国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が起きる中央 (セントラル) を訪れたエドとアル。犯人は正体不明ながら、額に十字傷を持つことから "傷の男 (スカー)" と呼ばれていた。兄弟も命を狙われ応戦するものの、圧倒的な強さの前に機械鎧 (オートメイル) を破壊され、絶体絶命となる。果たして二人はこの危機を乗り越え、元の身体を取り戻すことができるのだろうか。隠されたこの国の秘密と“約束の日”、そしてエドとアルの父親の過去。幾重にも重なる謎と真実が解き明かされ、物語は圧巻のフィナーレへ。最後に兄弟が出した答えとは…?