프랭클린 테라스 단지를 꽉 쥐고 있는 마약계의 거물 에이번 박스데일의 조카 디앤젤로의 재판이 벌어진다. 이때 매수된 증인이 갑자기 사전에 준비했던 것과 다른 발언을 하자 법정은 혼란스러워진다. 재판을 지켜본 강력반 형사 지미 맥널티는 판사에게 사건의 내막을 전달하고, 이로 인해 볼티모어 경찰국은 에이번 박스데일이라는 인물을 파헤치게 된다.

맥널티는 계속해서 고집을 부리며 박스데일 패거리에 대한 수사를 진행하려고 하고 그것 때문에 대니얼스 경위와의 마찰이 생긴다. 대니얼스 경위 또한 나름의 방식으로 사건을 풀어나가려고 하지만 지원을 요청해서 받은 인력이라고는 주정뱅이 형사 둘과 경찰이라고 할 수도 없는 쓰레기 한 명뿐이다. 그리고 결국 이 쓰레기 같은 형사가 마약반의 다른 형사 둘과 함께 엄청난 사고를 치게 된다.

조사가 시작된 지 2주가 지나도록 마약 사업의 핵심 인물인 에이번 박스데일의 사진조차 구하지 못한 경찰은 조급해지기 시작한다. 맥널티 형사는 키마 형사 등과 협력해 정보원을 마약 위장 거래에 투입시켜 보지만 대니얼스 반장의 명령으로 인해 작전을 망칠 위기에 처한다. 한편, 맥널티는 FBI 요원에게서 대니얼스에 관해 그동안 알지 못했던 놀라운 사실을 듣게 된다.

부상을 입은 보디는 메릴랜드의 한 소년원에서 눈을 뜨게 된다. 하지만 보디는 익숙지 않은 환경으로 인해 탈출을 감행하고 그런 보디의 뒤를 카버와 호크 형사가 계속 뒤쫓는다. 한편, 오마에게 물건을 털린 에이번 박스데일은 오마 일당의 목에 현상금을 건다. 맥널티 형사는 박스데일 조직의 뒤를 쫓던 중, 랜즈먼 반장이 단서가 있는 것 같다며 던져 준 오래된 사건을 미심쩍어하면서도 수사해 보기로 한다.

에이번은 누군가 자신을 노리고 있음을 눈치채고 오마는 점점 에이번의 숨통을 조여 온다. 그리고 크레슨 사건의 범인이 박스데일 조직과 관련이 있음을 확인한 맥널티와 벙크는 제보자인 티완다의 전화번호를 확보해 만나러 가고, 계속 사고만 치던 프레즈빌루스키는 암호를 푸는 법을 알아낸다.

맥널티 형사와 동료들은 박스데일 일당의 전화기에 도청 장치를 설치하고 정보를 하나하나 모아가기 시작한다. 하지만 기소율을 높이기에만 급급한 롤스 경령 때문에 어렵게 모은 정보가 법원에서 모두 노출되어 무용지물이 될 위기에 처한다. 이에 맥널티 형사가 대니얼스 경위에게 롤스를 막아달라고 부탁하지만, 대니얼스는 거절한다.

도청을 통해 박스데일 일당이 약을 새로 받는 시간을 알아낸 경찰은 잠복하고 있다가 스팅컴과 마약 판매책이 탄 차를 발견하고 작전대로 뒤를 쫓는다. 한편, 샌탠젤로 형사는 차마 동료인 맥널티를 음해하지 못하고, 대신 옛날 미제 살인 사건을 해결해 보려다가 결국 점쟁이를 찾아가게 된다.

시장에서 우연히 스트링어를 발견한 맥널티는 아들을 이용해 미행하고 마침내 스트링어가 타는 차량의 번호를 입수한다. 한편, 위베이 무리와 디앤젤로는 스팅컴이 구역을 맡게 된 걸 축하하기 위해 파티를 열고 거기서 한 여성이 마약 과용으로 사망하고 만다. 수사 중 상원 의원의 보좌관을 건드리고 만 마약반 형사들은 차장의 압박에 수사를 종료하게 된다.

이스트사이드와의 연례 농구 시합을 앞두고 에이번은 큰돈을 들여 새로운 선수를 영입한다. 그리고 그 경기를 지켜보던 호크와 카버 형사는 경기장에 에이번이 있다는 말을 듣게 되고, 보고를 통해 그걸 알게 된 대니얼스 경위는 마침내 에이번의 정체를 밝힐 수 있겠다는 생각에 인원을 모두 투입해 에이번의 뒤를 쫓는다.

스트링어와 에이번은 오마와 화해할 것처럼 속여서 오마를 공격하기로 한다. 버블스는 중독자들의 모임에 다녀온 이후 약을 끊고 새로운 삶을 살아 보기로 결심한다. 맥널티의 전 부인은 맥널티 형사가 아이들을 데리고 범죄자를 만났던 일 때문에 화가 나서 아이들을 볼 수 있는 권리를 제한하려고 한다.

볼티모어 경찰은 키마를 쏜 범인을 추적하기 위해 갖은 노력을 다하지만 범인의 행방은 묘연해만 간다. 그러던 중 프리먼 형사가 어렵게 찾아낸 단서 덕분에 수사망을 좁혀갈 수 있게 된다. 한편, 올랜도와 몰래 거래한 게 들킬까 봐 걱정하던 디앤젤로는 위베이가 으슥한 골목으로 데려가자 겁을 먹는다.

에이번과 스트링어는 디앤젤로에게 월리스의 행방에 대해 묻지만 디앤젤로는 조직을 떠난 친구라며 월리스를 보호하려고 한다. 한편, 박스데일 사건의 증인인 니키샤 라일스가 죽은 채로 발견되고, 볼티모어 경찰국 형사들은 에이번이 자신에게 등 돌릴 만한 사람들을 제거하고 있다는 걸 알게 된다. 형사들은 샤딘의 도움을 받아 에이번의 사무실에 마이크를 심으려는 계획을 세우지만, 샤딘은 보복이 두려워 망설이고 만다.

볼티모어 경찰국 형사들은 총을 맞고 부상을 입은 키마를 찾아 용의자 확인을 시도했으나 실패하고 박스데일 조직을 한 번에 소탕하기 위해 FBI와의 공조 수사를 시도한다. 한편, 조직의 생활에 염증을 느낀 디앤젤로는 경찰에 에이번과 스트링어를 넘기는 대가로 증인 보호 프로그램을 약속받는다.

롤스의 보복으로 지미는 해상 경비대로 발령을 받고 대니얼스는 증거 관리부에서, 그레그스는 마약반 압수품 관리부에서 일하게 된다. 그렇게 각자의 위치에서 최선을 다하는 동안 박스데일 조직 또한 재기를 계획한다.

프랭크가 들여온 컨테이너에서 시신들이 발견되며 노조원들은 큰 곤경에 빠진다. 엎친 데 덮친 격으로 밸첵이 프랭크에게 원한을 품으며 사사건건 시비를 걸기 시작한다. 한편, 컨테이너에서 발견된 시신들과 맥널티가 바다에서 건져 올린 시신이 서로 관련이 있음이 밝혀진다.

맥널티는 항구에서 발견된 시신의 신원을 추적한다. 한편, 닉과 지기는 컨테이너에서 훔친 카메라를 그리스인들에게 팔고, 에이번은 교도관 틸먼에게 독극물이 든 마약을 팔게 한다. 교도소 내에 틸먼의 마약이 돌자 충격적인 일이 벌어진다.

교도소 내에서 쥐약이 섞인 마약을 복용한 재소자들이 사망하거나 병원에 실려 가는 사고가 발생하고 범인을 색출하기 위해 교정국과 경찰은 수사를 시작한다. 밸첵의 부탁으로 버렐은 소보트카를 잡기 위한 작전팀을 꾸리고 팀장으로 대니얼스 경위를 호출한다.

치즈에게 돈을 갚지 못하고 있는 지기는 점점 마음이 급해지고 닉에게 사정 얘기를 한다. 한편, 버드의 재판이 다가오자 벙크는 맥널티에게 자취를 감춘 오마를 찾아 달라고 부탁한다. 소보트카를 쫓던 팀원들은 그가 벙크의 사건에도 연루돼 있다는 것을 알고 의아해한다.

오마는 법정에서 갠트를 죽인 건 버드이고 범행에 사용된 총도 버드의 총이라고 증언을 하고, 버드의 변호사 레비는 마약상이나 터는 그의 말은 믿을 수 없다고 반격한다. 한편, 맥널티는 전 아내인 엘레나가 일하는 부동산에 찾아가 다시 잘해 보고 싶다는 뜻을 밝힌다. 브리아나는 감옥에 간 아들 디를 찾아가 에이번한테 맡겨서 감형을 받자고 애원하지만 디는 이를 단호히 거절한다.

감옥에서 목을 맨 디의 장례식이 열린다. 자살한 것으로 알려졌지만 사실은 벨이 에이번 몰래 청부 살해한 것. 롤스는 대니얼스에게 컨테이너 살인 사건을 맡기려고 하지만 대니얼스는 이를 거부한다. 프리먼은 컴퓨터로 컨테이너의 흐름을 감시하고 러셀 형사는 사건에서 손 뗀 것처럼 연기해 프랭크를 안심하게 한다.

수사에 참여하지 못하며 술에 절어 사는 지미. 그사이 대니얼스는 부하들과 함께 도청 허가를 받아 내는 데 성공한다. 한편, 프랭크는 밀린 휴대폰 요금을 처리하기 위해 통신사에 전화를 걸고, 그의 마음속에서는 의심의 불꽃이 싹트기 시작한다.

보디 일당은 마약 판매 구역을 되찾기 위해 다른 패거리와 맞서고 총격전까지 벌이게 된다. 이때 집 안에 숨어 있던 9살짜리 꼬마가 빗나간 총알에 맞고 숨지는 사건이 발생하고, 경찰은 범인을 잡기 위해 증거를 찾기 시작한다. 이 일로 스트링어에게 혼이 난 보디는 증거가 될 만한 총을 확실히 처리하기로 결심한다.

스트링어 벨은 이스트사이드 일당들에게서 품질 좋은 마약을 공급받는 대신 탑의 일부 구역을 내어준다. 그리스인들의 아지트를 열심히 추적하던 경찰은 FBI와의 공조 수사를 시작하게 되고, 지미는 휴대폰 기록을 활용해 수사를 새로운 방향으로 이끌어 가려 한다. 한편, 더블 G와 실랑이를 하던 지기는 충동적인 결심을 하게 된다.

아들 지기가 총기 발사로 체포되었다는 사실을 알게 된 프랭크는 급하게 아들을 찾아가 면회하고, 조용히 지기의 얘기를 들어 주며 눈시울을 적신다. 한편, 대니얼스 경관은 조직의 우두머리인 그리스인을 잡으려고 본다풀로스에게 미행을 붙이고, 스트링어는 오마를 만나, 브랜던을 잔인하게 죽인 사람이 무존이라고 거짓말을 말한다.

프랭크가 그리스인을 만나러 간 후 돌아오지 않자 닉은 삼촌을 찾아 나선다. 닉의 불길한 예감대로 바다에서 프랭크의 시신이 발견되고, 맥널티와 키마는 그리스인이 최근 프로포지션 조에게 공급하는 마약 물량을 두 배로 늘린 사실을 알아낸다.

도시 계획의 일환으로 빈민가가 철거되고 순식간에 구역을 잃은 박스데일 조직은 갈피를 잡지 못한다. 대니얼스와 팀원들은 프로포지션 조의 부하를 잡아 스트링어 벨까지 엮어 넣으려고 하지만 일이 쉽게 풀리지만은 않는다. 한편, 자신이 건넨 손을 뿌리친 버렐 국장에게 카케티 의원은 서서히 압박을 가하기 시작한다.

디앤젤로의 죽음에 대한 정보를 얻은 맥널티는 디앤젤로의 죽음이 자살이 아닐지도 모른다는 생각에 조사를 시작하고, 조금씩 파고들수록 그 생각에 확신을 갖게 된다. 한편, 보디는 말로를 찾아가 마약 판매 구역에 대한 얘기를 해 보려 하지만, 말로를 쉽사리 찾지 못한다.

거듭되는 차장과 국장의 억지에 콜빈은 반기를 들고, 조직 간의 분쟁으로 인해 시체는 쌓여만 간다. 경찰 학교 건으로 인해 버렐은 시장과 카케티 사이에서 난처한 위치에 처한다. 한편, 맥널티는 디앤젤로의 자살 사건을 홀로 수사하게 된다.

콜빈은 마약 거래를 자유롭게 할 수 있는 구역, 일명 '함스테르담'을 지정한다. 맥널티와 키마는 정보원 버블스를 통해 탑이 무너진 후 박스데일 조직의 활동지를 알아보는 등, 스트링어를 잡기 위해 팀과는 별도로 수사를 해나간다. 한편, 커티는 직업을 구해 보려 하다가 결국 슬림 찰스를 찾아가 조직에서 함께 일하기로 한다. 스트링어는 도네트를 통해 형사들이 디의 자살을 의심한다는 사실을 알게 된다.

거리의 마약상들이 경찰의 말을 좀처럼 믿지 못하고 움직이지 않자 경찰은 그들을 강제로 차에 태워 마약 자유 구역으로 이동시킨다. 스트링어를 찾아간 맥널티는 아무런 혐의점을 찾지 못한 채 부동산 개발자로 변한 그의 모습을 확인하고 실망한다. 한편, 말로를 만난 스트링어는 타협점을 찾지 못하고 에이번의 출소를 환영하는 자리에 참석한다.

말로가 노른자위 땅을 차지했다는 사실에 에이번은 분노하고, 스트링어는 이제 돈은 충분히 벌었으니 구역에 대한 욕심 없이 평화롭게 살자고 에이번을 설득한다. 하지만 에이번은 뜻을 굽히지 않고 결국 전쟁을 시작하려 한다. 한편, 대니얼스는 펄먼 검사를 계속 만나면서도, 아내의 정치적 야망을 모른 척할 수 없기에 사이좋은 부부 행세를 하며 아내와 함께 정치적 사교 모임에 참석한다.

마약 자유 구역이 지정된 후 볼티모어의 거리는 조용해진다. 한편, 아들의 죽음이 자살이 아닐 수도 있다는 사실을 알게 된 브리아나는 경찰을 찾아가려 하고, 그 얘기를 듣게 된 스트링어는 흥분하며 어떻게든 상황을 무마시키려고 한다.

콜빈은 마약 중독자들과 공생하고자 하는 계획이 효과가 있는 듯하자 만족스러워하지만, 경찰들은 길거리에서 마약이 버젓이 거래되는 사실에 불만을 품는다. 한편, 프레즈가 찾아낸 단서를 조사하기 위해 키마와 맥널티는 함께 먼 길을 떠난다.

도청 허가를 받기 위해 주요 범죄 전담반은 일회용 휴대폰을 입수하려 애쓴다. 시간이 갈수록 뉴 데이 조합 내에서도 에이번에 대한 불만의 목소리가 나오기 시작한다. 한편, 일요일에는 휴전이라는 암묵적인 규칙이 있음에도 불구하고, 주일 아침에 할머니와 함께 교회로 향하던 오마를 누군가가 습격한다.

대니얼스의 팀은 2주 단위로 휴대폰을 바꾸는 마약상 일당들 때문에 도청 수사에 난항을 겪는다. 주어진 상황 속에서 꿋꿋이 수사를 진행하던 팀원들은 휴대폰이 바뀌는 주기가 일주일로 줄어들자 허탈해지고 만다. 이때, 휴대폰 도청 기간을 늘릴 수 있는 기발한 방법을 생각해 낸다.

브라더 무존은 직접 오마를 대면하고 자신이 속았다는 것을 깨닫는다. 그 사실에 분노한 브라더 무존은 에이번을 찾아가고, 에이번은 힘든 결정을 할 수밖에 없는 지경이 이른다. 한편, 드디어 스트링어 벨을 체포할 수 있는 증거를 손에 넣은 주요 범죄 전담반은 이른 축배를 든다.

마약 자유 구역이 언론에 대대적으로 알려지면서 비난을 받자 시장과 버렐, 롤스는 모든 책임을 콜빈 경령에게 떠넘기고 그를 경질시키기로 한다. 이에 콜빈은 항의하지만 협조하지 않으면 부하들이 불이익을 당할 것이라는 협박을 듣고 결국 물러나게 된다. 한편, 맥널티는 스트링어 사건으로 충격에 빠지고 경찰직에 대해 고민을 하게 된다.

두키를 무시하던 네이먼드와 친구들은 두키가 테라스 패거리에게 맞고 돌아오자, 기발한 방법을 생각해 내어 함께 복수를 계획한다. 한편, 렉스는 여자 친구였던 패트리스가 자신을 떠나 프루트와 사귀게 되자, 프루트를 총으로 쏴버린다.

소환장이 발부되고 이를 받은 크로첵과 데이비스 의원은 노발대발한다. 한편, 가망이 없어 보이는 선거에 점점 흥미를 잃어 가던 카케티에게 놀라운 소식이 하나 들어오고, 허크 또한 충격적인 장면을 목격하게 된다.

경찰직에서 물러나 호텔 경비 일을 시작한 콜빈은 다른 자리를 소개해 주겠다는 멜빈 집사의 제안을 거절하지만, 호텔에서 부조리한 일을 겪자 집사의 제안을 고민해 보게 된다. 한편, 예비 선거 일자가 다가올수록 카케티와 로이스는 경쟁에 더욱 열을 올리기 시작한다.

강력반에 새로 배정받은 그레그스는 레스터와 반가운 재회를 하고, 프레즈는 선생님으로 부임한 학교에서 아이들을 가르치느라 고군분투한다. 콜빈은 파렌티와 함께 학교에 새로운 바람을 일으키려 하지만 쉽지 않은 상황에 부딪힌다.

프레즈는 학교에 적응하며 아이들에게 상벌 프로그램을 실시하고, 이 프로그램을 통해 아이들의 배경에 대해서도 조금씩 알아 간다. 말로는 오마의 목에 현상금을 걸고 싶어 하지만, 크리스는 후환을 없애기 위해 조용히 처리하자고 제안한다.

로이스 시장의 지지율을 열심히 뒤쫓던 카케티는 위조된 사진 한 장으로 인해 선거 운동에 큰 위기를 맞는다. 브리아나가 위베이의 가족에게 지원을 끊자, 네이먼드는 아버지 위베이 대신 집안의 남자로서 가족에 대한 책임감을 느낀다. 한편, 학교에서는 문제아들을 구제할 새로운 프로그램을 본격적으로 도입하기 시작한다.

살인 사건에 연루되지 않았다는 오마의 말을 믿는 벙크는 직접 힘을 써 보려 애쓰고, 키마는 앤서니를 수사하기 위해 거짓말 탐지기까지 동원해보지만 큰 성과를 얻지 못한다. 한편, 허크와 카버는 랜디를 경찰서로 데려와 렉스 살인 사건에 대해 묻는다.

콜빈의 노력으로 문제아들도 점차 마음을 열고 수업에 참여하기 시작하지만, 아이들을 길거리 생활에서 벗어나게 하기엔 아직 갈 길이 멀다. 카케티는 직접 경찰 실무를 경험하며 경찰국 전체에 실적주의가 만연해 있다는 사실을 깨닫는다.

경찰은 렉스 살인 사건에 대한 정보를 리틀 케빈에게서 얻을 수 있을 거라고 생각하고 리틀 케빈을 찾기 시작한다. 말로는 프로포지션 조를 통해 자신을 감시하는 경찰 허크에 대한 정보를 얻고 더욱 경계심을 품는다. 한편, 카케티는 경찰국 인사를 대대적으로 개혁하기 시작한다.

도넛을 향한 워커 경관의 횡포는 심해져 가고, 새롭게 시장으로 부임하게 된 카케티는 버렐의 자리에 롤스를 앉히려고 하지만, 버렐은 데이비스와 함께 권력을 되찾으려 한다. 한편, 학교에서는 계속해서 콜빈과 파렌티의 주도하에 프로젝트가 진행되지만, 선생님들은 교육이 아닌 환경이 문제라는 것을 느끼게 된다.

시장으로 취임한 카케티는 도시에 변화의 바람을 일으키기 위해 여러 곳을 돌며 노력을 쏟아붓지만, 예산 문제가 걸림돌이 되고 만다. 한편, 학교 내 골칫거리였던 아이들은 프로그램을 통해 조금씩 성장하는 모습을 보여 주지만 이 또한 새로운 문제에 직면하게 된다.

마이클은 어쩔 수 없이 스탠필드 조직에 들어가고, 이에 따라 네이먼드와의 사이가 멀어지게 된다. 모자란 예산 때문에 주지사를 찾아간 카케티는 굴욕을 당하고, 아이들과 교육 통제권 사이에서 고민하게 된다.

볼티모어 경찰국은 빈집을 대대적으로 탐문하며 시체들을 찾고, 동시에 크리스와 스눕에 대한 조사도 진행한다. 한편 콜빈은 네이먼드를, 카버는 랜디를 보호하기 위해 각자 할 수 있는 방법을 찾아본다.

점점 심각해지는 예산 부족으로 임금 체불과 수당 미지급이 지속되자 경찰들의 불만이 쏟아져 나오지만, 카케티는 학교에 예산을 집중하고자 한다. 이로 인해 경찰들의 사기는 계속 떨어지기만 하고, 말로 일당을 감시하던 주요 범죄 전담반은 해체 위기에 놓인다.

맥널티와 프리먼은 중단된 수사에서 손을 놓지 못하고, 피츠휴 요원에게 찾아가 협조를 요청한다. 한편, 경찰이 예산 감축으로 감시를 중단하자 말로 일당이 서서히 움직이기 시작한다.

맥널티는 노숙자 살인 사건에 대한 관심을 끌기 위해 아주 무모한 계획을 세운다. 카케티는 버렐을 쳐내고 대니얼스를 국장 자리에 앉히려고 하고, 이 결정이 몰고 올 여파를 미리 파악해두기 위해 일부러 언론에 이야기를 흘린다. 한편, 말로 일당은 오마를 찾기 위해 부치의 술집으로 향한다.

카케티는 버렐의 미래를 보장해 주기로 약속하고 그의 국장직 퇴임 기자 회견을 함께 연다. 확실한 증거를 확보한 펄먼은 데이비스 의원을 대배심에 소환하지만 데이비스 의원은 진술 거부권을 행사한다.

맥널티가 앨마와 템플턴에게 제공한 노숙자 살인 사건에 대한 정보가 '더 선' 1면에 게재되고, 템플턴은 거리로 나가 명함을 나눠 주며 직접 노숙자들을 만난다. 카케티 측은 본격적으로 클레이를 공격하고, 법원 앞에서는 로이스를 필두로 클레이를 지지하는 집회가 진행된다. 한편, 버블스는 고민 끝에 에이즈 검사를 받기로 한다.

카케티는 정치적으로 점점 입지를 굳혀 가고, 오마는 말로의 숨통을 서서히 조이기 시작한다. 한편, 노숙자 살인 사건이 언론의 관심을 끌자 대대적인 지원을 기대했던 맥널티는 윗선의 정치 놀음에 실망하고, 보다 많은 이목을 끌기 위해 또 다른 속임수를 계획한다.

말로를 잡기 위해 거짓말을 통해 새로운 사건을 꾸며 낸 맥널티. 이 거짓 사건에 온 도시의 관심이 쏟아지기 시작하자 시장은 사건 해결에 지원을 아끼지 않는다. 한편, 사건 담당자가 된 맥널티는 넘쳐 나는 지원을 이용해 말로를 잡기 위해 애를 쓴다.

플레처는 버블스를 좀 더 깊게 취재하게 되고, 스콧이 인터뷰했던 참전 용사 테리는 스콧을 찾아와 그의 기사를 반박하며 화를 낸다. 카케티는 여러 사람을 만나 협상을 시도하며 주지사 선거를 준비한다. 한편, 지미는 노숙자 연쇄 살인 사건으로 인해 스스로에 대한 깊은 회의감에 빠진다.

레스터와 시드너는 말로 일당을 잡아들이고, 말로 일당은 경찰 측이 확보했다는 정보원의 정체를 알아내기 위해 깊은 고민에 빠진다. 이후 레스터는 데이비스 의원과 단둘이 만나 레비에 대한 충격적인 이야기를 듣고, 거스는 또 다른 참전 용사로부터 스콧의 기사에 얽힌 진실을 알게 된다.

카케티 시장은 노숙자 연쇄 살인 사건이 맥널티와 프리먼의 조작 사건이었음을 알게 되지만, 자신의 주지사 선거를 염려해 이를 덮기로 한다. 그러나 노숙자 연쇄 살인 사건을 모방한 살인 사건이 일어나고, 맥널티는 그 사건을 제대로 파헤치기로 한다.