Дейзи, теперь известная как Дрожь, находит членов Сторожевых псов и атакует их. Однако их жестоко убивает появившийся на горящем Чарджере человек с огненной головой. Тем временем, Мэй, у которой есть своя ударная группа, рассказывает Колсону и Маку о случившемся. Оба встречают Фитца и Симмонс, которая является советницей нового директора. Колсон получает новый протез, а Мак видится с Еленой Родригез. Дейзи ищет убийцу - Призрачного гонщика. Она находит механика Робби Рейеса, тот перевоплощается в Гонщика и чуть не убивает Дейзи, оставив её жить. Колсон и Мак следят за японцами, которым достаётся контейнер. Глава японцев Чен открывает его и освобождает нечто, которое преследует Мэй. Фитц приходит к Доктору Рэдклиффу и видит ЛМД АИДУ. Рэдклифф объясняет Фитцу, для чего он создал её. Тот просит его не говорить об этом Джемме. Дейзи наблюдает, как Робби заботится о своём брате-инвалиде.

Дейзи снова находит Робби и снова проигрывает. Дух Люси освобождает остальных духов. Гонщик, распрашивая Дейзи, узнаёт местоположение духов. Прибыв с Дейзи, он убивает Духа Фредерика, спасая Фитца и Мака, и скрывается. Мак перебинтовывает руку Дейзи и догадывается, что она и Йо-Йо поддерживали связь. Дейзи заключает союз с Призрачным Гонщиком. Тем временем у Мэй всё больше видит галлюцинации и её вырубает директор Мейс, оказывающийся нелюдем.

Сторожевые псы, подставляя нелюдей, вырубают электричество в четырёх городах: Майами, Лос-Анджелес, Москва, Лондон. Агент Родригез находится в Майами, куда прибывает банда Псов чтобы найти её и убить, однако Колсон, Фитц и Мак находят и выручают её. Тем временем Симмонс и Рэдклифф спасают Мэй от смерти. Робби и Дейзи собираются навестить его дядю, но спешат найти Гейба, брата-инвалида Робби. Директор Мэйс объявляет Щ.И.Т. легальной организацией, в то время, как сенатор Эллен Надир, выступающая против нелюдей, уходит из дома своего брата, подвергнувшегося Терригенезизсу.

Колсон и Мак разговаривают с Элайем Морроу, который работал с Люси Бауэр, которая сейчас является призраком. Тот отказывает им в поддержке. Затем Колсон и Мак ловят Призрачного гонщика, племянника Элайа. Дейзи и Джемма собираются спасать нелюдей от Сторожевых псов и первым находят Джеймса, который освободился от контроля Улья. Робби навещает дядю и тот рассказывает ему о Даркхолде, книге в которой собраны все знания, которую ищет Люси и призраки. Джеймс оказывается в союзе с Псами и предаёт Дейзи, так как начал ненавидеть нелюдей и себя, считая их скверной. Он чуть не убивает Джонсон и Симмонс, но на помощь приходит Робби Рейес. Призрачный гонщик побеждает Адское пламя. Дейзи возвращается в Щ.И.Т. Мэй, Колсон и Симмонс узнают, что АИДА ЛМД. Люси узнаёт от своего мужа Джозефа, где книга.

Джозеф погибает, так как был заражён своей женой. Колсон, Мэй, Мак, Робби собираются вытащить Элайа из тюрьмы, где также находятся Люси, Хьюго и Винсент. Робби сжигает души двух последних и убивает Сантино Ногеру, члена банды Пятой Улицы, которая когда-то напала на братьев Рейес и лишила Гейба способности ходить. Люси похищает Элайа и заставляет прочесть найденный ею Даркхолд. В это же время Симмонс понимает, что с директором Мейсом что-то не так, а он раскрывает всему миру, что является нелюдем.

Робби рассказывает своему брату и Дейзи правду о нападении Пятой Улицы. При нападении Робби молил чтобы Гейб выжил, затем ударился о землю и погиб. Тогда он услышал голос, предлагающий ему отомстить за себя и брата. Робби согласился и прибыл Призрачный гонщик на мотоцикле, который вытащил Гейба из горящей машины и наделил Робби способностями Призрачного гонщика. Директор Мейс ненамеренно злит Робби и директору приходиться сразиться с Гонщиком. Гейб успокаивает брата. Симмонс отправляется на задание по приказу директора. Щ.И.Т. готовит операцию по спасению Элайа, однако выясняется, что Элай превратил сотрудников Моментума (Люси, Фредерика, Хьюго и Винсента) в призраков. Робби сжигает душу Люси и Мэй забирает Даркхолд. Элай устраивает энергетический взрыв, из-за которого пропадают Колсон, Фитц и Робби, а сам Элай получает сверхспособности.

Колсон, Фитц и Робби попадают в зеркальное измерение, откуда их никто не видит и не слышит, а Элай сбегает, убив несколько агентов. Директор Мейс требует вернуть Симмонс на базу и Фитц узнаёт, что Мейс отправил её в опасное место и та не может вернуться. Дух возмездия покидает Робби и вселяется в Мака, после чего тот уезжает на мотоцикле за китайцами, с которыми сотрудничает Элай. Дейзи следует за ним на Чарджере, в то время как с ней находится Робби. Мак превращается в Призрачного гонщика, но Робби удаётся уговорить Дух вернуться. Мэй даёт Рэдклиффу возможность прочесть Даркхолд для возвращения Колсона, но доктор опасается, что это перегрузит человеческий мозг, после чего АИДА читает книгу и создаёт портал, через который Колсон, которого чуть не поглотило зеркальное измерение, Фитц и Робби возвращаются обратно. Джемма помогает брату-нелюдю сенатора Надир раскрыть кокон Терригенезиса, в котором тот провёл семь месяцев. АИДА, в тайне от всех, начинает создание собственного разума.

Рейес, Джонсон и Родригез идут к возможному местоположению Элая, но встречает его только Робби. Элай протыкает его насквозь штыком из углерода и показывает, как он создаёт воду, как он утверждает, из ничего, и раскрывает свои мотивы. Колсон и Мэй сообщают директору о том, что АИДА - андроид. Они раскрывают его сотрудничество с Надир, но затем понимают, что Мейс старается защитить Щ.И.Т. Колсон, Мак, Мэй, Йо-йо и Мейс в суперкостюме вступают в стычку с китайцами, в то время как Дейзи, Фитц, Симмонс, Рэдклифф и АИДА строят машину для телепортации. Из-за Елены Элая отбрасывает в его собственный механизм. После включения машины телепортации в другое измерение Призрачный гонщик выбирает разобраться с собственным дядей, не смотря на то, что Колсон пытается вытащить его с помощью цепи, и пропадает в другом измерении. На публике директор Мейс заявляет, что Дрожь всегда была агентом под прикрытием и что она всех спасла. Дейзи соглашается вернуться в Щ.И.Т. У Мака и Йо-йо наконец начинаются романтические отношения. Джеффри разрешает Рэдклиффу работать над Жизнеспособной Моделью Человека под надзором Щ.И.Т.а, но АИДА тайно убивает агента Нэйтансона и заменяет Мэй на ЖМЧ...

Сторожевые псы совершают покушение на директора Мейса, в результате чего Дейзи ловит одного из них. Колсон, Мак, Мейс и Бёрроус терпят крушение квинджета. Сторожевые псы забирают кейс, который так отчаянно пытается вернуть Мейс, у мёртвого Бёрроуса. Колсон и Мак узнают, что Директор не является нелюдем, а просто использует улучшенную сыворотку суперсилы Кэлвина Джонсона. На помощь им приходят Дейзи и ЖМЧ Мэй, которая обнаружив у себя ранение, начинает задумываться, кем она на самом деле является. Генерал Тэлбот рассказывает Фитцу и Симмонс о проекте "Патриот". Мейс хочет вернуть пост директора Филу, но тот отказывает, понимая, что Мейс — хороший человек для Щ.И.Т.а.

Мейс, Тэлбот и Дейзи находятся на встрече с Эллен Надир, где ловят Колсона и Йо-йо. Фитц раскрывает планы Рэдклиффа, который в сделке с Надир, и его арестовывает Щ.И.Т, но это лишь ЖМЧ копия трансгуманиста. АИДА и Рэдклифф отправляют разум Мэй в изменённые воспоминания времён Бахрейна, в то время ЖМЧ Мэй не может сообщить никому, что она не человек, из-за того, что она на это не запрогромированна. Мак рассказывает Елене тайну о Хоуп.

Сторожевые псы берут в плен Билли Кёнига, которому Колсон доверил Даркхолд. Фитц хочет выяснить, как Рэдклифф запрограммировал своего ЖМЧ. Тот мучает Фитца словами про его отца. Оказывается, у ЖМЧ имеется настоящий мозг из квантовой энергии, о который узнала первая модель АИДЫ из Даркхолда. На базе "Лабиринт" Колсон, Дейзи, Сэм и Эл Ти Кёниг спасают Билли, однако Рэдклифф забирает книгу у ЖМЧ Мэй, которую раскрыли Фитц и Симмонс. На Зефире-1 Колсон сообщает, что семья Кёнигов была частью задумки ЖМЧ.

Правая рука Антона Иванова Терренс Шокли наведывается к Эллен Надир и разбивает кристалл Терригена, чтобы проверить, является ли Надир нелюдем, однако сам получает способности и убивает её взрывом. Щ.И.Т. ловит Шокли, но директор Мейс схвачен Сторожевыми псами. Тем временем Колсон и Мак встречают Агнес Китсуорт, бывшую возлюбленную Рэдклиффа, на основе которой он создал АИДУ. Холдэн переносит её сознание в виртуальную реальность, так как у неё имеется опухоль мозга и жить ей осталось недолго.

Щ.И.Т. спасает Мейса, а Дрожь побеждает Антона Иванова. На "Площадке" Фитц и Симмонс обнаруживают, что АИДА заменила Колсона, Дейзи, Мака и Мейса на двойников...

АИДА убивает Рэдклиффа, считая его угрозой Скелету, виртуальной реальности, куда были погружены сознания агентов, и создаёт Иванову роботизированное тело для защиты Скелета. Фитц и Симмонс понимают, что кто-то из них также является ЖСМ. Испуганная Джемма под дулом пистолета заставляет Фитца порезать тому кисть, чтобы проверить его. Он режет кисть, Джемма уже готова помочь ему, но он вырубает её. Очнувшись, Джемма сама уничтожает двойника Фитца. Дейзи обнаруживает множество своих копий и, забрав дробовик у ЖСМ Мака, находит и успокаивает Симмонс. ЖСМ Мейс и ЖСМ Колсон приказывают всем агентам найти их и Джемма распыляет усыпляющий газ. Пока Дейзи уничтожает копии Мейса и Мака, Джемма будит Пайпер, Дэвиса и Принса. Двойник Колсона встречает ЖСМ Мэй, которая позволила агентам проникнуть в Зефир-1 и улететь, после чего она взрывает базу вместе с собой и двойником Фила. Дейзи, Симмонс и остальные подбирают Йо-Йо Родригез , и затем Дейзи и Джемма погружаются в Скелет ради спасения похищенных АИДОЙ агентов.

Дейзи и Джемма пробуждаются в Скелете и обнаруживают для себя, что Грант Уорд жив и является агентом Гидры, как Мэй и Фитц, а Дейзи, имя которой всё ещё Скай, не прошла через Терригенезис. На нелюдей ведётся охота: Линкольн Кэмпбелл мёртв, а над Виджаем Надир Фитц проводит эксперименты. Любовницей Фитца является лидер Гидры Мадам Гидра. Колсон не может вспомнить Джемму, после чего на неё и Дейзи ведут охоту, но тут им помогает Уорд, работающий на Сопротивление Нелюдей.

Лидером Сопротивления оказывается Джеффри Мейс. Дейзи схвачена из-за действий Мака, котороый защищал свою дочь Хоуп. Уорд, Джемма и Колсон приходят за Рэдклиффом, который всё помнит и говорит, что выбраться из Скелета невозможно. В это же время к Рэдклиффу прилетают Мадам Гидра и Фитц, который убивает Агнес Китсворт, несмотря на попытки Холдэна убедить Фитца, обманутого АИДОЙ, что этот мир не настоящий. К Сопротивлению присоединяется Мак, желающий помочь спасти Дейзи.

Мейс, Колсон и Бёрроус отправляются на задание по спасению людей из филиала Гидры. Там они находят учеников Колсона Бёрнелла и Криса, а также агента Щ.И.Т.а Антуанна Триплетта. Мадам Гидра отправляет Мэй устранить Патриота. Квинджет обрушивает здание, в то время как Мейс удерживает его, чтобы остальные успели выбраться, и погибает под завалами. Мэй, вдохновлённая самопожертвованием Патриота, распыляет Терриген на Дейзи

Мелинда Мэй и Дейзи Джонсон присоединяются к Сопротивлению и травмируют Офелию, после чего главой Гидры становится Фитц. Колсон, Мэй, Уорд, Дейзи и Бёрроус захватывают студию Сунила Бакши, и Колсон объявляет всему миру, что Патриот был героем, и Гидра все фальсифицировала, а сам он — агент Щ.И.Т.а. Дейзи, говорит Уорду из Скелета, что в реальном Уорде всё же было что-то хорошее. Джемма и Трип узнают план Фитца и Офелии: АИДА готовиться создать себе настоящее человеческое тело.

Симмонс наведывается к Алистеру Фитцу и убивает его в самообороне. Прибыв на место портала в реальный мир, все перемещаются туда, кроме Мака, который решил остаться с Хоуп. Рэдклифф также загоняет Фитца в портал. АИДА создаёт себе живое тело и телепортируется вместе с пробудившемся Фитцем в неизвестном направлении.

Дейзи, Симмонс и остальные спасают Колсона и Мэй, вынужденных противостоять роботизированным копиям Антона Иванова. Фитцу удаётся убедить АИДУ, теперь Офелию, спасти Мака, но обоих вырубает Джемма. Фитц, понимающий, что натворил в Скелете, отвергает Офелию, и она в порыве гнева пытается убить всех, кто ему дорог. Убив Дэвиса и Принса и продемонстрировав новообретённые способности Гордона, Линкольна и Виджая Надир, она сбегает к Иванову, а Тэлбот и армия прочёсывают "Площадку", после чего из уцелевшего портала, построенного Рэдклиффом, выходит Призрачный гонщик. Йо-Йо погружается в Скелет, чтобы найти Мака, что оборачивается для неё плохо...

Елену спасает Рэдклифф, запрограммированный Дейзи найти её и Мака и вытащить их из Скелета. Тем временем Робби Рейес пытается убить Офелию и забрать Даркхолд, после чего объединяется со Щ.И.Т.ом. Иванов пытается заставить людей на собрании по судьбе Щ.И.Т.а прочесть Даркхолд, но прибывшая ЖСМ Дейзи подстреливает Гленна Тэлбота, после чего тот впадает в кому, а Даркхолд забирают Колсон и Мэй. Офелия находит Фитца и убивает Джемму после того, как Фитц рассказал ей, что Колсон хочет уничтожить Даркхолд, однако Колсон, временно ставший Призрачным гонщиком, убивает Офелию, убившую не Джемму, а её ЖСМ. Скелет самоуничтожается. Бёрроус и другие пропадают, затем исчезает Хоуп. В итоге Мак и Елена просыпаются в реальном мире, а Рэдклифф окончательно умирает. Робби забирает Даркхолд в другое измерение. Колсона, Мэй, Дейзи, Фитца, Джемму, Мака и Йо-Йо похищают и отправляют в космос.