컴퍼니를 공격한 사일러가 엘(크리스틴 벨)과 싸움을 벌인 후, 상상 이상의 능력을 지닌 십여 명의 악당들이 풀려난다. 컴퍼니의 지휘권을 갖게 된 안젤라 페트렐리(크리스틴 로즈)가 입이 쩍 벌어질만한 비밀을 폭로한다.

무자비하고 강력한 네 명의 악당이 은행이 난입하자, 안젤라(크리스틴 로즈)는 그곳으로 H.R.G.(잭 콜먼)와 위험하고 새로운 인간 병기를 보낸다.

종말을 맞을 세계를 구하라는 임무를 부여받은 피터는 다가올 싸움에 대비해 사악하고 통제하기 힘든 능력을 취해야 한다. 특별 출연자 말콤 맥도웰(린더만), 데이비드 앤더스(애덤 먼로) 어데어 티슐러 (몰리)가 복귀한다.

몇몇 영웅들이 누가 '선하고' 누가 '악한지' 재정의할 수 있는 개인적인 결정을 앞둔 채, 중대한 갈림길에 선다. 클레어는 난생처음으로 악당을 잡으러 나선다. 말콤 맥도웰(린더만), 데이비드 앤더스(애덤 먼로)와 제슬린 길직(메러디스)이 특별 출연한다.

히로(마시 오카)와 다른 영웅들이 컴퍼니의 라이벌인 파인허스트 기업의 제안을 받아들이는 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 충격적인 정체를 지닌 회사 설립자와 만난 후 완전히 변해버리고 만다. 클레어(헤이든 파네티어)는 그녀의 어머니 샌드라(애슐리 크로)와 함께 메러디스(제슬린 길직)를 도일(데이비드 H. 로렌스 17세)의 비틀린 지배로부터 구출하려 한다.

붙잡혀 겁에 질린 채 궁지에 몰린 네이선(아드리안 패스더), 트레이시(알리 라터), 맷(그렉 그룬버그)과 피터(마일로 벤티밀리아)는 친숙한 인물들과 사투를 벌인다. 엘(크리스틴 벨 특별 출연)이 충격적인 복귀를 한다.

다가올 결전에 대비하기 위해, 히로(마시 오카)는 무엇 때문에 사일러(재커리 퀸토)가 비틀린 인간이 되었으며, 플린트(블레이크 실즈)와 아서 페트렐리(로버트 포스터)가 악당이 되었는지 알아본다.

아서 페트렐리(로버트 포스터 특별 출연)가 안젤라(크리스틴 로즈)와 아들 피터(마일로 벤티밀리아)와 그들의 동료들에게 전쟁을 선포하면서 영웅들이 쓰러진다. 크리스틴 벨, 브리 그랜트, 제이미 헥터, 블레이크 실즈, 은타레 므위네가 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토), 엘(크리스틴 벨 특별 출연)과 재회한 아서(로버트 포스터 특별 출연)는 그들에게 클레어(헤이든 파네티어)를 찾아서 데려오라고 명령한다. 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 힘을 합쳐 대프니(브리 그랜트 특별 출연)를 따라 대프니의 고향인 캔자스주 로렌스로 가, 대프니가 뭘 숨기는지 알아낸다. 한편, 네이선과 피터 페트렐리(아드리안 패스더와 마일로 벤티밀리아)는 세계를 파괴하려는 아버지를 막을 수 있는 유일한 사람인 아이티인(지미 장 루이스)을 찾아 아이티로 간다. 잭 콜먼, 알리 라터 역시 출연한다. 로버트 포스터 역시 특별 출연한다.

일식이 계속해서 영웅들의 능력에 영향을 미치는 동안 엘(크리스틴 벨)과 사일러(재커리 퀸토)는 복수심에 불타는 H.R.G.(잭 콜먼)와 싸우고, 그동안 클레어(헤이든 파네티어)는 살기 위해 고군분투한다. 피터와 네이선(마일로 벤티밀리아와 아드리안 패스더)은 아이티인(지미 장 루이스)과 힘을 합쳐 아이티인의 형제 배런 사메디(드미트리어스 그로세)와 싸우는데, 이후 네이선은 충격적인 결정을 내린다. 한편, 안도(제임스 카이슨 리)는 현지 만화 서점에서 샘(세스 그린 특별 출연), 프랙(브레킨 메이어 특별 출연)과 함께 만화책 '9번째 기적'을 통해 히로(마시 오카)의 기억을 되찾기 위해 애쓴다. 그렉 그룬버그, 센딜 라마머시, 알리 라터, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 로버트 포스터도 특별 출연한다.

아서(로버트 포스터 특별 출연)를 막을 방법을 찾길 기대하며, 히로(마시 오카)와 클레어(헤이든 파네티어)는 카이토(조지 타케이 특별 출연)가 아기 클레어를 H.R.G.(잭 콜먼)에게 맡겼던 16년 전 과거로 간다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)와 아이티인(지미 장 루이스 특별 출연) 역시 힘을 합쳐 아서 페트렐리를 영원히 없애버리려 하지만, 사일러(재커리 퀸토)가 이를 방해한다. 한편, 실험실에서는 수레시(센딜 라마머시)가 모든 것을 바꿀, 화학식에 관한 중요한 실마리를 발견한다. 알리 라터, 크리스틴 로즈, 그렉 그룬버그, 아드리안 패스더, 제임스 카이슨 리 역시 출연한다. 제슬린 길직, 애슐리 크로, 탐린 토미타, 채드 파우스트도 특별 출연한다.

아서 페트렐리와의 결전 이후, 페트렐리 형제(아드리안 패스더와 마일로 벤티밀리아)는 서로 싸우게 되고, 네이선은 전 세계에 영향을 끼칠 일을 시작한다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 클레어(헤이든 파네티어), H.R.G.(잭 콜먼), 메러디스(제슬린 길직 특별 출연), 안젤라(크리스틴 로즈)를 프리마테크에 인질로 잡아둔 뒤 대결을 벌인다. 한편, 안도(제임스 카이슨 리), 맷(그렉 그룬버그), 대프니(브리 그랜트 특별 출연)는 계속해서 히로(마시 오카)를 구하려 하는데, 수레시 박사(센딜 라마머시)가 이들의 유일한 희망일지도 모른다. 알리 라터 역시 출연한다. 은타레 므위네, 데이비드 H. 로렌스 17세, 채드 파우스트도 특별 출연한다.

파인허스트와 프리마테크가 폭발로 무너진 지 몇 개월 후, 우리의 영웅들은 과거를 잊고 새로운 삶을 살려고 노력한다. 이제 능력이 없는 히로(마시 오카)는 주저하는 안도(제임스 카이슨 리)를 진정한 슈퍼히어로로 훈련시키려 한다. 수레시(센딜 라마머시)는 다시 택시 운전사로 돌아가고, 피터(마일로 벤티밀리아)는 다시 생명을 구하는 일을 하고, 대프니(브리 그랜트 특별 출연)와 맷(그렉 그룬버그)은 평범한 커플처럼 살려고 한다. 네이선(아드리안 패스더)은 능력을 지닌 자들을 찾아서 붙잡겠다는 치명적인 음모를 꾸미고, 이를 알게 된 클레어는 평범하게 살겠다는 마음을 접는다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 자신의 진짜 부모를 찾기 시작한다.

예기치 못한 사건이 계속되자, 우리의 영웅들은 새로운 적이자 같은 능력자인 네이선 페트렐리(아드리안 패스더)로부터 도망친다. 맷(그렉 그룬버그)이 일련의 예언적 그림을 그린 후, 맷과 가까운 누군가의 비극적 운명이 밝혀진다. 한편, 사일러(재커리 퀸토)는 계속해서 자신의 아버지를 찾던 중, 정보와 독특한 능력을 지닌 왕따(댄 버드 특별 출연)를 만난다. 잭 콜먼, 알리 라터, 제임스 카이슨 리, 마시 오카, 헤이든 파네티어, 센딜 라마머시, 크리스틴 로저, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 은타레 므위네도 특별 출연한다.

국토안보부가 미국 대통령의 직속 명령에 따라 조사를 시작하면서 네이선(아드리안 패스더)의 계획이 드러난다. 사일러(재커리 퀸토)와 루크(댄 버드 특별 출연)는 사일러의 아버지를 찾기 위한 여행을 떠나지만, 네이선의 요원들이 이들을 은밀히 쫓고 있다. 클레어(헤이든 파네티어)가 H.R.G.(잭 콜먼)에게 붙잡힌 능력자 청년(저스틴 밸도니 특별 출연)을 보호하려 하자, 베넷 가족의 삶은 점점 복잡해진다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 맷(그렉 그룬버그)이 그린 예언적 그림을 따라 인도로 향하고, 수수께끼의 협력자가 우리의 영웅들을 도우러 온다. 알리 라터, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로, 랜들 벤틀리, 암라팔리 암베가오카르도 특별 출연한다.

인질로 잡혀 있는 동안 맷 파크먼(그렉 그룬버그)에게 특유의 심문을 받은 H.R.G.(잭 콜먼)는 어떻게 해서 능력자들을 잡아들이려는 네이선(아드리안 패스더)의 정부 음모에 가담하게 되었는지 밝히게 된다. 한편, 피터(마일로 벤티밀리아)는 맷이 발견한 사실로 인해 사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'과 대면하게 된다. 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 애슐리 크로도 특별 출연한다.

반란군'으로부터 제보를 받은 맷(그렉 그룬버그)과 피터(마일로 벤티밀리아)는 대프니를 구출하고, 능력자들에 관한 정부의 계획을 폭로할 파일을 회수하기 위해 '빌딩 26'으로 향한다. 클레어(헤이든 파네티어)는 뜻밖의 인물에게 도움을 받아 알렉스(저스틴 밸도니)를 도시 밖으로 내보낸다. 사일러(재커리 퀸토)는 루크(댄 버드 특별 출연)와 여행을 계속하는 도중 아버지와의 기억을 떠올리게 되고, 이로 인해 어머니에 관한 진실을 알게 된다. 한편, '사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'이 자신의 신념을 행동으로 옮겨 우리 영웅 중 한 명이 기절초풍할 만큼 놀라게 된다. 잭 콜먼, 아드리안 패스더, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 랜들 벤틀리, 애슐리 크로, 데이비드 H. 로렌스 17세도 특별 출연한다.

사일러(재커리 퀸토)는 오래전에 잃어버린 아버지(존 글로버 특별 출연)를 만나게 되고, 예상과는 전혀 다른 재회를 하게 된다. '반란군'에게 제보를 받은 클레어(헤이든 파네티어)는 숙적인 에릭 도일(데이비드 H. 로렌스 17세 특별 출연)이 붙잡히지 않게 도와줄 것인지 결정해야 한다. 한편, '사냥꾼(젤리코 이바넥 특별 출연)'은 페트렐리 가족의 비밀을 폭로해 네이선(아드리안 패스더)의 작전을 지휘하려 하고, 맷(그렉 그룬버그)은 자신이 세상의 주목을 받는 가운데 국회의사당을 날려버리기 직전이라는 사실을 알아차린다. 잭 콜먼, 알리 라터, 제임스 카이슨 리, 마시 오카, 크리스틴 로즈 역시 출연한다. 랜들 벤틀리, 애슐리 크로도 특별 출연한다.

H.R.G.(잭 콜먼)은 트레이시(알리 라터)가 자신들을 '반란군'에게 인도해주기를 기대하며, 일명 '사냥꾼' 에밀 단코(젤리코 이바넥)에게 트레이시를 '빌딩 26'에서 풀어주라고 설득한다. 체포를 교묘히 피해 다니던 안젤라(크리스틴 로즈)는 옛 친구(스우지 커즈 특별 출연)에게 도움을 요청한다. 로스앤젤레스에서는 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)가 '반란군'이 지령한 대로 새로운 영웅을 계속해서 보호한다. 그렉 그룬버그, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 브리 그랜트와 데이비드 H. 로렌스 17세도 특별 출연한다.

능력이 드러나 작전 지휘권을 잃은 네이선(아드리안 패스더)은 클레어(헤이든 파네티어)와 멕시코로 숨는다. 에밀 단코(젤리코 이바넥 특별 출연)가 정부 작전을 지휘하게 되고, 그는 뜻밖의 파트너와 힘을 합쳐 능력자들을 전부 끝장내려는 계획을 실행에 옮긴다. 한편, 안젤라(크리스틴 로즈)와 피터(마일로 벤티밀리아)는 교회로 피난해 망가진 관계를 회복하기 시작한다. 케빈 알레한드로 역시 특별 출연한다. 잭 콜먼도 출연한다.

단코(젤리코 이바넥 특별 출연)가 정부 작전을 지휘하게 되자, 단코와 가까운 누군가가 그를 사선으로 밀어 넣는다. H.R.G.(잭 콜먼)의 삶이 걷잡을 수 없어지면서 부부 관계도 위태로워진다. 한편, 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 맷 파크먼(그렉 그룬버그)에게 특별 배송을 하기 위해 계속 여행을 한다. 또, 안젤라 페트렐리(크리스틴 로즈)는 과거의 망령들을 파낸다. 헤이든 파네티어, 아드리안 패스더, 재커리 퀸토, 센딜 라마머시, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다. 애슐리 크로도 특별 출연한다.

네이선(아드리안 패스더), 클레어(헤이든 파네티어), 피터(마일로 벤티밀리아)와 H.R.G.(잭 콜먼)는 안젤라(크리스틴 로즈)가 과거를 밝힐 수 있게 도와주고, 안젤라는 수년 간 자신을 괴롭힌 어두운 비밀을 폭로한다. 한편, 모힌더(센딜 라마머시)는 자신의 아버지가 오래전에 잊힌 정부 작전에 참여했다는 걸 알게 된다. 다이애나 스카위드, 알렉사 니컬러스, 로라 마라노, 라비 카푸르, 케이시 크링렌, H. 마이클 크로너, 에드윈 호지가 특별 출연한다.

특이한 파트너 관계를 계속 이어가던 사일러(재커리 퀸토)는 갑자기 정체성에 혼란을 겪는다. 히로(마시 오카)와 안도(제임스 카이슨 리)는 빌딩 26을 무너뜨리기 위한 조치를 취한다. 한편, 맷(그렉 그룬버그)은 아버지가 됐다는 걸 알게 되자 우선순위를 바꾼다. 또, 네이선(아드리안 패스더)은 자신이 세운 작전의 잘못을 바로잡을 계획을 세우고 움직인다.

네이선(아드리안 패스더)은 사일러(재커리 퀸토)가 대통령(마이클 돈 특별 출연)을 못 만나게 하기 위해 사일러와 맞서 싸우고, 사일러는 새로운 파트너를 위한 계획을 생각한다. 한편, 히로(마시 오카)는 능력을 되찾는 데 부작용이 있다는 사실을 알게 된다. 또, 맷(그렉 그룬버그)은 가족과 함께하는 미래를 보호하기 위해 엄청난 노력을 할 수밖에 없게 된다. 잭 콜먼, 제임스 카이슨 리, 헤이든 파네티어, 센딜 라마머시, 크리스틴 로즈, 마일로 벤티밀리아 역시 출연한다.