Jesse e seus pais adotivos mudam-se para o litoral. Ele passa a trabalhar num centro de pesquisa e resgate de vida selvagem do qual Randolph agora faz parte. No primeiro episódio, Jesse descobre que é capaz de falar com os animais. Isto permite que Willy e os outros personagens animais do programa tenham personalidades plenas e papéis maiores nos episódios.

O principal antagonista da série é um homem chamado Máquina, que busca se vingar de Willy, pois este é responsável por Máquina perder um braço e parte de seu rosto, tornando-o um ciborgue (primeiramente, estava implícito que Willy os arrancara, mas um flashback revelou que Willy causou a destruição de seu submarino, que o arremessou à hélice de um navio). Ele ainda usa sua antiga identidade de Sr. Stone. Máquina também criou criaturas oriundas de lixo tóxico que são verdes e viscosas, e não muito brilhantes. Eles levam a cabo suas instruções de poluir e destruir criaturas vivas e ecossistemas.