世界トップクラスの薬学研究者であった薬谷 完治は目を覚ますと、宮廷薬師の名家ド・メディシス家の次男ファルマ・ド・メディシスとして転生していた。転生後の能力【神術（しんじゅつ）】にも目覚め、家庭教師のエレンに力の使い方を教わるが、ファルマの神術は常人のものを遥かに超越したものであった―

「家庭教師を辞めたい」エレンからの申し出を伝えられたファルマは、人ならざる力を持つ自分に恐怖を抱く彼女を説得に向かう。エレンに再び家庭教師をしてほしいと願うファルマの願いは届くのか。一方その頃、ブリュノには宮殿から召喚の知らせが来ていて……。

皇帝の命を救った功績に対して褒美が与えられることになったファルマ。将来の目標を聞かれ、「平民・貴族の区別なく、どんな病人にも安全・安価な薬を処方できる薬局を開くこと」と答える。数日後、建設業者たちが突然ファルマの元を訪れる。瞬く間に完成した建物は「異世界薬局」と名付けられて……。

異世界薬局の存在は市民の間に広まり注目されるが、依然として客足は鈍いまま。ロッテのとった市民アンケートで、貴族の経営する店に平民が気後れすることを知る。どうしたら客が増えるか悩んでいると、腕に傷跡が何本も見える貴族のお嬢様が薬局へ運ばれてくる-

港町のマーセイル領の視察から戻ると異世界薬局の客が３倍程に増加していた。だがその中には、怪しい白装束の二人組の姿も。その翌日、薬局に無人の馬車が突っ込む事件が発生。そこへ畳みかけるように届いた急患の知らせを受けて、ファルマは治療へと向かう。そこで待っていたのは-

白装束の集団の正体は、異端者や悪霊を排除する異端審問官であった。ファルマは彼らに悪霊とみなされ、神術で襲撃を受けるが、相手を傷つけないように対抗する。その戦闘中に異端審問官のリーダー「サロモン」が大怪我を負う。自分を襲撃した相手ではあるが、ファルマはその場で手術をすることに-

平民で構成される薬師ギルドに所属する三級薬師のピエールは、深夜、高熱にうなされる娘を背負い途方に暮れていたところ、偶然出会ったファルマに診療してもらうことになる。丁寧な対応と高い知識に感心したピエールは、事の次第をギルドに話すが、異端を認めないギルドから嫌がらせを受けてしまう……。

ド・メディシス家の長男パッレからブリュノ宛に、帝都の隣国であるネデールの植民地島で流行性の奇病が発生し、住民が全滅したとの知らせが届く。近々帝都でひらかれるサン・フルーヴ大市の開催に一抹の不安がよぎる中、奇病の患者に見られる特徴的な症状を聞いて、ファルマの中にある病名が思い浮かぶ-

奇病の正体を黒死病と知り、帝都の城門に検疫所を設置することに。更に、悪疫の侵入を防ぐため港での船への検疫も行うが、検閲の意味を理解しない船同士の小競り合いが勃発する。そんな中、エスターク村で高熱による死者が多数出ているという報告を受けて、ファルマは薬神杖に乗って渦中の村へと飛び立つ

エスターク村で簡易診療所を設置し、神官たちと手分けをして治療を行うファルマ。一方その頃、帝都で薬学校総長を務めるブリュノは、退官間近のキャスパー教授を呼び出していた。長年カビを研究してきた彼女に、新種の微生物を探し出して欲しいと伝える。それは黒死病に対抗する新薬を創るための切り札だった

エスターク村での診療を終えて帝都に戻ると、隣国ネデール国による進撃を受けて人々は混乱の渦中にいた。急な侵略を行うネデール騎士と、帝都に大量に現れた謎の白いリス。その首謀者は、過去に罪を犯し、国を追放されたブリュノのかつての同門・カミュだった。帝都の町と人々を守るため、ファルマはカミュに立ち向かう