由优莱卡创建的珊瑚岩（类似珊瑚的信息生命形式）中的虚拟世界。自从虚拟世界的人民随着崩坏出现在这个地球上以来，十年已经过去了。因为这种“大融合”，虚拟世界中的人类称自己为“绿色地球”，旧地球上的人类自称为“蓝色地球”，各种碰撞将在水面下不断重复。绿色地球军的高级官员杜威·诺瓦克和他的同事一起策划，为保护他们的尊严，最终实施了一项大规模的恐怖主义计划。

由艾蕾卡創建的珊瑚岩（類似珊瑚的信息生命形式）中的虛擬世界。自從虛擬世界的人民隨著崩壞出現在這個地球上以來，十年已經過去了。因為這種“大融合”，虛擬世界中的人類稱自己為“綠色地球”，舊地球上的人類自稱為“藍色地球”，各種碰撞將在水面下不斷重複。綠色地球軍的高級官員杜威諾瓦克和他的同事一起策劃，為保護他們的尊嚴，最終實施了一項大規模的恐怖主義計劃。

Een virtuele wereld in een schurftkoraal (koraalachtige informatielevensvorm) gecreëerd door Eureka. Tien jaar zijn verstreken sinds de mensen van de virtuele wereld met de ineenstorting op deze aarde verschenen. Als resultaat van deze “grote fusie” noemen mensen in de virtuele wereld zichzelf “Groene Aarde”, en mensen op de oude Aarde noemen zichzelf “Blauwe Aarde”, en verschillende botsingen zullen zich onder het wateroppervlak herhalen. En Dewey Novak, een hoge functionaris van de Green Earth Army, komt samen met zijn collega's in actie om hun waardigheid te beschermen en zet uiteindelijk een grootschalig terroristenprogramma in werking.

A virtual world in a scab coral (coral-like information life form) created by Eureka. Ten years have passed since the people of the virtual world appeared on this earth with the collapse. As a result of this “great fusion”, human beings in the virtual world call themselves “Green Earth”, and human beings on the old Earth call themselves “Blue Earth”, and various collisions will be repeated under the surface of the water. And Dewey Novak, a high-ranking official of the Green Earth Army, raises up with his colleagues to protect their dignity and finally puts into action a large-scale terrorist program.

L’histoire se déroule 10 ans après la fin de la « Grande Unification » du film précédent, qui a amené les habitants du monde virtuel du Scub Coral dans le monde réel. La population du monde est maintenant divisée entre la Terre verte, les gens du monde du Scub Coral, et la Terre bleue, les gens du monde réel. Leur coexistence est loin d’être pacifique, de nombreux conflits se déroulant en coulisses. Dewey Novak, le chef militaire de la Terre Verte, décide de mener des attaques terroristes pour se protéger. Eureka, détestée par le monde entier en tant que symbole et origine de la division du monde, travaille désormais en tant qu’agent militaire de haut niveau au sein de l’agence d’opérations secrètes de l’ONU, A.C.I.D., luttant toujours pour protéger une paix fragile comme une forme d’expiation.

Un mondo virtuale in un corallo crosta (forma di vita informativa simile al corallo) creato da Eureka. Sono passati dieci anni da quando gli abitanti del mondo virtuale sono apparsi su questa terra con il crollo. Come risultato di questa "grande fusione", gli esseri umani del mondo virtuale si chiamano "Terra Verde" e gli esseri umani della vecchia Terra si chiamano "Terra Blu", e varie collisioni si ripeteranno sotto la superficie dell'acqua. Dewey Novak, un alto funzionario dell'Esercito della Terra Verde, si solleva con i suoi colleghi per proteggere la loro dignità e infine mette in atto un programma terroristico su larga scala.

エウレカが作り上げたスカブコーラル（珊瑚状の情報生命体）の中の仮想世界。 その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の独立師団無任所部隊A.C.I.D.（アシッド）の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――

유레카가 랜턴을 만나기 위해 창조한 스카브 코랄 속 가상 세계가 붕괴하고, 가상 세계 속 인류가 지구에 모습을 드러낸 지 10년이 지났다. 가상 세계 속에서 나타난 인류 '그린어스'와 이전부터 현실에 있던 인류 '블루어스'가 각지에서 충돌을 반복하는 가운데, 혼란을 만들어 낸 원흉인 유레카는 속죄를 위하여 국제연합군 독립사단 무임소 부대 아시드의 전투 요원이 되어 세계 평화를 위해 싸우고 있었다. 그런 그녀에게, 스카브 코랄 창조 능력을 지닌 새로운 EUREKA '아이리스'를 보호하라는 명령이 떨어진다. 한편, 그린어스군 근위기병단 부대장인 듀이 노바크 대령은 동료들과 함께 궐기, 아이리스를 납치하여 대규모 테러를 일으키려 하는데...

Anos após a humanidade vencer a batalha contra o Nirvash e Eureka 7, tudo parecia tranquilo, até que, das ruínas das batalhas, surgiu uma outra civilização: humanos de uma Terra paralela. Enquanto as duas humanidades tentam conviver, apesar de grupos extremistas, a ameaça dos scabs continua. Um grupo terrorista descobre uma garota os mesmos poderes de Eureka, e agora cabe a Anemone e à própria Eureka protegê-la para que seus poderes não sejam usados para levar o mundo novamente à beira da destruição, ou além.