У недалекому майбутньому людство розвинулось до стану, коли стала можлива повна трансплантація тіла з плоті до машини. Це дозволяє значно підвищити як фізичну, так і кібернетичну досконалість і розмити лінії між двома світами. Однак, злочинці також можуть повною мірою використовувати такі технології, що призводить до нових, і часом і дуже небезпечних, злочинів. У відповідь на такі інноваційні методи, уряд Японії створив Дев’ятий відділ — незалежний підрозділ поліції, який займається такими делікатними злочинами.

Під керівництвом Дайсуке Арамакі та Мотоко Кусанаґі, Дев’ятий відділ розкриває подібні злочини по всьому соціальному спектру, як правило, успішно. Однак, зіткнувшись з новим хакером рівня A, який отримав прізвисько «Усміхнена людина», команда втягується в небезпечну гру в кішки-мишки, переслідуючи хакера, коли той залишає свої сліди на Японії.

Inami and Tamaru work at the Public Security Mobile Investigation Unit Special Investigation Team, a team made up of specialists with different expertise. Inami tackles criminals with showy maneuvers, while Tamaru corners criminals with cool calculation. Together, the team tackles terrorists, new religious cults, military spies, secret narcotics organisations and complicit politicians.

An explosion take place in a street of Tokyo. Many people were killed or seriously injured. One casualty is Chihiro, the wife of Public Security chief inspector Kuraki Naotake.

While trying to find why his wife was being implicated in the explosion case, Kuraki comes into contact with Public Security sergeant Akeboshi Miki and Metropolitan Police Department inspector Osugi Ryota who are also investigating this case.