위해 과거로 이동하지만 모든 일은 정해진 운명대로 해야 한다는 사실을 깨닫게 된다. 그러나 곧이어 아버지를 죽인 사람을 찾게 되는데...... 매트 파크먼은 자신에게 다른 사람의 생각을 조종할 수 있는 능력이 있음을 알게 되고 아버지와 함께 찍은 사진 속 여인의 정체가 궁금해진다. 한편 밥과 수레쉬는 클레어 베넷을 납치하고 HRG와 웨스트는 함께 클레어를 구하러 나서는데......

컴퍼니의 또 다른 설립자를 찾아 나선 피터 페트렐리와 아담 먼로는 그 과정에서 183 바이러스의 소재지를 알게 된다. 마야는 능력을 조절하는 방법을 터득하지만 사일러를 믿지 못한 알레한드로는 곧이어 위기에 처하는데...... 한편 뉴올리언즈로 돌아온 니키는 마이카에게 자신의 상태에 대해 전하고, 마이카는 모니카와 함께 도둑맞은 배낭을 되찾으려다 뜻밖의 상황을 만나게 된다. 히로는 아버지를 죽인 자에게 복수하기로 결심하고 아담을 쫓는다. 그리고 숨기만 했던 클레어가 드디어 전면에 나서는데......

네이단과 매트, 히로는 텍사스 주, 오데사의 컴퍼니 시설에서 피터, 아담과 대치하고 아담은 드디어 그동안 감췄던 속내를 드러낸다. 마이카는 엄마인 니키게 비밀을 털어놓고 함께 모니카를 구하러 나선다. 마야와 사일러는 수레쉬를 찾아가고, 마야는 그제야 사일러가 원하는 것이 뭔지를 깨닫는다. 한편 가족들을 보러 온 노아 베넷은 클레어에게 능력을 공개하지 말 것을 부탁하는데......

특별히 2시간 동안 진행되는 '제3막: 악당들'의 첫 에피소드에서는 낯익은 캐릭터들이 재정의되고, 시리즈의 핵심을 흔들 비밀이 밝혀진다.

컴퍼니를 공격한 사일러가 엘(크리스틴 벨)과 싸움을 벌인 후, 상상 이상의 능력을 지닌 십여 명의 악당들이 풀려난다. 컴퍼니의 지휘권을 갖게 된 안젤라 페트렐리(크리스틴 로즈)가 입이 쩍 벌어질만한 비밀을 폭로한다.

무자비하고 강력한 네 명의 악당이 은행이 난입하자, 안젤라(크리스틴 로즈)는 그곳으로 H.R.G.(잭 콜먼)와 위험하고 새로운 인간 병기를 보낸다.

종말을 맞을 세계를 구하라는 임무를 부여받은 피터는 다가올 싸움에 대비해 사악하고 통제하기 힘든 능력을 취해야 한다. 특별 출연자 말콤 맥도웰(린더만), 데이비드 앤더스(애덤 먼로) 어데어 티슐러 (몰리)가 복귀한다.

몇몇 영웅들이 누가 '선하고' 누가 '악한지' 재정의할 수 있는 개인적인 결정을 앞둔 채, 중대한 갈림길에 선다. 클레어는 난생처음으로 악당을 잡으러 나선다. 말콤 맥도웰(린더만), 데이비드 앤더스(애덤 먼로)와 제슬린 길직(메러디스)이 특별 출연한다.

히로(마시 오카)와 다른 영웅들이 컴퍼니의 라이벌인 파인허스트 기업의 제안을 받아들이는 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 충격적인 정체를 지닌 회사 설립자와 만난 후 완전히 변해버리고 만다. 클레어(헤이든 파네티어)는 그녀의 어머니 샌드라(애슐리 크로)와 함께 메러디스(제슬린 길직)를 도일(데이비드 H. 로렌스 17세)의 비틀린 지배로부터 구출하려 한다.

붙잡혀 겁에 질린 채 궁지에 몰린 네이선(아드리안 패스더), 트레이시(알리 라터), 맷(그렉 그룬버그)과 피터(마일로 벤티밀리아)는 친숙한 인물들과 사투를 벌인다. 엘(크리스틴 벨 특별 출연)이 충격적인 복귀를 한다.

다가올 결전에 대비하기 위해, 히로(마시 오카)는 무엇 때문에 사일러(재커리 퀸토)가 비틀린 인간이 되었으며, 플린트(블레이크 실즈)와 아서 페트렐리(로버트 포스터)가 악당이 되었는지 알아본다.

아서 페트렐리(로버트 포스터 특별 출연)가 안젤라(크리스틴 로즈)와 아들 피터(마일로 벤티밀리아)와 그들의 동료들에게 전쟁을 선포하면서 영웅들이 쓰러진다. 크리스틴 벨, 브리 그랜트, 제이미 헥터, 블레이크 실즈, 은타레 므위네가 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토), 엘(크리스틴 벨 특별 출연)과 재회한 아서(로버트 포스터 특별 출연)는 그들에게 클레어(헤이든 파네티어)를 찾아서 데려오라고 명령한다. 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 힘을 합쳐 대프니(브리 그랜트 특별 출연)를 따라 대프니의 고향인 캔자스주 로렌스로 가, 대프니가 뭘 숨기는지 알아낸다. 한편, 네이선과 피터 페트렐리(아드리안 패스더와 마일로 벤티밀리아)는 세계를 파괴하려는 아버지를 막을 수 있는 유일한 사람인 아이티인(지미 장 루이스)을 찾아 아이티로 간다. 잭 콜먼, 알리 라터 역시 출연한다. 로버트 포스터 역시 특별 출연한다.

일식이 계속해서 영웅들의 능력에 영향을 미치는 동안 엘(크리스틴 벨)과 사일러(재커리 퀸토)는 복수심에 불타는 H.R.G.(잭 콜먼)와 싸우고, 그동안 클레어(헤이든 파네티어)는 살기 위해 고군분투한다. 피터와 네이선(마일로 벤티밀리아와 아드리안 패스더)은 아이티인(지미 장 루이스)과 힘을 합쳐 아이티인의 형제 배런 사메디(드미트리어스 그로세)와 싸우는데, 이후 네이선은 충격적인 결정을 내린다. 한편, 안도(제임스 카이슨 리)는 현지 만화 서점에서 샘(세스 그린 특별 출연), 프랙(브레킨 메이어 특별 출연)과 함께 만화책 '9번째 기적'을 통해 히로(마시 오카)의 기억을 되찾기 위해 애쓴다. 그렉 그룬버그, 센딜 라마머시, 알리 라터, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 로버트 포스터도 특별 출연한다.

아서(로버트 포스터 특별 출연)를 막을 방법을 찾길 기대하며, 히로(마시 오카)와 클레어(헤이든 파네티어)는 카이토(조지 타케이 특별 출연)가 아기 클레어를 H.R.G.(잭 콜먼)에게 맡겼던 16년 전 과거로 간다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)와 아이티인(지미 장 루이스 특별 출연) 역시 힘을 합쳐 아서 페트렐리를 영원히 없애버리려 하지만, 사일러(재커리 퀸토)가 이를 방해한다. 한편, 실험실에서는 수레시(센딜 라마머시)가 모든 것을 바꿀, 화학식에 관한 중요한 실마리를 발견한다. 알리 라터, 크리스틴 로즈, 그렉 그룬버그, 아드리안 패스더, 제임스 카이슨 리 역시 출연한다. 제슬린 길직, 애슐리 크로, 탐린 토미타, 채드 파우스트도 특별 출연한다.

아서 페트렐리와의 결전 이후, 페트렐리 형제(아드리안 패스더와 마일로 벤티밀리아)는 서로 싸우게 되고, 네이선은 전 세계에 영향을 끼칠 일을 시작한다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 클레어(헤이든 파네티어), H.R.G.(잭 콜먼), 메러디스(제슬린 길직 특별 출연), 안젤라(크리스틴 로즈)를 프리마테크에 인질로 잡아둔 뒤 대결을 벌인다. 한편, 안도(제임스 카이슨 리), 맷(그렉 그룬버그), 대프니(브리 그랜트 특별 출연)는 계속해서 히로(마시 오카)를 구하려 하는데, 수레시 박사(센딜 라마머시)가 이들의 유일한 희망일지도 모른다. 알리 라터 역시 출연한다. 은타레 므위네, 데이비드 H. 로렌스 17세, 채드 파우스트도 특별 출연한다.

파인허스트와 프리마테크가 폭발로 무너진 지 몇 개월 후, 우리의 영웅들은 과거를 잊고 새로운 삶을 살려고 노력한다. 이제 능력이 없는 히로(마시 오카)는 주저하는 안도(제임스 카이슨 리)를 진정한 슈퍼히어로로 훈련시키려 한다. 수레시(센딜 라마머시)는 다시 택시 운전사로 돌아가고, 피터(마일로 벤티밀리아)는 다시 생명을 구하는 일을 하고, 대프니(브리 그랜트 특별 출연)와 맷(그렉 그룬버그)은 평범한 커플처럼 살려고 한다. 네이선(아드리안 패스더)은 능력을 지닌 자들을 찾아서 붙잡겠다는 치명적인 음모를 꾸미고, 이를 알게 된 클레어는 평범하게 살겠다는 마음을 접는다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 자신의 진짜 부모를 찾기 시작한다.

예기치 못한 사건이 계속되자, 우리의 영웅들은 새로운 적이자 같은 능력자인 네이선 페트렐리(아드리안 패스더)로부터 도망친다. 맷(그렉 그룬버그)이 일련의 예언적 그림을 그린 후, 맷과 가까운 누군가의 비극적 운명이 밝혀진다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 계속해서 자신의 아버지를 찾던 중, 정보와 독특한 능력을 지닌 왕따(댄 버드 특별 출연)를 만난다. 잭 콜먼, 알리 라터, 제임스 카이슨 리, 마시 오카, 헤이든 파네티어, 센딜 라마머시, 크리스틴 로저, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 은타레 므위네도 특별 출연한다.

국토안보부가 미국 대통령의 직속 명령에 따라 조사를 시작하면서 네이선(아드리안 패스더)의 계획이 드러난다. 사일러(재커리 퀸토)와 루크(댄 버드 특별 출연)는 사일러의 아버지를 찾기 위한 여행을 떠나지만, 네이선의 요원들이 이들을 은밀히 쫓고 있다. 클레어(헤이든 파네티어)가 H.R.G.(잭 콜먼)에게 붙잡힌 능력자 청년(저스틴 밸도니 특별 출연)을 보호하려 하자, 베넷 가족의 삶은 점점 복잡해진다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 맷(그렉 그룬버그)이 그린 예언적 그림을 따라 인도로 향하고, 수수께끼의 협력자가 우리의 영웅들을 도우러 온다. 알리 라터, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 랜들 벤틀리, 암라팔리 암베가오카르도 특별 출연한다.

인질로 잡혀 있는 동안 맷 파크먼(그렉 그룬버그)에게 특유의 심문을 받은 H.R.G.(잭 콜먼)는 어떻게 해서 능력자들을 잡아들이려는 네이선(아드리안 패스더)의 정부 음모에 가담하게 되었는지 밝히게 된다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 맷이 발견한 사실로 인해 사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'과 대면하게 된다. 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 애슐리 크로도 특별 출연한다.

반란군'으로부터 제보를 받은 맷(그렉 그룬버그)과 피터(마일로 벤티밀리아)는 대프니를 구출하고, 능력자들에 관한 정부의 계획을 폭로할 파일을 회수하기 위해 '빌딩 26'으로 향한다. 클레어(헤이든 파네티어)는 뜻밖의 인물에게 도움을 받아 알렉스(저스틴 밸도니)를 도시 밖으로 내보낸다. 사일러(재커리 퀸토)는 루크(댄 버드 특별 출연)와 여행을 계속하는 도중 아버지와의 기억을 떠올리게 되고, 이로 인해 어머니에 관한 진실을 알게 된다. 한편, '사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'이 자신의 신념을 행동으로 옮겨 우리 영웅 중 한 명이 기절초풍할 만큼 놀라게 된다. 잭 콜먼, 아드리안 패스더, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 랜들 벤틀리, 애슐리 크로, 데이비드 H. 로렌스 17세도 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토)는 오래전에 잃어버린 아버지(존 글로버 특별 출연)를 만나게 되고, 예상과는 전혀 다른 재회를 하게 된다. '반란군'에게 제보를 받은 클레어(헤이든 파네티어)는 숙적인 에릭 도일(데이비드 H. 로렌스 17세 특별 출연)이 붙잡히지 않게 도와줄 것인지 결정해야 한다. 한편, '사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'은 페트렐리 가족의 비밀을 폭로해 네이선(아드리안 패스더)의 작전을 지휘하려 하고, 맷(그렉 그룬버그)은 자신이 세상의 주목을 받는 가운데 국회의사당을 날려버리기 직전이라는 사실을 알아차린다. 잭 콜먼, 알리 라터, 제임스 카이슨 리, 마시 오카, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 랜들 벤틀리, 애슐리 크로도 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)은 트레이시(알리 라터)가 자신들을 '반란군'에게 인도해주기를 기대하며, 일명 '사냥꾼' 에밀 단코(젤리코 이바넥)에게 트레이시를 '빌딩 26'에서 풀어주라고 설득한다. 체포를 교묘히 피해 다니던 안젤라(크리스틴 로즈)는 옛 친구(스우지 커즈 특별 출연)에게 도움을 요청한다. 로스앤젤레스에서는 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)가 '반란군'이 지령한 대로 새로운 영웅을 계속해서 보호한다. 그렉 그룬버그, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 브리 그랜트와 데이비드 H. 로렌스 17세도 특별 출연한다.

능력이 드러나 작전 지휘권을 잃은 네이선(아드리안 패스더)은 클레어(헤이든 파네티어)와 멕시코로 숨는다. 에밀 단코(젤리코 이바넥 특별 출연)가 정부 작전을 지휘하게 되고, 그는 뜻밖의 파트너와 힘을 합쳐 능력자들을 전부 끝장내려는 계획을 실행에 옮긴다. 한편, 안젤라(크리스틴 로즈)와 피터(마일로 벤티밀리아)는 교회로 피난해 망가진 관계를 회복하기 시작한다. 케빈 알레한드로 역시 특별 출연한다. 잭 콜먼도 출연한다.

단코(젤리코 이바넥 특별 출연)가 정부 작전을 지휘하게 되자, 단코와 가까운 누군가가 그를 사선으로 밀어 넣는다. H.R.G.(잭 콜먼)의 삶이 걷잡을 수 없어지면서 부부 관계도 위태로워진다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 맷 파크먼(그렉 그룬버그)에게 특별 배송을 하기 위해 계속 여행을 한다. 또, 안젤라 페트렐리(크리스틴 로즈)는 과거의 망령들을 파낸다. 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로도 특별 출연한다.

네이선(아드리안 패스더), 클레어(헤이든 파네티어), 피터(마일로 벤티밀리아)와 H.R.G.(잭 콜먼)는 안젤라(크리스틴 로즈)가 과거를 밝힐 수 있게 도와주고, 안젤라는 수년 간 자신을 괴롭힌 어두운 비밀을 폭로한다. 한편, 모힌더(센딜 라마머시)는 자신의 아버지가 오래전에 잊힌 정부 작전에 참여했다는 걸 알게 된다. 다이애나 스카위드, 알렉사 니컬러스, 로라 마라노, 라비 카푸르, 케이시 크링렌, H. 마이클 크로너, 에드윈 호지가 특별 출연한다.

특이한 파트너 관계를 계속 이어가던 사일러(재커리 퀸토)는 갑자기 정체성에 혼란을 겪는다. 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 빌딩 26을 무너뜨리기 위한 조치를 취한다. 한편, 맷(그렉 그룬버그)은 아버지가 됐다는 걸 알게 되자 우선순위를 바꾼다. 또, 네이선(아드리안 패스더)은 자신이 세운 작전의 잘못을 바로잡을 계획을 세우고 움직인다.

네이선(아드리안 패스더)은 사일러(재커리 퀸토)가 대통령(마이클 돈 특별 출연)을 못 만나게 하기 위해 사일러와 맞서 싸우고, 사일러는 새로운 파트너를 위한 계획을 생각한다. 한편, 히로(마시 오카)는 능력을 되찾는 데 부작용이 있다는 사실을 알게 된다. 또, 맷(그렉 그룬버그)은 가족과 함께하는 미래를 보호하기 위해 엄청난 노력을 할 수밖에 없게 된다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 헤이든 파네티어, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다.

의문의 죽음으로 인해 또다시 주목을 받게 된 클레어(헤이든 파네티어)는 대학에서의 새로운 삶에 적응하는 데 어려움을 겪는다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 자신들의 능력을 홍보하며 사람들을 돕는 숭고한 임무를 계속한다. 안젤라(크리스틴 로즈)는 네이선(아드리안 패스더)이 곧 자신의 진짜 정체를 알게 될까 봐 두려워한다. 한편, 맷(그렉 그룬버그)은 자신이 잃어버린 것을 찾는 뜻밖의 방문객에게 시달린다. 트레이시 스트라우스(알리 라터)와 H.R.G.(잭 콜먼)는 힘을 합쳐 끔찍한 범죄의 동기를 밝혀낼 단서를 찾는다.

피터(마일로 벤티밀리아)는 자신의 능력을 좋은 일에 사용하지만, 곧 옛 친구를 도와달라는 부탁을 받는다. 영웅들이 새로운 환경에 적응하는 동안, 단장 새뮤얼(로버트 네퍼)이 이끄는 의문의 카니발 서커스단이 익숙한 인물들을 노린다. 제임스 카이슨 리, 재커리 퀸토 역시 출연한다. 레이첼 멜빈, 지미 장 루이스, 애슐리 크로, 엘리자베스 랙키, 아사프 코엔, 나카무라 사에미도 특별 출연한다.

영웅적인 행동을 하던 피터(마일로 벤티밀리아)는 예상치 못한 결과에 직면하게 되고, 소극적인 새 영웅(디엔 브레이 특별 출연)을 만나게 된다. 계속해서 대학 생활에 적응하려는 클레어(헤이든 파네티어)는 능력이 탄로 난 상황에 어떻게 대처해야 할지 생각해내야 한다. 한편, 새뮤얼(로버트 네퍼 특별 출연)은 수단 방법을 가리지 않고 죽은 형 조지프의 기억을 되찾으려 한다. 또, 무슨 이유에서인지 사일러(재커리 퀸토)가 다시 나타나면서, 맷(그렉 그룬버그)은 내면의 망령과 싸운다. 잭 콜먼 역시 출연한다. 아사프 코엔, 릭 워디도 특별 출연한다.

히로(마시 오카)는 자신의 목숨이 점점 위태로워지자, 다른 이들의 생명을 구하는 일에 신경을 쏟는다. 안젤라(크리스틴 로즈)는 새로운 '네이선(아드리안 패스더)'이 너무 많은 걸 기억할 수도 있다는 위험을 무릅쓰고, 네이선이 과거를 기억해내는 걸 도우려 한다. 한편, 트레이시(알리 라터)는 예전 직업을 되찾기로 결심하지만, 더 많은 영향력을 행사할 필요가 있다는 걸 곧 깨닫게 된다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 재커리 퀸토, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 나카무라 사에미, 돈 올리비에리도 특별 출연한다.

새뮤얼(로버트 네퍼)은 새로운 인물을 가족으로 받아들일 준비를 하고, 리디아(돈 올리비에리)는 그 일이 초래할 결과를 경고한다. 클레어(헤이든 파네티어)는 룸메이트 그레첸(매들린 지마)에게 은밀한 속셈이 있을지도 모른다는 사실을 알게 된다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 사람과 거리를 두려는 에마(디엔 브레이 특별 출연)와 접촉하는 뜻밖의 방법을 찾는다. 또, 과거에 자신이 어떤 사람이었는지 기억해내려 필사적으로 노력하던 사일러(재커리 퀸토)의 다른 면모가 드러난다. 마시 오카, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 레이첼 멜빈, 잭 월리스도 특별 출연한다

사일러(재커리 퀸토)는 새뮤얼(로버트 네퍼)의 지도하에, 자신의 진짜 정체를 되찾기 위한 여정을 시작하게 된다. 히로(마시 오카)는 에마(디엔 브레이)가 자신이 지닌 능력의 위대한 가능성을 받아들이고 이해하게 도와준다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 H.R.G.에게 히로의 목숨을 살릴 수 있는 치유사를 찾는 걸 도와달라고 요청한다. 헤이든 파네티어 역시 출연한다. 마크 L. 영도 특별 출연한다.

맷(그렉 그룬버그)은 자신을 계속해서 괴롭히는 사일러(재커리 퀸토)를 없애버리기 위해 극단적인 조치를 취한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)는 트레이시(알리 라터)처럼 불행하고 곤란한 처지에 놓인 청소년을 구하기 위해 트레이시에게 도움을 청한다. 클럽 입회 신고식을 치르던 클레어(헤이든 파네티어)와 그레첸(매들린 지마 특별 출연)은 입회 서약이 가장 큰 문제가 아니라는 사실을 깨닫는다. 로버트 네퍼 역시 출연한다. 엘리자베스 랙키, 테사 톰슨, 릭 워디가 특별 출연한다.

3년 전의 과거를 여행하던 히로(마시 오카)는 사일러(재커리 퀸토)의 손에서 찰리(제이마 메이스 특별 출연)를 구할 두 번째 기회를 얻게 된다. 하지만 새뮤얼(로버트 네퍼)의 존재가 히로의 임무를 한층 복잡하게 한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)가 프리마테크의 파트너(엘리자베스 롬 특별 출연)와 함께했던 과거가 밝혀진다. 제임스 카이슨 리, 헤이든 파테니어, 센딜 라마머시 역시 출연한다. 다니엘 세브레, 샐리 챔플린, 돈 올리비에리도 특별 출연한다.

클레어(헤이든 파네티어)는 클럽 입회식 때 있었던 습격의 진상을 파헤치겠다고 결심하지만, 곧 H.R.G.(잭 콜먼)의 개입이야말로 문제의 화근일지도 모른다는 사실을 깨닫게 된다. 한편, 자신의 직업에 딱 맞는 새로운 능력을 취하게 된 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)가 새로운 삶을 받아들이는 걸 도울 기회를 얻게 된다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)의 몸을 완전히 장악하기 위해 점점 더 치열한 싸움을 벌이는데, 이는 위험한 결과를 불러올 수도 있다. 로버트 네퍼, 아드리안 패스더 역시 출연한다. 캇 퍼갈, 카리즈 버크, 대니카 스튜어트, 캔디스 패튼, 샐리 챔플린, 아사프 코엔도 특별 출연한다.

자신이 얼마나 강력해질 수 있는지 알게 된 새뮤얼(로버트 네퍼)은 잠재력을 충분히 발휘하기 위해 위험한 조치를 취한다. 한편, 트레이시(알리 라터)는 능력을 통제하지 못하기 시작하고, 이로 인해 능력자 중 한 명이 위험에 처하게 된다. 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)과의 싸움을 계속한다. 잭 콜먼, 마시 오카, 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 카비 래드니어, 지미 장 루이스, 라비 카푸르, 앤드류 코놀리가 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 전통적이지 않은 추수감사절 만찬을 주최한다. 한편, 페트렐리 가족은 식사 중, 깜짝 놀랄 만한 손님을 맞게 된다. 또, 새뮤얼(로버트 네퍼)은 히로(마시 오카)를 계속 인질로 잡아두고, 리디아(돈 올리비에리)는 진실을 찾으러 간다. 그렉 그룬버그, 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 지미 장 루이스, 매들린 지마, 레이 파크, 해리 페리, 엘리자베스 롬, 앤드류 코놀리도 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)가 예상치 못한 방문객을 맞이하며 새뮤얼(로버트 네퍼)의 원대한 계획이 결실을 맺기 시작한다. 한편, 사실을 받아들이려 애쓰던 피터(마일로 벤티밀리아)는 자신이 원하는 걸 얻기 위해 극단적인 조치를 취한다. 또, 여정을 떠난 클레어(헤이든 파네티어)는 뜻밖의 목적지에 가게 된다. 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 지미 장 루이스, 데이비드 H. 로렌스 17세, 매들린 지마, 돈 올리비에리, 토드 스태시윅, 엘리자베스 롬이 특별 출연한다.

영웅들이 죽은 영웅에게 마지막 조의를 표하며 더욱 절실히 답을 찾게 된다. 클레어(헤이든 파네티어)는 카니발 세계에 들어가게 되면서 새뮤얼(로버트 네퍼)의 동기를 점점 의심하게 된다. 히로(마시 오카)는 능력자를 구하기 위한 임무를 수행하지만, 안도(제임스 카이슨 리)에게 자신의 의도를 전하는 데 어려움을 겪는다. 새뮤얼은 자신의 원대한 계획을 완성시킬 능력을 지닌 에마(디엔 브레이 특별 출연)를 노린다. 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 토드 스태시윅, 나카무라 사에미, 사샤 피에터즈도 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토)는 답을 찾으러 카니발로 돌아가고, 피터(마일로 벤티밀리아)는 형을 잃고 계속 힘들어한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)는 카니발을 무너뜨리기 위한 계획을 실행한다. 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 데이비드 H. 로렌스 17세, 레이 파크, 돈 올리비에리, 엘리자베스 롬, 돈 리엔 가드너가 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 새뮤얼(로버트 네퍼)을 쓰러트리는 걸 도와달라며 맷(그렉 그룬버그)을 영입하고 새뮤얼과 오래전에 헤어진 연인 바네사(케이트 버논 특별 출연)를 이용해 새뮤얼을 꾀어내려 하지만, 새뮤얼은 이미 바네사에 관한 계획을 추진 중이다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 수레시 박사(센딜 라마머시)를 구하기 위해 극단적인 방법을 동원한다. 또, 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)를 어머니(크리스틴 로즈)에게 소개하는데, 이로 인해 미래가 굉장히 암울해진다. 헤이든 파네티어 역시 출연한다. 토드 스태시윅, 사샤 피에터즈도 특별 출연한다.

뇌종양이 악화되며 목숨이 위태로워진 히로(마시 오카)는 잠재의식 속에서 과거에 내린 몇 가지 결정을 마주하게 된다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 갑자기 클레어(헤이든 파네티어)를 찾아가 자신이 자신답지 않은 이유에 대해 묻는다. 또, 오래전에 헤어진 연인 바네사(케이트 버논 특별 출연)에게 감동을 주려던 새뮤얼(로버트 네퍼)의 계획은 끔찍하게 틀어지고 만다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 센딜 라마머시 역시 출연한다. 엘리자베스 랙키, 다니엘 세브레, 샐리 챔플린, 오쿠노 사토미, 조던 당이 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 로렌(엘리자베스 롬 특별 출연)과 수레시(센딜 라마머시)의 도움을 받아 카니발을 무너뜨리려는 계획을 실행한다. 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)을 찾아가 인간관계를 맺고 싶다는 자신의 욕구를 이해해 보려 하지만, 맷에게는 다른 계획이 있다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 꿈에서 암울한 미래를 본 후, 에마(디엔 브레이 특별 출연)에게 새뮤얼(로버트 네퍼)의 목적에 대해 경고한다. 헤이든 파네티어, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 매들린 지마, 레이 파크, 엘리자베스 랙키, 데이비드 H. 로렌스 17세, 돈 올리비에리, 해리 페리, 토드 스태시윅이 특별 출연한다.

에마(디엔 브레이 특별 출연)가 큰 위험에 처한 꿈을 본 피터(마일로 벤티밀리아)는 최악의 악몽 속에 갇힌 사일러(재커리 퀸토)를 구출하려 한다. 카니발에서는 새뮤얼(로버트 네퍼)이 클레어(헤이든 파네티어)를 자기편으로 끌어들이기 위해 H.R.G.(잭 콜먼)의 비밀스런 과거를 폭로한다. 한편, 로렌(엘리자베스 롬 특별 출연)은 새뮤얼을 막기 위해 대담한 행동을 한다. 센딜 라마머시 역시 출연한다. 애슐리 크로, 지미 장 루이스, 해리 페리, 토드 스태시윅도 특별 출연한다.

절정이 최고조에 이르는 시즌 피날레에서, 수천 명의 목숨을 앗아가려는 새뮤얼(로버트 네퍼)을 막기 위해 모두가 힘을 합친다. 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)를 구하기 위해, 전혀 예상 밖의 인물과 힘을 합친다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)와 클레어(헤이든 파네티어)는 자신들이 땅속에 갇혀있다는 걸 알게 되고, 산소가 빠르게 고갈되어 H.R.G.의 목숨이 위태로워지게 된다. 또, 자신이 내린 결정을 직면하기 시작한 히로(마시 오카)가 재앙을 막는 걸 돕기 위해 움직인다. 그렉 그룬버그, 알리 라터, 재커리 퀸토, 제임스 카이슨 리 역시 출연한다. 데이비드 H. 로렌스 17세, 해리 페리, 토드 스태시윅도 특별 출연한다.