Некто Джоуи выпил смешанный с терригеном рыбий жир, прошёл процесс трансформации, получив способность плавить металлы, и разрушил часть Сиэтла. Агенты Щ.И.Т.а эвакуируют его в самолёт, спасая его от неизвестной организации (не "Г.И.Д.Р.ы"). Колсон пытается установить личность её главы. Пытаясь задержать Розалинду в метро (она является главой), он и Хантер попадают в плен, но сбегают. В то же время Фитц довольно большими усилиями находит рукопись со свойствами Монолита (так назвали инопланетный камень, поглотивший Симмонс в 22 серии 2 сезона). Дейзи и Мак просят Линкольна, работающего врачом, помочь Джоуи. На них нападает неизвестный, наши герои противостоят ему, но он уходит невредимым. Президент создаёт отдел по борьбе с новыми угрозами (ОБНУ), который сможет применять любые необходимые средства. Фитц, прочитав содержимое рукописи, в ярости бьёт по Монолиту, но это ни к чему не приводит. Симмонс попала на неизвестную, возможно необитаемую планету.

Выясняется, что агенты "Щ.И.Т.а" - далеко не единственные, кто изучал или изучает Монолит (он является порталом на планету много старше Земли). Команда приглашает профессора Рэндольфа, появившегося ранее в одном из эпизодов, для изучения Монолита, но тот соглашается лишь после угроз Колсона. Асгардец предлагает вернуть Симмонс, а после уничтожить Монолит. Дейзи приглашает Эндрю Гарнера для работы с Джоуи. Команда отправляется в английский замок, в то время как Уорд похищает Вердена, сына барона Штрукера, и просит его помочь восстановить "Г.И.Д.Р.у". Хантер просит Мэй, находящуюся на отпуске с отцом, разобраться с Уордом, и та соглашается после долгих отказов. Команда большими усилиями возвращает Симмонс и уничтожает Монолит. Верден записывается к Гарнеру на занятия.

ОБНУ охотится на Линкольна. Команда узнаёт об этом. Она хочет помочь Линкольну, но тот отказывается. Хантер, его старый коллега Спад (член "Г.И.Д.Р.ы") и Мэй договариваются о поставке оружия "Г.И.Д.Р.е" (это часть плана Мэй и Хантера по охоте на Уорда). Симмонс после длительного пребывания на инопланетной планете с трудом привыкает к Земле. Линкольн находит убежище у своего старого друга, но тот сообщает ОБНУ о нём. Колсон и Розалинда договариваются о встрече. Хантер побеждает Спада в драке, в которой он участвовал для возможности поставить оружие. Выясняется, что ОБНУ охотится и на Дейзи, но благодаря Колсону они её не трогают, Линкольн же повторно сбегает. Колсон принимает решение о сотрудничестве с ОБНУ.

Лэш, напавший в 1 серии сезона на Дейзи, Мака и Линкольна, нападает на группу Нелюдей и убивает всех, кроме Алиши (она могла создавать своих клонов и появлялась во 2 сезоне). Команда вместе с ОБНУ (чем недовольна Дейзи) расследует убийство. Дейзи выясняет, что в сообщениях, полученных убитыми, был вирус, созданный для слежки и устанавливает личность его создателя - Двайт Фрай. "Щ.И.Т." и ОБНУ врываются к нему домой - он работает на Лэша, находя ему Нелюдей. Мэй возвращается на базу на время. Лэш находит грузовик с Двайтом, прыгает в него и убивает Двайта. Позже выясняется, что он (Лэш) - оборотень... Колсон собирает людей для подмоги Хантеру. Мэй и Хантер штурмуют базу "Г.И.Д.Р.ы". Уорду и Кибо удаётся бежать, но люди "Г.И.Д.Р.ы" убивают Гарнера. Выясняется, что Симмонс изменилась, когда была по ту сторону портала, и поэтому ей надо вернуться.

В серии показывается, как Джемма выживала на планете, куда её телепортировал Монолит, в течение 4722 часов (или 197 дней, что чуть больше, чем полгода), а также её взаимоотношения с Уиллом Дениелсом, попавшим на планету в 2001 году. Фитц и Симмонс решают вернуть Уилла.

Живого, но находящегося в тяжёлом положении Гарнера доставляют в штаб. Убийство психиатра предотвратил агент "Щ.И.Т.а". Дейзи предполагает, что Лэш - из ОБНУ. Мэй берёт Бобби на задание по выслеживанию Вердена фон Штрукера, который приведёт их к Уорду, и они в результате операции крадут фальшивые паспорта Вердена. Дейзи, Мак и Хантер начинают следить за Бэнксом. Уорду звонит властный человек, работавший с Вольфгангом фон Штрукенром, и предлагает найти Вердена. Выясняется, что Бэнкс - не нелюдь. Дейзи, Мак и Хантер видят, как ОБНУ доставляют на завод Индетекс нелюдя в ящике. Мэй и Бобби находят Вердена и убивают пытающих его людей "Г.И.Д.Р.ы". Во флэшбэке показана подлинная история произошедшего, а также выясняется, что Эндрю Гарнер - Лэш...

В начале серии показывается флэшбэк, в котором выясняется, как Гарнер стал Лэшом. В наше время "Щ.И.Т." приглашает Розалинд на самолёт. Фитц просматривает материалы, сделанные Симмонс, пока она была на другой планете. Мак встречается с Линкольном, который доказал, что Лэш - из "Щ.И.Т.а". Тем временем Мэй встречается с Гарнером, и тот оказывается вынужден вырубить её, что и делает пистолетом. Позже он просит её помочь перестать быть Лэшом. Линкольн и Мак возвращаются на самолёт. Во время операции по спасению Мэй и поимке Гарнера тот обращается, и Лэшу начинают противостоять совместные силы "Щ.И.Т.а" и ОБНУ. Позже Лэш обращается обратно в Гарнера, оказывается запертым в камере и ещё позже переданным ОБНУ. Линкольн присоединяется к команде. В конце выясняется, что Розалинд сотрудничает с Гидеоном Маликом (бывший член совета безопасности, появившийся в Мстителях), который сотрудничает с Уордом (и звонил ему в прошлой серии)...

"Щ.И.Т." проводит операцию "Прожектор" с целью детальнее изучить ОБНУ. В результате операции выясняется, что эта организация сама создавала Нелюдей. Уорд ценой некоторых усилий находит хранилище фон Штрукера и встречает там Гидеона Малика (причём тот в начале серии организовал покушение на Уорда), который рассказывает ему истинную цель "Гидры". Она заключается в попытке вернуть первого Нелюдя, отправленного на планету с помощью Монолита, но с недавним временем изменилась на создание ему армии Нелюдей. Это же выясняют Фитц и Симмонс, а Уорд должен будет узнать, как "Щ.И.Т.у" удалось вернуть кого-то с этой планеты, взамен на обещание Малика уничтожить "Щ.И.Т.".

Во время свидания Колсона и Розалинд последнюю убивает Уорд из снайперской винтовки. Колсону, однако, удаётся уйти живым. Он начинает операцию с целью убить Уорда. Агенты по очереди рассказывают Колсону всё, что знают о Уорде, с целью найти его слабые места. Бэнкс, Фитц и Симмонс отправляются в лабораторию НАСА. Там Бэнкса и солдат ОБНУ убивает нелюдь Гуйера и ведёт Фитц и Симмонс к Малику. Бобби удаётся отследить местоположение Уорда - это замок из 2 серии 3 сезона. Мак, оставшийся за главного до конца операции, решает отправиться помочь Колсону. Он берёт новобранцев - Джоуи и Линкольна. Гидра активирует портал, и Уорд, солдаты Гидры и Фитц отправляются на другую планету. Колсон также попадает в портал, прыгнув туда с самолёта.

Отряд Гидры и Фитц ищут нелюдя на Мавете (так называется другая планета). Они находят огромный памятник Гидре на чужой планете, а позже - Уилла. Хантер и Бобби присоединяются к команде Мака. Гидра тем временем подводит к замку нелюдей. "Щ.И.Т." начинает операцию по спасению Фитца и Симмонс и Колсона. Последний наконец приходит в сознание. Джемме удаётся освободиться, и она, пытаясь выбраться натыкается на помещение, где находятся ящики с нелюдями в стазисе. Она же освобождает Эндрю, который, трансформировавшись, защищает её от Гидры. На Мавете Уилл убивает нескольких солдат Гидры. Колсон же находит Уорда. Команда спасает Симмонс. Лэш убивает всех нелюдей Гидры. Гидра штурмует оккупированный "Щ.И.Т.ом" зал с порталом. Все, кроме Мака и Дейзи, уходят к самолёту. Выясняется, что у Уилла разорвано полноги, но тот это скрывал и не чувствовал боли, потому что на самом деле погиб, спасая Симмонс, а после был захвачен монстром. Портал открывается. Фитц несколько раз стреляет в тело Уилла из пистолета и один - из ракетницы, в результате чего оно сгорает. Колсон убивает Уорда, а из головы Уилла вытекает жидкая субстанция. Мэй пускает ракеты по замку. Колсон, Мак, Дейзи и Фитц поднимаются в самолёт на капсуле Эндрю. Оказывается что Уорд тоже вернулся с Мавета, но это уже совсем не Уорд...

На полицейский конвой в Боготе напал неизвестный. Щ.И.Т. начинает расследование этого дела, в результате которого выясняет, что нападавший — Елена Родригес, нелюдь с невероятной скоростью. Однако она не враждебна, и Щ.И.Т. с её помощью освобождает Бобби и Хантера, захваченных другим нелюдем (Лючио), которого позже забирает к себе Г.И.Д.Р.а. Параллельно с этим Колсон разговаривает с президентом США на тему ОГПУ, Гидеона Малика и нелюдей. Колсон, чтобы хоть как-то выйти на Малика, использует машину воспоминаний на Вернере фон Штрукере. Президент назначает главой ОГПУ Тэлбота, который, по словам президента, будет подчиняться Колсону. Улей (то, чем стал Уорд) в это время набирается сил.

Улью приводят Лючио, и он подчиняет личность нелюдя, делает его собой (раньше он это сделал с Гийерой). Щ.И.Т. готовится к конференции по поводу распространения нелюдей. При этом за Колсоном и Тэлботом следит Карл Крил, который оказывается телохранителем Тэлбота. Колсон решает взять Крила на конференцию. Там Щ.И.Т. пытается определить, кто поставляет информацию Малику. Операция чуть не проваливается из-за того, что Малик взял в плен сына Тэлбота, но Крил и Щ.И.Т. спасают Тэлбота, его сына и Колсона. Фил начинает думать, что Малик отчитывается перед кем-то более могущественным, чем он, и после этих слов демонстрируется набравший силу Улей.

Щ.И.Т. проводит операцию на Сибирской базе (куда планировали свозить Нелюдей) по поимку Малика и предотвращает убийство премьер-министра России одним из них (убийство попытались совершить с целью переворота). Однако Бобби и Хантер, убив Андровича (генерал-нелюдь, пытавшийся убить премьер-министра) и Петрова (делегата от России на симпозиуме по борьбе с Нелюдями), попадаются, и их от смерти (а Россию и США — от второй Холодной войны) спасают Колсон и президент Эллес. Но цена высока — Хантер и Бобби вынуждены покинуть Щ.И.Т.

Поправившийся после травм Феликс Блейк создаёт организацию "Надзиратели", узнав, что "Щ.И.Т." был расформирован, с целью защитить мир от людей с сверхспособностями. Об этом узнаёт Колсон и посылает Дейзи, Фитца и Мака проверить здание ОГПУ, атакованное "Надзирателями". Мак навещает своего брата Рубена. Дейзи и Фитц узнают местоположение одной из баз организации, Фитц чуть не погибает, а на Мака и Рубена нападают "Надзиратели", но им удаётся спастись. Тем временем Колсон проверяет лояльность Линкольна.

Некий Эдвин Эббот притрагивается к бездомному Чарльзу Хинтону, который является нелюдем, при прикосновении к которому люди могут видеть чью-то смерть. Он видит будущее, называя имя Дейзи. Когда Щ.И.Т. прибывает, Эббот говорит что видел это уже в своем видении. Неожиданно прилетает корабль Гидры и открывает огонь. Эббот погибает, а Дейзи пытается спасти Чарльза, понимая, что Гидра прилетела за ним. Она дотрагивается до Чарльза и видит будущее, а самого Чарльза всё же забирает Гидра. Дейзи делает всё чтобы предотвратить будущее, считая, что погибнет она. Колсон ищет Гранта Уорда, в то время как Улей заставляют Малика почувствовать власть, убив человека самому. Эндрю Гарнер добровольно сдаётся Щ.И.Т.у, чтобы попрощаться с Мэй, так как после следующего превращения он навсегда останется Лэшом. Чарльз погибает, спасая Дейзи. Притронувшись к нему вновь она видит квинджет в космосе и мёртвого агента Щ.И.Т.а.

Линкольн и Дейзи отправляются к нелюдю, который может знать, как одолеть Улей. Малик приезжает в имение, где жил в юности. Улей узнаёт постыдную тайну из прошлого Малика, за что убивает его дочь. Колсон с командой берут в плен Гийеру, но тот освобождается и захватывает корабль. Мэй успевает связаться с Дейзи. Дейзи принимает решение собрать Секретных воинов, чтобы помочь команде. Попутно в эпизоде показаны воспоминания из юности Малика.

Секретные воины собраны. Они вторгаются на базу Гидры, спасают команду и берут в плен Малика. Джоуи убивает Лючио. Малик рассказывает Колсону о том что Улей может брать под контроль нелюдей. Кто-то убивает Малика. Колсон понимает что Улей взял под контроль кого-то из нелюдей. Он отправляет всех нелюдей на карантин и расформировывает Секретных воинов. Оказывается что это Дейзи. Она выбирается из карантина, забирая с собой артефакт, взятый у Джеймса, и кристаллы терригена. Уничтожает ангар, чтобы ее не преследовали, и уходит к Улью.

Улей подчиняет Алишу и Джеймса, даруя последнему способность заряжать предметы взрывной энергией. Вместе с Дейзи они забирают единственную вещь, способную уничтожить Улья. Фитц и Симмонс просят помощи у доктора Холдэна Рэдклиффа, но того забирают Улей и остальные нелюди. Джеймс сражается с Маком. Дейзи сообщает Фитцу, что кто-то из команды скоро умрёт. Улей, Дейзи, Алиша, доктор Рэдклифф и Джеймс, называющий себя Адским огнём, приходят на место, где Крии проводили эксперименты над Ульем.

С помощью отобранного у Джеймса артефакта Улей вызывает жнецов Крии, чтобы забрать их кровь для воссоздания эксперимента, породившего Улья и других нелюдей. Мэй, Мак, О'Брайен и другие агенты Щ.И.Т.а отправляются в город, купленный Ульем, однако видят жнеца Крии, который убивает Алишу. Мэй вырубает Джеймса, Мак пытается образумить Дейзи, но она избивает его. Агенты не могут уничтожить Улья и уходят, забрав раненного Мака. Улей и Дейзи убивают жнецов Крии. Дейзи предлагает свою кровь для воссоздания эксперимента. Тем временем Линкольн тестирует на себе анти-токсин, но это заканчивается неудачей.

Генерал Тэлбот прибывает на базу Щ.И.Т.а с целью зарегистрировать нелюдей Колсона. Улей и Адское пламя ловят и превращают Надзирателей в нелюдей. Дейзи устраивает побег Линкольна. Тот садится в квинджет и летит на базу Улья. Однако вместо него прилетает Лэш. Он исцеляет Дейзи от паразитов Улья и убивает новых нелюдей, но погибает от рук Джеймса. Дейзи садится в квинджет и возвращается на базу. Йо-Йо даёт Маку свою цепочку с крестом.

Щ.И.Т. ловит Улья и спасает доктора Рэдклиффа. Это оказывается ловушкой: О'Брайен, Андерсон и несколько других агентов превращаются в Примитивов. Дейзи идёт к освобождённому Улью и просит подчинить её.

Улей отказывает Дейзи, она проигрывает ему в бою. Мэй и Фитц спасают Дейзи, а Гийеру убивает Фитц. Йо-Йо заслоняет собой Мака от пуль. Джемма нагревает печь, поэтому Примитивы не могут видеть агентов. Колсон вызывает беспилотный квинджет. Мэй вырубает Джеймса, но он успевает ранить Линкольна. Дейзи, готовая пожертвовать собой, грузит боеголовку в квинджет. Улей уже там, но и Линкольн тоже. Он отталкивает Дейзи и улетает на квинджете с Ульем. Линкольн и Дейзи не успевают попрощаться, поскольку квинджет взрывается в космосе вместе с Линкольном и Ульем. Дейзи уходит из Щ.И.Т.а и становится известна как Землетрясение. Она продолжает выполнять обещание — оберегать дочь Чарльза Хинтона. Фитц и Симмонс отдыхают на островах, Рэдклифф создаёт искусственный интеллект АИДУ. Колсон больше не директор, он с Маком ищет Дейзи.

Дейзи, теперь известная как Дрожь, находит членов Сторожевых псов и атакует их. Однако их жестоко убивает появившийся на горящем Чарджере человек с огненной головой. Тем временем, Мэй, у которой есть своя ударная группа, рассказывает Колсону и Маку о случившемся. Оба встречают Фитца и Симмонс, которая является советницей нового директора. Колсон получает новый протез, а Мак видится с Еленой Родригез. Дейзи ищет убийцу - Призрачного гонщика. Она находит механика Робби Рейеса, тот перевоплощается в Гонщика и чуть не убивает Дейзи, оставив её жить. Колсон и Мак следят за японцами, которым достаётся контейнер. Глава японцев Чен открывает его и освобождает нечто, которое преследует Мэй. Фитц приходит к Доктору Рэдклиффу и видит ЛМД АИДУ. Рэдклифф объясняет Фитцу, для чего он создал её. Тот просит его не говорить об этом Джемме. Дейзи наблюдает, как Робби заботится о своём брате-инвалиде.

Дейзи снова находит Робби и снова проигрывает. Дух Люси освобождает остальных духов. Гонщик, распрашивая Дейзи, узнаёт местоположение духов. Прибыв с Дейзи, он убивает Духа Фредерика, спасая Фитца и Мака, и скрывается. Мак перебинтовывает руку Дейзи и догадывается, что она и Йо-Йо поддерживали связь. Дейзи заключает союз с Призрачным Гонщиком. Тем временем у Мэй всё больше видит галлюцинации и её вырубает директор Мейс, оказывающийся нелюдем.

Сторожевые псы, подставляя нелюдей, вырубают электричество в четырёх городах: Майами, Лос-Анджелес, Москва, Лондон. Агент Родригез находится в Майами, куда прибывает банда Псов чтобы найти её и убить, однако Колсон, Фитц и Мак находят и выручают её. Тем временем Симмонс и Рэдклифф спасают Мэй от смерти. Робби и Дейзи собираются навестить его дядю, но спешат найти Гейба, брата-инвалида Робби. Директор Мэйс объявляет Щ.И.Т. легальной организацией, в то время, как сенатор Эллен Надир, выступающая против нелюдей, уходит из дома своего брата, подвергнувшегося Терригенезизсу.

Колсон и Мак разговаривают с Элайем Морроу, который работал с Люси Бауэр, которая сейчас является призраком. Тот отказывает им в поддержке. Затем Колсон и Мак ловят Призрачного гонщика, племянника Элайа. Дейзи и Джемма собираются спасать нелюдей от Сторожевых псов и первым находят Джеймса, который освободился от контроля Улья. Робби навещает дядю и тот рассказывает ему о Даркхолде, книге в которой собраны все знания, которую ищет Люси и призраки. Джеймс оказывается в союзе с Псами и предаёт Дейзи, так как начал ненавидеть нелюдей и себя, считая их скверной. Он чуть не убивает Джонсон и Симмонс, но на помощь приходит Робби Рейес. Призрачный гонщик побеждает Адское пламя. Дейзи возвращается в Щ.И.Т. Мэй, Колсон и Симмонс узнают, что АИДА ЛМД. Люси узнаёт от своего мужа Джозефа, где книга.

Джозеф погибает, так как был заражён своей женой. Колсон, Мэй, Мак, Робби собираются вытащить Элайа из тюрьмы, где также находятся Люси, Хьюго и Винсент. Робби сжигает души двух последних и убивает Сантино Ногеру, члена банды Пятой Улицы, которая когда-то напала на братьев Рейес и лишила Гейба способности ходить. Люси похищает Элайа и заставляет прочесть найденный ею Даркхолд. В это же время Симмонс понимает, что с директором Мейсом что-то не так, а он раскрывает всему миру, что является нелюдем.

Робби рассказывает своему брату и Дейзи правду о нападении Пятой Улицы. При нападении Робби молил чтобы Гейб выжил, затем ударился о землю и погиб. Тогда он услышал голос, предлагающий ему отомстить за себя и брата. Робби согласился и прибыл Призрачный гонщик на мотоцикле, который вытащил Гейба из горящей машины и наделил Робби способностями Призрачного гонщика. Директор Мейс ненамеренно злит Робби и директору приходиться сразиться с Гонщиком. Гейб успокаивает брата. Симмонс отправляется на задание по приказу директора. Щ.И.Т. готовит операцию по спасению Элайа, однако выясняется, что Элай превратил сотрудников Моментума (Люси, Фредерика, Хьюго и Винсента) в призраков. Робби сжигает душу Люси и Мэй забирает Даркхолд. Элай устраивает энергетический взрыв, из-за которого пропадают Колсон, Фитц и Робби, а сам Элай получает сверхспособности.

Колсон, Фитц и Робби попадают в зеркальное измерение, откуда их никто не видит и не слышит, а Элай сбегает, убив несколько агентов. Директор Мейс требует вернуть Симмонс на базу и Фитц узнаёт, что Мейс отправил её в опасное место и та не может вернуться. Дух возмездия покидает Робби и вселяется в Мака, после чего тот уезжает на мотоцикле за китайцами, с которыми сотрудничает Элай. Дейзи следует за ним на Чарджере, в то время как с ней находится Робби. Мак превращается в Призрачного гонщика, но Робби удаётся уговорить Дух вернуться. Мэй даёт Рэдклиффу возможность прочесть Даркхолд для возвращения Колсона, но доктор опасается, что это перегрузит человеческий мозг, после чего АИДА читает книгу и создаёт портал, через который Колсон, которого чуть не поглотило зеркальное измерение, Фитц и Робби возвращаются обратно. Джемма помогает брату-нелюдю сенатора Надир раскрыть кокон Терригенезиса, в котором тот провёл семь месяцев. АИДА, в тайне от всех, начинает создание собственного разума.

Рейес, Джонсон и Родригез идут к возможному местоположению Элая, но встречает его только Робби. Элай протыкает его насквозь штыком из углерода и показывает, как он создаёт воду, как он утверждает, из ничего, и раскрывает свои мотивы. Колсон и Мэй сообщают директору о том, что АИДА - андроид. Они раскрывают его сотрудничество с Надир, но затем понимают, что Мейс старается защитить Щ.И.Т. Колсон, Мак, Мэй, Йо-йо и Мейс в суперкостюме вступают в стычку с китайцами, в то время как Дейзи, Фитц, Симмонс, Рэдклифф и АИДА строят машину для телепортации. Из-за Елены Элая отбрасывает в его собственный механизм. После включения машины телепортации в другое измерение Призрачный гонщик выбирает разобраться с собственным дядей, не смотря на то, что Колсон пытается вытащить его с помощью цепи, и пропадает в другом измерении. На публике директор Мейс заявляет, что Дрожь всегда была агентом под прикрытием и что она всех спасла. Дейзи соглашается вернуться в Щ.И.Т. У Мака и Йо-йо наконец начинаются романтические отношения. Джеффри разрешает Рэдклиффу работать над Жизнеспособной Моделью Человека под надзором Щ.И.Т.а, но АИДА тайно убивает агента Нэйтансона и заменяет Мэй на ЖМЧ...

Симмонс удается установить личность нелюдя, которому она помогла пробудиться. Узнав, кто он, директор Мэйс вместе с агентами отправляется на его поиски. Тем временем база ЩИТ-а в опасности. Аида, получив знания от Даркхолда, берет управление станцией в свои руки. Восстание роботов, которого так боялся Мак, вот-вот начнется...

Сторожевые псы совершают покушение на директора Мейса, в результате чего Дейзи ловит одного из них. Колсон, Мак, Мейс и Бёрроус терпят крушение квинджета. Сторожевые псы забирают кейс, который так отчаянно пытается вернуть Мейс, у мёртвого Бёрроуса. Колсон и Мак узнают, что Директор не является нелюдем, а просто использует улучшенную сыворотку суперсилы Кэлвина Джонсона. На помощь им приходят Дейзи и ЖМЧ Мэй, которая обнаружив у себя ранение, начинает задумываться, кем она на самом деле является. Генерал Тэлбот рассказывает Фитцу и Симмонс о проекте "Патриот". Мейс хочет вернуть пост директора Филу, но тот отказывает, понимая, что Мейс — хороший человек для Щ.И.Т.а.

Мейс, Тэлбот и Дейзи находятся на встрече с Эллен Надир, где ловят Колсона и Йо-йо. Фитц раскрывает планы Рэдклиффа, который в сделке с Надир, и его арестовывает Щ.И.Т, но это лишь ЖМЧ копия трансгуманиста. АИДА и Рэдклифф отправляют разум Мэй в изменённые воспоминания времён Бахрейна, в то время ЖМЧ Мэй не может сообщить никому, что она не человек, из-за того, что она на это не запрогромированна. Мак рассказывает Елене тайну о Хоуп.

Сторожевые псы берут в плен Билли Кёнига, которому Колсон доверил Даркхолд. Фитц хочет выяснить, как Рэдклифф запрограммировал своего ЖМЧ. Тот мучает Фитца словами про его отца. Оказывается, у ЖМЧ имеется настоящий мозг из квантовой энергии, о который узнала первая модель АИДЫ из Даркхолда. На базе "Лабиринт" Колсон, Дейзи, Сэм и Эл Ти Кёниг спасают Билли, однако Рэдклифф забирает книгу у ЖМЧ Мэй, которую раскрыли Фитц и Симмонс. На Зефире-1 Колсон сообщает, что семья Кёнигов была частью задумки ЖМЧ.

Правая рука Антона Иванова Терренс Шокли наведывается к Эллен Надир и разбивает кристалл Терригена, чтобы проверить, является ли Надир нелюдем, однако сам получает способности и убивает её взрывом. Щ.И.Т. ловит Шокли, но директор Мейс схвачен Сторожевыми псами. Тем временем Колсон и Мак встречают Агнес Китсуорт, бывшую возлюбленную Рэдклиффа, на основе которой он создал АИДУ. Холдэн переносит её сознание в виртуальную реальность, так как у неё имеется опухоль мозга и жить ей осталось недолго.

Щ.И.Т. спасает Мейса, а Дрожь побеждает Антона Иванова. На "Площадке" Фитц и Симмонс обнаруживают, что АИДА заменила Колсона, Дейзи, Мака и Мейса на двойников...

АИДА убивает Рэдклиффа, считая его угрозой Скелету, виртуальной реальности, куда были погружены сознания агентов, и создаёт Иванову роботизированное тело для защиты Скелета. Фитц и Симмонс понимают, что кто-то из них также является ЖСМ. Испуганная Джемма под дулом пистолета заставляет Фитца порезать тому кисть, чтобы проверить его. Он режет кисть, Джемма уже готова помочь ему, но он вырубает её. Очнувшись, Джемма сама уничтожает двойника Фитца. Дейзи обнаруживает множество своих копий и, забрав дробовик у ЖСМ Мака, находит и успокаивает Симмонс. ЖСМ Мейс и ЖСМ Колсон приказывают всем агентам найти их и Джемма распыляет усыпляющий газ. Пока Дейзи уничтожает копии Мейса и Мака, Джемма будит Пайпер, Дэвиса и Принса. Двойник Колсона встречает ЖСМ Мэй, которая позволила агентам проникнуть в Зефир-1 и улететь, после чего она взрывает базу вместе с собой и двойником Фила. Дейзи, Симмонс и остальные подбирают Йо-Йо Родригез , и затем Дейзи и Джемма погружаются в Скелет ради спасения похищенных АИДОЙ агентов.

Дейзи и Джемма пробуждаются в Скелете и обнаруживают для себя, что Грант Уорд жив и является агентом Гидры, как Мэй и Фитц, а Дейзи, имя которой всё ещё Скай, не прошла через Терригенезис. На нелюдей ведётся охота: Линкольн Кэмпбелл мёртв, а над Виджаем Надир Фитц проводит эксперименты. Любовницей Фитца является лидер Гидры Мадам Гидра. Колсон не может вспомнить Джемму, после чего на неё и Дейзи ведут охоту, но тут им помогает Уорд, работающий на Сопротивление Нелюдей.

Лидером Сопротивления оказывается Джеффри Мейс. Дейзи схвачена из-за действий Мака, котороый защищал свою дочь Хоуп. Уорд, Джемма и Колсон приходят за Рэдклиффом, который всё помнит и говорит, что выбраться из Скелета невозможно. В это же время к Рэдклиффу прилетают Мадам Гидра и Фитц, который убивает Агнес Китсворт, несмотря на попытки Холдэна убедить Фитца, обманутого АИДОЙ, что этот мир не настоящий. К Сопротивлению присоединяется Мак, желающий помочь спасти Дейзи.

Мейс, Колсон и Бёрроус отправляются на задание по спасению людей из филиала Гидры. Там они находят учеников Колсона Бёрнелла и Криса, а также агента Щ.И.Т.а Антуанна Триплетта. Мадам Гидра отправляет Мэй устранить Патриота. Квинджет обрушивает здание, в то время как Мейс удерживает его, чтобы остальные успели выбраться, и погибает под завалами. Мэй, вдохновлённая самопожертвованием Патриота, распыляет Терриген на Дейзи

Мелинда Мэй и Дейзи Джонсон присоединяются к Сопротивлению и травмируют Офелию, после чего главой Гидры становится Фитц. Колсон, Мэй, Уорд, Дейзи и Бёрроус захватывают студию Сунила Бакши, и Колсон объявляет всему миру, что Патриот был героем, и Гидра все фальсифицировала, а сам он — агент Щ.И.Т.а. Дейзи, говорит Уорду из Скелета, что в реальном Уорде всё же было что-то хорошее. Джемма и Трип узнают план Фитца и Офелии: АИДА готовиться создать себе настоящее человеческое тело.

Симмонс наведывается к Алистеру Фитцу и убивает его в самообороне. Прибыв на место портала в реальный мир, все перемещаются туда, кроме Мака, который решил остаться с Хоуп. Рэдклифф также загоняет Фитца в портал. АИДА создаёт себе живое тело и телепортируется вместе с пробудившемся Фитцем в неизвестном направлении.

Дейзи, Симмонс и остальные спасают Колсона и Мэй, вынужденных противостоять роботизированным копиям Антона Иванова. Фитцу удаётся убедить АИДУ, теперь Офелию, спасти Мака, но обоих вырубает Джемма. Фитц, понимающий, что натворил в Скелете, отвергает Офелию, и она в порыве гнева пытается убить всех, кто ему дорог. Убив Дэвиса и Принса и продемонстрировав новообретённые способности Гордона, Линкольна и Виджая Надир, она сбегает к Иванову, а Тэлбот и армия прочёсывают "Площадку", после чего из уцелевшего портала, построенного Рэдклиффом, выходит Призрачный гонщик. Йо-Йо погружается в Скелет, чтобы найти Мака, что оборачивается для неё плохо...

Елену спасает Рэдклифф, запрограммированный Дейзи найти её и Мака и вытащить их из Скелета. Тем временем Робби Рейес пытается убить Офелию и забрать Даркхолд, после чего объединяется со Щ.И.Т.ом. Иванов пытается заставить людей на собрании по судьбе Щ.И.Т.а прочесть Даркхолд, но прибывшая ЖСМ Дейзи подстреливает Гленна Тэлбота, после чего тот впадает в кому, а Даркхолд забирают Колсон и Мэй. Офелия находит Фитца и убивает Джемму после того, как Фитц рассказал ей, что Колсон хочет уничтожить Даркхолд, однако Колсон, временно ставший Призрачным гонщиком, убивает Офелию, убившую не Джемму, а её ЖСМ. Скелет самоуничтожается. Бёрроус и другие пропадают, затем исчезает Хоуп. В итоге Мак и Елена просыпаются в реальном мире, а Рэдклифф окончательно умирает. Робби забирает Даркхолд в другое измерение. Колсона, Мэй, Дейзи, Фитца, Джемму, Мака и Йо-Йо похищают и отправляют в космос.