Walt heeft te maken met de nasleep van de vliegtuigcrash en een steeds kwadere Skyler, die peinst over de volgende stap in haar leven en dat van haar kinderen. Ondertussen wordt Jesse geconfronteerd met zichzelf.

Ondanks hoogoplopende spanningen in zijn thuissituatie, haalt Walt alles uit de kast om zijn gezin bij elkaar te houden. Walt Jr. haalt uit naar zijn moeder. Saul doet zijn best om Jesse te betrekken bij een hoogst ongebruikelijke investeringsmogelijkheid.

Walt trekt zich niets aan van Skylers eisen, waardoor hij haar steeds verder van zich af duwt. Saul smeekt Jesse om Walt over te halen weer te gaan koken. Op zijn werk gaat Hank, nog steeds geteisterd door paniekaanvallen, over de schreef.

Walt draait door als hij nieuws krijgt van Skyler en brengt daarmee zijn baan en zijn relaties met Saul en Jesse in gevaar. Hank stort zich volledig op zijn onderzoek naar de blauwe meth van Heisenberg. Jesse bedenkt een nieuw plan.

Gus intensiveert zijn pogingen om Walt weer aan het koken te krijgen, waardoor Walt en Jesse in een conflict raken. Skyler twijfelt over haar nieuwe relatie met Ted. Marie neemt Skyler in vertrouwen over haar zorgen om Hanks gezondheid.

Walt neemt zijn nieuwe lab in gebruik. Walt Jr. wil antwoord op vragen over de relatie tussen zijn ouders. De Mexicaanse neven jagen het personeel van Gus’ restaurant de stuipen op het lijf. Het onderzoek van Hank brengt Walt en Jesse in problemen.

Een woedende Hank gaat de confrontatie aan met Jesse en komt in de problemen op zijn werk. Skyler wil dat Walt actie onderneemt om Hank te helpen. Walts nieuwe lab-assistent verpest de eerste lading meth. De acties van Gus hebben grote gevolgen.

De familie wacht op nieuws over Hank. Walt vervangt zijn lab-assistent en probeert Gus tevreden te houden. In het ziekenhuis ziet Walt één van de Mexicaanse neven en realiseert hij zich dat hij door het oog van de naald gekropen is.

De vooruitzichten voor Hanks herstel leiden tot een conflict tussen Marie en hun verzekeringsmaatschappij. Jesse zoekt een manier om de opbrengst te verhogen.

Na een lang gespannen nacht in het meth-lab bezorgt een vervelende vlieg die weigert dood te gaan Walt en Jesse extra kopzorgen.

Hank is ontevreden over de snelheid van zijn herstel, Skyler twijfelt aan Sauls witwaspraktijken en Jesse wordt verliefd op een medepatiënt.

Nadat hij twee dealers van zijn baas heeft uitgeschakeld, beseft Walt dat Gus van plan is hem en Jesse te vermoorden en Walt te vervangen door zijn voormalige assistent.