Na de cliffhanger van het derde seizoen zien we dat Walt en Jesse angstvallig afwachten wat Gus' volgende stap zal zijn.

Terwijl Walt zijn verdediging tegen Gus voorbereidt, moet Jesse omgaan met de druk door zijn vriendschap met Badger en Skinny Pete nieuw leven in te blazen.

Terwijl Walt zich zorgen maakt over Gus' bemoeienissen en Jesse's fragiele gemoedstoestand, voert Skyler de druk op om te krijgen wat ze wil.

Als Skyler tegenover Hank en Marie een verhaal verzint over de financiën, ontdekt Walt dat Hank met een nieuw onderzoek is begonnen.

Skyler neemt een afstandelijke houding aan als ze vermoedt dat Walt niet de waarheid vertelt. Ondertussen bewijst Jesse zichzelf aan Mike en Gus.

Met de opdracht om de auto die hij voor zijn zoon heeft gekocht terug te brengen, neemt Walt wraak door Skyler in de problemen te brengen met hun witwaspraktijken.

Als Hank aantoont dat Gus de meth-koning is van Albuquerque, is Walt bang dat hij en Jesse worden vermoord om hun baas te beschermen.

Terwijl Walt Hanks onderzoek naar de Albuquerque meth-wereld probeert te ondermijnen, moet Gus na een doodsbedreiging nadenken over een deal met een Mexicaanse kartel.

Met een zwaar gehavende Walt, die nog steeds herstellende is van de strijd, sleept Gus Jesse mee naar Mexico om de deal te sluiten met het kartel.

Terwijl Skyler Ted onder druk zet om haar geld aan te nemen om zijn belasting te betalen, dringt Gus erop aan dat Jesse zijn werk in het lab alleen moet voortzetten.

Terwijl hij zijn familie opdraagt om te profiteren van de bescherming die de DEA aan Hank biedt, wacht Walt op wat het lot voor hem in petto heeft.

Als hun plan om Gus te vermoorden wordt doorgezet, moeten Walt en Jesse snel handelen om hun sporen uit te wissen en een zekere dood te vermijden.