Некто Джоуи выпил смешанный с терригеном рыбий жир, прошёл процесс трансформации, получив способность плавить металлы, и разрушил часть Сиэтла. Агенты Щ.И.Т.а эвакуируют его в самолёт, спасая его от неизвестной организации (не "Г.И.Д.Р.ы"). Колсон пытается установить личность её главы. Пытаясь задержать Розалинду в метро (она является главой), он и Хантер попадают в плен, но сбегают. В то же время Фитц довольно большими усилиями находит рукопись со свойствами Монолита (так назвали инопланетный камень, поглотивший Симмонс в 22 серии 2 сезона). Дейзи и Мак просят Линкольна, работающего врачом, помочь Джоуи. На них нападает неизвестный, наши герои противостоят ему, но он уходит невредимым. Президент создаёт отдел по борьбе с новыми угрозами (ОБНУ), который сможет применять любые необходимые средства. Фитц, прочитав содержимое рукописи, в ярости бьёт по Монолиту, но это ни к чему не приводит. Симмонс попала на неизвестную, возможно необитаемую планету.

Выясняется, что агенты "Щ.И.Т.а" - далеко не единственные, кто изучал или изучает Монолит (он является порталом на планету много старше Земли). Команда приглашает профессора Рэндольфа, появившегося ранее в одном из эпизодов, для изучения Монолита, но тот соглашается лишь после угроз Колсона. Асгардец предлагает вернуть Симмонс, а после уничтожить Монолит. Дейзи приглашает Эндрю Гарнера для работы с Джоуи. Команда отправляется в английский замок, в то время как Уорд похищает Вердена, сына барона Штрукера, и просит его помочь восстановить "Г.И.Д.Р.у". Хантер просит Мэй, находящуюся на отпуске с отцом, разобраться с Уордом, и та соглашается после долгих отказов. Команда большими усилиями возвращает Симмонс и уничтожает Монолит. Верден записывается к Гарнеру на занятия.

ОБНУ охотится на Линкольна. Команда узнаёт об этом. Она хочет помочь Линкольну, но тот отказывается. Хантер, его старый коллега Спад (член "Г.И.Д.Р.ы") и Мэй договариваются о поставке оружия "Г.И.Д.Р.е" (это часть плана Мэй и Хантера по охоте на Уорда). Симмонс после длительного пребывания на инопланетной планете с трудом привыкает к Земле. Линкольн находит убежище у своего старого друга, но тот сообщает ОБНУ о нём. Колсон и Розалинда договариваются о встрече. Хантер побеждает Спада в драке, в которой он участвовал для возможности поставить оружие. Выясняется, что ОБНУ охотится и на Дейзи, но благодаря Колсону они её не трогают, Линкольн же повторно сбегает. Колсон принимает решение о сотрудничестве с ОБНУ.

Лэш, напавший в 1 серии сезона на Дейзи, Мака и Линкольна, нападает на группу Нелюдей и убивает всех, кроме Алиши (она могла создавать своих клонов и появлялась во 2 сезоне). Команда вместе с ОБНУ (чем недовольна Дейзи) расследует убийство. Дейзи выясняет, что в сообщениях, полученных убитыми, был вирус, созданный для слежки и устанавливает личность его создателя - Двайт Фрай. "Щ.И.Т." и ОБНУ врываются к нему домой - он работает на Лэша, находя ему Нелюдей. Мэй возвращается на базу на время. Лэш находит грузовик с Двайтом, прыгает в него и убивает Двайта. Позже выясняется, что он (Лэш) - оборотень... Колсон собирает людей для подмоги Хантеру. Мэй и Хантер штурмуют базу "Г.И.Д.Р.ы". Уорду и Кибо удаётся бежать, но люди "Г.И.Д.Р.ы" убивают Гарнера. Выясняется, что Симмонс изменилась, когда была по ту сторону портала, и поэтому ей надо вернуться.

В серии показывается, как Джемма выживала на планете, куда её телепортировал Монолит, в течение 4722 часов (или 197 дней, что чуть больше, чем полгода), а также её взаимоотношения с Уиллом Дениелсом, попавшим на планету в 2001 году. Фитц и Симмонс решают вернуть Уилла.

Живого, но находящегося в тяжёлом положении Гарнера доставляют в штаб. Убийство психиатра предотвратил агент "Щ.И.Т.а". Дейзи предполагает, что Лэш - из ОБНУ. Мэй берёт Бобби на задание по выслеживанию Вердена фон Штрукера, который приведёт их к Уорду, и они в результате операции крадут фальшивые паспорта Вердена. Дейзи, Мак и Хантер начинают следить за Бэнксом. Уорду звонит властный человек, работавший с Вольфгангом фон Штрукенром, и предлагает найти Вердена. Выясняется, что Бэнкс - не нелюдь. Дейзи, Мак и Хантер видят, как ОБНУ доставляют на завод Индетекс нелюдя в ящике. Мэй и Бобби находят Вердена и убивают пытающих его людей "Г.И.Д.Р.ы". Во флэшбэке показана подлинная история произошедшего, а также выясняется, что Эндрю Гарнер - Лэш...

В начале серии показывается флэшбэк, в котором выясняется, как Гарнер стал Лэшом. В наше время "Щ.И.Т." приглашает Розалинд на самолёт. Фитц просматривает материалы, сделанные Симмонс, пока она была на другой планете. Мак встречается с Линкольном, который доказал, что Лэш - из "Щ.И.Т.а". Тем временем Мэй встречается с Гарнером, и тот оказывается вынужден вырубить её, что и делает пистолетом. Позже он просит её помочь перестать быть Лэшом. Линкольн и Мак возвращаются на самолёт. Во время операции по спасению Мэй и поимке Гарнера тот обращается, и Лэшу начинают противостоять совместные силы "Щ.И.Т.а" и ОБНУ. Позже Лэш обращается обратно в Гарнера, оказывается запертым в камере и ещё позже переданным ОБНУ. Линкольн присоединяется к команде. В конце выясняется, что Розалинд сотрудничает с Гидеоном Маликом (бывший член совета безопасности, появившийся в Мстителях), который сотрудничает с Уордом (и звонил ему в прошлой серии)...

"Щ.И.Т." проводит операцию "Прожектор" с целью детальнее изучить ОБНУ. В результате операции выясняется, что эта организация сама создавала Нелюдей. Уорд ценой некоторых усилий находит хранилище фон Штрукера и встречает там Гидеона Малика (причём тот в начале серии организовал покушение на Уорда), который рассказывает ему истинную цель "Гидры". Она заключается в попытке вернуть первого Нелюдя, отправленного на планету с помощью Монолита, но с недавним временем изменилась на создание ему армии Нелюдей. Это же выясняют Фитц и Симмонс, а Уорд должен будет узнать, как "Щ.И.Т.у" удалось вернуть кого-то с этой планеты, взамен на обещание Малика уничтожить "Щ.И.Т.".

Во время свидания Колсона и Розалинд последнюю убивает Уорд из снайперской винтовки. Колсону, однако, удаётся уйти живым. Он начинает операцию с целью убить Уорда. Агенты по очереди рассказывают Колсону всё, что знают о Уорде, с целью найти его слабые места. Бэнкс, Фитц и Симмонс отправляются в лабораторию НАСА. Там Бэнкса и солдат ОБНУ убивает нелюдь Гуйера и ведёт Фитц и Симмонс к Малику. Бобби удаётся отследить местоположение Уорда - это замок из 2 серии 3 сезона. Мак, оставшийся за главного до конца операции, решает отправиться помочь Колсону. Он берёт новобранцев - Джоуи и Линкольна. Гидра активирует портал, и Уорд, солдаты Гидры и Фитц отправляются на другую планету. Колсон также попадает в портал, прыгнув туда с самолёта.

На полицейский конвой в Боготе напал неизвестный. Щ.И.Т. начинает расследование этого дела, в результате которого выясняет, что нападавший — Елена Родригес, нелюдь с невероятной скоростью. Однако она не враждебна, и Щ.И.Т. с её помощью освобождает Бобби и Хантера, захваченных другим нелюдем (Лючио), которого позже забирает к себе Г.И.Д.Р.а. Параллельно с этим Колсон разговаривает с президентом США на тему ОГПУ, Гидеона Малика и нелюдей. Колсон, чтобы хоть как-то выйти на Малика, использует машину воспоминаний на Вернере фон Штрукере. Президент назначает главой ОГПУ Тэлбота, который, по словам президента, будет подчиняться Колсону. Улей (то, чем стал Уорд) в это время набирается сил.

Улью приводят Лючио, и он подчиняет личность нелюдя, делает его собой (раньше он это сделал с Гийерой). Щ.И.Т. готовится к конференции по поводу распространения нелюдей. При этом за Колсоном и Тэлботом следит Карл Крил, который оказывается телохранителем Тэлбота. Колсон решает взять Крила на конференцию. Там Щ.И.Т. пытается определить, кто поставляет информацию Малику. Операция чуть не проваливается из-за того, что Малик взял в плен сына Тэлбота, но Крил и Щ.И.Т. спасают Тэлбота, его сына и Колсона. Фил начинает думать, что Малик отчитывается перед кем-то более могущественным, чем он, и после этих слов демонстрируется набравший силу Улей.

Щ.И.Т. проводит операцию на Сибирской базе (куда планировали свозить Нелюдей) по поимку Малика и предотвращает убийство премьер-министра России одним из них (убийство попытались совершить с целью переворота). Однако Бобби и Хантер, убив Андровича (генерал-нелюдь, пытавшийся убить премьер-министра) и Петрова (делегата от России на симпозиуме по борьбе с Нелюдями), попадаются, и их от смерти (а Россию и США — от второй Холодной войны) спасают Колсон и президент Эллес. Но цена высока — Хантер и Бобби вынуждены покинуть Щ.И.Т.

Поправившийся после травм Феликс Блейк создаёт организацию "Надзиратели", узнав, что "Щ.И.Т." был расформирован, с целью защитить мир от людей с сверхспособностями. Об этом узнаёт Колсон и посылает Дейзи, Фитца и Мака проверить здание ОГПУ, атакованное "Надзирателями". Мак навещает своего брата Рубена. Дейзи и Фитц узнают местоположение одной из баз организации, Фитц чуть не погибает, а на Мака и Рубена нападают "Надзиратели", но им удаётся спастись. Тем временем Колсон проверяет лояльность Линкольна.

Некий Эдвин Эббот притрагивается к бездомному Чарльзу Хинтону, который является нелюдем, при прикосновении к которому люди могут видеть чью-то смерть. Он видит будущее, называя имя Дейзи. Когда Щ.И.Т. прибывает, Эббот говорит что видел это уже в своем видении. Неожиданно прилетает корабль Гидры и открывает огонь. Эббот погибает, а Дейзи пытается спасти Чарльза, понимая, что Гидра прилетела за ним. Она дотрагивается до Чарльза и видит будущее, а самого Чарльза всё же забирает Гидра. Дейзи делает всё чтобы предотвратить будущее, считая, что погибнет она. Колсон ищет Гранта Уорда, в то время как Улей заставляют Малика почувствовать власть, убив человека самому. Эндрю Гарнер добровольно сдаётся Щ.И.Т.у, чтобы попрощаться с Мэй, так как после следующего превращения он навсегда останется Лэшом. Чарльз погибает, спасая Дейзи. Притронувшись к нему вновь она видит квинджет в космосе и мёртвого агента Щ.И.Т.а.

Линкольн и Дейзи отправляются к нелюдю, который может знать, как одолеть Улей. Малик приезжает в имение, где жил в юности. Улей узнаёт постыдную тайну из прошлого Малика, за что убивает его дочь. Колсон с командой берут в плен Гийеру, но тот освобождается и захватывает корабль. Мэй успевает связаться с Дейзи. Дейзи принимает решение собрать Секретных воинов, чтобы помочь команде. Попутно в эпизоде показаны воспоминания из юности Малика.

Секретные воины собраны. Они вторгаются на базу Гидры, спасают команду и берут в плен Малика. Джоуи убивает Лючио. Малик рассказывает Колсону о том что Улей может брать под контроль нелюдей. Кто-то убивает Малика. Колсон понимает что Улей взял под контроль кого-то из нелюдей. Он отправляет всех нелюдей на карантин и расформировывает Секретных воинов. Оказывается что это Дейзи. Она выбирается из карантина, забирая с собой артефакт, взятый у Джеймса, и кристаллы терригена. Уничтожает ангар, чтобы ее не преследовали, и уходит к Улью.

Улей подчиняет Алишу и Джеймса, даруя последнему способность заряжать предметы взрывной энергией. Вместе с Дейзи они забирают единственную вещь, способную уничтожить Улья. Фитц и Симмонс просят помощи у доктора Холдэна Рэдклиффа, но того забирают Улей и остальные нелюди. Джеймс сражается с Маком. Дейзи сообщает Фитцу, что кто-то из команды скоро умрёт. Улей, Дейзи, Алиша, доктор Рэдклифф и Джеймс, называющий себя Адским огнём, приходят на место, где Крии проводили эксперименты над Ульем.

С помощью отобранного у Джеймса артефакта Улей вызывает жнецов Крии, чтобы забрать их кровь для воссоздания эксперимента, породившего Улья и других нелюдей. Мэй, Мак, О'Брайен и другие агенты Щ.И.Т.а отправляются в город, купленный Ульем, однако видят жнеца Крии, который убивает Алишу. Мэй вырубает Джеймса, Мак пытается образумить Дейзи, но она избивает его. Агенты не могут уничтожить Улья и уходят, забрав раненного Мака. Улей и Дейзи убивают жнецов Крии. Дейзи предлагает свою кровь для воссоздания эксперимента. Тем временем Линкольн тестирует на себе анти-токсин, но это заканчивается неудачей.

Генерал Тэлбот прибывает на базу Щ.И.Т.а с целью зарегистрировать нелюдей Колсона. Улей и Адское пламя ловят и превращают Надзирателей в нелюдей. Дейзи устраивает побег Линкольна. Тот садится в квинджет и летит на базу Улья. Однако вместо него прилетает Лэш. Он исцеляет Дейзи от паразитов Улья и убивает новых нелюдей, но погибает от рук Джеймса. Дейзи садится в квинджет и возвращается на базу. Йо-Йо даёт Маку свою цепочку с крестом.

Щ.И.Т. ловит Улья и спасает доктора Рэдклиффа. Это оказывается ловушкой: О'Брайен, Андерсон и несколько других агентов превращаются в Примитивов. Дейзи идёт к освобождённому Улью и просит подчинить её.

Улей отказывает Дейзи, она проигрывает ему в бою. Мэй и Фитц спасают Дейзи, а Гийеру убивает Фитц. Йо-Йо заслоняет собой Мака от пуль. Джемма нагревает печь, поэтому Примитивы не могут видеть агентов. Колсон вызывает беспилотный квинджет. Мэй вырубает Джеймса, но он успевает ранить Линкольна. Дейзи, готовая пожертвовать собой, грузит боеголовку в квинджет. Улей уже там, но и Линкольн тоже. Он отталкивает Дейзи и улетает на квинджете с Ульем. Линкольн и Дейзи не успевают попрощаться, поскольку квинджет взрывается в космосе вместе с Линкольном и Ульем. Дейзи уходит из Щ.И.Т.а и становится известна как Землетрясение. Она продолжает выполнять обещание — оберегать дочь Чарльза Хинтона. Фитц и Симмонс отдыхают на островах, Рэдклифф создаёт искусственный интеллект АИДУ. Колсон больше не директор, он с Маком ищет Дейзи.