Situado en la era Meiji, Kidou Shinsengumi Moeyo Ken cuenta la historia de Konsou Yuuko, Hijikata Toshie y Okita Kaoru. Ellas son las tres hijas de antiguos miembros de Shinsengumi y al igual que sus padres son llamadas para proteger Japón de sus problemas actuales. La mayor parte de su trabajo consiste en eliminar los sucesos paranormales cada vez mas frecuentes en Kioto y defender la ciudad de cualquier otro peligro surja.

De nombreux changements sont survenus aux Japon depuis l'ère Meiji. Les yokai sont autorisés à vivre parmi les humains pour peu qu'il possèdent une licence scellant leurs pouvoirs. L'organisation "Kidou Shinsengumi" fait régner l'ordre à Kyoto en pourchassant les yokai sans licences et en surveillant la ville.

The Mobile Shinsengumi was organized for the specific reason of keeping Kyouto safe from influences which would hinder Japan's efforts towards westernization, be those demons and monsters of every shape and size or a band of misanthropes bent on turning the clock back for the city of Kyou.

Yuuko Kondou, Toshie Hijikata, and Kaoru Okita are daughters of the reknowned Isamu Kondou, Toshizou Hijikata, and Soushi Okita, leaders of the feared, original Shinsengumi. They have come together under the banner of "Truth" as their fathers once had and under the guidance of Ms. Oryou.

With the help of Oryou's son Ryuunosuke, Shintarou, Gennai, and the cat monster Nekomaru, they protect Kyouto from the evil that lurks in the shadows. But, who protects the people of Kyouto from the Mobile Shinsegumi?

Il Mobile Shinsengumi è stato organizzato per il motivo specifico di mantenere Kyouto al sicuro da influenze che avrebbero ostacolato gli sforzi del Giappone verso l'occidentalizzazione, siano quei demoni e mostri di ogni forma e dimensione o una banda di misantropi decisi a riportare indietro l'orologio per la città di Kyou.

Yuuko Kondou, Toshie Hijikata e Kaoru Okita sono figlie del famoso Isamu Kondou, Toshizou Hijikata e Soushi Okita, leader del temuto Shinsengumi originale. Si sono riuniti sotto la bandiera della "Verità" come avevano fatto i loro padri una volta e sotto la guida della signora Oryou.

Con l'aiuto del figlio di Oryou, Ryuunosuke, Shintarou, Gennai e il mostro gatto Nekomaru, proteggono Kyouto dal male che si nasconde nell'ombra. Ma chi protegge il popolo di Kyouto dal Mobile Shinsegumi?