Учился в школах Славгорода и Павлодара (Казахская ССР). После окончания школы год работал художником-конструктором Павлодарского тракторного завода.

В 1976 году с отличием окончил Свердловский архитектурный институт. затем служил в армии во внутренних войсках МВД СССР. В 1978—1982 годах — художник-постановщик на Свердловской киностудии на фильмах «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка», «Зеркало для героя».

В 1982 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров (мастерская Н. Михалкова). Работал ассистентом режиссёра у Никиты Михалкова на фильмах «Несколько дней из жизни И. И. Обломова», «Пять вечеров», «Родня». Режиссёрским дебютом Хотиненко стал фильм «Один и без оружия», который он снял в паре с Павлом Фаттахутдиновым в 1984 году.

Является заведующим кафедрой режиссуры во Всероссийском государственном институте кинематографии (ВГИК). С 1999 года совместно с П. К. Финном и В. А. Фенченко руководитель мастерской режиссуры игрового фильма на Высших курсах сценаристов и режиссёров. Руководит Мастерской Факультета режиссуры в Московском институте телевидения и радиовещания «Останкино».