Nu Leonard nog altijd op missie is, spenderen Sheldon en Penny veel tijd met elkaar en delen ze enkele geheimen. Howard probeert ondertussen Raj zijn ex-vriendin Lucy te doen vergeten...

Leonards vriendschap met Sheldon wordt op de proef gesteld na zijn terugkeer. Ondertussen veroorzaakt Howards relatie met zijn moeder een ongewone bedreiging voor zijn mannelijkheid.

Tijdens een etentje oppert Raj het idee van een 'moorddiner' en creëert hij aldus een speurtocht voor de groep die verandert in een serieuze competitie: Sheldon en Penny, Howard en Amy & Leonard en Bernadette nemen het tegen elkaar op.

Amy verpest een van Sheldons favoriete films en hij wil nu wraak nemen op haar. Penny moet voor haar schoolwerk een boek lezen en zij heeft een boek gekocht van Leonards moeder en Raj en Stuart ontdekken de wereld van online dating.

Amy neemt een job aan op Caltech, en dat is misschien net iets te veel Amy voor Sheldon. Ondertussen logeert Howard bij Raj nadat hij en Bernadette ruzie krijgen.

Sheldon heeft een belangrijke doorbraak in zijn wetenschappelijk onderzoek, maar voelt zich een fraudeur wanneer zijn resultaat het gevolg is van een foutje dat hij maakte. Ondertussen organiseert Howard een romantische avond voor Bernadette, waardoor Penny inziet dat ze misschien wat meer aandacht aan Leonard moet besteden.

'Professor Proton' roept de hulp in van Leonard, iets wat Sheldon heel jaloers maakt. Hij wil wraak en probeert vriendschap te sluiten met Bill Nye, een rivaliserende 'televisieprofessor'.

Leonard vindt een dvd die hij 7 jaar geleden geleend had in een videotheek. Hij had de dvd geleend op de videotheekkaart van Sheldon en wanneer Sheldon hier ijzig kalm onder blijft, wordt Leonard zenuwachtig. Ondertussen komt Penny Lucy tegen, de ex-vriendin van Raj.

De hele groep wil Thanksgiving vieren in het huis van Mrs. Wolowitz, maar daar is Sheldon het niet mee eens. Ondertussen moeten Penny en Leonard een foutje van Penny uit het verleden rechttrekken.

Sheldon keert terug naar Texas voor de feestdagen. Dit zet de rest van de vriendengroep aan het denken over hoe hij hun leven heeft beïnvloed.

Penny heeft een rol te pakken gekregen in NCIS, maar dat loopt verkeerd af en Leonard moet haar troosten. Ondertussen leert Sheldon grappig te zijn en werkt Raj aan zijn versierkunsten.

Sheldon probeert zich te ontspannen nadat hij gedwongen wordt een vakantie te nemen. Ondertussen worstelt Leonard met zijn steun aan Penny als zij ontslag neemt bij de CheeseCake Factory. Bernadette vraagt Stuart om hulp bij het vervangen van een van Howards stripboek.

De jongens hebben geen tickets weten te bemachtigen voor Comic-Con. Sheldon besluit dan om zijn eigen versie te organiseren, maar dat draait uit op een wilde nacht met James Earl Jones. Ondertussen proberen de meisjes zich 'volwassen' te gedragen.

Sheldon & Amy en Bernadette & Howard gaan samen op een romantische uitstap naar de wijnstreek. Ondertussen letten Penny en Leonard op de hond van Raj, maar ze moeten er onverwacht mee naar de dierenarts.

Leonard koopt een eetkamer tafel waardoor Sheldon de veranderingen in zijn leven opnieuw gaat evalueren. Ondertussen wordt Howard een kans aangeboden om terug te gaan naar de ruimte en Bernadette worstelt of ze hem wel of niet aan moet moedigen.

Sheldon en Howard proberen hun strijdbijl te begraven en gaan samen op uitstap naar Houston. Penny krijgt een rol aangeboden in een film maar slaat deze af en Raj vraagt aan Amy om een brief te sturen naar een vrouw in zijn plaats.

Sheldon en Howard zijn nog altijd in Houston en besluiten een verrassingsbezoek te brengen aan de moeder van Sheldon. Daar wacht Sheldon echter een 'onaangename verrassing'. De rest van de groep wordt verrast door Raj: hij organiseert een van zijn befaamde 'diner moordmysteries'.

Raj voelt zich schuldig nu dat hij met 2 vrouwen tegelijkertijd uitgaat. Penny weet niet goed of ze een rol in een film moet aannemen en Amy helpt Sheldon met het kiezen van een nieuwe spelconsole.

Sheldon wordt geconfronteerd met een persoonlijke crisis nadat hij besluit dat hij zijn tijd verdoet met zijn onderzoek naar de snaartheorie. Penny probeert hem te troosten. Raj, Emily, Howard en Bernadette gaan ondertussen samen uit, maar dat brengt Howard al snel in verlegenheid.

Sheldon probeert spontaan te zijn, maar dat leidt tot spanningen tussen Amy, Penny en Bernadette. Leonard probeert Sheldon te doen ontspannen met de terugkeer van 'alles-kan-gebeuren-donderdag'. Ondertussen helpt Howard Raj met het voorbereiden van zijn date met Emily.

Professor Proton overlijdt en in een (op Star Wars geïnspireerde) droom helpt hij Sheldon met het verlies omgaan. Leonard en Penny gaan naar de begrafenis van de Professor en geraken in een discussie over trouwen. Amy en Bernadette maken ondertussen een "Star Wars-dag" cadeautje om Sheldon een beetje op te beuren.

Penny heeft last van een baaldag en ze neemt hierdoor enkele drastische beslissingen, die ook haar relatie met Leonard beïnvloeden. Ondertussen hebben Bernadette en Howard het moeilijk omdat zijn moeder veel aandacht opeist en krijgt Raj relatieadvies van Sheldon.

Sheldon heeft nog altijd geen nieuw onderzoeksveld gevonden en overweegt om te verhuizen. Ondertussen evolueert de relatie van Raj en Emilie naar een nieuwe fase en lijdt de relatie van Howard en Bernadette onder de blessure van Mevrouw Wolowitz.