의문의 죽음으로 인해 또다시 주목을 받게 된 클레어(헤이든 파네티어)는 대학에서의 새로운 삶에 적응하는 데 어려움을 겪는다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 자신들의 능력을 홍보하며 사람들을 돕는 숭고한 임무를 계속한다. 안젤라(크리스틴 로즈)는 네이선(아드리안 패스더)이 곧 자신의 진짜 정체를 알게 될까 봐 두려워한다. 한편, 맷(그렉 그룬버그)은 자신이 잃어버린 것을 찾는 뜻밖의 방문객에게 시달린다. 트레이시 스트라우스(알리 라터)와 H.R.G.(잭 콜먼)는 힘을 합쳐 끔찍한 범죄의 동기를 밝혀낼 단서를 찾는다.

피터(마일로 벤티밀리아)는 자신의 능력을 좋은 일에 사용하지만, 곧 옛 친구를 도와달라는 부탁을 받는다. 영웅들이 새로운 환경에 적응하는 동안, 단장 새뮤얼(로버트 네퍼)이 이끄는 의문의 카니발 서커스단이 익숙한 인물들을 노린다. 제임스 카이슨 리, 재커리 퀸토 역시 출연한다. 레이첼 멜빈, 지미 장 루이스, 애슐리 크로, 엘리자베스 랙키, 아사프 코엔, 나카무라 사에미도 특별 출연한다.

영웅적인 행동을 하던 피터(마일로 벤티밀리아)는 예상치 못한 결과에 직면하게 되고, 소극적인 새 영웅(디엔 브레이 특별 출연)을 만나게 된다. 계속해서 대학 생활에 적응하려는 클레어(헤이든 파네티어)는 능력이 탄로 난 상황에 어떻게 대처해야 할지 생각해내야 한다. 한편, 새뮤얼(로버트 네퍼 특별 출연)은 수단 방법을 가리지 않고 죽은 형 조지프의 기억을 되찾으려 한다. 또, 무슨 이유에서인지 사일러(재커리 퀸토)가 다시 나타나면서, 맷(그렉 그룬버그)은 내면의 망령과 싸운다. 잭 콜먼 역시 출연한다. 아사프 코엔, 릭 워디도 특별 출연한다.

히로(마시 오카)는 자신의 목숨이 점점 위태로워지자, 다른 이들의 생명을 구하는 일에 신경을 쏟는다. 안젤라(크리스틴 로즈)는 새로운 '네이선(아드리안 패스더)'이 너무 많은 걸 기억할 수도 있다는 위험을 무릅쓰고, 네이선이 과거를 기억해내는 걸 도우려 한다. 한편, 트레이시(알리 라터)는 예전 직업을 되찾기로 결심하지만, 더 많은 영향력을 행사할 필요가 있다는 걸 곧 깨닫게 된다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 재커리 퀸토, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 나카무라 사에미, 돈 올리비에리도 특별 출연한다.

새뮤얼(로버트 네퍼)은 새로운 인물을 가족으로 받아들일 준비를 하고, 리디아(돈 올리비에리)는 그 일이 초래할 결과를 경고한다. 클레어(헤이든 파네티어)는 룸메이트 그레첸(매들린 지마)에게 은밀한 속셈이 있을지도 모른다는 사실을 알게 된다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 사람과 거리를 두려는 에마(디엔 브레이 특별 출연)와 접촉하는 뜻밖의 방법을 찾는다. 또, 과거에 자신이 어떤 사람이었는지 기억해내려 필사적으로 노력하던 사일러(재커리 퀸토)의 다른 면모가 드러난다. 마시 오카, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 레이첼 멜빈, 잭 월리스도 특별 출연한다

사일러(재커리 퀸토)는 새뮤얼(로버트 네퍼)의 지도하에, 자신의 진짜 정체를 되찾기 위한 여정을 시작하게 된다. 히로(마시 오카)는 에마(디엔 브레이)가 자신이 지닌 능력의 위대한 가능성을 받아들이고 이해하게 도와준다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 H.R.G.에게 히로의 목숨을 살릴 수 있는 치유사를 찾는 걸 도와달라고 요청한다. 헤이든 파네티어 역시 출연한다. 마크 L. 영도 특별 출연한다.

맷(그렉 그룬버그)은 자신을 계속해서 괴롭히는 사일러(재커리 퀸토)를 없애버리기 위해 극단적인 조치를 취한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)는 트레이시(알리 라터)처럼 불행하고 곤란한 처지에 놓인 청소년을 구하기 위해 트레이시에게 도움을 청한다. 클럽 입회 신고식을 치르던 클레어(헤이든 파네티어)와 그레첸(매들린 지마 특별 출연)은 입회 서약이 가장 큰 문제가 아니라는 사실을 깨닫는다. 로버트 네퍼 역시 출연한다. 엘리자베스 랙키, 테사 톰슨, 릭 워디가 특별 출연한다.

3년 전의 과거를 여행하던 히로(마시 오카)는 사일러(재커리 퀸토)의 손에서 찰리(제이마 메이스 특별 출연)를 구할 두 번째 기회를 얻게 된다. 하지만 새뮤얼(로버트 네퍼)의 존재가 히로의 임무를 한층 복잡하게 한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)가 프리마테크의 파트너(엘리자베스 롬 특별 출연)와 함께했던 과거가 밝혀진다. 제임스 카이슨 리, 헤이든 파테니어, 센딜 라마머시 역시 출연한다. 다니엘 세브레, 샐리 챔플린, 돈 올리비에리도 특별 출연한다.

클레어(헤이든 파네티어)는 클럽 입회식 때 있었던 습격의 진상을 파헤치겠다고 결심하지만, 곧 H.R.G.(잭 콜먼)의 개입이야말로 문제의 화근일지도 모른다는 사실을 깨닫게 된다. 한편, 자신의 직업에 딱 맞는 새로운 능력을 취하게 된 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)가 새로운 삶을 받아들이는 걸 도울 기회를 얻게 된다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)의 몸을 완전히 장악하기 위해 점점 더 치열한 싸움을 벌이는데, 이는 위험한 결과를 불러올 수도 있다. 로버트 네퍼, 아드리안 패스더 역시 출연한다. 캇 퍼갈, 카리즈 버크, 대니카 스튜어트, 캔디스 패튼, 샐리 챔플린, 아사프 코엔도 특별 출연한다.

자신이 얼마나 강력해질 수 있는지 알게 된 새뮤얼(로버트 네퍼)은 잠재력을 충분히 발휘하기 위해 위험한 조치를 취한다. 한편, 트레이시(알리 라터)는 능력을 통제하지 못하기 시작하고, 이로 인해 능력자 중 한 명이 위험에 처하게 된다. 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)과의 싸움을 계속한다. 잭 콜먼, 마시 오카, 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 카비 래드니어, 지미 장 루이스, 라비 카푸르, 앤드류 코놀리가 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 전통적이지 않은 추수감사절 만찬을 주최한다. 한편, 페트렐리 가족은 식사 중, 깜짝 놀랄 만한 손님을 맞게 된다. 또, 새뮤얼(로버트 네퍼)은 히로(마시 오카)를 계속 인질로 잡아두고, 리디아(돈 올리비에리)는 진실을 찾으러 간다. 그렉 그룬버그, 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 지미 장 루이스, 매들린 지마, 레이 파크, 해리 페리, 엘리자베스 롬, 앤드류 코놀리도 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)가 예상치 못한 방문객을 맞이하며 새뮤얼(로버트 네퍼)의 원대한 계획이 결실을 맺기 시작한다. 한편, 사실을 받아들이려 애쓰던 피터(마일로 벤티밀리아)는 자신이 원하는 걸 얻기 위해 극단적인 조치를 취한다. 또, 여정을 떠난 클레어(헤이든 파네티어)는 뜻밖의 목적지에 가게 된다. 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 지미 장 루이스, 데이비드 H. 로렌스 17세, 매들린 지마, 돈 올리비에리, 토드 스태시윅, 엘리자베스 롬이 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토)는 답을 찾으러 카니발로 돌아가고, 피터(마일로 벤티밀리아)는 형을 잃고 계속 힘들어한다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)는 카니발을 무너뜨리기 위한 계획을 실행한다. 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 데이비드 H. 로렌스 17세, 레이 파크, 돈 올리비에리, 엘리자베스 롬, 돈 리엔 가드너가 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 새뮤얼(로버트 네퍼)을 쓰러트리는 걸 도와달라며 맷(그렉 그룬버그)을 영입하고 새뮤얼과 오래전에 헤어진 연인 바네사(케이트 버논 특별 출연)를 이용해 새뮤얼을 꾀어내려 하지만, 새뮤얼은 이미 바네사에 관한 계획을 추진 중이다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 수레시 박사(센딜 라마머시)를 구하기 위해 극단적인 방법을 동원한다. 또, 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)를 어머니(크리스틴 로즈)에게 소개하는데, 이로 인해 미래가 굉장히 암울해진다. 헤이든 파네티어 역시 출연한다. 토드 스태시윅, 사샤 피에터즈도 특별 출연한다.

뇌종양이 악화되며 목숨이 위태로워진 히로(마시 오카)는 잠재의식 속에서 과거에 내린 몇 가지 결정을 마주하게 된다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 갑자기 클레어(헤이든 파네티어)를 찾아가 자신이 자신답지 않은 이유에 대해 묻는다. 또, 오래전에 헤어진 연인 바네사(케이트 버논 특별 출연)에게 감동을 주려던 새뮤얼(로버트 네퍼)의 계획은 끔찍하게 틀어지고 만다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 센딜 라마머시 역시 출연한다. 엘리자베스 랙키, 다니엘 세브레, 샐리 챔플린, 오쿠노 사토미, 조던 당이 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)는 로렌(엘리자베스 롬 특별 출연)과 수레시(센딜 라마머시)의 도움을 받아 카니발을 무너뜨리려는 계획을 실행한다. 사일러(재커리 퀸토)는 맷(그렉 그룬버그)을 찾아가 인간관계를 맺고 싶다는 자신의 욕구를 이해해 보려 하지만, 맷에게는 다른 계획이 있다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 꿈에서 암울한 미래를 본 후, 에마(디엔 브레이 특별 출연)에게 새뮤얼(로버트 네퍼)의 목적에 대해 경고한다. 헤이든 파네티어, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 매들린 지마, 레이 파크, 엘리자베스 랙키, 데이비드 H. 로렌스 17세, 돈 올리비에리, 해리 페리, 토드 스태시윅이 특별 출연한다.

에마(디엔 브레이 특별 출연)가 큰 위험에 처한 꿈을 본 피터(마일로 벤티밀리아)는 최악의 악몽 속에 갇힌 사일러(재커리 퀸토)를 구출하려 한다. 카니발에서는 새뮤얼(로버트 네퍼)이 클레어(헤이든 파네티어)를 자기편으로 끌어들이기 위해 H.R.G.(잭 콜먼)의 비밀스런 과거를 폭로한다. 한편, 로렌(엘리자베스 롬 특별 출연)은 새뮤얼을 막기 위해 대담한 행동을 한다. 센딜 라마머시 역시 출연한다. 애슐리 크로, 지미 장 루이스, 해리 페리, 토드 스태시윅도 특별 출연한다.

절정이 최고조에 이르는 시즌 피날레에서, 수천 명의 목숨을 앗아가려는 새뮤얼(로버트 네퍼)을 막기 위해 모두가 힘을 합친다. 피터(마일로 벤티밀리아)는 에마(디엔 브레이 특별 출연)를 구하기 위해, 전혀 예상 밖의 인물과 힘을 합친다. 한편, H.R.G.(잭 콜먼)와 클레어(헤이든 파네티어)는 자신들이 땅속에 갇혀있다는 걸 알게 되고, 산소가 빠르게 고갈되어 H.R.G.의 목숨이 위태로워지게 된다. 또, 자신이 내린 결정을 직면하기 시작한 히로(마시 오카)가 재앙을 막는 걸 돕기 위해 움직인다. 그렉 그룬버그, 알리 라터, 재커리 퀸토, 제임스 카이슨 리 역시 출연한다. 데이비드 H. 로렌스 17세, 해리 페리, 토드 스태시윅도 특별 출연한다.