Depois que os Titãs atravessam o muro, os cidadãos de Shiganshina devem fugir por suas vidas. No entanto, aqueles que conseguem segurança encontram uma vida dura esperando por eles.

Eren começa seu treinamento com o Cadet Corps, mas perguntas sobre seu passado doloroso o dominam. Quando ele luta com um exercício de manobra, Bertholdt e Reiner oferecem conselhos gentis.

Dois anos se passam e o tempo para a graduação dos recrutas se aproxima. Annie prova sua habilidade em uma sessão de sparring, Jean sonha em servir ao lado do rei, e o dia da formatura traz revelações chocantes - junto com o aparecimento repentino de um velho inimigo.

Eren enfrenta o Titã Colossal quando ele aparece do nada e faz um buraco estratégico na Muralha Rose. Os titãs invadem a cidade e os cadetes recém-formados são chamados para a batalha brutal.

Armin tenta assimilar a perda de seus amigos e aliados depois que os titãs acabam com seu esquadrão. Em outro ponto da cidade, Mikasa consegue eliminar vários titãs, o que reaviva as memórias trágicas de seu passado, quando ela conheceu Eren.

Depois que os sinos para recuar soam, vários cadetes se veem sem gás para pode subir a muralha em segurança. Mikasa começa a perder as esperanças ao saber das mortes do esquadrão do Armin, mas o surgimento de um novo tipo de titã a leva a voltar a lutar.

Armin bola um plano arriscado de jogar um titã contra o outro enquanto os cadetes tentam recuperar o QG. Chegar ao prédio é até fácil, mas para poderem se reabastecer, eles terão que enfrentar os titãs.

Um retorno milagroso é encarado com raiva e medo. Os canhões estão mirados em Eren, que tenta se lembrar do que aconteceu dentro da barriga de um titã e de como passou a ser visto como um inimigo da humanidade. Uma pergunta é tudo que importa: Eren é humano ou titã?

Os cadetes reagem com dúvida e medo à transformação aterrorizante de Eren, sendo que o próprio tem dificuldades de entender. Se Armin não conseguir convencer o comandante a usar os novos poderes de Eren pelo bem dos humanos, toda a esperança de impedir os titãs pode se perder.

São feitos planos para tapar o buraco na muralha usando o poder de titã do Eren, numa tentativa de retomar Trost. Mas considerando que o governo tem suas mãos sujas de sangue e que há grande oposição dentro do exército, talvez a maior ameaça à humanidade não sejam os titãs.

O plano de retomar Trost desaba, pois os novos poderes de Eren o transformam em um titã sem consciência. Os titãs continuam invadindo a cidade, e cabe a Armin e Mikasa fazer com que as mortes dos cadetes durante a missão não sejam em vão.

Jean toma medidas desesperadas para substituir o equipamento de locomoção quebrado. Enquanto isso, Eren consegue tapar o buraco na muralha graças à ajuda de seus colegas cadetes, mas os custos da primeira vitória dos humanos contra os titãs foi gigante.

Cada um reage de um jeito ao fato de Eren ter poder de titã. Quanto mais a fundo nas muralhas, maior o medo, enquanto que os que moram com menos proteção o veem como um salvador. O governo precisa decidir se a custódia dele ficará com a Polícia Militar ou o Reconhecimento. Os dois grupos se digladiam no julgamento.

Depois do julgamento, Eren fica sob custódia do esquadrão de operações especiais do Reconhecimento, o esquadrão do Levi. Ele é composto pelos melhores soldados do Reconhecimento, mas são todos estranhos. Com uma grande missão em mãos para 30 dias, Hange conta a Eren sobre os experimentos feitos nos titãs de Trost.

Os dois titãs capturados pelo Reconhecimento foram mortos por um assassino misterioso. As suspeitas recaem sobre os cadetes da 104ª Unidade, e cada um é interrogado, mas não encontram o culpado. Cada um dos cadetes precisa tomar a maior decisão da vida: em qual força do exército entrarão. Erwin se coloca diante deles e revela informações secretas.

A 57ª expedição para fora das muralhas começa quando Eren e os demais da 104ª Unidade de Cadetes entram no Reconhecimento. Eles usam uma formação de reconhecimento de longo alcance para evitar encontros com titãs o máximo possível enquanto seguem para o destino. Mas Armin se vê diante de uma titã fêmea com consciência dentro da formação e corre grande perigo.

A Titã Fêmea destrói a equipe de reconhecimento do flanco direito. Eles acharam que receberiam ordens de retirada, mas o comandante ordena apenas a mudança de direção e continua a missão. Enquanto isso, a Titã Fêmea avança pela formação e mata vários integrantes do Reconhecimento. Então, ela se aproxima o suficiente para que o esquadrão do Levi a veja.

A Titã Fêmea se aproxima dos maiores matadores de titãs do esquadrão Levi por trás. No entanto, eles se recusam a ajudar os soldados que tentam retardar o seu avanço e seguem em frente. Eren não entende por que estão deixando que morram e por que não explicam nada, e Levi lhe dá uma opção.

O Reconhecimento consegue prender a Titã Fêmea na floresta de árvores gigantes, mas a grandes custos. A maior parte dos soldados não sabia do plano de Erwin, mas agora compreende. A titã presa na armadilha solta seu último grito, mas...

A Titã Fêmea se deixa devorar por outros titãs e some no vapor. A pessoa dentro dela está com o mesmo uniforme dos demais soldados do Reconhecimento e vai atrás de Eren. Ela mata Gunther, que protegeu Eren, e volta a se transformar em Titã Fêmea. Oluo, Petra e Eldo se unem para derrotá-la.

Mikasa segue a Titã Fêmea para retomar Eren. Levi a alcança e diz para que desista de matá-la e se concentre apenas em recuperar Eren. Com velocidade absurda, Levi finalmente consegue parar a Titã Fêmea. Mikasa tenta dar o golpe final e...

A 57ª expedição tinha um objetivo secreto: revelar a presença de um inimigo entre os humanos, alguém capaz de se transformar em titã e que planeja destruir as muralhas. No entanto, o Reconhecimento falha nesse objetivo.

Eren, Mikasa e Armin dão seguimento ao plano de atrair Annie para a entrada do corredor subterrâneo. No entanto, Annie percebe as intenções de Armin e se transforma, fazendo de tudo para capturar Eren. Eles fogem para o corredor enquanto Annie ataca por cima. Eren então tenta se transformar para protegê-los.

Eren encara a Titã Fêmea de frente numa luta que destrói o Distrito de Stohess, dentro da Muralha Sina. Enquanto o número de baixas só aumenta, Annie tenta fugir subindo pela muralha e Erwin tem que lidar com as consequências do seu plano.