У недалекому майбутньому людство розвинулось до стану, коли стала можлива повна трансплантація тіла з плоті до машини. Це дозволяє значно підвищити як фізичну, так і кібернетичну досконалість і розмити лінії між двома світами. Однак, злочинці також можуть повною мірою використовувати такі технології, що призводить до нових, і часом і дуже небезпечних, злочинів. У відповідь на такі інноваційні методи, уряд Японії створив Дев’ятий відділ — незалежний підрозділ поліції, який займається такими делікатними злочинами.

Під керівництвом Дайсуке Арамакі та Мотоко Кусанаґі, Дев’ятий відділ розкриває подібні злочини по всьому соціальному спектру, як правило, успішно. Однак, зіткнувшись з новим хакером рівня A, який отримав прізвисько «Усміхнена людина», команда втягується в небезпечну гру в кішки-мишки, переслідуючи хакера, коли той залишає свої сліди на Японії.