A saúde mental de Fitz se agrava. Coulson envia Skye e outros agentes da S.H.I.E.L.D. para resgatar o Obelisco, arma da Hydra roubada durante a Segunda Guerra Mundial.

General Talbot captura Hunter e oferece um acordo para trair Coulson. May persegue Creel, que absorveu os poderes mortais de Obelisco.

Coulson e a equipe competem com a Hydra para recrutar Gill, que é capaz de congelar objetos. A lealdade de Simmons é testada.

Raina vê Simmons entrar em contato com Coulson sobre o Obelisco e a chantageia.

O futuro da S.H.I.E.L.D. está em jogo depois que um mercenário da Hydra finge ser um deles para atacar as Nações Unidas. Senador Ward ordena uma investigação.

Quando um homem transtornado começa a matar ex-agentes da S.H.I.E.L.D. e esculpir pictogramas alienígenas neles, Coulson busca respostas na máquina de memória da Hydra.

Para recuperar o Obelisco, Coulson e a equipe vasculham o passado maligno da Hydra. Ward sequestra seu irmão e o enfrenta com um segredo da infância.

Metade da equipe de Coulson procura a entrada da cidade alienígena enquanto os outros se arriscam para resgatar Raina das garras da Hydra.

Os agentes da S.H.I.E.L.D. tentam destruir a cidade alienígena antes que a Hydra chegue. Skye descobre um segredo chocante sobre seu passado.

Depois da morte de Whitehall, a Hydra jura vingança contra Coulson. Skye precisa lidar com as consequências de suas novas habilidades.

A equipe de Coulson está em Portugal ajudando Lady Sif, que perdeu a memória depois de um combate. Bobbi e Mack armam o próximo golpe.

Cal monta uma equipe de supervilões para destruir a S.H.I.E.L.D. May pede a seu ex-marido e terapeuta que ajude Skye a controlar seu dom.

Com a ajuda de Ward, a Agente 33 tenta desfazer as alterações de Whitehall. Bobbi e Mack revelam sua aliança com Hunter e a “verdadeira S.H.I.E.L.D.”.

Coulson e a equipe confrontam Bobbi e Mack sobre suas alianças. Skye ainda está sofrendo e pede conselhos de uma fonte poderosa e desconhecida.

Gonzales insiste para que abram a caixa de ferramentas de Fury, e a lealdade de alguns membros da equipe é testada. Skye aprende mais sobre seus poderes com Lincoln.

No meio do fogo cruzado entre as facções, May reflete sobre seu passado problemático com Coulson. Skye faz uma descoberta impressionante sobre suas origens.

Coulson e Hunter estão desesperados para se infiltrar na Hydra e fazem uma proposta a Ward. Skye está no meio do fogo cruzado entre seus pais.

Com a ajuda de Bakshi, Coulson lidera uma equipe até a base da Hydra. Para salvar Lincoln, Gordon guia Skye de volta para a S.H.I.E.L.D., como previu Raina.

As facções da S.H.I.E.L.D. se unem graças ao porta-aviões de Coulson, mas a tensão entre a mãe de Skye e Gonzales tem resultados brutais.

Jiaying convence Skye e os Inumanos a lutar contra a S.H.I.E.L.D. Coulson planeja salvar Skye e seu pai.

Jiaying lidera um ataque à nave da S.H.I.E.L.D. com o objetivo de matar todos os humanos.