道光駕崩，奕詝繼位改元咸豐。太平軍攻陷南京，奕訢求見咸豐，咸豐因猜忌而迴避他。蘭貴人入宮三年未獲咸豐寵幸，因而悶悶不樂。太妃著咸豐調奕訢進軍機處，咸豐反覆思量，終允。蘭貴人不獲通知往寺廟祈福，她竟獨自搶先往參拜，並出言侮辱麗妃，幸麗妃息事寧人。錢幣短缺，奕訢提議以鐵代銅，咸豐著他與柏俊商議此事。肅順為見柏俊，擅闖王府，幸得奕訢不追究。太妃病重，誤把咸豐當奕訢，透露道光原想讓奕訢繼位，咸豐頓感不悅。

奕訢求咸豐冊封太妃為太后，被拒。肅順提交以鐵代銅的方案，獲奕訢賞識及重用。蘭貴人欲探望麗妃示好，卻遭拒見，更被安德海趕走。蘭貴人設計誣陷德海偷取鳳釵，麗妃遂調走德海，蘭貴人趁機收他為己用。太妃因鬱結加重病情，咸豐命奕訢代他祭天祈福，事後奕訢有感而賦詩。蘭貴人學唱戲欲討好咸豐，咸豐聞歌尋至，惜蘭貴人已離開。奕訢與肅順等候咸豐召見彙報鑄幣方案，此時咸豐看過奕訢的詩，召奕訢前去問罪，肅順於殿外聽到一切。

咸豐為奕訢的詩耿耿於懷，蘭貴人趁機唱戲吸引咸豐，成功獲他臨幸，可是咸豐得悉其姓氏後，卻被嚇跑。咸豐經皇后勸解，寬恕奕訢。奕訢再求咸豐冊封太妃，咸豐答應考慮。太妃病逝，奕訢代傳口諭封太妃為皇太后。蘭貴人被指犯宮規，幸皇后得知她身懷龍種，不加追究。咸豐不滿奕訢私傳口諭，加上被肅順告御狀，奕訢被免官。蘭貴人誕下載淳，獲封懿貴妃。文祥推薦柏俊任鄉試主考官，肅順得悉後，遂勸奕訢勿干預朝政，可是卻被奕訢趕走。

麗妃召載淳陪大格格玩耍，載淳跌傷，懿貴妃指責麗妃，幸咸豐作調解。懿貴妃追問咸豐迴避她的原因，原來全因葉赫那拉氏的傳聞，咸豐擔心其後人向滿清報復，因而心存芥蒂。肅順利用民女曹秀蓮迷惑咸豐，令咸豐沉迷逸樂。鄉試放榜，戲子竟高中狀元，丁兆倫名落孫山，深感朝廷腐敗。肅順懷疑副主考受賄，決彈劾柏俊。咸豐迷戀秀蓮，麗妃託皇后勸諫咸豐。柏俊下獄，寧死不肯向肅順求饒。奕訢求咸豐赦免柏俊，遭肅順阻撓，柏俊終被處斬。

英法聯軍攻陷廣州，丁兆倫決意為國出力，推遲與溫彩霞的婚事，霞父溫貴不滿。聯軍直逼天津，肅順推薦琦英負責議和，奕訢著桂良、文祥阻止。懿貴妃勸咸豐找奕訢共商國事，奕訢建議咸豐讓文祥議和；肅順中傷奕訢，咸豐決定派琦英往天津，於是奕訢請求肅順以國事為重，可惜不果。麗妃請道姑施法，讓咸豐重投其懷抱，懿貴妃暗中揭發此事，誣陷麗妃加害咸豐。咸豐放過麗妃，卻要處斬丁秀鳳，麗妃向咸豐解釋原委，咸豐遂答應不殺秀鳳。

丁秀鳳被調往浣衣局，遭安德海奚落，幸得麗妃解圍。奕訢上奏建議加強軍備，懿貴妃偶然看到其奏章，咸豐問她意見，她大表贊成。溫貴拾得教堂的地契後，欲收回教堂，遭丁兆倫阻止，兩人鬧翻。咸豐依奕訢之議於大沽口設防，另一方面，琦英議和失敗擅自回京，肅順即奏請處斬琦英以自保。載淳誤闖浣衣局，獲秀鳳照顧；德海指秀鳳擄走載淳，秀鳳怕連累麗妃，認罪後被逐出宮。溫貴請德海幫忙，欲趕走神父。懿貴妃對國事感興趣，野心漸大。

咸豐不適，懿貴妃代他批閱奏章，並向奕訢示好。肅順勸咸豐除去懿貴妃，懿貴妃在門外聽到，大驚。英法聯軍入侵大沽口，肅順力主議和，奕訢則主戰，懿貴妃說服咸豐抵抗聯軍。姚勇志遭朝廷追捕期間，丁秀鳳拾得其玉佩。咸豐命怡親王扣押洋使，並大肆慶祝，奕訢賦詩觸怒咸豐，幸獲懿貴妃解圍。聯軍攻進北京，肅順提議咸豐避走熱河。安德海逼溫彩霞嫁他，彩霞與丁兆倫決私奔。咸豐避往熱河，奕訢留京輔局；勇志與同伴欲趁機行刺咸豐。

姚勇志行刺咸豐失敗，獲丁兆倫相救，後與丁秀鳳重逢。奕訢與額爾金談判，無奈答應釋放洋使。肅順扣減妃嬪糧銀，更派人監視懿貴妃。肅順阻止咸豐釋放洋使，奕訢違命放人，並託洋使游說爾金退兵，惜不果。聯軍攻陷北京，奕訢被逼簽下北京條約。圓明園被燒，咸豐憂憤病倒，肅順阻懿貴妃見咸豐，二人起衝突。懿貴妃誣控肅順監視皇后，著皇后以奕訢牽制肅順。肅順勸咸豐懲處奕訢不果，懿貴妃再向皇后指控肅順。咸豐鼓勵載淳，望他成材。

懿貴妃派安德海送信予奕訢，被肅順揭發，幸德海機警，他遭處罰了事。肅順指奕訢挾洋自重，奕訢託懿貴妃送纓槍頭予咸豐，望咸豐念兄弟情。咸豐向麗妃透露心事，他深知肅順及懿貴妃的野心。咸豐病危，吩咐肅順聯同奕訢扶助載淳，肅順勸咸豐殺懿貴妃不果，懿貴妃偷聽一切。肅順宣讀諭旨，他沒把奕訢列顧命大臣之列，咸豐遭他瞞騙。咸豐命懿貴妃與皇后共同扶助載淳，並把內藏諭旨的錦盒交予皇后。咸豐病逝，麗妃服毒自盡，決生死相隨。

載淳即位，皇后被尊為慈安太后，懿貴妃只獲封太妃。太妃向咸豐遺體吐露不滿，故意讓慈安聽見，太妃終獲封為慈禧太后。兩宮行蓋印之制，欲與顧命大臣抗衡，肅順卻禁兩宮刪改奏章內容。安德海調戲宮女被慈禧趕回北京，原來是慈禧之計，讓德海送信予奕訢。兩宮與奕訢商議，欲廢顧命大臣。肅順宴請奕訢，卻不歡而散。奕訢回京暗中命人上奏，蕭順與慈禧為此互作試探。兩宮所發上諭被拒，慈禧與肅順起爭執。顧命大臣罷工，慈禧無奈讓步。

咸豐的梓宮被運回京，肅順得悉奕訢暗調兵馬，即欲殺慈禧，幸勝保趕至救駕。肅順與黨羽被捉，外間盛傳奕訢欲當攝政王，慈禧對他不禁猜疑。奕訢審問肅順，肅順指他必遭慈禧反噬，金台石的預言亦必成真。姚勇志欲殺載淳，與丁秀鳳鬧翻。溫彩霞被安德海苦纏，獲丁兆倫解圍。秀鳳尋死不果，與勇志和好。肅順求見慈禧，將她痛罵。肅順、載垣等人被處死後，載淳登基，改元同治，兩宮垂簾聽政。同治貪玩，慈安選倭仁為師，望同治用心向學。

溫彩霞與丁兆倫成親之日，安德海偶然發現姚勇志行蹤，即通知官府捉人，勇志被踢下山身亡，兆倫被擒。同治戲弄倭仁，慈禧找奕訢教導同治。德海私取布匹被奕訢責罵，他遂懷恨在心。宮中設宴，慈禧與奕訢言談甚歡，她又召奕訢的格格進宮，封她為固倫公主。慈禧贈扇憑詩寄意，奕訢不敢回應。奕訢勸倭仁改變教導同治之法，不果。都統上奏彈劾勝保，奕訢決查明。倭仁奏請取消同文館，慈禧又追問彈劾勝保之事，奕訢解釋，幸獲慈禧信任。

同治被慈禧責罰，固倫勸他改過，欲調解其母子關係。南京被收服，慈禧宴請奕訢夫婦，暗向奕訢表達心意，奕訢迴避她。慈禧命人召勝保回京受審，又要倭仁往同文館學習，可是倭仁與史密夫起爭執。丁兆倫被囚禁，溫貴病逝，安德海再向溫彩霞逼婚。德海假傳慈禧口諭，著知府送蘇繡進宮，奕訢無意中得悉，責罵德海。奕訢把扇還予慈禧，德海趁機中傷奕訢。奕訢判勝保充軍十年，慈禧卻要把他處死，奕訢心灰決意請辭。德海慫恿官員彈劾奕訢。

奕訢請辭，獲慈安極力挽留。慈禧收到彈劾奕訢的奏摺，奕訢即遭罷職。溫彩霞要安德海釋放丁兆倫才答應嫁他，結果兆倫被判充軍塞外。彩霞與丁秀鳳逃走失敗，秀鳳被德海打下山崖，彩霞被逼嫁予德海。群臣與各國公使向朝廷施壓，慈禧提出條件讓奕訢復職，奕訢拒絕，慈禧遂親自求他亦遭拒。文祥、桂良勸奕訢以大局為重，奕訢答允復出。同治長大成人，與宮女嬉戲，德海慫恿慈禧處死宮女，同治求情，慈禧答允放過她，豈料宮女仍被逼自盡。

同治為宮女的死拒進食，幸被固倫勸服。兩宮要替固倫選額駙，並讓載澄作同治的伴讀，奕訢擔心載澄惹禍。安德海為採辦龍袍向慈禧中傷奕訢，指他中飽私囊。載澄無心向學，更教同治賜綠頂戴予德海，同治大感痛快。載澄邀同治出宮遊玩，同治答允。德海受氣，遷怒溫彩霞。周師爺介紹生意予德海，著他親往江南交易。同治與福清偷出禁宮，載澄帶二人到處遊玩，卻被德海瞥見。慈禧狠責同治，而奕訢本欲囚禁載澄，固倫求情後改罰他五十大板。

安德海申請往江南採辦龍袍，同治託辭不受理。丁兆倫重見溫彩霞，欲帶她離開安家不果。德海私自離京，同治下令殺他，奕訢、文祥勸阻，並派丁寶楨監視德海。兆倫刺殺德海不果，幸獲救。固倫大婚在即，同治勸她反對婚事，固倫卻聽天由命。奕訢等人查到德海的罪證，同治請慈安下旨將德海正法。德海被捕，慈禧得知後大怒，同治好言安撫她。德海被處決及抄家，彩霞被送往妓院，後被棄於後山。固倫拜別慈禧，慈禧言談間表露對奕訢不滿。

固倫勸奕訢順從慈禧，以免惹禍。天津居民殺害教民及法國領事，法國艦隊駐守大沽口，戰事一觸即發。奕訢派曾國藩徹查事件，國藩查明實屬誤會，奕訢欲賠償了事，法國卻要求處斬縱容百姓作亂的官員。慈禧只肯將官員革職，幸而法國正與普魯士開戰，國潘成功簽訂和約，惜他隨即病逝。慈安勸服慈禧讓同治嘗試執政，並得奕訢、慈安協助。同治選后，慈安屬意阿鲁特氏，慈禧因與她生肖相剋，故屬意富察氏；同治最終選阿魯特氏，令慈禧不悅。

同治與皇后恩愛，富察氏獲封惠妃後一直不獲同治寵幸，慈禧決助她一把。醇親王處理外務失當，同治被慈禧責罵，慈禧又責備皇后，同治為此頂撞她。皇后勸同治向慈禧賠罪，慈禧暫不許他見皇后，並安排惠妃服侍他。醇親王未能向日本取回琉球，慈禧痛斥同治。同治私自出宮，期間結識王慶祺，又遇丁秀鳳。溫彩霞原來獲秀鳳相救；丁兆倫訪尋彩霞，偶然得知同治的身份而欲殺他，同治得秀鳳解救。秀鳳與同治相認，同治聽她相勸，決勤於政務。

（大結局）慈禧不許同治再執政，她恢復奕訢的王位，並把軍機大臣復職。同治於妓院縱情聲色，丁秀鳳勸他振作不果。同治病倒，御醫斷為天花。秀鳳為同治送藥時遭人發現，她指同治身患血毒，求慈禧善待同治後自盡身亡。慈禧質問同治易服微行之事，同治大膽指控慈禧；慈禧遷怒慈安，二人不歡而散。同治與皇后暗中立嗣，慈禧發現後打罵皇后，同治悲憤駕崩。皇后懸樑自盡，慈禧封鎖消息，她與奕訢等大臣商議，將載湉過繼同治，立他為嗣。