東京都羽田、大鳥居にある「セハガガ学園」。そこに通うことになったドリームキャスト、セガサターン、メガドライブ。出会って早々恋話に花を咲かせるなど、お気楽な学生生活をスタートしようとする3人だが、現れたのは姿を見せない謎めいた先生。さらに授業は「ゲームの世界に入る」という不可思議なもの。とまどう3人は早速『バーチャファイター』の世界に入ることになり……。

「セハガガ学園」に通うドリキャス、サターン、メガドラの3人。初めての授業で『バーチャファイター』の世界に入ったものの、卒業に必要な単位メダルを獲得するには“100人組手”に勝利しなければならないという。アキラやジェフリーといった強敵が次々と立ちはだかる中、なぜかフリッキーやムシキングなど、違うゲームのキャラクターまで乱入してきてしまう。

簡単に卒業できると思っていた「セハガガ学園」の授業が意外と大変なことに気付き始めたドリキャス、サターン、メガドラ。気が早いと解かりつつも、卒業後について語り合う。3人は進路のひとつとして話に上がった女子アナごっこを始めるが、メガドラの様子がどうにもおかしい。さらに今回の課題ゲーム『スペースチャンネル5』の名前を聞いた途端、メガドラはがっくりと肩と落とす。

卒業単位メダル獲得のため『スペースチャンネル5』の世界に入ったドリキャス、サターン、メガドラ。モロ星人に捕らわれた、センター先生の仲間を助けるべく、うららと一緒にダンス勝負に挑む。しかし、ただ助けるだけではなく、シチョーリツも稼がなければならない。シチョーリツアップのため、文字通りひと肌脱ぐサターンだが、センター先生の仲間のせいで、思わぬ展開に。

今日も卒業単位メダル獲得のため、課題に挑むドリキャス、サターン、メガドラ。ところが今回はゲームの世界に入るのではなく、少し趣向を変えるとセンター先生。与えられた課題は『ぷよぷよ』を使った新しいゲームを考えること。しかもいまひとつなアイデアを出した者はメダルを没収するという。サターン、メガドラが真剣に考え込む中、真っ先に手を挙げたドリキャスが提案したアイデアは……。

センター試験を受けていたドリキャス、サターン、メガドラの3人は、突如現れたDr.エッグマンにシステムを乗っ取られ『ボーダーブレイク』の世界に閉じ込められてしまう。ブラストランナーを奪われた上、手乗りサイズにまで体を小さくされてしまった3人は絶体絶命の危機に。しかし、このピンチに現れたのは、音速で駆ける救世主・ソニックだった。

もうすぐ「セハガガ学園」の文化祭。全員何かの出し物に参加するよう言われ、意見を出し合うドリキャス、サターン、メガドラ。結局、授業の一環として「セハガガ学園ラブリーガールコンテスト」に出場することになり、ライバルたちの事前調査を始める。プロフィール資料をチェックする3人だが、出場者はとても個性的な人物ばかりで……。

今回の課題ゲームは『チェインクロニクル』。初めてのRPGに意気揚々とゲームの世界に入ろうとするドリキャス、サターン、メガドラ。ところが、いつものモニターではない入口を見た途端、3人のテンションが一気に下がってしまう。いざゲームの世界へと入ると、突然目の前に魔物が現れ、早速戦闘へ。それぞれの職業を駆使し、戦おうとするものの、うまく連携が取れず……。

インラインスケートで街を駆け巡り、トリックを決め、グラフィティを描くゲーム『ジェットセットラジオ』。その世界に入ることになったドリキャス、サターン、メガドラの3人は、課題そっちのけでシブヤチョウにプリクラを撮りに行く。緊張気味に人生初のプリクラを楽しむメガドラだが、肝心のインラインスケートは立つことすらやっとの状態。そこでセンター先生が、メガドラにハンデを与える。

センター先生から、今回の課題は『シャイニング・フォース クロスエクレシア ゼニス』と『ファンタシースターオンライン2』を一度に2つだと告げられた、ドリキャス、サターン、メガドラ。ゲームの世界に入り、どんな可愛いコスチュームが着られるのかとワクワクする3人だが、指定されたのは全員お揃いのラッピースーツだった。

順調に単位メダルが貯まり、そろそろ卒業が見えてきたある日、ドリキャス、サターン、メガドラの前に“ブラックアソビン”と名乗る敵が現れる。単位メダルを奪われてしまった3人は、ブラックアソビンを追ってブラックアソビンワールドへと向かう。そこで3人を待っていたのは、バーチャファイターのリングと、見覚えのある一人の青年だった。

卒業式。ドリキャス、サターン、メガドラが待ち望んでいたこの日。滞りなく式が開催され、無事卒業できるはずだった。しかし、3人はセンター先生から驚愕の真実を告げられる。