Envoyée en reportage, April O'Neil est menacée par Rocksteady. Secourue par Donatello, Raphaël, Michelangelo et Leonardo, les jeunes tortues ninja, elles les suit dans leur demeure souterraine...

L'idole de Donatello, le savant fou professeur Willard W. Willard, invente l'intensificateur moléculaire. Cette machine permet de contrôler la croissance des organismes vivants. Krang ordonne à Schredder de la récupérer. Au cours d'une démonstration, un dysfonctionnement de l'appareil répand sur le sol du laboratoire un flot de rayons ultraviolets qui influent aussitôt sur la végétation ambiante, transformant la ville en une véritable jungle...

Michelangelo rêve qu'il est sur le point de se faire attaquer par Tyranno-toy. Il se réveille au moment où April annonce l'ouverture de la grande foire aux jouets...

Depuis le musée de la ville, April O'Neil fait un reportage sur une exposition d'objets provenant de la dynastie chinoise Ying. Des soldats de marbre protègent des voleurs la perle la plus grosse de la collection de l'empereur. Schredder et Krang conspirent afin de transformer les statues en une armées d'esclaves invincibles...

Alors que la planète se réchauffe, Krang et Schredder menacent de l'exposer à de pires conditions climatiques. Miyoko, la mère de Schredder, insiste pour seconder son fils dans son combat...

Les Neutrinos se font attaquer et leurs leaders, Zenter et Grizzla, sont capturés par Schredder. Pour obtenir la protection des Tortues, Zenter et Grizzla envoient leur bébé Tribble sur Terre...

Des objets appartenant aux tortues Ninja sont volés. April et Irma se lancent à la poursuite des voleurs et leur enquête mène jusqu'au domaine du collectionneur milliardaire Monroe Q. Flem...

Le bruit court qu'Oswald Dren, un étudiant, a mis au point le Vitaliseur, une substance expérimentale qui donne vie aux objets inanimés. Aussitôt, Schredder, Krang, Bebop et Rocksteady établissent un plan pour voler la potion...

Le «Personal Energy Projector» est une machine qui permet les transferts d'énergie d'une source vers une autre. Un vendeur parvient à allécher Krang et à lui vendre son matériel. Ce dernier vide la Terre de son énergie...

Krang menace de pulvériser la ville grâce à une arme qu'il a inventée. Mais l'instrument de musique de Howie provoque des interférences et le bon fonctionnement de l'appareil est perturbé...

Une invitation d'April conduit les tortues, Irma et son ami Howie au Floxy Music Hall. Pendant ce temps, Schredder, Krang, Rocksteady et Bebop s'efforcent de vider la Terre de toute énergie...

Les tortues sont en compétition contre Bruce Bent, l'homme-gadget, qui s'auto-proclame «grand héros du passé». Avec l'aide de Schredder, il tente de capturer les tortues...

Alors que les tortues dînent tranquillement, Michelangelo et Leonardo sont soudain transformés en enfants de cinq ans. C'est la dernière invention de Schredder, un sérum de jouvence...

Les tortues interviennent pour sauver un homme poursuivi par deux autres hommes. Au cours du combat, un cristal tombe à travers une grille. Or, il s'agit d'une dernière découverte scientifique qui sera une catastrophe en de mauvaises mains...

Alors que Raphaël regarde son émission préférée à la télévision, il reçoit un coup de téléphone d'April lui apprenant la disparition des comédiens de la chaîne du rire en plein milieu de leur show...

Les tortues se retrouvent sans moyen de communication avec leur amie April et le jeune Zach. Au même moment, Zach assiste à l'arrivée de Bebop et Rocksteady, venus pour voler le rayon d'anxiété...

Raphaël a gagné une place pour assister à une soirée déguisée sur un bateau. Trop heureux, il décide d'y aller sans costume, étant déjà déguisé en tortue ninja...

Les tortues suprennent quatre hommes en train de détruire leur égout. Ils sont là pour créer une armée de super mutants grâce à un gêne spécial...

En l'absence de Splinter, Leonardo nommé responsable des autres tortues a bien du mal à se faire respecter...

Dans une cave remplie de rats, le roi est furieux car il ne trouve plus de nourriture. Il décrouvre une boîte de Mutogen, qui lui donne des idées...

Michelangelo compte tester la toute nouvelle invention de Donatello, une machine à vent et à vagues, dans un tunnel des égouts...

Donatello invente une machine qui fabrique de la pâte à pizza, pour le plus grand plaisir de ses amis. Mais la machine montre des signes de faiblesse et se transforme en lanceur de pâte...

Donatello termine de mettre au point la première machine à figer le temps. Il effectue ses premiers tests avec succès sur quelques rats...

Schredder convainc Lotus Blossom de combattre les tortues pour entrer en possession de l'urne funéraire de Chakahachi, un vieux mage japonais. Le combat s'engage et l'urne se brise, libérant l'esprit du magicien...

Le docteur Polidorius met au point un plan machiavélique afin de détruire le monde. Il créé un homme-poisson grâce à son accélérateur d'évolution, qui dépose des explosifs à travers la ville...

Le multi-milliardaire J. Gordon Hungerdunger organise une compétition entre super-héros. Rocksteady et Bebop sont admis dans la compétition...

Meet Bugman est le héros de Michelangelo depuis toujours. Il a de sérieux ennuis. L'électrozapper est sur le point d'envoyer au monde une décharge électrique fatale...

Krang et Schredder font enlever Buffy, la fille de Shellhammer. Ils cherchent à obtenir la formule du carburant mis au point par Shellhammer pour sa super fusée...

Un biologiste fou, docteur Lesseau, enlève des animaux dans le zoo de la ville et s'en sert comme cobayes pour son laser mutant. Il met la main sur Raphäel, Donatello et Leonardo pour sa galerie des horreurs...

April et Vernon cherchent un scoop pour Channel 6. Le défi lancé aux tortues par Schredder convient, mais il s'agit d'un piège et tous se téléportent sur le Technodrome...

Donatello propose à Irma de jouer avec elle les étudiants d'un jour. Une fois à l'université, les deux amis découvrent que le professeur Sopho envoie valser ses habitants dans l'espace...

Schredder engage le gangster Big Louis pour trouver les boutons de manchette explosifs de Cathay. Les tortues s'en mêlent en secret afin de faire échouer le complot...

Le plus vraisemblable des jeux vidéo, «La vengeance de Tempestra», fascine Leonardo. Alors qu'il s'apprête à battre la machine virtuellement, un court-circuit électrique donne vie à Tempestra...

Maître Splinter disparaît en conseillant aux tortues de se séparer, pour évoluer seules. A ce moment, le roi des rats fabrique des rats et des alligators androïdes...

En tentant de voler leur personnalité, Little Huey inverse le cerveau de Raphaël et celui d'Oscar, le chauffeur de taxi. Aucun ne sait ce qu'il s'est passé...

Les efforts de Donatello pour entrer en contact avec des êtres vivants dans la nébuleuse de la Tortue sont payants. Il transporte accidentellement sur Terre un voyageur de l'espace, le lézard Algy. Pendant ce temps, un vaisseau spatial kidnappe April...

Lorsque Bebop et Rocksteady font échouer une expérience de mutation, Krang découvre que la matière obtenue engendre des insectes de taille géante. Schredder envoie un échantillon sur Terre...

Désespéré de trouver un jour un acolyte à la hauteur, Schredder fabrique lui-même des serviteurs sur qui il peut compter. Il utilise alors l'activateur de particules cérébrales de Krang...

Lors d'un reportage dans la région agricole de High Falls, April découvre les manigances du docteur Davens. Ce botaniste entend mettre la main sur toute la production alimentaire de la ville, en cultivant des légumes géants...