Sonic entra em uma batalha com Dark Oak. Enquanto isso, Tails, Amy e Cream encontram uma nave espacial.

Chris adulto volta a ser criança e vai para o mundo de Sonic. Ele e seus amigos embarcam em uma missão para impedir os Metarex de destruírem o planeta.

Sonic e seus amigos encontram um novo planeta. O local, que deveria estar completamente seco, agora está cheio de água.

Por terem salvado o planeta, Sonic e seus amigos são convidados de honra e homenageados em uma festa. Eggman observa a celebração e bola um plano para roubar uma Esmeralda do Caos.

Sonic continua à procura das Esmeraldas do Caos. Ele segue para o planeta Breezy, mas é confrontado com um ataque dos Metarex.

No confronto com os Metarex, Sonic é lançado para fora da nave em direção ao Planeta. Amy, Cosmo e Cream vão procurá-lo.

Rouge descobre uma cápsula movida por uma Esmeralda do Caos. Para sua surpresa, ela nota que Sombra está hibernando lá dentro.

Enquanto Sombra tenta se lembrar quem é Sonic, um Metarex chega para completar sua missão: destruir o ouriço e Dr. Eggman.

Tails, Cosmo e Knuckles estão em busca de uma esmeralda quando encontram uma cidade abandonada.

Após descobrir que as duas últimas Esmeraldas do Caos estão dentro de uma fortaleza Metarex, Eggman sugere uma trégua para Sonic. O objetivo é trabalharem contra o inimigo comum.

Sonic enfrenta Dark Oak mais uma vez. A situação piora quando Red Pine e o exército de Metarex começam a atacar sua própria base.

Enquanto Amy se pergunta sobre o destino de Sombra, o restante da tripulação conserta o Tufão Azul. De repente, eles avistam uma nave Chaotix que estava à deriva no espaço.

Sem saber como isso afetaria Chris, a equipe decide viajar pelo Claustro Intergaláctico em busca dos Metarex. As intensas distorções dentro do claustro trazem consequências.

Os Metarex estão seguindo o Tufão Azul há 12 horas. Sem sinais de ataque, Sonic começa a se perguntar se eles estão caindo em uma armadilha.

Quando Sombra destrói a frota de Metarex, ele e Dr. Eggman são convidados pelos sobreviventes para visitar o Planeta. Eggman aceita o convite pois tem muito interesse nas ruínas.

Sonic encontra um meteoro no espaço enquanto procura outra Esmeralda do Caos. Quando Tails se aproxima, eles descobrem que é uma nave espacial com pequenas criaturas.

Dr. Eggman arma um plano para atrair Sonic e seus amigos. Eles só percebem a armadilha quando notam que o piloto da espaçonave é o Decoe.

Depois de ser perderam e voltarem para o Planeta, os Chaotix estão trabalhando em uma cafeteria. O plano deles é ganhar dinheiro suficiente para consertar a nave espacial.

Tufão Azul está sob ataque de um membro dos Metarex. Sonic e sua tripulação são enviados para um planeta vizinho.

Sem que ninguém saiba, Sombra invade o Tufão Azul e aparece diante de Cosmo. Sonic e os amigos precisam agir contra o inimigo.

O Tufão Azul é misteriosamente transportado para um planeta abandonado. Cosmo descobre que os Metarex estão a monitorando através de um chip que foi implantado nela.

Quando todos são informados pelo Dr. Eggman da reunião de Metarex, Sonic e sua tripulação partem para a batalha final.

Com Sonic no Planeta Aqurius, Dark Oak continua ganhando força para a transformação final. Knuckles e o resto da tripulação precisam de um plano para cortar sua energia.

A semente Metarex continua crescendo, e Sonic não consegue encontrar uma maneira de pará-la. Eggman pensa em como restaurar o poder das esmeraldas.

Com a partida de Cosmo, Dark Oak é destruído. Todos choram pela amiga, mas logo encontram outro problema, a gema do planeta pode liberar uma energia explosiva.