Magnus continua a sfidare il consiglio dei Santuari per proteggere Big Bertha. Will decide di provare nuovamente a entrare in contatto psichico con Kali e chiederle di fermare i terremoti che sta creando.

Will sta soffrendo di amnesia e non riesce a ricordare cosa è successo quando si è messo in contatto telepatico con Kali. Tuttavia alcuni strani individui sembrano essere molto interessati a rimuovere quelle memorie dal cervello di Will.

Per proteggere il pubblico il team è costretto a tenere una banca, con relativi clienti, in ostaggio. Le cose come al solito si complicano proprio quando la situazione si fa tesa.

Nikola manda un S.O.S. ad Helen usando i suoi poteri magnetici e il gruppo si reca sulle montagne della Colombia per scoprire cosa è accaduto allo scienziato. Will tuttavia non si fida e pensa che si tratti di una trappola.

Will e Kate sono aggrediti mentre stavano trasportando degli ospiti del Santuario a una sede temporanea. Durante l'attacco, un vecchio amico, temendo per la sua vita, si 'attacca' a Kate, dandole dei superpoteri.

In seguito all'avvistamento di un mutaforme, Henry e Will si recano in Inghilterra per avere notizie su una clinica psichiatrica che sembra essere connessa agli avvistamenti. Intanto Magnus e Nikola indagano sulla misteriosa città olografica.

Un persona del passato di Helen riappare, lasciandola intrappolata in un edificio in una sorta di bolla temporale e nelle mani di un personaggio estremamente inquietante. Purtroppo alla fine Helen è costretta a scendere a patti con lui per avere una chance di ritrovare suo padre.

Adam è rinchiuso al sicuro nel Santuario e Magnus deve scoprire il suo collegamento con la Terra Cava e per farlo deve ripercorrere le origini dei Cinque.

Helen è malata e rischia di morire, Will prende in mano le redini del Santuario e decide di accettare la collaborazione di Adam-Hyde. Intanto deve vedersela con una curiosa agente dell'FBI che sta cercando di trovare un serial killer.

Magnus, Henry, Kate e Will si recano al confine per entrare nella Terra Cava, lasciando Nikola, Druitt e Adam al Santuario. Helen usa lo scudo creato da Tesla per superare le barriere che ci sono contro i vampiri e nonostante i quattro vengano separati durante una mini valanga, si ritrovano alla fine nelle mani degli abitanti della città, che purtroppo non sono accoglienti come speravano.

Magnus continua il suo scontro con Ranna Seneschal, la donna che comanda Praxis sotto un regime di tirannia ma che sembra avere un suo piano personale...

Di ritorno da un viaggio, Magnus scopre che il Santuario è in uno stato di completo abbandono. Solo poche ore prima la struttura doveva ricevere un rappresentante delle Nazioni Unite per un'ispezione sulla sicurezza. Il mistero s'infittisce quando Helen trova Henry picchiato e semisvenuto senza alcun ricordo di quanto accaduto.

Sulla via per una romantica cena con Abby, Will e la sua compagna vengono rapiti da una gang di disperati, il cui leader rischia la morte senza il loro intervento. Dopo aver saputo il nome del rapitore, Magnus cessa ogni tentativo di salvataggio.

Will comincia a trasformarsi in una creatura ricoperta di scaglie che si arrampica sui muri, senza avere alcun indizio su come curarlo, Magnus si rivolge agli abitanti della Terra Cava.

Will e Henry escono in coppia con le rispettive compagne, ma Magnus insiste perchè prima della cena consegnino una piccola cassa al porto. Sarebbe tutto a posto se non fosse per il fatto che l'anormale all'interno della cassa scappa volando via.

Magnus e Tesla scoprono inavvertitamente dei segreti della razza dei Vampiri mentre stanno indagando su un altro caso, ed incontrano Afina, la Regina dei Vampiri. Nel frattempo il passato di Kate torna a tormentarla.

Un tuffo nel passato che vede gli eventi accaduti prima dell'invasione della Normandia da parte degli Alleati durante la Seconda Guerra Mondiale, eventi che portano i Cinque a combattere contro in Nazisti.

Will ed Helen si trovano improvvisamente a vivere come vicini di casa in un tranquillo quartiere di periferia.

Il Santuario riceve notizia di un grosso gruppo di anormali che è stato avvistato in Sud Dakota all'entrata di una caverna e Magnus si rende conto che è la prima ondata che è emersa dalla Terra Cava.